View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15604_low_1 (Length: 603)

Name: NF15604_low_1
Description: NF15604
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15604_low_1
NF15604_low_1
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (307-597)||(27206768-27207058)
chr3 (18-221)||(13002924-13003127)
chr3 (18-221)||(31252459-31252662)
chr3 (277-591)||(13002554-13002868)
chr3 (277-591)||(31252718-31253032)
chr3 (18-220)||(31093725-31093927)
chr3 (277-591)||(31093354-31093668)
chr3 (18-221)||(16163149-16163352)
chr3 (284-564)||(16163417-16163697)
chr3 (22-209)||(27229150-27229337)
chr3 (18-221)||(27206486-27206690)
chr3 (19-215)||(25658566-25658762)
chr3 (19-215)||(25664971-25665167)
chr3 (19-215)||(25671376-25671572)
chr3 (19-215)||(25677781-25677977)
chr3 (19-215)||(25684457-25684653)
chr3 (291-374)||(25658831-25658914)
chr3 (291-374)||(25665236-25665319)
chr3 (291-374)||(25671641-25671724)
chr3 (291-374)||(25678046-25678129)
chr3 (291-374)||(25684722-25684805)
chr3 (291-482)||(27229419-27229610)
[»] scaffold0029 (4 HSPs)
scaffold0029 (29-212)||(18364-18547)
scaffold0029 (29-212)||(43376-43559)
scaffold0029 (410-475)||(18107-18172)
scaffold0029 (410-475)||(43119-43184)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (29-212)||(33120609-33120792)
chr2 (29-212)||(33130352-33130535)
chr2 (410-475)||(33130095-33130160)
chr2 (408-475)||(33120352-33120419)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 235; Significance: 1e-129; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 307 - 597
Target Start/End: Original strand, 27206768 - 27207058
Alignment:
Q  307 atgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccataccattttgatgatcatttttgtggatggcagagtac 406  Q
    |||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27206768 atgcaggttttactttggataacgtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccataccattttgatgatcttttttgtggatggcagagtac 27206867  T
Q  407 aatagtttgctctgatccttcgaaactaataaattaggatggaccgcactttaccgaagcagctcataaacaaataacccaaggtttaatcgaaggccat 506  Q
    || | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  27206868 aacaatttgctctgatccttcgaaactaataaattgggatggaccgcactttactgaagcagctcataaacaaataactaaaggtttaatcgaaggccat 27206967  T
Q  507 tttacaaatccttctctaaaacccgctcctttcaagatagtttagaattgatgatgcaaacattaagaaagaatttctttgatgatgtcca 597  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  27206968 tttgcaaatccttctctaaaacccgctcctttcaagatagtttagaattgatgatgcaaacattaagaaagactttctttgatgatttcca 27207058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 13003127 - 13002924
Alignment:
Q  18 agattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccataga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  13003127 agattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaaaatccataga 13003028  T
Q  118 gacaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgtgg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13003027 gacaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgccaagcgtttatatcaaacaccacaacaatatggtgtgtgg 13002928  T
Q  218 agca 221  Q
    ||||    
T  13002927 agca 13002924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Original strand, 31252459 - 31252662
Alignment:
Q  18 agattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccataga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  31252459 agattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaaaatccataga 31252558  T
Q  118 gacaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgtgg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31252559 gacaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgccaagcgtttatatcaaacacctcaacagtatggtgtgtgg 31252658  T
Q  218 agca 221  Q
    ||||    
T  31252659 agca 31252662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 277 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 13002868 - 13002554
Alignment:
Q  277 atcccattcactaatttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccataccattt 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||      
T  13002868 atcccattcactaatttatgtacattaatgatgcaggttttatttctgataaggtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccatatcatca 13002769  T
Q  377 tgatgatcatttttgtggatggcagagtacaatagtttgctctgatccttcgaaactaataaattaggatggaccgcactttaccgaagcagctcataaa 476  Q
    ||||||  |||  ||||||  || || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||| ||||     
T  13002768 tgatgagtattggtgtggaacgccgaatacaacagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataag 13002669  T
Q  477 caaataacccaaggtttaatcgaaggccattttacaaatccttctctaaaacccgctcctttcaagatagtttagaattgatgatgcaaacattaagaaa 576  Q
    |||||| |  |||| ||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  13002668 caaatagctaaaggattaatcgaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattgatgatgtaaatattaagaaa 13002569  T
Q  577 gaatttctttgatga 591  Q
    || ||||||| ||||    
T  13002568 gactttctttaatga 13002554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 277 - 591
Target Start/End: Original strand, 31252718 - 31253032
Alignment:
Q  277 atcccattcactaatttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccataccattt 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||      
T  31252718 atcccattcactaatttatgtacattaatgatgcaggttttatttctgataaggtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccatatcatca 31252817  T
Q  377 tgatgatcatttttgtggatggcagagtacaatagtttgctctgatccttcgaaactaataaattaggatggaccgcactttaccgaagcagctcataaa 476  Q
