View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15601_low_8 (Length: 387)

Name: NF15601_low_8
Description: NF15601
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15601_low_8
NF15601_low_8
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (175-384)||(2333351-2333560)
chr7 (9-173)||(668178-668344)
chr7 (9-172)||(38071898-38072063)
chr7 (9-172)||(37864190-37864355)
chr7 (16-172)||(17145622-17145781)
chr7 (9-172)||(668986-669151)
chr7 (17-172)||(4261487-4261644)
chr7 (9-167)||(7677422-7677582)
chr7 (62-172)||(38778854-38778966)
chr7 (62-174)||(17145808-17145922)
chr7 (62-172)||(38072227-38072339)
chr7 (62-167)||(4261210-4261317)
chr7 (62-173)||(38779500-38779612)
chr7 (72-167)||(7677755-7677852)
chr7 (97-172)||(37468976-37469053)
chr7 (78-172)||(41194513-41194608)
chr7 (117-172)||(37468910-37468967)
[»] chr4 (29 HSPs)
chr4 (11-172)||(11417687-11417850)
chr4 (9-172)||(26611166-26611331)
chr4 (9-172)||(10424123-10424288)
chr4 (9-172)||(21166258-21166423)
chr4 (9-172)||(29651215-29651380)
chr4 (9-171)||(26610346-26610511)
chr4 (9-172)||(39522375-39522540)
chr4 (11-172)||(9939125-9939285)
chr4 (14-172)||(36865605-36865765)
chr4 (11-172)||(38694836-38695002)
chr4 (14-167)||(29650420-29650575)
chr4 (11-167)||(38143622-38143780)
chr4 (9-173)||(45230364-45230530)
chr4 (9-172)||(21165447-21165612)
chr4 (9-172)||(45235843-45236008)
chr4 (9-172)||(10424942-10425107)
chr4 (10-131)||(31835191-31835312)
chr4 (9-166)||(36864823-36864980)
chr4 (9-172)||(31836342-31836508)
chr4 (62-172)||(11417873-11417985)
chr4 (62-154)||(38143506-38143600)
chr4 (62-172)||(9939307-9939419)
chr4 (62-172)||(38694702-38694814)
chr4 (72-173)||(39523217-39523320)
chr4 (9-130)||(36451311-36451431)
chr4 (72-131)||(11806134-11806193)
chr4 (63-158)||(36450742-36450839)
chr4 (74-158)||(25970120-25970205)
chr4 (63-172)||(25970740-25970851)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (9-173)||(21471837-21472003)
chr2 (9-172)||(21471017-21471182)
chr2 (9-172)||(37547998-37548165)
chr2 (11-172)||(38834387-38834550)
chr2 (63-172)||(14573936-14574047)
chr2 (62-172)||(38834572-38834684)
chr2 (39-172)||(13134318-13134453)
chr2 (62-172)||(14573261-14573372)
chr2 (75-174)||(4479651-4479752)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (9-172)||(15083201-15083366)
chr6 (9-172)||(33480511-33480676)
chr6 (9-171)||(15082398-15082562)
chr6 (10-172)||(22579935-22580099)
chr6 (11-167)||(3542819-3542977)
chr6 (9-167)||(33479701-33479862)
chr6 (11-174)||(33018165-33018330)
chr6 (9-167)||(22587193-22587353)
chr6 (62-173)||(3542999-3543112)
chr6 (40-172)||(33018330-33018464)
chr6 (11-172)||(7193338-7193492)
chr6 (62-172)||(7193514-7193626)
chr6 (67-167)||(22582420-22582522)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (9-172)||(15183900-15184065)
chr5 (9-172)||(33002699-33002864)
chr5 (9-174)||(15183086-15183254)
chr5 (9-172)||(686417-686581)
chr5 (9-167)||(687231-687391)
chr5 (27-172)||(8204120-8204267)
chr5 (11-172)||(8040195-8040358)
chr5 (62-172)||(12190094-12190206)
chr5 (62-172)||(36626566-36626678)
chr5 (62-172)||(8040380-8040492)
chr5 (72-167)||(33001937-33002034)
chr5 (11-54)||(36626501-36626544)
[»] chr3 (24 HSPs)
chr3 (9-167)||(45242071-45242231)
chr3 (9-172)||(44686255-44686419)
chr3 (9-172)||(41755499-41755664)
chr3 (11-167)||(32490080-32490238)
chr3 (9-172)||(45242870-45243035)
chr3 (9-167)||(3970997-3971157)
chr3 (9-172)||(36750321-36750485)
chr3 (9-167)||(38922748-38922908)
chr3 (9-172)||(41756315-41756480)
chr3 (9-167)||(3998724-3998884)
chr3 (11-173)||(19132697-19132861)
chr3 (9-172)||(52491891-52492051)
chr3 (9-172)||(38923548-38923713)
chr3 (9-131)||(3997971-3998093)
chr3 (9-131)||(3971785-3971907)
chr3 (21-172)||(44687058-44687211)
chr3 (62-173)||(19132562-19132675)
chr3 (62-170)||(36750047-36750157)
chr3 (62-172)||(52492215-52492327)
chr3 (68-173)||(32489945-32490052)
chr3 (19-131)||(45500516-45500626)
chr3 (63-114)||(8427276-8427326)
chr3 (144-172)||(3971239-3971267)
chr3 (144-172)||(3998614-3998642)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (11-172)||(34992149-34992312)
chr8 (9-172)||(41859310-41859475)
chr8 (9-173)||(32536707-32536873)
chr8 (9-173)||(38023623-38023789)
chr8 (9-167)||(32537371-32537528)
chr8 (9-165)||(37639718-37639876)
chr8 (9-172)||(41859979-41860144)
chr8 (62-172)||(5034898-5035010)
chr8 (62-172)||(34992015-34992127)
chr8 (72-172)||(5035222-5035324)
chr8 (9-98)||(38024414-38024502)
chr8 (9-54)||(37640480-37640525)
[»] chr1 (25 HSPs)
chr1 (9-172)||(51975110-51975275)
chr1 (9-173)||(48971704-48971870)
chr1 (9-172)||(48972328-48972493)
chr1 (9-173)||(16270206-16270373)
chr1 (9-172)||(38930312-38930477)
chr1 (9-172)||(51974437-51974602)
chr1 (14-172)||(16271036-16271196)
chr1 (11-172)||(43737729-43737892)
chr1 (9-173)||(9947994-9948160)
chr1 (11-172)||(23440617-23440779)
chr1 (9-130)||(6076751-6076871)
chr1 (40-173)||(23440779-23440914)
chr1 (62-173)||(9948823-9948936)
chr1 (9-167)||(38931129-38931290)
chr1 (62-172)||(43737914-43738026)
chr1 (27-173)||(50826992-50827139)
chr1 (62-173)||(193849-193961)
chr1 (72-158)||(6075988-6076076)
chr1 (80-131)||(27888714-27888765)
chr1 (9-131)||(47334242-47334362)
chr1 (12-131)||(31390713-31390828)
chr1 (17-130)||(12925917-12926028)
chr1 (75-131)||(40649516-40649572)
chr1 (135-172)||(1013483-1013520)
chr1 (63-115)||(37725438-37725489)
[»] scaffold0311 (1 HSPs)
scaffold0311 (9-172)||(42-208)
[»] scaffold0332 (1 HSPs)
scaffold0332 (30-173)||(9162-9307)
[»] scaffold0041 (3 HSPs)
scaffold0041 (72-172)||(27221-27323)
scaffold0041 (85-172)||(27534-27623)
scaffold0041 (9-51)||(27496-27538)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 175 - 384
Target Start/End: Original strand, 2333351 - 2333560
Alignment:
Q  175 tgtgtttggtgcaacacatgataagaaataacattattttttaaacattttccattaattcatgcattactcaaatcaaaccagaaaaattacaaaatta 274  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2333351 tgtgtttggtgcaacacatgataagaaataacattattttttaaacattttccattaattcatgcattactcaaatcaaaccagaaaaattacaaaatta 2333450  T
Q  275 caaaccactgttcgtgcataagttgaaattggagatgcaattattgtgttccaggaaaacaattcttgtgtatgtataaattacgacccaaacgaattac 374  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||| ||||||||||  | |||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  2333451 caaaccactgttcgtgcataaatggaaattggagaatcaattgttgtgttccataagaacaattcttgtatatgtagaaattacgaaccaaacgaattac 2333550  T
Q  375 atgaagaagg 384  Q
    | ||||||||    
T  2333551 aagaagaagg 2333560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 9 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 668344 - 668178
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  668344 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctggtggttgagagagtatgataggaatatgttcttcatttaa 668245  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacaccc 173  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  668244 tctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcaccc 668178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 38072063 - 38071898
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38072063 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 38071964  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||   ||| ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  38071963 tctaatggacatgatcaactttcccatgatgggaaagaactctcctttcctaaattaaatggcacc 38071898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 37864190 - 37864355
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  37864190 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgtttctcatttaa 37864289  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  37864290 tctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactcttatttcccaaattaaatggcacc 37864355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 17145781 - 17145622
Alignment:
Q  16 tgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnn-taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaat 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17145781 tgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaatctaat 17145682  T
Q  115 ggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17145681 ggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 17145622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 668986 - 669151
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  668986 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttga 669085  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |  |||| ||| ||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  669086 tctaatggatatgatcaactttcctatggtgggaaaaaactctcatttcccaaattaaatggcacc 669151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 17 - 172
Target Start/End: Original strand, 4261487 - 4261644
Alignment:
Q  17 gtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatgg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  4261487 gtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctaatggttgagagagtatgatagaaatatgttcctcatttaatctaatgg 4261586  T
Q  117 acatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    | ||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  4261587 agatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcctaaattaaatggcacc 4261644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 9 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 7677582 - 7677422
