View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15610_high_6 (Length: 302)

Name: NF15610_high_6
Description: NF15610
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15610_high_6
NF15610_high_6
[»] chr6 (49 HSPs)
chr6 (51-285)||(26143519-26143753)
chr6 (51-276)||(25483710-25483935)
chr6 (51-276)||(25539194-25539419)
chr6 (51-276)||(25580373-25580598)
chr6 (51-277)||(26056573-26056799)
chr6 (51-277)||(26076543-26076769)
chr6 (51-279)||(26656616-26656844)
chr6 (51-279)||(26762587-26762815)
chr6 (51-277)||(26862231-26862457)
chr6 (51-277)||(26647130-26647356)
chr6 (51-277)||(26753098-26753324)
chr6 (51-279)||(26884721-26884949)
chr6 (51-277)||(27337400-27337626)
chr6 (51-277)||(27398140-27398366)
chr6 (56-276)||(27705710-27705930)
chr6 (51-279)||(28786889-28787117)
chr6 (53-276)||(26623924-26624147)
chr6 (53-276)||(26729901-26730124)
chr6 (51-228)||(25492673-25492850)
chr6 (148-277)||(25511640-25511769)
chr6 (56-276)||(26803102-26803322)
chr6 (51-251)||(27717830-27718030)
chr6 (51-250)||(28793010-28793209)
chr6 (51-217)||(27215103-27215269)
chr6 (51-249)||(27530634-27530832)
chr6 (51-251)||(27610451-27610651)
chr6 (51-279)||(28781752-28781980)
chr6 (63-279)||(27604007-27604223)
chr6 (56-250)||(27426944-27427138)
chr6 (51-276)||(31285210-31285435)
chr6 (56-276)||(27679606-27679826)
chr6 (51-250)||(26824470-26824669)
chr6 (51-276)||(27697892-27698117)
chr6 (56-214)||(27592389-27592547)
chr6 (56-214)||(27676988-27677146)
chr6 (51-102)||(25511589-25511640)
chr6 (160-243)||(28140295-28140378)
chr6 (168-250)||(28097775-28097857)
chr6 (161-237)||(26937790-26937866)
chr6 (149-214)||(26849461-26849526)
chr6 (143-231)||(28243538-28243626)
chr6 (168-231)||(28227720-28227783)
chr6 (168-231)||(28235333-28235396)
chr6 (143-250)||(28297072-28297179)
chr6 (143-250)||(28514894-28515001)
chr6 (181-251)||(26724349-26724419)
chr6 (168-250)||(26950511-26950593)
chr6 (149-214)||(26975700-26975765)
chr6 (159-231)||(29843338-29843410)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (53-282)||(28163675-28163904)
chr1 (51-228)||(28127029-28127206)
chr1 (51-250)||(267672-267871)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (51-279)||(8138-8366)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (51-279)||(12978-13206)
scaffold0277 (51-279)||(4015-4243)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (51-250)||(18698728-18698927)
chr4 (51-250)||(18678888-18679087)
chr4 (56-250)||(18074417-18074611)
chr4 (56-250)||(18723413-18723607)
chr4 (56-250)||(18730832-18731026)
chr4 (56-250)||(18654805-18654999)
chr4 (143-251)||(5090284-5090392)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (51-276)||(29273144-29273369)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (51-250)||(2871-3070)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (56-250)||(60225-60419)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (151-250)||(3280410-3280509)
chr2 (145-250)||(17992547-17992652)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (151-250)||(16691618-16691717)
[»] scaffold0038 (3 HSPs)
scaffold0038 (143-231)||(43700-43788)
scaffold0038 (168-231)||(28218-28281)
scaffold0038 (168-231)||(35495-35558)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 49)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 51 - 285
Target Start/End: Original strand, 26143519 - 26143753
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26143519 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaagaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttttggtac 26143618  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26143619 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 26143718  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatct 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26143719 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatct 26143753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 51 - 276
Target Start/End: Original strand, 25483710 - 25483935
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25483710 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttttggtac 25483809  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25483810 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattttcttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 25483909  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctcca 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  25483910 agtcataataacctgaaacatctcca 25483935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 51 - 276
Target Start/End: Original strand, 25539194 - 25539419
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25539194 ccaaataccctgttggattacagtccccaatagaacaagtgaaattgcttcttgacttgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 25539293  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25539294 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattttgttgctgatcaatttgaagttgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 25539393  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctcca 276  Q
    |||||||||||| |||||||||||||    
T  25539394 agtcataataacttgaaacatctcca 25539419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 51 - 276
Target Start/End: Original strand, 25580373 - 25580598
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  25580373 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgtggtccacatggtaggactttatggtac 25580472  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25580473 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagatttca 25580572  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctcca 276  Q
    | || ||||||| |||||||||||||    
T  25580573 attcttaataacttgaaacatctcca 25580598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 51 - 277
Target Start/End: Original strand, 26056573 - 26056799
