View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1558-INSERTION-5 (Length: 560)

Name: NF1558-INSERTION-5
Description: NF1558
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1558-INSERTION-5
NF1558-INSERTION-5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-560)||(37314606-37315159)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (8-496)||(16174023-16174512)
chr1 (160-487)||(33109959-33110287)
chr1 (13-496)||(16184850-16185334)
chr1 (10-496)||(16224240-16224727)
chr1 (177-357)||(33116131-33116311)
chr1 (229-425)||(30619772-30619968)
chr1 (217-435)||(30615006-30615225)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 534; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 534; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 560
Target Start/End: Original strand, 37314606 - 37315159
Alignment:
Q  8 cttcattctctccactcatttcttccaatgattttccattagcttctggaacaagaaacgtgaaaaatataccaagacaattaaccacagcaagcaaaat 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37314606 cttcattctctccactcatttcttccaatgattttccattagcttctggaacaagaaacgtgaaaaatatgccaagacaattaaccacagcaagcaaaat 37314705  T
Q  108 aagagtgttcttcattccaataccagcagggtaccctgcatctctcttttttggatccttactttgtgaagcatataagaatccaaatgcacctataatt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37314706 aagagtgttcttcattccaataccagcagggtaccctgcatctctcttttttggatccttactttgtgaagcatataagaatccaaatgcacctataatt 37314805  T
Q  208 gctccagctttccctgctgcagaggatataccatgacatgtagacctcaacctagccgggaaaatctcggcaggtacaacaaaagtggttgaatttggac 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37314806 gctccagctttccctgctgcagaggatataccatgacatgtagacctcaacctagccgggaaaatctcggcaggtacaacaaaagtggttgaatttggac 37314905  T
Q  308 caaaatttgcaaagaaaaaagtcattgcgtacataacaagaaatccaattctgttttctctcttagtccaatgatcatacggaatagcgagcgcaaacat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37314906 caaaatttgcaaagaaaaaagtcattgcgtacataacaagaaatccaattctgttttctctcttagtccaatgatcatacggaatagcgagcgcaaacat 37315005  T
Q  408 aaacacagtcataaagaag-atcccattagttgtattgcaaaacgaccaataacgtcgataaaagccaccgtgaaccagtatccgggaaccgttccacaa 506  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37315006 gaacacagtcataaagaagaatcccattagttgaattgcaaaacgaccaataacgtcgataaaagccaccgtgaaccagtatccgggaaccgttccacaa 37315105  T
Q  507 agtgctataagcgttgtcgctctagcaactttgaaaacttcatgaattgcattc 560  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37315106 agtgctataagcgttgtcgctctagcaactttgaaaacttcatgaattgcattc 37315159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 110; Significance: 4e-55; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 8 - 496
Target Start/End: Original strand, 16174023 - 16174512
Alignment:
Q  8 cttcattctctccactcatttcttccaatgattttccattagcttctggaacaagaaacgtgaaaaatataccaagacaattaaccacagcaagcaaaat 107  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || | ||| || ||||| || ||| | || || |||| | | || | |||| ||||||  ||    
T  16174023 cttcattctctccactcaactcttccaatgattttccctttgattccgggacaagtaaagtgcataacatcccaacaaagttgatcacaccaagcatgat 16174122  T
Q  108 aagagtgttcttcattccaataccagcagggtaccctgcatctctcttttttggatccttactttgtgaagcatataagaatccaaatgcacctataatt 207  Q
    ||||| |||||| || |||||||| |  |||||||||  |||  ||||  | ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||    
T  16174123 aagagagttcttaatcccaataccggttgggtaccctttatcggtcttggtaggatctttactttgtgcagcatacaagaatccaaatgcaccaacaatt 16174222  T
Q  208 gctccagctttccctgctgcagaggatataccatgacatgtagacctcaacctagccgggaaaatctcggcaggtacaacaaaagtggttgaatttggac 307  Q
    ||||| || || ||||| ||||  ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || || | ||||||||    
T  16174223 gctcctgcctttcctgcagcagctgatattccatgacaggtagaccttaacctagccggaaaaatctctgccggtacaacaaatgttgtagcatttggac 16174322  T
Q  308 caaaatttgcaaagaaaaaagtcattgcgtacataacaagaaatccaattctgttttctctcttagtccaatgatcatacggaatagcgagcgcaaacat 407  Q
    ||||||| |||||||| || || | || |||||| |||| ||| |||||||| || |||  |||  ||||||||||||| || || || || ||||||||    
T  16174323 caaaattagcaaagaagaatgttagtgagtacattacaacaaacccaattctattctcttccttgctccaatgatcatatggtatggcaagagcaaacat 16174422  T