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||       |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  7677582 gtatgagtctgtggggacatgaaagagagagtgtaaaagatagtataaaaaaataatttagtggttgagagagtatgatagaaatatgttcctcatttaa 7677483  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatg 167  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  |||| ||| || |||||||||||||||||||||    
T  7677482 tctaatggacatgatcaactttttcatggtgggaaagaattctcctttcccaaattaaatg 7677422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 38778966 - 38778854
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||||||||||||    
T  38778966 taatctagtggttgagagagtatgataggaatatgctcctcatttaatctaatggatatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaa 38778867  T
Q  160 attaaatgacacc 172  Q
    |||||||| ||||    
T  38778866 attaaatggcacc 38778854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 62 - 174
Target Start/End: Original strand, 17145808 - 17145922
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctc--agtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||  |||| ||||||||||||||||    
T  17145808 taatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttattcatttaatctaatggacatgatcaactttcccatagtaaaaaagaactctcctttcccaa 17145907  T
Q  160 attaaatgacacccg 174  Q
    |||||||| ||||||    
T  17145908 attaaatggcacccg 17145922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Original strand, 38072227 - 38072339
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||| ||||||||    
T  38072227 taatctagtggttgagagagtatgataagaatgtattcatcatttaatctaatggacatgatcaactttcccatggtggaaaagaactctcatttcccaa 38072326  T
Q  160 attaaatgacacc 172  Q
    |||||||| ||||    
T  38072327 attaaatggcacc 38072339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 62 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 4261317 - 4261210
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||| ||||||||||||| ||    
T  4261317 taatctagtggttgagagagtatgataagaatgtattcctcatttaatctaatggacatgatcaactttcccatggtagaaaagaactctcctttcctaa 4261218  T
Q  160 attaaatg 167  Q
    ||||||||    
T  4261217 attaaatg 4261210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 62 - 173
Target Start/End: Original strand, 38779500 - 38779612
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||||||||||||    
T  38779500 taatctagtg-ttgagagagtattataagaatatattcctcatttaatctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaa 38779598  T
Q  160 attaaatgacaccc 173  Q
    |||||||| |||||    
T  38779599 attaaatggcaccc 38779612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 72 - 167
Target Start/End: Original strand, 7677755 - 7677852
Alignment:
Q  72 gttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatg 167  Q
    ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7677755 gttgagagaatatgataagaatgtgttcctcatttaatctaatgaacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatg 7677852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 97 - 172
Target Start/End: Original strand, 37468976 - 37469053
Alignment:
Q  97 ttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37468976 ttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 37469053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 78 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 41194608 - 41194513
Alignment:
Q  78 agagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41194608 agagtatgataagaatatgttcctcatt-aatttaatggacatgattaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 41194513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 117 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 37468967 - 37468910
Alignment:
Q  117 acatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37468967 acatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 37468910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 29)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 11 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 11417850 - 11417687
Alignment:
Q  11 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11417850 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaatataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaatc 11417751  T
Q  111 taatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11417750 taatggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 11417687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 26611166 - 26611331
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26611166 gtatgagtgtgtggggacatgaaagagagagtgtaaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 26611265  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26611266 tctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaaaaactctcctttcccaaattaaatgacacc 26611331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 10424288 - 10424123
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  10424288 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgatagaaatatgttcctcatttaa 10424189  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    |||||||||||||||||||||||  |  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10424188 tctaatggacatgatcaactttcctatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 10424123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 21166258 - 21166423
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21166258 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 21166357  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||   ||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  21166358 tctaatggacatgatcaactttcccatgatgggaaagaactctcctttctcaaattaaatggcacc 21166423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 29651215 - 29651380
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29651215 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 29651314  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    |||||| || ||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29651315 tctaatagatatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 29651380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 9 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 26610511 - 26610346
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnn-taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcattta 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26610511 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcattta 26610412  T
Q  108 atctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacac 171  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||  |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26610411 atctaatggacatgatcaattttcccatggtgggaaagaactctcatttcccaaattaaatgacac 26610346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 39522540 - 39522375
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39522540 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagggagtgcgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 39522441  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||  ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39522440 tctaatggatatgatcaactttcccatggtgaaaaagaactatcctttcccaaattaaatgacacc 39522375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 11 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 9939285 - 9939125
Alignment:
Q  11 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatc 110  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  9939285 atgggtgtgtggggatatgaaagagagaatgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataagaatatgtttctcatttaatc 9939186  T
Q  111 taatggacatgatcaactttctcagtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||| || | ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9939185 taatggacatgatcaactttccca-tagaaaagaactctactttcccaaattaaatgacacc 9939125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 14 - 172
Target Start/End: Original strand, 36865605 - 36865765
Alignment:
Q  14 ggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36865605 ggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtaaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaatctaa 36865704  T
Q  114 tggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    |||| ||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36865705 tggatatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatgtcacc 36865765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 11 - 172
Target Start/End: Original strand, 38694836 - 38695002
Alignment:
Q  11 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagta---tnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcattta 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |       |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38694836 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgatatgaatattttcctcattta 38694935  T
Q  108 atctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38694936 atctaatagacatgatcaactttctcatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 38695002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 29650575 - 29650420
Alignment:
Q  14 ggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaa 113  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29650575 ggtgtgtggggacatgaaaaagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaatctaa 29650476  T
Q  114 tggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatg 167  Q
    |||||||||||||||||| ||   ||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  29650475 tggacatgatcaactttcccaagatggaaaagaactctcatttcccaaattaaatg 29650420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 11 - 167