    ||||||  |||  ||||||  || || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||| ||||     
T  31252818 tgatgagtattggtgtggaacgccgaatacaacagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataag 31252917  T
Q  477 caaataacccaaggtttaatcgaaggccattttacaaatccttctctaaaacccgctcctttcaagatagtttagaattgatgatgcaaacattaagaaa 576  Q
    |||||| |  |||| ||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  31252918 caaatagctaaaggattaatcgaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattgatgatgtaaatattaagaaa 31253017  T
Q  577 gaatttctttgatga 591  Q
    || ||||||| ||||    
T  31253018 gactttctttcatga 31253032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 9e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 31093927 - 31093725
Alignment:
Q  18 agattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccataga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  31093927 agattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactttcatcgaatactttaatgagcagctaaaaaaatccataga 31093828  T
Q  118 gacaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgtgg 217  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||    
T  31093827 gataataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgactattacaacgatgccaaacgtttatatcaagcaccacaacaatatggtgcgtgg 31093728  T
Q  218 agc 220  Q
    |||    
T  31093727 agc 31093725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 277 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 31093668 - 31093354
Alignment:
Q  277 atcccattcactaatttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccataccattt 376  Q
    ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||      
T  31093668 atcccatgcactaatttctgttcattaatgatgcaggttttatttctgataaagtcgaaattttgaaagcatgttgcggaggaagtggaccatatcatca 31093569  T
Q  377 tgatgatcatttttgtggatggcagagtacaatagtttgctctgatccttcgaaactaataaattaggatggaccgcactttaccgaagcagctcataaa 476  Q
    |||| |  |||||||||||  |  || ||||| | ||||||| |||||||| |||||| |||||| |||||| |  |||||||||||||| ||| ||||     
T  31093568 tgatcagaatttttgtggaacgtcgaatacaacaatttgctccgatccttcaaaactattaaattgggatggtcaacactttaccgaagccgcttataag 31093469  T
Q  477 caaataacccaaggtttaatcgaaggccattttacaaatccttctctaaaacccgctcctttcaagatagtttagaattgatgatgcaaacattaagaaa 576  Q
    || ||| |  || ||||| | ||||||  |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||     
T  31093468 catatagctaaatgtttagtggaaggctcttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaatcgatgatgtaaacattaagaac 31093369  T
Q  577 gaatttctttgatga 591  Q
    || ||||||||||||    
T  31093368 gactttctttgatga 31093354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Original strand, 16163149 - 16163352
Alignment:
Q  18 agattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccataga 117  Q
    ||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  16163149 agattagccaaaagaaagaggattatgatgaatttggatgtttaatagcttacaactctttcatcgaatactttaatgagcaactaaaaaaatccataga 16163248  T
Q  118 gacaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgtgg 217  Q
    |||| ||   |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||| ||||||||||||| || |||||||||| |||||| |||||    
T  16163249 gacattacggcagaaacatcctcaagctaagataatatattttgactactacaacgatgccaaacgtttatatgaagcaccacaacaatatggtctgtgg 16163348  T
Q  218 agca 221  Q
    ||||    
T  16163349 agca 16163352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 284 - 564
Target Start/End: Original strand, 16163417 - 16163697
Alignment:
Q  284 tcactaatttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccataccattttgatgat 383  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||| || |||||| || ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||| | |    
T  16163417 tcactagtttatgtgcattaatgatgtaggctttacttctgataaggtcgaggttttgaaagcatgttgtggaggaattggaccataccaccgtgacgct 16163516  T
Q  384 catttttgtggatggcagagtacaatagtttgctctgatccttcgaaactaataaattaggatggaccgcactttaccgaagcagctcataaacaaataa 483  Q
     |||  ||||||  ||   |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||  |||| ||||||     
T  16163517 aattggtgtggaatgcctggtacaacagtttgctctgatccttcaaaactaataaattttgatggacctcacttaaccgaagcagcatataagcaaatag 16163616  T
Q  484 cccaaggtttaatcgaaggccattttacaaatccttctctaaaacccgctcctttcaagatagtttagaattgatgatgca 564  Q
    || |||||||||| |||||   |||| ||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16163617 ccaaaggtttaattgaaggttcttttgcaaatccatccctaaaacctgctgctttcaagatagtctagaattgatgatgca 16163697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 22 - 209
Target Start/End: Original strand, 27229150 - 27229337
Alignment:
Q  22 tagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagagaca 121  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| || ||||  |  ||||||||     
T  27229150 tagtcagaagaaagaagattatgatgaatttggatgtttgataacttacaacactttcatcgaatactataatgagcaactcaaaaaatatatagagacg 27229249  T
Q  122 ataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatg 209  Q
     ||||||| ||||||  |||||||| |||| |||| |||||  | |||||   ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  27229250 ttaaaacaaaaacactatcaagctaggataatatactttgaccactacaatattgtcaaacgtttatatcaatcaccacaacaatatg 27229337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Original strand, 27206486 - 27206690
Alignment:
Q  18 agattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaat--gagcagctaaaaatttccata 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||  |||||||||||   |  | || ||||  ||||||    
T  27206486 agattagtcagaagaaagaagactatgataaatttggatgtttgatagcatacaactctttcataaaatactttaataaaaaaaacttaaaaaatccata 27206585  T
