View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15589_low_4 (Length: 720)

Name: NF15589_low_4
Description: NF15589
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15589_low_4
NF15589_low_4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-720)||(37762554-37763258)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 661; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 661; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 720
Target Start/End: Original strand, 37762554 - 37763258
Alignment:
Q  16 atgaactactaacctcaatcgcacaagcccaaaacatcgaacaactctactccatattgtccccttacaatggcagacaactttcaattcgtttcatggt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  37762554 atgaactactaacctcaatcgcacaaacccaaaacatcgaacaactctactccatattgtccccttacaatggcagacaactttcaattcgtttcatgat 37762653  T
Q  116 ttcaattctctcccgcgaacccgattggcaacgctccctcgcaattctcgattggatgaacgaaatagctcaatattcaccttcccttaacgcttacaat 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37762654 ttcaattctctcccgcgaacccgattggcaacgctccctcgcaattctcgattggatgaacgaaatagctcaatattcaccttcccttaacgtttacaat 37762753  T
Q  216 gttgttattcgtaatgtacttcgtgctaaacaatggcaacttgcacatggactgttcgatgaaatgcttcaaaagggtctttcacctgataagtacactt 315  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37762754 gttgttattcgcaatgtacttcgtgcgaaacaatggcaacttgcacatggactgttcgacgaaatgcttcaaaagggtctttcacctgataagtacactt 37762853  T
Q  316 actcaacgctcattacacatttcagtaaacaaggtttgtttgattcttctttcttttggctgcaacaaatggaacgtcgtaatgtttccggtgaccttgt 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  37762854 actcaacgctcattacacatttcagtaaacaaggtttgtttgattcttctttcttttggctgcaacaaatggaacgtgataatgtttccggtgaccttgt 37762953  T
Q  416 tttgtatagtaatttgattgagctttctcggaagttgtgtgattattccaaggcaatttccatttttaatacgttgaaaggttccggtaatattgtacct 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37762954 tttgtatagtaatttgattgagctttctcggaagttgtgtgattattccaaggcaatttccatttttaatgcgttgaaaggttccggtaatattgtacct 37763053  T
Q  516 gatcttattgcttataatacgatgattagtgtgtatggtaaggctaagctttttcgtgaggctcggcttcttcttcaggagatgagagataatggtgtta 615  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37763054 gatcttattgcttgtaatatgatgattagtgtgtatggtaaggctaagctttttcgtgaggctcggcttcttcttcaggagatgagagataatggtgtta 37763153  T
Q  616 acccgagtaccgctagttactcgacacttcttgcgatttatgttgataatcagaagtttgttgaggcggtttctttgttttctgaaatgaacgaagttga 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37763154 acccgagtaccgctagttactcgacacttcttgcgatttatgttgataatcagaagtttgttgaggcggtttctttgttttctgaaatgaacgaagttga 37763253  T
Q  716 atgtc 720  Q
    |||||    
T  37763254 atgtc 37763258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University