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  26056573 ccaaataccctgttggattgcagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgagaatgaggtccgcatggtaggaatttttggtac 26056672  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26056673 cggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 26056772  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctccag 277  Q
    | || ||| ||| ||||||||||||||    
T  26056773 actcttaagaacttgaaacatctccag 26056799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 51 - 277
Target Start/End: Original strand, 26076543 - 26076769
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  26076543 ccaaataccctgttggattgcagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgagaatgaggtccgcatggtaggaatttttggtac 26076642  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26076643 cggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 26076742  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctccag 277  Q
    | || ||| ||| ||||||||||||||    
T  26076743 actcttaagaacttgaaacatctccag 26076769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 51 - 279
Target Start/End: Original strand, 26656616 - 26656844
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  26656616 ccaaataccctgttggattagagtctcgagtacaacaagtgaaattgcttcttgataagggatctaaggatgaggttctcatggtaggactttatggtac 26656715  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26656716 tggaggcatgggtaaatcaacacttgccaaagcaatttataattttgtcgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcacaatgtcagagagaattca 26656815  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctccagga 279  Q
      |||||||||  ||||||||||||||||    
T  26656816 gctcataataatttgaaacatctccagga 26656844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 51 - 279
Target Start/End: Original strand, 26762587 - 26762815
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  26762587 ccaaataccctgttggattagagtctcgagtacaacaagtgaaattgcttcttgataagggatctaaggatgaggttctcatggtaggactttatggtac 26762686  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26762687 tggaggcatgggtaaatcaacacttgccaaagcaatttataattttgtcgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcacaatgtcagagagaattca 26762786  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctccagga 279  Q
      |||||||||  ||||||||||||||||    
T  26762787 gctcataataatttgaaacatctccagga 26762815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 51 - 277
Target Start/End: Original strand, 26862231 - 26862457
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| || | ||| | |||||||||||||||||||||    
T  26862231 ccaaataccctgttggattaaagtcccgagtagaacaagtgaaattgcttcttgatatggaatctgatgaaggggtacacatggtaggactttatggtac 26862330  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  26862331 tggaggcatggggaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttgttgccgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataaagttagagagaattca 26862430  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctccag 277  Q
    | |||||||| | ||||||||||||||    
T  26862431 actcataatagcttgaaacatctccag 26862457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 51 - 277
Target Start/End: Original strand, 26647130 - 26647356
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |  ||||| || | |||||  ||||||||||||||||||||    
T  26647130 ccaaataccctgttggattagagtcccgattagaacaagtgaaattgcttcttgataaagaatctgatgaaggggtccatatggtaggactttatggtac 26647229  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26647230 tggaggtttgggtaaatcaacacttgccaaagcgatttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgctttcttcataatgtcagagagaattca 26647329  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctccag 277  Q
      |||||||||| ||||||||||||||    
T  26647330 gctcataataacttgaaacatctccag 26647356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 51 - 277
Target Start/End: Original strand, 26753098 - 26753324
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |  ||||| || | |||||  ||||||||||||||||||||    
T  26753098 ccaaataccctgttggattagagtcccgattagaacaagtgaaattgcttcttgataaagaatctgatgaaggggtccatatggtaggactttatggtac 26753197  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26753198 tggaggtttgggtaaatcaacacttgccaaagcgatttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgctttcttcataatgtcagagagaattca 26753297  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctccag 277  Q
      |||||||||| ||||||||||||||    
T  26753298 gctcataataacttgaaacatctccag 26753324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 51 - 279
Target Start/End: Original strand, 26884721 - 26884949
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| | |||||||||||||| | ||  ||| | || | ||| | |||||||||| ||||||||||    
T  26884721 ccaaataccctgttggattacagtaccgagtacaacaattaaaattgcttcttgataaggaatctaacgaaggggtacacatggtaggaatttatggtac 26884820  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  26884821 tggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattatgttgctgatcaatttgaatgtgtatgttttctgcataaagtcagggagaattca 26884920  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctccagga 279  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||    
T  26884921 actcataataacttgaaacatctccagga 26884949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 51 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 27337626 - 27337400
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||   ||  ||||| || | ||||  |||||||||||||||||||||    
T  27337626 ccaaataccctgttggattacagtcccgagtacaacaagtaaaattgcttcttgatgaggaatctgatgaaggggtcaacatggtaggactttatggtac 27337527  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    | ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  27337526 tagaggcttgggaaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggagtatgctttcttcataatgttagagagaattca 27337427  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctccag 277  Q