Target Start/End: Original strand, 38143622 - 38143780
Alignment:
Q  11 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatc 110  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38143622 atgggtgtgtgaggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaatc 38143721  T
Q  111 taatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatg 167  Q
    |||||||||||| |||||||| ||  |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  38143722 taatggacatgaccaactttcccatggtgggaaagaactctcatttcccaaattaaatg 38143780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 9 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 45230530 - 45230364
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  45230530 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 45230431  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacaccc 173  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||| |||||| ||||||||| |||||    
T  45230430 tctaatgaatatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcttttcccgaattaaatggcaccc 45230364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 21165612 - 21165447
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  21165612 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagactgtgaaagatagtataaaaaattaatctagtggttgagagagtatgatagaaatatgttcctcatttaa 21165513  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    || |||||||||||||||||||||||  |||| ||| |||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  21165512 tcaaatggacatgatcaactttctcatggtgggaaagaactattctttcccaaattaaatggcacc 21165447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 45235843 - 45236008
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||    
T  45235843 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagaatatgatagaaatatgttcctcatttaa 45235942  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||  |||| ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  45235943 tctaatggacatgattaactttcccatggtgggaaagaactctccttttccaaattaaatggcacc 45236008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 10424942 - 10425107
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  10424942 gtatgggtgtgaggggacatgaaagagagagtgtgaaagataatataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatattcctcatttaa 10425041  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  10425042 tctaatggatatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcctaaattaaatggcacc 10425107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 10 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 31835312 - 31835191
Alignment:
Q  10 tatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaat 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  31835312 tatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaagataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcgtttaat 31835213  T
Q  110 ctaatggacatgatcaactttc 131  Q
    ||||||||||| ||||||||||    
T  31835212 ctaatggacataatcaactttc 31835191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 9 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 36864980 - 36864823
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||  | |||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  36864980 gtatgggagtgtggggacatgaaagagag--tatgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgtttctcatttaa 36864883  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaat 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||  ||| |||||||||||||||||||||||    
T  36864882 tctaatggacatgatcaactttctcatggtgagaaagaactctcctttcccaaattaaat 36864823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 31836342 - 31836508
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnn-taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcattta 107  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||        |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  31836342 gtatgggtgtgtgggggcataaaagagagagtgtgaaagataatataaaaaaaataatctagtggttgagagagtatgatagaaatatgttcctcattta 31836441  T
Q  108 atctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  31836442 atctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttctcaaattaaatggcacc 31836508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Original strand, 11417873 - 11417985
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||||||||||||    
T  11417873 taatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaa 11417972  T
Q  160 attaaatgacacc 172  Q
    |||||||||||||    
T  11417973 attaaatgacacc 11417985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 62 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 38143600 - 38143506
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctccttt 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||| |||||||||||    
T  38143600 taatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttcctatggtggaaaagaactctccttt 38143506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Original strand, 9939307 - 9939419
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||| ||| ||||| |||||| |||    
T  9939307 taatatagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaacttttccatggtgggaaagaactcccctttctcaa 9939406  T
Q  160 attaaatgacacc 172  Q
    |||||||| ||||    
T  9939407 attaaatggcacc 9939419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 38694814 - 38694702
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||  ||   ||| ||| ||||||||||| ||||    
T  38694814 taatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaatctaatgaatatgatcaacttttccatgctgggaaagaactctccttttccaa 38694715  T
Q  160 attaaatgacacc 172  Q
    |||||||| ||||    
T  38694714 attaaatggcacc 38694702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 72 - 173
Target Start/End: Original strand, 39523217 - 39523320
Alignment:
Q  72 gttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgac 169  Q
    |||||||||||||| ||   || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  39523217 gttgagagagtatggtaaagatgtattcctcatttaatctaatggacatgatcaactttcccatggtggaaaagaactctcctttcccaaattaaatggc 39523316  T
Q  170 accc 173  Q
    ||||    
T  39523317 accc 39523320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 9 - 130
Target Start/End: Original strand, 36451311 - 36451431
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||  ||| |||||||| |       |||||||||| ||||||||||| |||| | || ||||  ||||||||    
T  36451311 gtatgagtatgtggggacatgaaagagagatggtggaagatagtgtaaaacaataatctagtg-ttgagagagtaggataaggatttgtttttcatttaa 36451409  T
Q  109 tctaatggacatgatcaacttt 130  Q
    |||||||||||| |||||||||    
T  36451410 tctaatggacataatcaacttt 36451431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 11806193 - 11806134
Alignment:
Q  72 gttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttc 131  Q
    |||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11806193 gttgagagagtaggataaaaatgtgttcctcatttaatctaatggacatgattaactttc 11806134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 63 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 36450839 - 36450742
Alignment:
Q  63 aatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttccca 158  Q
    |||||||||  |||||||||| ||||   || |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||  |||||||| ||||| |||||||||    
T  36450839 aatctagtgtatgagagagtaggataaagatttgttactcatttaatccaatggacataatcaactttcccatggtggaaaacaactcccctttccca 36450742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 74 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 25970205 - 25970120
Alignment:
Q  74 tgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttccca 158  Q
    |||||||||||||||   || |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||| ||| ||||| |||||||||    
T  25970205 tgagagagtatgataaagatttgtttctcatttaatctaatggacat-atcaactttcccatggtgggaaacaactcccctttccca 25970120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 63 - 172
Target Start/End: Original strand, 25970740 - 25970851
Alignment:
Q  63 aatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaa 160  Q
    |||||||||  |||||||||| ||||   || |||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||  |||| ||| ||||| | ||||||| |    
T  25970740 aatctagtgtatgagagagtaggataaagatttgttactcatttaattcaatggacataatcaactttctcatggtgggaaacaactcccttttcccata 25970839  T
Q  161 ttaaatgacacc 172  Q
     |||||| ||||    
T  25970840 ctaaatgccacc 25970851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 111; Significance: 6e-56; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 9 - 173
Target Start/End: Original strand, 21471837 - 21472003
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21471837 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 21471936  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacaccc 173  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21471937 tctaatggatatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcaccc 21472003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 21471182 - 21471017
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  21471182 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggctgagagagtatgataggaatatgttcttcatttaa 21471083  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21471082 tctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 21471017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 37548165 - 37547998