Q  116 gagacaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgt 215  Q
     ||||| |||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||| ||||| ||||    
T  27206586 aagacactaaggcataaacaccctcaagctaagatagtatactttgacgtttacaatgatgtcaaacgtttataccaagcaccagaacaatatgg-gtgt 27206684  T
Q  216 ggagca 221  Q
    ||||||    
T  27206685 ggagca 27206690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 25658566 - 25658762
Alignment:
Q  19 gattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagag 118  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||  || ||   |||||||  ||||| || || |||| ||| ||||||    
T  25658566 gattagtacgaagaaagaagactatgatgaacttgggtgcctgatagcttacaatgctttcgccgaatactacaatgaacaacttaaaaattctatagag 25658665  T
Q  119 acaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgt 215  Q
    ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  25658666 acattaagacataaataccctcaagctaagataatatattttgactactacaacaatctcaaacgtttatatcaaacaccacagcaatatggtgtgt 25658762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 25664971 - 25665167
Alignment:
Q  19 gattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagag 118  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||  || ||   |||||||  ||||| || || |||| ||| ||||||    
T  25664971 gattagtacgaagaaagaagactatgatgaacttgggtgcctgatagcttacaatgctttcgccgaatactacaatgaacaacttaaaaattctatagag 25665070  T
Q  119 acaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgt 215  Q
    ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  25665071 acattaagacataaataccctcaagctaagataatatattttgactactacaacaatctcaaacgtttatatcaaacaccacagcaatatggtgtgt 25665167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 25671376 - 25671572
Alignment:
Q  19 gattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagag 118  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||  || ||   |||||||  ||||| || || |||| ||| ||||||    
T  25671376 gattagtacgaagaaagaagactatgatgaacttgggtgcctgatagcttacaatgctttcgccgaatactacaatgaacaacttaaaaattctatagag 25671475  T
Q  119 acaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgt 215  Q
    ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  25671476 acattaagacataaataccctcaagctaagataatatattttgactactacaacaatctcaaacgtttatatcaaacaccacagcaatatggtgtgt 25671572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 25677781 - 25677977
Alignment:
Q  19 gattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagag 118  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||  || ||   |||||||  ||||| || || |||| ||| ||||||    
T  25677781 gattagtacgaagaaagaagactatgatgaacttgggtgcctgatagcttacaatgctttcgccgaatactacaatgaacaacttaaaaattctatagag 25677880  T
Q  119 acaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgt 215  Q
    ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  25677881 acattaagacataaataccctcaagctaagataatatattttgactactacaacaatctcaaacgtttatatcaaacaccacagcaatatggtgtgt 25677977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 25684457 - 25684653
Alignment:
Q  19 gattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagag 118  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||  || ||   |||||||  ||||| || || |||| ||| ||||||    
T  25684457 gattagtacgaagaaagaagactatgatgaacttgggtgcctgatagcttacaatgctttcgccgaatactacaatgaacaacttaaaaattctatagag 25684556  T
Q  119 acaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgt 215  Q
    ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  25684557 acattaagacataaataccctcaagctaagataatatattttgactactacaacaatctcaaacgtttatatcaaacaccacagcaatatggtgtgt 25684653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 291 - 374
Target Start/End: Original strand, 25658831 - 25658914
Alignment:
Q  291 tttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccataccat 374  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25658831 tttatgtaaattaatgatgcaggttttatttctgataaggaagagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccataccat 25658914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 291 - 374
Target Start/End: Original strand, 25665236 - 25665319
Alignment:
Q  291 tttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccataccat 374  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25665236 tttatgtaaattaatgatgcaggttttatttctgataaggaagagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccataccat 25665319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 291 - 374
Target Start/End: Original strand, 25671641 - 25671724
Alignment:
Q  291 tttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccataccat 374  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25671641 tttatgtaaattaatgatgcaggttttatttctgataaggaagagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccataccat 25671724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 291 - 374
Target Start/End: Original strand, 25678046 - 25678129
Alignment:
Q  291 tttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccataccat 374  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25678046 tttatgtaaattaatgatgcaggttttatttctgataaggaagagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccataccat 25678129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 291 - 374
Target Start/End: Original strand, 25684722 - 25684805
Alignment:
Q  291 tttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccataccat 374  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25684722 tttatgtaaattaatgatgcaggttttatttctgataaggaagagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccataccat 25684805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 291 - 482