      || ||| ||| ||||||||||||||    
T  27337426 gctcgtaaaaacttgaaacatctccag 27337400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 51 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 27398366 - 27398140
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||   ||  ||||| || | ||||  |||||||||||||||||||||    
T  27398366 ccaaataccctgttggattacagtcccgagtacaacaagtaaaattgcttcttgatgaggaatctgatgaaggggtcaacatggtaggactttatggtac 27398267  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    | ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  27398266 tagaggcttgggaaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggagtatgctttcttcataatgttagagagaattca 27398167  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctccag 277  Q
      || ||| ||| ||||||||||||||    
T  27398166 gctcgtaaaaacttgaaacatctccag 27398140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 56 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 27705930 - 27705710
Alignment:
Q  56 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 155  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||  ||||||||   |||  |||| |||| |||||  ||||| ||| ||| ||| | |||||    
T  27705930 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcacttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatttttggcattggag 27705831  T
Q  156 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaagtca 255  Q
    || ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||  |||    
T  27705830 gcttgggtaaatcaacacttgcaagagcaatttataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagctca 27705731  T
Q  256 taataacctgaaacatctcca 276  Q
     ||| || |||||||||||||    
T  27705730 aaatgacttgaaacatctcca 27705710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 51 - 279
Target Start/End: Original strand, 28786889 - 28787117
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||    || ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  28786889 ccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtccgcatggtaggactttatggtac 28786988  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  28786989 tggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 28787088  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctccagga 279  Q
      |   |||||  ||||||||||||||||    
T  28787089 gcttcaaataaattgaaacatctccagga 28787117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 53 - 276
Target Start/End: Original strand, 26623924 - 26624147
Alignment:
Q  53 aaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactg 152  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||  |||||||| |  || ||||| |||| |||||  ||||| ||| | ||||| | ||    
T  26623924 aaataccctgttggattacagtctcaactacaacaagtgaaatcacttcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaatgtatgggattg 26624023  T
Q  153 gaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaag 252  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||      
T  26624024 gaggcttgggcaaatcaacacttgcaagagcaatctataactttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagc 26624123  T
Q  253 tcataataacctgaaacatctcca 276  Q
    ||| |||||| |||||||||||||    
T  26624124 tcaaaataacttgaaacatctcca 26624147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 53 - 276
Target Start/End: Original strand, 26729901 - 26730124
Alignment:
Q  53 aaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactg 152  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||  |||||||| |  || ||||| |||| |||||  ||||| ||| | ||||| | ||    
T  26729901 aaataccctgttggattacagtctcaactacaacaagtgaaatcacttcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaatgtatgggattg 26730000  T
Q  153 gaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaag 252  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||      
T  26730001 gaggcttgggcaaatcaacacttgcaagagcaatctataactttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagc 26730100  T
Q  253 tcataataacctgaaacatctcca 276  Q
    ||| |||||| |||||||||||||    
T  26730101 tcaaaataacttgaaacatctcca 26730124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 51 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 25492850 - 25492673
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| || |||| |||||||||||||| ||   ||  |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  25492850 ccaaataccctgttggattacaatcccgagtacaacacgtgaaattgcttctagatgaggtatctgaggatgagttccacatggtaggactttatggtac 25492751  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttct 228  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||| || | ||||| ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25492750 tggaggcttaggtaaatcaacacttgcaaaatcaatctataacttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 25492673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 148 - 277
Target Start/End: Original strand, 25511640 - 25511769
Alignment:
Q  148 tactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaat 247  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25511640 tactagaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaat 25511739  T
Q  248 tcaagtcataataacctgaaacatctccag 277  Q
    |||| || ||| ||| ||||||||||||||    
T  25511740 tcaactcttaagaacttgaaacatctccag 25511769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 56 - 276
Target Start/End: Original strand, 26803102 - 26803322
Alignment:
Q  56 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 155  Q
    |||||||||||||| || || ||| || || ||||||||| |||||||||   |||  |||| |||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  26803102 taccctgttggattgcactctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatttatgggattggag 26803201  T
Q  156 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaagtca 255  Q
    || ||||||||||| ||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||  |||    
T  26803202 gcttgggtaaatcagcacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagctca 26803301  T
Q  256 taataacctgaaacatctcca 276  Q
     |||||| |||||||||||||    
T  26803302 aaataacttgaaacatctcca 26803322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 51 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 27718030 - 27717830
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||     | ||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  27718030 ccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtac 27717931  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  27717930 tggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 27717831  T
Q  251 a 251  Q
    |    
T  27717830 a 27717830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 51 - 250
Target Start/End: Original strand, 28793010 - 28793209
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||    || ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  28793010 ccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtccgcatggtaggactttatggtac 28793109  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||| ||||    
T  28793110 tggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagagttca 28793209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 51 - 217
Target Start/End: Original strand, 27215103 - 27215269
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    ||||| ||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||||  |    
T  27215103 ccaaacaccctgttggattacatacccaaatacaacaagtaaaattgcttcttgacaagggatctaaggaagaggtccacatggtaggacttcatggagc 27215202  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||||| |||||||||    
T  27215203 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttttaatttcattgctgatcagtttgaaggt 27215269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 51 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 27530832 - 27530634
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||  || ||||||       ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27530832 ccaaatatcctgttggattacagtcccgagtacaacatgtgaaagggcatcttgatgaaaaatctgatgatgaggtccacatggtaggactttatggtac 27530733  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattc 249  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||||||||  | ||||| |||| ||||||    
T  27530732 tggaggcataggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaagttttatgttttctagaaaatgtgagagtgaattc 27530634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 51 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 27610651 - 27610451
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| | | || || ||||||||| |||||||||     | ||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  27610651 ccaattaccctgttggattgcagtctcaagtacaagaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtac 27610552  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  27610551 tggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 27610452  T
Q  251 a 251  Q
    |    
T  27610451 a 27610451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 51 - 279
Target Start/End: Original strand, 28781752 - 28781980
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||     || | |||  |||  ||| | ||||||||||||||||||||    
T  28781752 ccaattaccctgttggattacagtcccgagtacaacaagtgaaatcgcttcttggtgaaggatatgataatggagtcaggatggtaggactttatggtac 28781851  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  28781852 tggaggcttgggtaaatcaacacttgtaaaagcagtttataacttaattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 28781951  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctccagga 279  Q
      |   |||||  ||||||||||||||||    
T  28781952 gcttcaaataaattgaaacatctccagga 28781980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 63 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 27604223 - 27604007
Alignment:
Q  63 ttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggaggcatggg 162  Q
    ||||||| ||||| ||| || ||||||||||||  ||||||||     | ||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  27604223 ttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatctcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtactggaggattggg 27604124  T
Q  163 taaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaagtcataataac 262  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||  |   |||||     
T  27604123 taaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataaa 27604024  T
Q  263 ctgaaacatctccagga 279  Q
     ||||||||||||||||    
T  27604023 ttgaaacatctccagga 27604007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 56 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 27427138 - 27426944
Alignment:
Q  56 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 155  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||   |||  |||| |||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  27427138 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatttatgggattggag 27427039  T
Q  156 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||   ||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  | |||||||||||||||    
T  27427038 gctcaggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttgaacaagtcagagagaattca 27426944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 51 - 276
Target Start/End: Original strand, 31285210 - 31285435
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||| ||||||||||||||  |||  |||||| |||||||||||||||||||||| | ||   || |  | | ||| | |||||||||||||||||| |     
T  31285210 ccaattaccctgttggatttaagtttcgaatacaacaagtgaaattgcttcttgataaggaaactaataaaggggtacacatggtaggactttatgggat 31285309  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| ||| |||||||||||| ||  |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  31285310 aggaggcttgggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttattggtgatcaatttgacggattatgttttcttcatgatgtgagagagaattca 31285409  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctcca 276  Q