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagag--tgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcattt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37548165 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagagtgtgaaagatggtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcattt 37548066  T
Q  107 aatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||   ||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37548065 aatctaatggacatgatcaactttcccatgatgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 37547998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 11 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 38834550 - 38834387
Alignment:
Q  11 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  38834550 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataaaaatatgttcctcatttaatc 38834451  T
Q  111 taatggacatgatcaactttctc--agtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||| |   |||| |||  || |||||||||||||||||||| ||||    
T  38834450 taatggacatgatcaactttcccgtggtgggaaagtaccctcctttcccaaattaaatggcacc 38834387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 63 - 172
Target Start/End: Original strand, 14573936 - 14574047
Alignment:
Q  63 aatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaa 160  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||| ||| |||||||||||||||||    
T  14573936 aatctagtggttgagagagtatgataggaatatgtttctcatttaatctaatggatatgatcaactttcttatggtgggaaagaactctcctttcccaaa 14574035  T
Q  161 ttaaatgacacc 172  Q
    ||||||| ||||    
T  14574036 ttaaatggcacc 14574047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Original strand, 38834572 - 38834684
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || | ||| ||||||||||||||||    
T  38834572 taatctagtggttgagagagtatgatagaaatatgttcttcatttaatctaatggacatgatcaactttcccacggtaggaaaaaactctcctttcccaa 38834671  T
Q  160 attaaatgacacc 172  Q
    |||||||| ||||    
T  38834672 attaaatggcacc 38834684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 39 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 13134453 - 13134318
Alignment:
Q  39 gtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gt 136  Q
    ||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |  ||    
T  13134453 gtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgatagagtatgatagaaatatgttcctcatttaatttaatggacatgatcaactttcctatggt 13134354  T
Q  137 ggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13134353 gggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 13134318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 14573372 - 14573261
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||||||||||||    
T  14573372 taatctagtg-ttgagagagtatgataaaaatatattcctcatttaatctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaaaaactctcctttcccaa 14573274  T
Q  160 attaaatgacacc 172  Q
    |||||||| ||||    
T  14573273 attaaatggcacc 14573261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 75 - 174
Target Start/End: Original strand, 4479651 - 4479752
Alignment:
Q  75 gagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  |||  ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4479651 gagagagtatgataagaatatgttcctcatttaatctaatggacatgattaactttcccatggtgagaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 4479750  T
Q  173 cg 174  Q
    ||    
T  4479751 cg 4479752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 15083201 - 15083366
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15083201 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 15083300  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    |||||| || ||||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15083301 tctaatagatatgatcaactttctcatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 15083366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 33480511 - 33480676
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33480511 gtatgggtgtgtgggaacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 33480610  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33480611 tctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 33480676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 9 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 15082562 - 15082398
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15082562 gtatgggtgtgtagggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 15082463  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacac 171  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||   ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15082462 tctaatggacatgatcaactttcccatgatggaaaagaactctcatttcccaaattaaatgacac 15082398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 10 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 22580099 - 22579935
Alignment:
Q  10 tatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaat 109  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22580099 tatgggtgtgtagggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtgattgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaat 22580000  T
Q  110 ctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22579999 ctaatggatatgatcaactttcccatggtggaaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 22579935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 11 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 3542977 - 3542819
Alignment:
Q  11 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatc 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3542977 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtttaaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaatc 3542878  T
Q  111 taatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatg 167  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3542877 taatgaacatgatcaactttcccatggtgggaaaaaactctcctttcccaaattaaatg 3542819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 9 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 33479862 - 33479701
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnn-taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcattta 107  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  33479862 gtatgggtgtgtggggacatgaaatagagagtgtgaaagatagtataaaaaaaataatctagtggttgagagagtatgatagaaatatgttcctcattta 33479763  T
Q  108 atctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatg 167  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33479762 atctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaataactctcctttcccaaattaaatg 33479701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 11 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 33018330 - 33018165
Alignment:
Q  11 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  33018330 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctaatggttgagagagtatgataaaaatatgttcctcatttaatc 33018231  T
Q  111 taatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacccg 174  Q
    |||||||||||||||||||||  |   ||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33018230 taatggacatgatcaactttccaatgatgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacccg 33018165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 9 - 167
Target Start/End: Original strand, 22587193 - 22587353
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| ||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  22587193 gtatgggtgtgtggggacaggaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtgattgagtgagtataatagaaatatgttcctcatttaa 22587292  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatg 167  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22587293 tctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatg 22587353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 62 - 173
Target Start/End: Original strand, 3542999 - 3543112
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||||||||||||    
T  3542999 taatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaaaaactctcctttcccaa 3543098  T
Q  160 attaaatgacaccc 173  Q
    |||||||| |||||    
T  3543099 attaaatggcaccc 3543112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 40 - 172
Target Start/End: Original strand, 33018330 - 33018464
Alignment:
Q  40 tgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtg 137  Q
    |||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||    
T  33018330 tgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgatagaaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttcccatggtg 33018429  T
Q  138 gaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33018430 ggaaagaactctcctttcccaaattaaacgacacc 33018464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 11 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 7193492 - 7193338
Alignment:
Q  11 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatc 110  Q
    ||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||       ||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7193492 atgggtgtgtggggacatga------gagtgtgaaagatagtataaaaaaataatct---ggttgagagagtatgataagaatatgttcctcatttaatc 7193402  T
Q  111 taatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7193401 taatggagatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 7193338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Original strand, 7193514 - 7193626
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||   ||||||| |||||| ||||| |||    
T  7193514 taatctagtggttgagagagtatgatagaaatatattcctcatttaatctaatggatatgatcaactttcccatgatggaaaagaactctactttctcaa 7193613  T
Q  160 attaaatgacacc 172  Q
    |||||||| ||||    
T  7193614 attaaatggcacc 7193626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 67 - 167