Q  408 aaacacagtcataaagaag-atcccattagttgtattgcaaaacgaccaataacgtcgataaaagccaccgtgaaccagtatccgggaac 496  Q
     || |||||||| |||||| ||||||| | ||| || || |||||||| ||    |||||||| || || ||||||||||| || |||||    
T  16174423 gaaaacagtcatgaagaagaatcccatcatttgaatagcgaaacgacccatgtgatcgataaatgcgactgtgaaccagtagcccggaac 16174512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 160 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 33110287 - 33109959
Alignment:
Q  160 ggatccttactttgtgaagcatataagaatccaaatgcacctataattgctccagctttccctgctgcagaggatataccatgacatgtagacctcaacc 259  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| || ||||| ||||  || || || ||||| ||||| || | ||    
T  33110287 ggatccttactttgtgcagcatataaaaatccaaatgcaccaacaattgctccagcctttcctgcagcagctgagattccgtgacaggtagatctaagcc 33110188  T
Q  260 tagccgggaaaatctcggcaggtacaacaaaagtggttgaatttggaccaaaatttgcaaagaaaaaagtcattgcgtacataacaagaaatccaattct 359  Q
    | ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| | ||||||||| ||||| ||||| || ||||| | || |||||| |||| ||| ||||||||    
T  33110187 ttgccgggaaaatctcggctggaacaacaaatgtggtagcatttggaccgaaattggcaaaaaagaaagttaatgagtacattacaacaaacccaattct 33110088  T
Q  360 gttttctctcttagtccaatgatcatacggaatagcgagcgcaaacataaacacagtcataaagaag-atcccattagttgtattgcaaaacgaccaata 458  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| || || ||||| |||||| | ||||| | ||| || ||||||||||| ||     
T  33110087 gttttctttcttagtccaatgatcataaggtatagctagagcaaacatgaagacggtcatgaagaagaaacccatcaattggatcgcaaaacgacccatg 33109988  T
Q  459 acgtcgataaaagccaccgtgaaccagta 487  Q
       |||||||| ||||| || ||||||||    
T  33109987 taatcgataaatgccactgtaaaccagta 33109959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 13 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 16185334 - 16184850
Alignment:
Q  13 ttctctccactcatttcttccaatgattttccattagcttctggaacaagaaacgtgaaaaatataccaagacaattaaccacagcaagcaaaataagag 112  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||||| || | ||| |||||||| || ||| | || || |||| | | || | |||| ||||||  |||||||    
T  16185334 ttctctccactcaactcttccaacgattttccctttgattccggaacaagtaatgtgcataacatcccaacaaagttgatcacaccaagcatgataagag 16185235  T
Q  113 tgttcttcattccaataccagcagggtaccctgcatctctcttttttggatccttactttgtgaagcatataagaatccaaatgcacctataattgctcc 212  Q
     |||||| || |||||||| |  || ||||||  |||  ||||  | ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  16185234 agttcttaatcccaataccggttggataccctttatcggtcttggtaggatctttactttgtgcagcatacaagaatccaaatgcaccaacaattgctcc 16185135  T
Q  213 agctttccctgctgcagaggatataccatgacatgtagacctcaacctagccgggaaaatctcggcaggtacaacaaaagtggttgaatttggaccaaaa 312  Q
     || || ||||| ||||  || || |||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||| || ||||||||||| || || | |||||||||||||    
T  16185134 tgcctttcctgcagcagctgagattccatgacaggtagaccttagcctagccggaaaaatctctgccggtacaacaaatgtcgtagcatttggaccaaaa 16185035  T
Q  313 tttgcaaagaaaaaagtcattgcgtacataacaagaaatccaattctgttttctctcttagtccaatgatcatacggaatagcgagcgcaaacataaaca 412  Q
    || |||||||| || || | || |||||| |||| ||| |||||||| || |||  |||  ||||||||||||| || || || || |||||||| || |    
T  16185034 ttagcaaagaagaatgtgagtgagtacattacaacaaacccaattctattctcttccttgctccaatgatcatatggtatggcaagtgcaaacatgaaaa 16184935  T
Q  413 cagtcataaagaag-atcccattagttgtattgcaaaacgaccaataacgtcgataaaagccaccgtgaaccagtatccgggaac 496  Q
    ||||||| |||||| ||||||| | ||| || || |||||||| ||    |||||||| || |||||||||||||| || |||||    
T  16184934 cagtcatgaagaagaatcccatcatttgaatagcgaaacgacccatgtgatcgataaatgctaccgtgaaccagtaacccggaac 16184850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 10 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 16224727 - 16224240
Alignment:
Q  10 tcattctctccactcatttcttccaatgattttccattagcttctggaacaagaaacgtgaaaaatataccaagacaattaaccacagcaagcaaaataa 109  Q
    |||||||||||||| |  |||||||| |||||||| || | ||| |||||||| || ||| | || || |||| | | || | |||| ||||||  ||||    
T  16224727 tcattctctccacttaactcttccaacgattttccctttgattccggaacaagtaatgtgcataacatcccaacaaagttgatcacaccaagcatgataa 16224628  T
