View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15604_low_2 (Length: 516)

Name: NF15604_low_2
Description: NF15604
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15604_low_2
NF15604_low_2
[»] chr3 (32 HSPs)
chr3 (18-221)||(13002924-13003127)
chr3 (18-221)||(31252459-31252662)
chr3 (18-220)||(31093725-31093927)
chr3 (392-509)||(13002582-13002699)
chr3 (392-509)||(31252887-31253004)
chr3 (18-221)||(16163149-16163352)
chr3 (277-395)||(13002750-13002868)
chr3 (277-395)||(31252718-31252836)
chr3 (22-209)||(27229150-27229337)
chr3 (402-509)||(31093382-31093489)
chr3 (18-221)||(27206486-27206690)
chr3 (19-215)||(25658566-25658762)
chr3 (19-215)||(25664971-25665167)
chr3 (19-215)||(25671376-25671572)
chr3 (19-215)||(25677781-25677977)
chr3 (19-215)||(25684457-25684653)
chr3 (277-380)||(31093565-31093668)
chr3 (392-508)||(27206907-27207023)
chr3 (291-370)||(25658831-25658910)
chr3 (291-370)||(25665236-25665315)
chr3 (291-370)||(25671641-25671720)
chr3 (291-370)||(25678046-25678125)
chr3 (291-370)||(25684722-25684801)
chr3 (392-508)||(16163579-16163695)
chr3 (307-370)||(27206768-27206831)
chr3 (284-370)||(16163417-16163503)
chr3 (291-360)||(27229419-27229488)
chr3 (444-502)||(25659041-25659099)
chr3 (444-502)||(25665446-25665504)
chr3 (444-502)||(25671851-25671909)
chr3 (444-502)||(25678256-25678314)
chr3 (444-502)||(25684932-25684990)
[»] scaffold0029 (2 HSPs)
scaffold0029 (29-212)||(18364-18547)
scaffold0029 (29-212)||(43376-43559)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (29-212)||(33120609-33120792)
chr2 (29-212)||(33130352-33130535)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 32)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 13003127 - 13002924
Alignment:
Q  18 agattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccataga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  13003127 agattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaaaatccataga 13003028  T
Q  118 gacaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgtgg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13003027 gacaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgccaagcgtttatatcaaacaccacaacaatatggtgtgtgg 13002928  T
Q  218 agca 221  Q
    ||||    
T  13002927 agca 13002924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Original strand, 31252459 - 31252662
Alignment:
Q  18 agattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccataga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  31252459 agattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaaaatccataga 31252558  T
Q  118 gacaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgtgg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31252559 gacaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgccaagcgtttatatcaaacacctcaacagtatggtgtgtgg 31252658  T
Q  218 agca 221  Q
    ||||    
T  31252659 agca 31252662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 31093927 - 31093725
Alignment:
Q  18 agattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccataga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  31093927 agattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactttcatcgaatactttaatgagcagctaaaaaaatccataga 31093828  T
Q  118 gacaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgtgg 217  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||    
T  31093827 gataataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgactattacaacgatgccaaacgtttatatcaagcaccacaacaatatggtgcgtgg 31093728  T
Q  218 agc 220  Q
    |||    
T  31093727 agc 31093725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 392 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 13002699 - 13002582
Alignment:
Q  392 tggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaaggattaatcgaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagata 491  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13002699 tggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaaggattaatcgaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagata 13002600  T
Q  492 gcttagaattgatgatgt 509  Q
    ||||||||||||||||||    
T  13002599 gcttagaattgatgatgt 13002582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 392 - 509
Target Start/End: Original strand, 31252887 - 31253004
Alignment:
Q  392 tggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaaggattaatcgaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagata 491  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31252887 tggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaaggattaatcgaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagata 31252986  T
Q  492 gcttagaattgatgatgt 509  Q
    ||||||||||||||||||    
T  31252987 gcttagaattgatgatgt 31253004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Original strand, 16163149 - 16163352
Alignment:
Q  18 agattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccataga 117  Q
    ||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  16163149 agattagccaaaagaaagaggattatgatgaatttggatgtttaatagcttacaactctttcatcgaatactttaatgagcaactaaaaaaatccataga 16163248  T
Q  118 gacaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgtgg 217  Q
    |||| ||   |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||| ||||||||||||| || |||||||||| |||||| |||||    
T  16163249 gacattacggcagaaacatcctcaagctaagataatatattttgactactacaacgatgccaaacgtttatatgaagcaccacaacaatatggtctgtgg 16163348  T