      | | |||||| |||||||||||||    
T  31285410 gctaaaaataacttgaaacatctcca 31285435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 56 - 276
Target Start/End: Original strand, 27679606 - 27679826
Alignment:
Q  56 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 155  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||   ||| || || |||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  27679606 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggatccgatgatggggtccatatggttggaatttatggcattggag 27679705  T
Q  156 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaagtca 255  Q
    |  |||| |||||||||||||||| |  | | |||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||||||| |||| ||||||||||||  |||    
T  27679706 gtttggggaaatcaacacttgcaagacaaatctataattttgttgcagatcaattcgaaggttcatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagctca 27679805  T
Q  256 taataacctgaaacatctcca 276  Q
     |||||| ||||| |||||||    
T  27679806 aaataacttgaaatatctcca 27679826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 51 - 250
Target Start/End: Original strand, 26824470 - 26824669
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||  |||||||| |  |  ||||| |||| |||||  |||||||||||||| ||||     
T  26824470 ccaaatacccggttggattacagtcccgagtacaacaagtgaaatctcttcttgataacgaatctgatgatgtggtccatatggtaggactttacggtat 26824569  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||  | ||||||||||||||||||||||||  || ||||| | |||||||| ||||||||| | | ||||||||| | || || ||||||||||||    
T  26824570 tggaggtttaggtaaatcaacacttgcaaaagcaacttttaattctattgctgataaatttgaagttttttgttttcttgagaacgtgagagagaattca 26824669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 51 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 27698117 - 27697892
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||| |||||||||||||||||||| | | || ||  ||||||||   ||||||| |  || ||||| |||| |||||  ||||| ||| ||| ||| |     
T  27698117 ccaattaccctgttggattacagtctcaagtacaaagagtgaaatcaattcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaatttttgggat 27698018  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||    
T  27698017 tggaggcttgggaaaatcaacacttgcaagagcaatctataatttggttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcataatgtgagaatgaattca 27697918  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctcca 276  Q
      | | |||||| || ||||||||||    
T  27697917 gctaaaaataacttggaacatctcca 27697892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 56 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 27592547 - 27592389
Alignment:
Q  56 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 155  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||    || |||||  ||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  27592547 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaatttatgggattggag 27592448  T
Q  156 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaa 214  Q
    || |||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  27592447 gcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataactttattgctgatcaatttgaa 27592389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 56 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 27677146 - 27676988
Alignment:
Q  56 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 155  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || ||||| |||||| |||||||||    || |||||  ||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  27677146 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaaatgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaatttatgggattggag 27677047  T
Q  156 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaa 214  Q
    || |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27677046 gcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaa 27676988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 51 - 102
Target Start/End: Original strand, 25511589 - 25511640
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttct 102  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25511589 ccaaataccctgttggattgcagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttct 25511640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 160 - 243
Target Start/End: Original strand, 28140295 - 28140378
Alignment:
Q  160 gggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagaga 243  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||||    
T  28140295 gggtaaaacaacacttgcacaagcaatttataattttattgccgatcaatttgaatgtttgtgttttcttcataatgtgagaga 28140378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 168 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 28097857 - 28097775
Alignment:
Q  168 caacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||| |||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||    
T  28097857 caacacttgcaaaagcggtttataatttcattgctggtcaatttgaatgtgtctgtttccttcacaatgtgagagaaaattca 28097775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 161 - 237
Target Start/End: Original strand, 26937790 - 26937866
Alignment:
Q  161 ggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgt 237  Q
    ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||  ||| ||||||||||||| || | |||||||||||||||||    
T  26937790 ggtaaatcaacacttgcacgagcaatttataatttgattggtgatcaatttgaaagtttgtgttttcttcataatgt 26937866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 149 - 214
Target Start/End: Original strand, 26849461 - 26849526
Alignment:
Q  149 actggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaa 214  Q
    |||||||| ||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  26849461 actggaggaatgggaaaaacaacacttgctcaagcagtttataattcgattgctgatcaatttgaa 26849526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 231
