View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15606_high_1 (Length: 878)

Name: NF15606_high_1
Description: NF15606
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15606_high_1
NF15606_high_1
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-866)||(51717063-51717921)
chr1 (371-858)||(14311176-14311666)
chr1 (556-858)||(7589717-7590021)
chr1 (378-526)||(7589567-7589715)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 803; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 803; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 866
Target Start/End: Complemental strand, 51717921 - 51717063
Alignment:
Q  1 catcttatgttcaatcaaattaactcgtgttggttaatggttatggtagtgttagtgtatcattattattctcacacagtttatttaaagcaacaaaagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51717921 catcttatgttcaatcaaattaactcatgttggttaatggttatggtagtgt------atcattattattctcacacagtttatttaaagcaacaaaagt 51717828  T
Q  101 ttatacccacttgaagtatatcaattgataatgtaaattttttgtacacaaatctagcagaaattccaaatttctgataaataaacatggctagcagcag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51717827 ttatacccacttgaagtatatcaattgataatgtaaattttttgtacacaaatctagcagaaattccaaatttctgataaataaacatggctagcagcag 51717728  T
Q  201 ctaacctaattacaataaataattcattcatccttagacacttcctactgctatctcatttttcctgttgtattttcctcattttcaatatatagttggc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  51717727 ctaacctaattacaataaataattcattcatccttagacacttcctactgctatctcatttttcctgttgtattttcctcattt-caatatatagttggc 51717629  T
Q  301 aatgcccttaatacagtgcatggaccaaggtcaaaccccaaaaggaaaaaattaataaataaattaactcatcctagtactgttccttcttccccaccac 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51717628 aatgcccttaatacagtgcatggaccaaggccaaaccccaaaaggaaaaaattaataaataaattaactcatcctagtactgttccttcttccccaccac 51717529  T
Q  401 ttcttcttggctttctctatggaaccatcttcacttccaagtttatttaaaataacctttgtttcacgcagtcttgcggcatagtcctttttccaacctt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51717528 ttcttcttggctttctctatggaaccatcttcacttccaagtttatttaaaataacctttgtttcacgcagtcttgcggcatagtcctttttccaacctt 51717429  T
Q  501 caaacatttgttttaaccttctaagttctcggtctggattcaaacttgcttcaatttgaccagattttacctcaaccaagaacttggcatcatcgccaaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51717428 caaacatttgttttaaccttctaagttctcggtctggattcaaacttgcttcaatttgaccagattttacctcaaccaagaacttggcatcatcgccaaa 51717329  T
Q  601 tacctgactcctttgctcaaattcttcagccagccgacttataacgctcaaaccagcactcatagatcttgttccactgctttcttggcgcctgtgatta 700  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51717328 tacttgactcctttgctcaaattcttcagccagccgacttataacgctcaaaccagcactcatagatcttgttccactgctttcttggcgcctgtgatta 51717229  T
Q  701 tttcccatatcccagctgtattccttgtcatcgcttgcatgaacagaagcatctgaattactttcagaatcatccataacaaggctcttctttgcaatgg 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  51717228 tttcccatatcccagctgtattccttgtcatcgcttgcattaacagaagcatctgaattcctttcagaatcatccatagcaaggctcttctttgcaatgg 51717129  T
Q  801 agagactagattgtaaggatctcatttgtttctgccatgctgcttccatggatttcatttttagtt 866  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  51717128 agagactagattgtaaggatctcatttgtttctgccatacttcttccatggatttcatttttagtt 51717063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 371 - 858
Target Start/End: Complemental strand, 14311666 - 14311176
Alignment:
Q  371 atcctagtactgttccttcttccccaccacttcttcttggctttctctatggaaccatcttcacttccaagtttatttaaaataacctttgtttcacgca 470  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||| |  | || ||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  14311666 atccttgtactgttccttcttccccaccactttttcttcattttctcaagtgcactatcttcagttccaagtttatttataattaactttgtttcacgca 14311567  T
Q  471 gtcttgcggcatagtcctttttccaaccttcaaacatttgttttaaccttctaagttctcggtctggattcaaacttgcttcaatttgaccagattttac 570  Q
     ||||||  | || ||| |||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  14311566 atcttgccccgtaatcccttttccaagcttcaaacatctgttttagccttctaagttcttgatctggattcaaacttgcttctgcttgaccagattttac 14311467  T
Q  571 ctcaaccaagaacttggcatcatcgccaaatacctgactcctttgctcaaattcttcagccagccgacttataacgctcaaaccagcactcatagatctt 670  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||    
T  14311466 ctcaactaagaacttggcatcatcaccaaatacttgactcctttgctcaaattcttcagcaagccgacttataacactcaaactagcactcgttgatctt 14311367  T
Q  671 gttccactgctttcttggcgcctgtgattatttcccatatcccagctgtattccttgtcatcgcttgc---atgaacagaagcatctgaattactttcag 767  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| ||    ||||| |||||   || |||||| ||||||||||| || ||||    
T  14311366 gttccgttgctttcttggcgcctgtgattacttcccgcatcccagctgtaatcacgctcatcacttgcattattaacagatgcatctgaatttctgtcag 14311267  T
Q  768 aatcatccataacaaggctcttctttgcaatggagagactagattgtaaggatctcatttgtttctgccatgctgcttccatggatttcat 858  Q
    | ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||    
T  14311266 agtcatcaatagcaaggctcttcttagcaatggagaggctagattgaagtgatctcatttgtttctgccacacgtcttccatggatttcat 14311176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 556 - 858
Target Start/End: Original strand, 7589717 - 7590021
Alignment:
Q  556 ttgaccagattttacctcaaccaagaacttggca-tcatcgccaaatacctgactcctttgctcaaattcttcagccagccgacttataacgctcaaacc 654  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||| |||||||     
T  7589717 ttgaccagatttcacctcaaccaagaacttggcaatcgtcaccaaatacttgactcctttgc--aaatgcttcagcaagccgacttataacactcaaact 7589814  T
Q  655 agcactcatagatcttgttccactgctttcttggcgcctgtgattatttcccatatcccagctgtattccttgtcatcgcttgc---atgaacagaagca 751  Q
    |||| || | || ||||||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||| ||    ||||| |||||   || |||||| |||    
T  7589815 agcagtcgttgaccttgttccgttgctttcttggctcctgtgattacttcccacctcccagctgtaatcacgctcatcacttgcattattaacagatgca 7589914  T
Q  752 tctgaattactttcagaatcatccataacaaggctcttctttgcaatggagagactagattgtaaggatctcatttgtttctgccatgctgcttccatgg 851  Q
    |||||||| || ||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||| ||||     |||||||||    
T  7589915 tctgaatttctgtcagagtcatcaatagcaaggctcttcttagcaatggagaggctagattgaagtgatctcatttgtttcagccacaagtcttccatgg 7590014  T
Q  852 atttcat 858  Q
    |||||||    
T  7590015 atttcat 7590021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 378 - 526
Target Start/End: Original strand, 7589567 - 7589715
Alignment:
Q  378 tactgttccttcttccccaccacttcttcttggctttctctatggaaccatcttcacttccaagtttatttaaaataacctttgtttcacgcagtcttgc 477  Q
    |||| ||||||| |||||||||||| |||||   |||||| |  | ||  |||||| ||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||||  |||||    
T  7589567 tactattccttcatccccaccactttttcttcattttctcaagtgcactgtcttcagttccaagtttatttataatcaacttcgtttcacgcaaccttgc 7589666  T
Q  478 ggcatagtcctttttccaaccttcaaacatttgttttaaccttctaagt 526  Q
        || ||| |||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  7589667 cctgtaatcccttttccaagcttcaaacatctgttttagccttctaagt 7589715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University