Q  218 agca 221  Q
    ||||    
T  16163349 agca 16163352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 277 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 13002868 - 13002750
Alignment:
Q  277 atcccattcactaatttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccatatcatca 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13002868 atcccattcactaatttatgtacattaatgatgcaggttttatttctgataaggtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccatatcatca 13002769  T
Q  377 tgatgagtattggtgtgga 395  Q
    |||||||||||||||||||    
T  13002768 tgatgagtattggtgtgga 13002750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 277 - 395
Target Start/End: Original strand, 31252718 - 31252836
Alignment:
Q  277 atcccattcactaatttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccatatcatca 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31252718 atcccattcactaatttatgtacattaatgatgcaggttttatttctgataaggtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccatatcatca 31252817  T
Q  377 tgatgagtattggtgtgga 395  Q
    |||||||||||||||||||    
T  31252818 tgatgagtattggtgtgga 31252836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 22 - 209
Target Start/End: Original strand, 27229150 - 27229337
Alignment:
Q  22 tagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagagaca 121  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| || ||||  |  ||||||||     
T  27229150 tagtcagaagaaagaagattatgatgaatttggatgtttgataacttacaacactttcatcgaatactataatgagcaactcaaaaaatatatagagacg 27229249  T
Q  122 ataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatg 209  Q
     ||||||| ||||||  |||||||| |||| |||| |||||  | |||||   ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  27229250 ttaaaacaaaaacactatcaagctaggataatatactttgaccactacaatattgtcaaacgtttatatcaatcaccacaacaatatg 27229337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 402 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 31093489 - 31093382
Alignment:
Q  402 tttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaaggattaatcgaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaatt 501  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  31093489 tttaccgaagccgcttataagcatatagctaaatgtttagtggaaggctcttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaatc 31093390  T
Q  502 gatgatgt 509  Q
    ||||||||    
T  31093389 gatgatgt 31093382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Original strand, 27206486 - 27206690
Alignment:
Q  18 agattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaat--gagcagctaaaaatttccata 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||  |||||||||||   |  | || ||||  ||||||    
T  27206486 agattagtcagaagaaagaagactatgataaatttggatgtttgatagcatacaactctttcataaaatactttaataaaaaaaacttaaaaaatccata 27206585  T
Q  116 gagacaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgt 215  Q
     ||||| |||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||| ||||| ||||    
T  27206586 aagacactaaggcataaacaccctcaagctaagatagtatactttgacgtttacaatgatgtcaaacgtttataccaagcaccagaacaatatgg-gtgt 27206684  T
Q  216 ggagca 221  Q
    ||||||    
T  27206685 ggagca 27206690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 25658566 - 25658762
Alignment:
Q  19 gattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagag 118  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||  || ||   |||||||  ||||| || || |||| ||| ||||||    
T  25658566 gattagtacgaagaaagaagactatgatgaacttgggtgcctgatagcttacaatgctttcgccgaatactacaatgaacaacttaaaaattctatagag 25658665  T
Q  119 acaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgt 215  Q
    ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  25658666 acattaagacataaataccctcaagctaagataatatattttgactactacaacaatctcaaacgtttatatcaaacaccacagcaatatggtgtgt 25658762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 25664971 - 25665167
Alignment:
Q  19 gattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagag 118  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||  || ||   |||||||  ||||| || || |||| ||| ||||||    
T  25664971 gattagtacgaagaaagaagactatgatgaacttgggtgcctgatagcttacaatgctttcgccgaatactacaatgaacaacttaaaaattctatagag 25665070  T
Q  119 acaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgt 215  Q
    ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  25665071 acattaagacataaataccctcaagctaagataatatattttgactactacaacaatctcaaacgtttatatcaaacaccacagcaatatggtgtgt 25665167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 25671376 - 25671572
Alignment:
Q  19 gattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagag 118  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||  || ||   |||||||  ||||| || || |||| ||| ||||||    
T  25671376 gattagtacgaagaaagaagactatgatgaacttgggtgcctgatagcttacaatgctttcgccgaatactacaatgaacaacttaaaaattctatagag 25671475  T
Q  119 acaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgt 215  Q
    ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  25671476 acattaagacataaataccctcaagctaagataatatattttgactactacaacaatctcaaacgtttatatcaaacaccacagcaatatggtgtgt 25671572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 25677781 - 25677977
Alignment:
Q  19 gattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagag 118  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||  || ||   |||||||  ||||| || || |||| ||| ||||||    
T  25677781 gattagtacgaagaaagaagactatgatgaacttgggtgcctgatagcttacaatgctttcgccgaatactacaatgaacaacttaaaaattctatagag 25677880  T