Target Start/End: Original strand, 28243538 - 28243626
Alignment:
Q  143 tatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttca 231  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||   | ||||||||||||||  || |||||||||||||    
T  28243538 tatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgattgtttatgttttcttca 28243626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 168 - 231
Target Start/End: Original strand, 28227720 - 28227783
Alignment:
Q  168 caacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttca 231  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| | || ||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  28227720 caacacttgcaagggcagtttataattttatagccgatcaatttgatggtttgtgttttcttca 28227783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 168 - 231
Target Start/End: Original strand, 28235333 - 28235396
Alignment:
Q  168 caacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttca 231  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||   | |||||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  28235333 caacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatggtttgtgttttcttca 28235396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 143 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 28297179 - 28297072
Alignment:
Q  143 tatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagag 242  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||  |||||||||| | ||||||||||||||   | || ||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||| || |    
T  28297179 tatgggactggagggatgggaaagacaacacttgccagagcagtttataattccatagccgatcaatttgatggtttgtgttttcttcacaatgtaaggg 28297080  T
Q  243 agaattca 250  Q
    | ||||||    
T  28297079 aaaattca 28297072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 143 - 250
Target Start/End: Original strand, 28514894 - 28515001
Alignment:
Q  143 tatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagag 242  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||  |||||||||| | ||||||||||||||   | || ||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||| || |    
T  28514894 tatgggactggagggatgggaaagacaacacttgccagagcagtttataattccatagccgatcaatttgatggtttgtgttttcttcacaatgtaaggg 28514993  T
Q  243 agaattca 250  Q
    | ||||||    
T  28514994 aaaattca 28515001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 181 - 251
Target Start/End: Original strand, 26724349 - 26724419
Alignment:
Q  181 agcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaa 251  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||  | ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||    
T  26724349 agcagtttatgatttgattgctgatcaatttgaagggttgtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcaa 26724419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 168 - 250
Target Start/End: Original strand, 26950511 - 26950593
Alignment:
Q  168 caacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| ||  ||||| ||||||||||| |   |||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  26950511 caacacttgctcaagcagtttataacttgattgctaatcaatttgaatgcaaatgttttcttcacaatgtgagagaaaattca 26950593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #48
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 149 - 214
Target Start/End: Original strand, 26975700 - 26975765
Alignment:
Q  149 actggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaa 214  Q
    ||||| || ||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  26975700 actgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatttgattgctaatcaatttgaa 26975765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #49
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 159 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 29843410 - 29843338
Alignment:
Q  159 tgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttca 231  Q
    |||||||| ||||||||||   |||| ||||||||||  |||||||| |||||||| || | |||||||||||    
T  29843410 tgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatttgattgctgataaatttgaatgtttgtgttttcttca 29843338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 106; Significance: 5e-53; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 53 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 28163904 - 28163675
Alignment:
Q  53 aaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactg 152  Q
    ||||| |||||||||||||| || | | || ||||||||||||||||||| || | ||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  28163904 aaatatcctgttggattacaatctcaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgatgaggtccacatggtaggactttatgatactg 28163805  T
Q  153 gaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaag 252  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||  |  |||| |||||||||||||     
T  28163804 gaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattcaac 28163705  T
Q  253 tcataataacctgaaacatctccaggaaga 282  Q
    ||     ||| |||||||||||||||||||    
T  28163704 tccatccaacttgaaacatctccaggaaga 28163675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 51 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 28127206 - 28127029
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    ||||||| |||||||||||||||  || | || |||||||||| |||||||| || | ||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  28127206 ccaaatatcctgttggattacaggaccaagtacaacaagtgaatttgcttctcgataagggatatgatgatgaggtccacatggtaggactttatggtat 28127107  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttct 228  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28127106 tggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 28127029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 51 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 267871 - 267672