Target Start/End: Original strand, 22582420 - 22582522
Alignment:
Q  67 tagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaa 164  Q
    ||||| ||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  22582420 tagtgattgagtgagtataatagaaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaa 22582519  T
Q  165 atg 167  Q
    |||    
T  22582520 atg 22582522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 15183900 - 15184065
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15183900 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagcataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 15183999  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15184000 tctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 15184065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 33002699 - 33002864
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33002699 gtatgagtgtttggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 33002798  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33002799 tctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatgacacc 33002864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 15183254 - 15183086
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  15183254 gtatgggtgtgtggggacatgaaagtgagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgatagaaatatgttcctcatttaa 15183155  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaat-aactctcctttcccaaattaaatgacacccg 174  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15183154 tctaatggacatgatcaactttctcatgatgggaaataaactctcctttcccaaattaaatggcacccg 15183086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 686581 - 686417
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||    
T  686581 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagaatatgataggaatatattcctcatttaa 686482  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  686481 tctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaa-aactctcctttcccaaattaaatggcacc 686417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 9 - 167
Target Start/End: Original strand, 687231 - 687391
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  687231 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatttagtgattgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 687330  T
Q  109 tctaatggacatgatcaacttt--ctcagtggaaaataactctcctttcccaaattaaatg 167  Q
    |||||||||||| |||||||||  |  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  687331 tctaatggacataatcaacttttccatagtggaaaagaactctcctttcccaaattaaatg 687391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 27 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 8204267 - 8204120
Alignment:
Q  27 atgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaa 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8204267 atgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagatagtatgataggaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaa 8204168  T
Q  127 ctttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8204167 ctttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 8204120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 11 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 8040358 - 8040195
Alignment:
Q  11 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatc 110  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  8040358 atggatgtgtagggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatgtagtggttgagagagtatgataagaatatattcctcatttaatc 8040259  T
Q  111 taatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||| ||   ||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  8040258 taatggacatgatcaactttcccacgatgggaaagaactgtcctttcccaaattaaatggcacc 8040195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Original strand, 12190094 - 12190206
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||| ||||||||    
T  12190094 taatctaatgattgagagagtatgatagaaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaaaaactctcttttcccaa 12190193  T
Q  160 attaaatgacacc 172  Q
    |||||||| ||||    
T  12190194 attaaatggcacc 12190206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Original strand, 36626566 - 36626678
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||| ||||||||    
T  36626566 taatctagtggttgagagagtatgataagaatatattccttatttaatataacggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcatttcccaa 36626665  T
Q  160 attaaatgacacc 172  Q
    |||||||| ||||    
T  36626666 attaaatggcacc 36626678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Original strand, 8040380 - 8040492
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||  |||| ||| || | |||||||||||    
T  8040380 taatctagtggttgagagagtatgatagaaatatgttccctatttaatctaatggacatgattaactttcccacggtgggaaagaaatttcctttcccaa 8040479  T
Q  160 attaaatgacacc 172  Q
    |||||||| ||||    
T  8040480 attaaatggcacc 8040492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 72 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 33002034 - 33001937
Alignment:
Q  72 gttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatg 167  Q
    ||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33002034 gttgagagaatatgataagaatgtattcctcatttaatctaatggacatgatcaacttttccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatg 33001937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 11 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 36626544 - 36626501
Alignment:
Q  11 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtat 54  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36626544 atgggtatgtggagacatgaaagagagaatgtgaaagatagtat 36626501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 109; Significance: 1e-54; HSPs: 24)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 9 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 45242231 - 45242071
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  45242231 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 45242132  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatg 167  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||   ||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  45242131 tctaatggacatgatcaactttcccatgatggaaaagaactctcatttcccaaattaaatg 45242071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 44686419 - 44686255
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  44686419 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgtttctcatttaa 44686320  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca-gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  44686319 tctaatggacatgatcaactttctcatggtgaaaaaaactctccttttccaaattaaatggcacc 44686255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 41755664 - 41755499
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  41755664 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatatagtggttgagagagtatgatagaaatatgttcctcatttaa 41755565  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41755564 tctaatgaacatgatcaattttctcatggtgggaaaaaactctcctttcccaaattaaatgacacc 41755499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 11 - 167
Target Start/End: Original strand, 32490080 - 32490238
Alignment:
Q  11 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32490080 atgggtgtgtggggacatgaaagagggagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaatc 32490179  T
Q  111 taatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatg 167  Q
    ||||||||||||||||||||  ||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32490180 taatggacatgatcaacttttccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatg 32490238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 45242870 - 45243035
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  45242870 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagataatataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 45242969  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    |||||| || ||||||||||||| ||  |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  45242970 tctaatagatatgatcaactttcccatggtggaaaagaactcttctttcccaaattaaatggcacc 45243035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 9 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 3971157 - 3970997
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3971157 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatcaagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 3971058  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatg 167  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||  ||| |||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  3971057 tctaatggacatgatcaacttttccatggtgaaaaaaaactctcatttcccaaattaaatg 3970997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 36750321 - 36750485
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  36750321 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaa-taatctagtggttgagagagtatgatagaaatatgttcctcatttaa 36750419  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36750420 tctaatgaacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 36750485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 9 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 38922908 - 38922748
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  38922908 gtatgggtgtgtgaggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgtttctcatttaa 38922809  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatg 167  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||  || | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38922808 tctaatggatatgatcaactttcccatggtaggaaataactctcctttcccaaattaaatg 38922748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 41756315 - 41756480