Q  119 acaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgt 215  Q
    ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  25677881 acattaagacataaataccctcaagctaagataatatattttgactactacaacaatctcaaacgtttatatcaaacaccacagcaatatggtgtgt 25677977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 25684457 - 25684653
Alignment:
Q  19 gattagtcagaagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagag 118  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||  || ||   |||||||  ||||| || || |||| ||| ||||||    
T  25684457 gattagtacgaagaaagaagactatgatgaacttgggtgcctgatagcttacaatgctttcgccgaatactacaatgaacaacttaaaaattctatagag 25684556  T
Q  119 acaataaaacagaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgt 215  Q
    ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  25684557 acattaagacataaataccctcaagctaagataatatattttgactactacaacaatctcaaacgtttatatcaaacaccacagcaatatggtgtgt 25684653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 277 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 31093668 - 31093565
Alignment:
Q  277 atcccattcactaatttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccatatcatca 376  Q
    ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31093668 atcccatgcactaatttctgttcattaatgatgcaggttttatttctgataaagtcgaaattttgaaagcatgttgcggaggaagtggaccatatcatca 31093569  T
Q  377 tgat 380  Q
    ||||    
T  31093568 tgat 31093565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 392 - 508
Target Start/End: Original strand, 27206907 - 27207023
Alignment:
Q  392 tggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaaggattaatcgaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagata 491  Q
    |||||| || ||||| ||||| ||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27206907 tggaccgcactttactgaagcagctcataaacaaataactaaaggtttaatcgaaggccattttgcaaatccttctctaaaacccgctcctttcaagata 27207006  T
Q  492 gcttagaattgatgatg 508  Q
    | |||||||||||||||    
T  27207007 gtttagaattgatgatg 27207023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 291 - 370
Target Start/End: Original strand, 25658831 - 25658910
Alignment:
Q  291 tttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 370  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25658831 tttatgtaaattaatgatgcaggttttatttctgataaggaagagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 25658910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 291 - 370
Target Start/End: Original strand, 25665236 - 25665315
Alignment:
Q  291 tttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 370  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25665236 tttatgtaaattaatgatgcaggttttatttctgataaggaagagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 25665315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 291 - 370
Target Start/End: Original strand, 25671641 - 25671720
Alignment:
Q  291 tttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 370  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25671641 tttatgtaaattaatgatgcaggttttatttctgataaggaagagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 25671720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 291 - 370
Target Start/End: Original strand, 25678046 - 25678125
Alignment:
Q  291 tttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 370  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25678046 tttatgtaaattaatgatgcaggttttatttctgataaggaagagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 25678125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 291 - 370
Target Start/End: Original strand, 25684722 - 25684801
Alignment:
Q  291 tttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 370  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25684722 tttatgtaaattaatgatgcaggttttatttctgataaggaagagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 25684801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 392 - 508
Target Start/End: Original strand, 16163579 - 16163695
Alignment:
Q  392 tggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaaggattaatcgaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagata 491  Q
    |||||| || || |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||  |||||||| |||| || |||||||||||| |||||||||||    
T  16163579 tggacctcacttaaccgaagcagcatataagcaaatagccaaaggtttaattgaaggttcttttgcaaatccatccctaaaacctgctgctttcaagata 16163678  T
Q  492 gcttagaattgatgatg 508  Q
    |  ||||||||||||||    
T  16163679 gtctagaattgatgatg 16163695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 307 - 370
Target Start/End: Original strand, 27206768 - 27206831
Alignment:
Q  307 atgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 370  Q
    |||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27206768 atgcaggttttactttggataacgtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 27206831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 284 - 370
Target Start/End: Original strand, 16163417 - 16163503
Alignment:
Q  284 tcactaatttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 370  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||| || |||||| || ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16163417 tcactagtttatgtgcattaatgatgtaggctttacttctgataaggtcgaggttttgaaagcatgttgtggaggaattggaccata 16163503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 291 - 360
Target Start/End: Original strand, 27229419 - 27229488
