View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15593_low_1 (Length: 742)

Name: NF15593_low_1
Description: NF15593
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15593_low_1
NF15593_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (15-723)||(45106839-45107547)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 668; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 668; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 723
Target Start/End: Original strand, 45106839 - 45107547
Alignment:
Q  15 tgaaaccatgattatgaatataaccacacaatatattttcggacggatatcctgcattcaaaagtatatttgatcaagaacagaaaattaaaaataaaag 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45106839 tgaaaccatgattatgaatataaccacacaatatattttcggacggatatcctgcattcataagtatatttgatcaagaacagaaaatttaaaataaaag 45106938  T
Q  115 catactcaatttctacggttaattcaattttttccctagaaaatgtgtgtgatgaaggggagagattttagtacttacatttctatccaatgcggtagag 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  45106939 catactcaatttctacggttaattcaattttttccctagaaaatgtgtgtgatgaaggggagagattttagtacatacatttctatccaatgcggtagag 45107038  T
Q  215 tacatgtttacttccacaacacctttgcagttcaaaagtagggcaagggagataccatcctttaaaggcatgttgaaaatgagtgaagatagaaagcatg 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45107039 tacatgtttacttccacaacacctttgcagttcaaaagtagggcaagggagataccatcctttaaaggcatgttgaaaatgagtgaagatagaaagcatg 45107138  T
Q  315 ctaccatttttaaaaaataacccgtaaataaaacaaacagagaagtctcaagtgttgatcctgaatatgatgatctccaaaatccatattctaccttcat 414  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45107139 ctaccatttttaaaaaataaccagtaaataaaacaaacaaagaagtctcaagtgttgatcctgaatatgatgatctccaaaatccatattctaccttcat 45107238  T
Q  415 tgtgcttgtagtcatgtaaattggcaaaaacaatttaatgcctaacaaatgaacccttttaatcaatgtagatcctaatggaggtccttcaggtgtagcc 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45107239 tgtgcttgtagtcatgtaaattggcaaaaacaatttaatgcctaacaaatgaacccttttaatcaatgtagatcctaatggaggtccttcaggtgtagcc 45107338  T
Q  515 aatcccaaaatgaatggtnnnnnnncaggacccttttctaattctcctgataaccaacacaaacaaaagagaatcccaataacaatgttgatgtaaatat 614  Q
    ||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45107339 aatcccaaaatgaatggtaaaaaaacaggacccttttctaattctcctgataaccaacacaaacaaaagagaatcccaataacaatgttgatgtaaatat 45107438  T
Q  615 ccttaacttcttttccttcaggagtatgttcaacaatccaaaacattgcaggacggtagattaataaaatgaagagagtgatggcaaataaatatcccaa 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45107439 ccttaacttcttttccttcaggagtatgttcaacaatccaaaacattgcaggacggtagattaataaaatgaagagagtgatggcaaataaatatcccaa 45107538  T
Q  715 cctcatgac 723  Q
    |||||||||    
T  45107539 cctcatgac 45107547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University