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||| |||||||||||||||  ||| | | || |||||||||||||||||||||| |  || ||||| |||| |||||  ||||| ||| ||||||| |     
T  267871 ccaattaccctgttggattatggtctcaagtacaacaagtgaaattgcttcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaatttatgggat 267772  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  267771 tggaggcttgggtaaatcaacccttgcaagagcaatctataattttattgctgatcaatttgaaggattatgttttcttcatgatgtgagagaaaattca 267672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 51 - 279
Target Start/End: Original strand, 8138 - 8366
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||| |||||||||    || ||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  8138 ccaattaccctgttggattacagtctcgagtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtac 8237  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  8238 tggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 8337  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctccagga 279  Q
      |   |||||  ||||||||||||||||    
T  8338 gcttcaaataaattgaaacatctccagga 8366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 51 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 13206 - 12978
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||| |||||||||    || ||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  13206 ccaattaccctgttggattacagtctcgagtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtac 13107  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  13106 tggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 13007  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctccagga 279  Q
      |   |||||  ||||||||||||||||    
T  13006 gcttcaaataaattgaaacatctccagga 12978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 51 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 4243 - 4015
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||| |||||||||    || |||||  |||  | || |||||||||||||||||||||    
T  4243 ccaattaccctgttggattacagtctcgagtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatcatggagcccacatggtaggactttatggtac 4144  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  4143 tggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttattgctgatgaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 4044  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctccagga 279  Q
      |   |||||  ||||||||||||||||    
T  4043 gcttcaaataaattgaaacatctccagga 4015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 51 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 18698927 - 18698728
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||  ||||||||| |  || ||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||| |     
T  18698927 ccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaagcgcttcttgataaaggatctgatgatggagtccgcatgttaggactttatggcat 18698828  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  18698827 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 18698728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 51 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 18679087 - 18678888
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||     | ||| | ||||  ||||||||||||||||||||||| |     
T  18679087 ccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaatgatcttatgatggagtccgcatggtaggactttatggcat 18678988  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  18678987 tggaggcatgggtaaattaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 18678888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 56 - 250
Target Start/End: Original strand, 18074417 - 18074611
Alignment:
Q  56 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 155  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||   |||  |||| |||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  18074417 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatttatgggattggag 18074516  T
Q  156 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||   ||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  | |||||||||||||||    
T  18074517 gctcaggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttgaacaagtcagagagaattca 18074611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 56 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 18723607 - 18723413
Alignment:
Q  56 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 155  Q
    ||||||||||| || ||||| ||| || |||||||||||| ||||||||| |  || ||| | | ||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  18723607 taccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgataaaggatctaatggtggagtccgcatgataggactttatggtattggag 18723508  T
Q  156 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | || || ||||||||||||    
T  18723507 gcatgggaaaatcaacacttgcaaaaggaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaacgtgagagagaattca 18723413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 56 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 18731026 - 18730832
Alignment:
Q  56 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 155  Q
    ||||||||||| || ||||| ||| || |||||||||||| ||||||||| |  || ||| | | ||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  18731026 taccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgataaaggatcttatggtggagtccgcatgataggactttatggtattggag 18730927  T
Q  156 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  18730926 gcatgggaaaatcaacacttgctaaagtaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 18730832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 56 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 18654999 - 18654805
Alignment:
Q  56 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 155  Q
    ||||||||||| || ||||| ||| || |||||||||||| ||||||||| |  || ||||| | ||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  18654999 taccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgataaaggatctgatggtggagtccgcatgataggactttatggtattggag 18654900  T