Alignment:
Q  291 tttatgtacattaatgatgcaggttttatttttgataaagttgagattttgaaagcatgttgtggaggaa 360  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||| ||  ||||| || ||||||||||||||||||    
T  27229419 tttatgtacattaatcatgcaggctttacttctgataaggtcaagattatgcaagcatgttgtggaggaa 27229488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 444 - 502
Target Start/End: Original strand, 25659041 - 25659099
Alignment:
Q  444 gaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattg 502  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || ||| || ||| |||||| ||||||||||||||    
T  25659041 gaaggcccttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaattg 25659099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 444 - 502
Target Start/End: Original strand, 25665446 - 25665504
Alignment:
Q  444 gaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattg 502  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || ||| || ||| |||||| ||||||||||||||    
T  25665446 gaaggcccttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaattg 25665504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 444 - 502
Target Start/End: Original strand, 25671851 - 25671909
Alignment:
Q  444 gaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattg 502  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || ||| || ||| |||||| ||||||||||||||    
T  25671851 gaaggcccttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaattg 25671909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 444 - 502
Target Start/End: Original strand, 25678256 - 25678314
Alignment:
Q  444 gaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattg 502  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || ||| || ||| |||||| ||||||||||||||    
T  25678256 gaaggcccttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaattg 25678314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 444 - 502
Target Start/End: Original strand, 25684932 - 25684990
Alignment:
Q  444 gaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattg 502  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || ||| || ||| |||||| ||||||||||||||    
T  25684932 gaaggcccttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaattg 25684990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 2)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 29 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 18547 - 18364
Alignment:
Q  29 aagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagagacaataaaac 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | | | || || |||||||| | ||| ||||||| ||| ||||||||| ||| ||    
T  18547 aagaaagaagactatgatgaatttgggtgcttaatagcttacaataatttaatagagtactttaacgggcaactaaaaaattctatagagacactaagac 18448  T
Q  129 agaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtg 212  Q
    |||| |||||| ||| ||||||| |||| ||||| || || || |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  18447 agaagcaccctgaagttaagataatatactttgactactataatgatgccaaacgtttatatcaaacaccgcaacaatatggtg 18364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 29 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 43559 - 43376
Alignment:
Q  29 aagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagagacaataaaac 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | | | || || |||||||| | ||| ||||||| ||| ||||||||| ||| ||    
T  43559 aagaaagaagactatgatgaatttgggtgcttaatagcttacaataatttaatagagtactttaacgggcaactaaaaaattctatagagacactaagac 43460  T
Q  129 agaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtg 212  Q
    |||| |||||| ||| ||||||| |||| ||||| || || || |||| |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  43459 agaagcaccctgaagttaagataatatactttgactactataatgatgccaaatgtttatatcaaacaccgcaacaatatggtg 43376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 29 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 33120792 - 33120609
Alignment:
Q  29 aagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagagacaataaaac 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | | |  | || |||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||| ||| ||    
T  33120792 aagaaagaagactatgatgaatttgggtgcttaatagcttacaataatttagtcgagtactttaatgggcaactaaaaaattctatagagacactaagac 33120693  T
Q  129 agaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtg 212  Q
    |||| |||||| ||| ||||||| |||| ||||| || || || |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  33120692 agaagcaccctgaagttaagataatatactttgactactataatgatgccaaacgtttatatcaaacaccgcaacaatatggtg 33120609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 29 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 33130535 - 33130352
Alignment:
Q  29 aagaaagaagactatgatgaatttggatgtttgatagcttacaacactctcattgaatactttaatgagcagctaaaaatttccatagagacaataaaac 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | | |  | || |||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||| ||| ||    
T  33130535 aagaaagaagactatgatgaatttgggtgcttaatagcttacaataatttagtcgagtactttaatgggcaactaaaaaattctatagagacactaagac 33130436  T
Q  129 agaaacaccctcaagctaagatagtatattttgattattacaacgatgtcaaacgtttatatcaaacaccacaacagtatggtg 212  Q
    |||| |||||| ||| ||||||| |||| ||||| || || || |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  33130435 agaagcaccctgaagttaagataatatactttgactactataatgatgccaaacgtttatatcaaacaccgcaacaatatggtg 33130352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University