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41756315 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctaatggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 41756414  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||   ||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||||    
T  41756415 tctaatgaacatgatcaactttcccatgatgggaaagaactctcctttcctaacttaaatgacacc 41756480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 9 - 167
Target Start/End: Original strand, 3998724 - 3998884
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||       ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3998724 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtaaaagatagtataaaaaaataatcaagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 3998823  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatg 167  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||  ||| |||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  3998824 tctaatggacatgatcaacttttccatggtgaaaaaaaactctcatttcccaaattaaatg 3998884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 11 - 173
Target Start/End: Original strand, 19132697 - 19132861
Alignment:
Q  11 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatc 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||       ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19132697 atgggtgtgtggggacatgaaagagagaatgtgaaagataatataaaaaaataatccagtggttgagagagtatgataagaatatgttcctcatttaatc 19132796  T
Q  111 taatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacaccc 173  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  19132797 taatggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactttcctttcccaaattaaatggcaccc 19132861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 52492051 - 52491891
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  52492051 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgatagaaatatgttccttatttaa 52491952  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctcagtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||   | ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52491951 tctaatggacatgatcaacttttcca---ggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 52491891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 38923548 - 38923713
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  38923548 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgatagaaatatgttcctcatttaa 38923647  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||| |||| |||||||||  ||  |||| ||| ||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  38923648 tctaatgaacattatcaacttttccatggtgggaaagaactctcatttcccaaattaaatggcacc 38923713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 9 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 3998093 - 3997971
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  3998093 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgatagaaatatgttcctcatttaa 3997994  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttc 131  Q
    ||||||||| |||||||||||||    
T  3997993 tctaatggatatgatcaactttc 3997971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 9 - 131
Target Start/End: Original strand, 3971785 - 3971907
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  3971785 gtatgagtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgatagaaatatgttcctcatttaa 3971884  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttc 131  Q
    ||||||||| |||||||||||||    
T  3971885 tctaatggatatgatcaactttc 3971907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 21 - 172
Target Start/End: Original strand, 44687058 - 44687211
Alignment:
Q  21 ggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacat 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | ||    
T  44687058 ggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctaatggttgagagagtatgataggaatattttcctcatttaatctaatgaatat 44687157  T
Q  121 gatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||  ||  |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||    
T  44687158 gatcaacttttccatggtggaaaagaattctcctttcccaaattaaatggcacc 44687211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 62 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 19132675 - 19132562
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctc--agtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| | ||| ||||||||||||||||    
T  19132675 taatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttcccatagtaggaaagaactctcctttcccaa 19132576  T
Q  160 attaaatgacaccc 173  Q
    |||||||| |||||    
T  19132575 attaaatggcaccc 19132562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 62 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 36750157 - 36750047
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  36750157 taatctagtggttgagagagtatgataagaatgtattcctcatttaatctaatgaacatgatcaacttttccatggtggaaaagaactctcctttcccaa 36750058  T
Q  160 attaaatgaca 170  Q
    |||||||||||    
T  36750057 attaaatgaca 36750047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Original strand, 52492215 - 52492327
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||  |||||||| ||||||| ||||||||    
T  52492215 taatctagtggttgagagagtatgataagaatgtattcctcatttaatctaatggacatgaacaacttttccatggtggaaaagaactctcatttcccaa 52492314  T
Q  160 attaaatgacacc 172  Q
    |||||||||||||    
T  52492315 attaaatgacacc 52492327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 68 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 32490052 - 32489945
Alignment:
Q  68 agtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaa 165  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| || |||||||||||||||||||    
T  32490052 agtggttgagagagtatgatagaaatatgttccttatttaatctaatggacatgatcaactttcccatggtggaaaagaattctcctttcccaaattaaa 32489953  T
Q  166 tgacaccc 173  Q
    || |||||    
T  32489952 tggcaccc 32489945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 45500626 - 45500516
Alignment:
Q  19 gtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggac 118  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||       |||||||||| |||||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  45500626 gtggggacatgaaagagagagggtggaagatag-ataaaacaataatctagtg-ttgagagagtagaataagaatgtgttcctcatttaatctaatggac 45500529  T
Q  119 atgatcaactttc 131  Q
    || ||||||||||    
T  45500528 ataatcaactttc 45500516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 63 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 8427326 - 8427276
Alignment:
Q  63 aatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaat 114  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  8427326 aatctagtg-ttgagagagcatgataagaatatgttcttcatttaatctaat 8427276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 144 - 172
Target Start/End: Original strand, 3971239 - 3971267
Alignment:
Q  144 aactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3971239 aactctcctttcccaaattaaatgacacc 3971267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 144 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 3998642 - 3998614
Alignment:
Q  144 aactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3998642 aactctcctttcccaaattaaatgacacc 3998614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 108; Significance: 4e-54; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 11 - 172
Target Start/End: Original strand, 34992149 - 34992312
Alignment:
Q  11 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34992149 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatttagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaatc 34992248  T
Q  111 taatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34992249 taatggacatgatcaactttcccatggtgggaaaaaactctcctttcccaaattaaatggcacc 34992312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 41859475 - 41859310
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41859475 gtatgggtgtgtggggatatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcttcatttaa 41859376  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41859375 tctaacggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 41859310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 9 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 32536873 - 32536707
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  32536873 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttccccatttaa 32536774  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacaccc 173  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||    
T  32536773 tctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcatttcctaaattaaatggcaccc 32536707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 9 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 38023789 - 38023623
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  38023789 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgatagaaatatgttcctcatttaa 38023690  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacaccc 173  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||   ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  38023689 tctaatgaacatgatcaacttttccatgatggaaaagaattctcctttcccaaattaaatgacaccc 38023623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 9 - 167