Target Start/End: Original strand, 27229419 - 27229610
Alignment:
Q  291 tttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccataccattttgatgatcattttt 390  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||| ||  ||||| || ||||||||||||||||||   | ||||||||| ||||| |  ||| ||    
T  27229419 tttatgtacattaatcatgcaggctttacttctgataaggtcaagattatgcaagcatgttgtggaggaaaatggccataccatgttgataaaaattctt 27229518  T
Q  391 gtggatggcagagtacaatagtttgctctgatccttcgaaactaataaattaggatggaccgcactttaccgaagcagctcataaacaaata 482  Q
    || ||  ||   || ||| |||||     ||||  |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27229519 gttgaatgcctggttcaaaagtttataaagatcactcgaaattaataaattaggatggatcccactttaccgaagcagctcataagcaaata 27229610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 4)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 29 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 18547 - 18364
Alignment:
Q  29 aagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagagacaataaaac 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | | | || || |||||||| | ||| ||||||| ||| ||||||||| ||| ||    
T  18547 aagaaagaagactatgatgaatttgggtgcttaatagcttacaataatttaatagagtactttaacgggcaactaaaaaattctatagagacactaagac 18448  T
Q  129 agaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtg 212  Q
    |||| |||||| ||| ||||||| |||| ||||| || || || |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  18447 agaagcaccctgaagttaagataatatactttgactactataatgatgccaaacgtttatatcaaacaccgcaacaatatggtg 18364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 29 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 43559 - 43376
Alignment:
Q  29 aagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagagacaataaaac 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | | | || || |||||||| | ||| ||||||| ||| ||||||||| ||| ||    
T  43559 aagaaagaagactatgatgaatttgggtgcttaatagcttacaataatttaatagagtactttaacgggcaactaaaaaattctatagagacactaagac 43460  T
Q  129 agaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtg 212  Q
    |||| |||||| ||| ||||||| |||| ||||| || || || |||| |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  43459 agaagcaccctgaagttaagataatatactttgactactataatgatgccaaatgtttatatcaaacaccgcaacaatatggtg 43376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 410 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 18172 - 18107
Alignment:
Q  410 agtttgctctgatccttcgaaactaataaattaggatggaccgcactttaccgaagcagctcataa 475  Q
    |||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  18172 agtttgctctgatccttcaaaacgtataaattgggacggaccacactttactgaagcagcttataa 18107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 410 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 43184 - 43119
Alignment:
Q  410 agtttgctctgatccttcgaaactaataaattaggatggaccgcactttaccgaagcagctcataa 475  Q
    |||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  43184 agtttgctctgatccttcaaaacgtataaattgggacggaccacactttactgaagcagcttataa 43119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 29 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 33120792 - 33120609
Alignment:
Q  29 aagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagagacaataaaac 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | | |  | || |||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||| ||| ||    
T  33120792 aagaaagaagactatgatgaatttgggtgcttaatagcttacaataatttagtcgagtactttaatgggcaactaaaaaattctatagagacactaagac 33120693  T
Q  129 agaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtg 212  Q
    |||| |||||| ||| ||||||| |||| ||||| || || || |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  33120692 agaagcaccctgaagttaagataatatactttgactactataatgatgccaaacgtttatatcaaacaccgcaacaatatggtg 33120609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 29 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 33130535 - 33130352
Alignment:
Q  29 aagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagagacaataaaac 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | | |  | || |||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||| ||| ||    
T  33130535 aagaaagaagactatgatgaatttgggtgcttaatagcttacaataatttagtcgagtactttaatgggcaactaaaaaattctatagagacactaagac 33130436  T
Q  129 agaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtg 212  Q
    |||| |||||| ||| ||||||| |||| ||||| || || || |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  33130435 agaagcaccctgaagttaagataatatactttgactactataatgatgccaaacgtttatatcaaacaccgcaacaatatggtg 33130352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 410 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 33130160 - 33130095
Alignment:
Q  410 agtttgctctgatccttcgaaactaataaattaggatggaccgcactttaccgaagcagctcataa 475  Q
    |||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  33130160 agtttgctctgatccttcaaaacgtataaattgggacggacctcactttactgaagcagcttataa 33130095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 408 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 33120419 - 33120352
Alignment:
Q  408 atagtttgctctgatccttcgaaactaataaattaggatggaccgcactttaccgaagcagctcataa 475  Q
    |||||||||||||||||||| || |  ||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  33120419 atagtttgctctgatccttcaaatcgtataaattgggacggacctcactttactgaagcagcttataa 33120352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University