Q  156 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| || || |||||| | ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||| ||||||    
T  18654899 gcatgggaaaatcaacacttgcaaaatcaattaataattgtattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagaaaattca 18654805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 143 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 5090392 - 5090284
Alignment:
Q  143 tatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagag 242  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||| |||| |||||  ||||| ||||||||||| || | ||||||||||  ||||| ||||    
T  5090392 tatgggactggaggaatgggtaaaaccacacttggaaaagcaatttacaatttcattgctcatcaatttgaatgtctttgttttcttcccaatgtgagag 5090293  T
Q  243 agaattcaa 251  Q
    | |||||||    
T  5090292 aaaattcaa 5090284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 86; Significance: 4e-41; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 51 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 29273369 - 29273144
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | | || ||||||| |||| ||||||||| |  || ||||| |||| | |||  ||||| ||| ||||||| |     
T  29273369 ccaaataccctgttggattacagtctcaagtacaacaagtcaaatcgcttcttgataatggatctgatgatgggatccatatggttggaatttatgggat 29273270  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||| ||| ||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  29273269 tggtggcttgggtaaatcaacccttgcaagagcaatctataatttttttgctgatcaatttgaagatttatgttttcttcatgatgtgagagagaattca 29273170  T
Q  251 agtcataataacctgaaacatctcca 276  Q
      | | |||||| |||||||||||||    
T  29273169 gctaaaaataacttgaaacatctcca 29273144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 84; Significance: 6e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 51 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 3070 - 2871
Alignment:
Q  51 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 150  Q
    |||| |||||||||||| |  |||| ||| || |||||||||||| |||||||||     | ||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  3070 ccaattaccctgttggaatgaagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtac 2971  T
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  2970 tggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 2871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 79; Significance: 6e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 56 - 250
Target Start/End: Original strand, 60225 - 60419
Alignment:
Q  56 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 155  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||   |||  |||| |||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  60225 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatttatgggattggag 60324  T
Q  156 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    ||   ||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  | |||||||||||||||    
T  60325 gctcaggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttgaacaagtcagagagaattca 60419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 52; Significance: 8e-21; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 151 - 250
Target Start/End: Original strand, 3280410 - 3280509
Alignment:
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    |||||| ||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  3280410 tggaggaatgggtaagacaactcttgcaagagcagtttataatttcattgctaatcaatttgaatgtgtatgttttcttcacaatgtgagagaaaattca 3280509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 145 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 17992652 - 17992547
Alignment:
Q  145 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagag 244  Q
    ||||||||| || ||||| ||  |||| |||||  |||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||   ||||| ||||| ||||| |||||     
T  17992652 tggtactggtggaatgggcaagacaactcttgctcaagcagtttataatttggttgctaatcaatttcaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaa 17992553  T
Q  245 aattca 250  Q
    ||||||    
T  17992552 aattca 17992547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 151 - 250
Target Start/End: Original strand, 16691618 - 16691717
Alignment:
Q  151 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 250  Q
    |||||| || |||||| ||||||||||   |||| ||||||||||  ||||||||||||||||| || | |||||||||||| | || ||||| ||||||    
T  16691618 tggaggaatcggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatttgattgctgatcaatttgaatgtttgtgttttcttcatgacgtgagagaaaattca 16691717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 3)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 231
Target Start/End: Original strand, 43700 - 43788
Alignment:
Q  143 tatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttca 231  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||   | ||||||||||||||  || |||||||||||||    
T  43700 tatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgattgtttatgttttcttca 43788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 168 - 231
Target Start/End: Original strand, 28218 - 28281
Alignment:
Q  168 caacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttca 231  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| | || ||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  28218 caacacttgcaagggcagtttataattttatagccgatcaatttgatggtttgtgttttcttca 28281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 168 - 231
Target Start/End: Original strand, 35495 - 35558
Alignment:
Q  168 caacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttca 231  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||   | |||||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  35495 caacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatggtttgtgttttcttca 35558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University