Target Start/End: Original strand, 32537371 - 32537528
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  32537371 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgcgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataagaatatgttccttatttaa 32537470  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctcagtggaaaataactctcctttcccaaattaaatg 167  Q
    | ||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  32537471 tataatggacatgattaactttctca-tggaaaagaactctcatttcccaaattaaatg 32537528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 9 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 37639876 - 37639718
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  37639876 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatcataggaatatgttcctcatttaa 37639777  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaa 165  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  37639776 tctaatgaatatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaa 37639718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 41859979 - 41860144
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| |||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  41859979 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatatagtggttgagaaagtatgatagaaatatgttcctcatttaa 41860078  T
Q  109 tctaatggacatgatcaacttt--ctcagtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||||  |  |||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  41860079 tctaatggacatgatcaacttttccatagtaaaaaataactcttctttcccaaattaaatggcacc 41860144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 5035010 - 5034898
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  5035010 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcattcaatctaatggacatgatcaactttcccatggtggaaaagaactctcctttcccaa 5034911  T
Q  160 attaaatgacacc 172  Q
    |||||||| ||||    
T  5034910 attaaatggcacc 5034898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 34992127 - 34992015
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||| ||||||||    
T  34992127 taatttagtggttgagagagtatgatagaaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaacttttccatggtggaaaataactctcgtttcccaa 34992028  T
Q  160 attaaatgacacc 172  Q
    |||||||| ||||    
T  34992027 attaaatggcacc 34992015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 72 - 172
Target Start/End: Original strand, 5035222 - 5035324
Alignment:
Q  72 gttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgac 169  Q
    ||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  5035222 gttgagagagtatgataagaatgtattcctcatttaatctaatggacatgatcaactttcctatggtggaaaagaactctcctttcccaaattaaatggc 5035321  T
Q  170 acc 172  Q
    |||    
T  5035322 acc 5035324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 9 - 98
Target Start/End: Original strand, 38024414 - 38024502
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgtt 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  38024414 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtat-aaaaaataatctagtggttgagagagtatgatagaaatatgtt 38024502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 9 - 54
Target Start/End: Original strand, 37640480 - 37640525
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtat 54  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37640480 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtat 37640525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 106; Significance: 6e-53; HSPs: 25)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 51975110 - 51975275
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  51975110 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttaagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 51975209  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctc--agtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    |||||| |||||||||||||||| |  |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  51975210 tctaattgacatgatcaactttcccatagtgaaaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 51975275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 9 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 48971870 - 48971704
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  48971870 gtatgggtgtgtgggaacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatatagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 48971771  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacaccc 173  Q
    ||||||  | ||||||||||||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48971770 tctaatttatatgatcaactttctcattgtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatgacaccc 48971704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 48972328 - 48972493
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  48972328 gtatgggtgtgtggggatatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgtttctcatttaa 48972427  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  48972428 tctaatggacatgatcaacttttccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 48972493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 9 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 16270373 - 16270206
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnn-taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcattta 107  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16270373 gtatgggtgtgtagggacatgaaagagggagtgtgaaagatagtataaaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcattta 16270274  T
Q  108 atctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacaccc 173  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16270273 atctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcaccc 16270206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 38930477 - 38930312
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  38930477 gtatgggtgtgtgggaacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttccttatttaa 38930378  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    | ||||||| ||||||||||||| ||  ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38930377 tttaatggatatgatcaactttcccatggtgaaaaagaactttcctttcccaaattaaatgacacc 38930312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 51974602 - 51974437
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  51974602 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagaatgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtagttgagagagtatgataggaatatgttcttcatttaa 51974503  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  51974502 tctaatagacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 51974437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 14 - 172
Target Start/End: Original strand, 16271036 - 16271196
Alignment:
Q  14 ggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16271036 ggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaatatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaatctaa 16271135  T
Q  114 tggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    |||||||||||||||||| ||   ||  ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  16271136 tggacatgatcaactttcccatgatgagaaagaactctcctttcctaaattaaatggcacc 16271196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 11 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 43737892 - 43737729
Alignment:
Q  11 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatc 110  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |       |||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||    
T  43737892 atgggtgtgtggggacatcaaagagagaatgtgaaagatagtgtaaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataaaaatatattcctcatttaatc 43737793  T
Q  111 taatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  43737792 taatggacatgatcaactttcccatggtgggaaataactctactttcccaaattaaatggcacc 43737729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 9 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 9948160 - 9947994
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9948160 gtataggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcatttaa 9948061  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacaccc 173  Q
    ||||||| | ||||||||||||  ||  |||| ||| |||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  9948060 tctaatgaatatgatcaacttttccatggtgggaaagaacttttctttcccaaattaaatggcaccc 9947994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 11 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 23440779 - 23440617
Alignment:
Q  11 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  23440779 atgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaa-taatctagtggttgagagagtatgataggaatatgtttctcatttaatc 23440681  T
Q  111 taatggacatgatcaacttt--ctcagtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    |||||||||| |||||||||  |  ||| | ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23440680 taatggacataatcaacttttccatagttggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 23440617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 9 - 130
Target Start/End: Original strand, 6076751 - 6076871
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  6076751 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaa-taatctattggttgagagagtatgataggaatatgttactcatttaa 6076849  T
Q  109 tctaatggacatgatcaacttt 130  Q
    | ||||||||||||||||||||    
T  6076850 tataatggacatgatcaacttt 6076871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 40 - 173
Target Start/End: Original strand, 23440779 - 23440914
Alignment:
Q  40 tgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtg 137  Q
    |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||    
T  23440779 tgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatattcctcatttaatctaatggacatgatcaactttcccatggtg 23440878  T
Q  138 gaaaataactctcctttcccaaattaaatgacaccc 173  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23440879 ggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcaccc 23440914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 62 - 173
Target Start/End: Original strand, 9948823 - 9948936
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||||||||| ||    
T  9948823 taatctagtggttgatagagtatgataggaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcctaa 9948922  T
Q  160 attaaatgacaccc 173  Q
    |||||||| |||||    
T  9948923 attaaatggcaccc 9948936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 9 - 167
Target Start/End: Original strand, 38931129 - 38931290
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnn-taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcattta 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||        |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||    
T  38931129 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagataatataaaaaaaataatatagtggttgagagagtatgatagaaatatgtttcttattta 38931228  T
Q  108 atctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatg 167  Q
    || ||||||| ||||||||||||| ||  || ||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  38931229 atttaatggatatgatcaactttcccatggtagaaaagaactcttctttcccaaattaaatg 38931290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Original strand, 43737914 - 43738026
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||| ||| ||||||||||||||||    
T  43737914 taatctagtggttgagagaatatgataggaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttcccatgatgggaaagaactctcctttcccaa 43738013  T
Q  160 attaaatgacacc 172  Q
    |||||||| ||||    
T  43738014 attaaatggcacc 43738026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 27 - 173
Target Start/End: Original strand, 50826992 - 50827139
Alignment:
Q  27 atgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaa 126  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||       |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  50826992 atgaaagagagagtgtgaaagatactataaaaaaataatttagtggttgagagagtatgataaaaatatgtttctcatttaatctaatggacatgatcaa 50827091  T
Q  127 ctttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacaccc 173  Q
    ||||| ||  |||| ||| |||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  50827092 ctttcccatggtgggaaa-aactctcctttctcaaattaaatggcaccc 50827139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 62 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 193961 - 193849
Alignment:
Q  62 taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaa 159  Q
    |||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||| ||| ||||||||||||||||    
T  193961 taatctagtg-tggagagagtatgataagaatatgttcctcatttaatttaatggacatgattaactttctcatggtgggaaagaactctcctttcccaa 193863  T
Q  160 attaaatgacaccc 173  Q
    |||||||| |||||    
T  193862 attaaatggcaccc 193849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 72 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 6076076 - 6075988
Alignment:
Q  72 gttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttccca 158  Q
    ||||||||| |||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||||    
T  6076076 gttgagagactatgataaaaatgtattcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctcatggtagaaaagaactctcctttccca 6075988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 80 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 27888765 - 27888714
Alignment:
Q  80 agtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttc 131  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27888765 agtatgataggaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttc 27888714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 9 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 47334362 - 47334242
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaa 108  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||| |       |||||||||| ||||||||||| |||| | || |||| |||||||||    
T  47334362 gtatgagtgtgtggg-acatgaaagagagatggtggaagatagtgtaaaacaataatctagtg-ttgagagagtaggataaggatttgtttctcatttaa 47334265  T
Q  109 tctaatggacatgatcaactttc 131  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  47334264 tctaatggacataatcaactttc 47334242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 12 - 131
Target Start/End: Original strand, 31390713 - 31390828
Alignment:
Q  12 tgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatct 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |       ||||||| || ||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||| ||     
T  31390713 tgggtgtgtggggacatgaaagagagagtg--aaagatagtgtaaaaaa-taatctaatg-ttgagagagtaggataaaaatgtgttcctcatttattcc 31390808  T
Q  112 aatggacatgatcaactttc 131  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  31390809 aatggacataatcaactttc 31390828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 17 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 12926028 - 12925917
Alignment:
Q  17 gtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatgg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |       ||||||| || |||||||||||  ||| |||| | |||| |||||||||||||||    
T  12926028 gtgtggggacatgaaagagagagggtggaagatagtgtaaaaaa-taatctaatg-ttgagagagtagtataagaatgtattccacatttaatctaatgg 12925931  T
Q  117 acatgatcaacttt 130  Q
    |||| |||||||||    
T  12925930 acattatcaacttt 12925917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 131
Target Start/End: Original strand, 40649516 - 40649572
Alignment:
Q  75 gagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttc 131  Q
    |||||||||  ||| |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  40649516 gagagagtagtataagaatgtgttccacatttaatctaatggacattatcaactttc 40649572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 135 - 172
Target Start/End: Original strand, 1013483 - 1013520
Alignment:
Q  135 gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  1013483 gtggaaaataacattcctttcccaaattaaatgacacc 1013520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 63 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 37725489 - 37725438
Alignment:
Q  63 aatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatg 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||| || |||||||||| ||| |||||||||||    
T  37725489 aatctagtg-ttgagagagtatgttaagaatatgttcttcacttaatctaatg 37725438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0311 (Bit Score: 99; Significance: 9e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0311
Description:

Target: scaffold0311; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Original strand, 42 - 208
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnn-taatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcattta 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataggaatatgttcctcattta 141  T
Q  108 atctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    |||||||| |||| |||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  142 atctaatgaacataatcaactttcccatggtgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggcacc 208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0332 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0332
Description:

Target: scaffold0332; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 30 - 173
Target Start/End: Original strand, 9162 - 9307
Alignment:
Q  30 aaagagagagtgtgaaagatagtatnnnnnnntaatctagtggttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactt 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9162 aaagagagagtgtgaaagatagtataaaaaaataatctagtggttgagagagtatgataagaatatgttcatcatttaatctaatggacatgatgaactt 9261  T
Q  130 tctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacaccc 173  Q
    |  ||  ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9262 ttccatggtgaaaaaaaactctccttttccaaattaaatgacaccc 9307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 64; Significance: 7e-28; HSPs: 3)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 72 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 27323 - 27221
Alignment:
Q  72 gttgagagagtatgatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgac 169  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||| ||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  27323 gttgagagagtatgataagaatgtgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttcccatgatgggaaagaactctcctttcccaaattaaatggc 27224  T
Q  170 acc 172  Q
    |||    
T  27223 acc 27221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 85 - 172
Target Start/End: Original strand, 27534 - 27623
Alignment:
Q  85 gatatgaatatgttcctcatttaatctaatggacatgatcaactttctca--gtggaaaataactctcctttcccaaattaaatgacacc 172  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  27534 gataggaatatgttcctcatttaatctaatggatatgatcaactttcccatggtgggaaaaaactctccttttccaaattaaatggcacc 27623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 51
Target Start/End: Original strand, 27496 - 27538
Alignment:
Q  9 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatag 51  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27496 gtatgggtgtgtggggacatgaaagagagagtgtgaaagatag 27538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University