Q  110 gagtgttcttcattccaataccagcagggtaccctgcatctctcttttttggatccttactttgtgaagcatataagaatccaaatgcacctataattgc 209  Q
    ||| |||||| || |||||||| |  |||||||||  |||  ||||  | ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||||    
T  16224627 gagagttcttaatcccaataccggttgggtaccctttatcggtcttggtaggatctttactttgtgcagcatacaagaatccaaatgcaccaacaattgc 16224528  T
Q  210 tccagctttccctgctgcagaggatataccatgacatgtagacctcaacctagccgggaaaatctcggcaggtacaacaaaagtggttgaatttggacca 309  Q
    ||| || || ||||| ||||  || || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || || | ||||||||||    
T  16224527 tcctgcctttcctgcagcagctgagattccatgacaggtagaccttaacctagccggaaaaatctctgccggtacaacaaatgtcgtagcatttggacca 16224428  T
Q  310 aaatttgcaaagaaaaaagtcattgcgtacataacaagaaatccaattctgttttctctcttagtccaatgatcatacggaatagcgagcgcaaacataa 409  Q
    ||||| |||||||| || || | || ||| || |||| ||| |||||||| || |||  |||  ||||||||||||| || || || || |||||||| |    
T  16224427 aaattagcaaagaagaatgtgagtgagtatattacaacaaacccaattctattctcttccttgctccaatgatcatatggtatggcaagtgcaaacatga 16224328  T
Q  410 acacagtcataaagaag-atcccattagttgtattgcaaaacgaccaataacgtcgataaaagccaccgtgaaccagtatccgggaac 496  Q
    | |||||||| |||||| ||||||| | ||| || || |||||||| ||    |||||||| || || ||||||||||| || |||||    
T  16224327 aaacagtcatgaagaagaatcccatcatttgaatagcgaaacgacccatgtgatcgataaacgctactgtgaaccagtaacccggaac 16224240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 177 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 33116311 - 33116131
Alignment:
Q  177 agcatataagaatccaaatgcacctataattgctccagctttccctgctgcagaggatataccatgacatgtagacctcaacctagccgggaaaatctcg 276  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||||  |||||||||||||| || || |||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||     
T  33116311 agcatacaagaaaccaaaagcacctaccattgctccagcttttccagcagcagcggatataccatgacatgttgaccttagccttgccgggaaaatctct 33116212  T
Q  277 gcaggtacaacaaaagtggttgaatttggaccaaaatttgcaaagaaaaaagtcattgcgtacataacaagaaatccaatt 357  Q
    || || || ||||| || |||| ||||||||||||||| |||||||| || |||| ||  ||||| |||| ||| ||||||    
T  33116211 gccggaaccacaaacgtcgttgcatttggaccaaaattagcaaagaagaatgtcaatgaatacatgacaacaaaaccaatt 33116131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 229 - 425
Target Start/End: Original strand, 30619772 - 30619968
Alignment:
Q  229 gaggatataccatgacatgtagacctcaacctagccgggaaaatctcggcaggtacaacaaaagtggttgaatttggaccaaaatttgcaaagaaaaaag 328  Q
    |||||||| || ||||| || || || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| || || ||||| || ||||| ||||    
T  30619772 gaggatattccgtgacaagttgatctaaacctagccgggaaaatctcggcaggcacaacgaaagtggttgcattaggtccgaaattcgcgaagaagaaag 30619871  T
Q  329 tcattgcgtacataacaagaaatccaattctgttttctctcttagtccaatgatcatacggaatagcgagcgcaaacataaacacagtcataaagaa 425  Q
    | |  |  || |  |||| |||||| |||||||| ||| | |  ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| || |||||||||||    
T  30619872 ttaaggaataaagtacaacaaatccgattctgttctctttatgtgtccagtgatcataaggaatagcaagtgcaaacataaaaactgtcataaagaa 30619968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 217 - 435
Target Start/End: Original strand, 30615006 - 30615225
Alignment:
Q  217 ttccctgctgcagaggatataccatgacatgtagacctcaacctagccgggaaaatctcggcaggtacaacaaaagtggttgaatttggaccaaaatttg 316  Q
    |||||||||||||| || || |||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||| || || |||||||    
T  30615006 ttccctgctgcagacgacattccatgacaagttgatctaaacctagccgggaaaatctcggcaggcacaacaaatgtggtagtattaggcccgaaatttg 30615105  T
Q  317 caaagaaaaaagtcattgcgtacataacaagaaatccaattctgttttctctcttagtccaatgatcatacggaatagcgagcgcaaacataaacacagt 416  Q
    | ||||| || || |  || || |  |||  ||| |||||| |||| ||| |  | ||||| |||||| | |||||||| |  ||||||||||| || ||    
T  30615106 cgaagaagaaggttaaggcataaagcacagcaaacccaattttgttctctgttattgtccagtgatcaaaaggaatagcaattgcaaacataaaaactgt 30615205  T
Q  417 cataaagaag-atcccatta 435  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  30615206 cataaagaagaatcccatta 30615225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University