View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15620_low_1 (Length: 288)

Name: NF15620_low_1
Description: NF15620
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15620_low_1
NF15620_low_1
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-248)||(15349253-15349500)
chr4 (1-248)||(14687181-14687434)
chr4 (4-248)||(42711184-42711434)
chr4 (111-247)||(45240267-45240404)
chr4 (111-247)||(11498023-11498159)
chr4 (124-247)||(18290701-18290824)
chr4 (121-230)||(11918125-11918233)
chr4 (110-247)||(10629417-10629551)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-249)||(540167-540415)
chr7 (1-248)||(16327176-16327429)
chr7 (1-248)||(9581454-9581707)
chr7 (1-248)||(9729306-9729559)
chr7 (1-248)||(4311280-4311532)
chr7 (1-248)||(8783498-8783751)
chr7 (1-163)||(14223144-14223312)
chr7 (110-247)||(23513736-23513873)
chr7 (120-247)||(4462117-4462244)
chr7 (110-247)||(13741088-13741225)
chr7 (114-247)||(5395811-5395944)
chr7 (110-247)||(12565670-12565807)
chr7 (107-247)||(10439748-10439888)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-249)||(27045425-27045673)
chr1 (116-214)||(22626469-22626567)
chr1 (111-247)||(21785853-21785986)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-249)||(22062919-22063167)
chr6 (1-248)||(19586983-19587221)
chr6 (110-247)||(18188979-18189116)
chr6 (101-247)||(23519161-23519307)
chr6 (121-247)||(17818194-17818320)
chr6 (110-249)||(18852688-18852823)
chr6 (203-248)||(29685293-29685338)
chr6 (206-247)||(24390285-24390326)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (1-249)||(6813420-6813668)
chr3 (1-248)||(12777913-12778166)
chr3 (1-248)||(15024255-15024508)
chr3 (111-247)||(20562017-20562153)
chr3 (111-247)||(20564325-20564461)
chr3 (111-247)||(20559709-20559845)
chr3 (110-247)||(13090217-13090351)
chr3 (110-247)||(9362367-9362501)
chr3 (110-247)||(13096380-13096514)
chr3 (202-248)||(3246922-3246968)
chr3 (128-247)||(20153465-20153581)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (1-248)||(29313-29566)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-248)||(20000853-20001103)
chr8 (111-247)||(20040479-20040615)
chr8 (107-247)||(21855186-21855323)
chr8 (111-247)||(17619412-17619545)
[»] scaffold0035 (1 HSPs)
scaffold0035 (1-248)||(51962-52215)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (1-248)||(23712116-23712369)
chr5 (116-247)||(20446255-20446386)
chr5 (110-247)||(21282320-21282458)
chr5 (124-247)||(18487473-18487596)
chr5 (121-247)||(23602050-23602173)
chr5 (110-247)||(24939200-24939334)
chr5 (127-247)||(24218516-24218633)
[»] scaffold0485 (1 HSPs)
scaffold0485 (1-248)||(11313-11567)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (110-247)||(24500997-24501134)
chr2 (102-247)||(25339516-25339661)
[»] scaffold0222 (1 HSPs)
scaffold0222 (124-247)||(18509-18632)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (110-229)||(11741-11860)
[»] scaffold0566 (1 HSPs)
scaffold0566 (111-247)||(1275-1411)
[»] scaffold0026 (1 HSPs)
scaffold0026 (110-214)||(17034-17138)
[»] scaffold0113 (1 HSPs)
scaffold0113 (110-247)||(38043-38177)
[»] scaffold1184 (1 HSPs)
scaffold1184 (206-240)||(537-571)
[»] scaffold0012 (2 HSPs)
scaffold0012 (121-247)||(12854-12977)
scaffold0012 (121-247)||(8745-8868)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 15349500 - 15349253
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15349500 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcatt 15349401  T
Q  101 ccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15349400 ccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccg 15349301  T
Q  201 gaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15349300 gaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 15349253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 14687434 - 14687181
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------acttt 94  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||      |||||    
T  14687434 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggagaactattatctaaacttatatactctcactacttt 14687335  T
Q  95 gtcataccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattact 194  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14687334 gtcattccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatataaatggagaattattagagctaattgtttgattatgctacctaattcggacattact 14687235  T
Q  195 attccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 248  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14687234 aatccggaggcggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 14687181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 4 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 42711434 - 42711184
Alignment:
Q  4 tcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actttgtc 97  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||      ||||||||    
T  42711434 tcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaaaggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactactttgtc 42711335  T
Q  98 ataccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactatt 197  Q
     | ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42711334 tttccttagaacccatgaccatactcataattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaat 42711235  T
Q  198 ccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42711234 ccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 42711184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 111 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 45240404 - 45240267
Alignment:
Q  111 catgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaa-ttgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtg 209  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  ||||| ||| |||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||||     
T  45240404 catggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataacgctaaattgcttgattattctaccaaattcgaatattactaatccggaggtggta 45240305  T
Q  210 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  45240304 gaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 45240267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 111 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 11498159 - 11498023
Alignment:
Q  111 catgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtgg 210  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||| |   | |||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||| |||||||||||| |    
T  11498159 catgacccttctaacaattaccaatatgagtggagagtcaattatgttaattgcttgattattctacctaattcaaatattactaatccggaggtggtag 11498060  T
Q  211 aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    |||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  11498059 aaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 11498023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 124 - 247
Target Start/End: Original strand, 18290701 - 18290824
Alignment:
Q  124 acaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtggaaaatttgcttta 223  Q
    |||||||||||||||| |||| | ||| ||  || ||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||| | ||||| ||| ||||    
T  18290701 acaattaccaatatgagtggaaattcaataatgcaaatttattgattattctacctaattcagatattactaatccggaggtgatagaaaacttggttta 18290800  T
Q  224 tgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    |||||| |||||||||||||||||    
T  18290801 tgttggcactaacccacaggtaca 18290824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 121 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 11918233 - 11918125
Alignment:
Q  121 ctcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtggaaaatttgct 220  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||  ||| ||||||||||||| ||| |    
T  11918233 ctcacaattaccaatatgagtggaaagtcaatagggctaatt-tttgattattctacctaatccggacataactaacccgaaggtggtggaaaaattgtt 11918135  T
Q  221 ttatgttggt 230  Q
    ||||||||||    
T  11918134 ttatgttggt 11918125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 110 - 247
Target Start/End: Original strand, 10629417 - 10629551
Alignment:
Q  110 ccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtg 209  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||| |||     
T  10629417 ccatggcccttctcacaattcccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggcggta 10629516  T
Q  210 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  10629517 gaaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 10629551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 540415 - 540167
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  540415 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcatt 540316  T
Q  101 ccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  540315 ccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaaaggagaatcattaaagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccg 540216  T
Q  201 gaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaa 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  540215 gaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaa 540167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 16327429 - 16327176
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------acttt 94  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||      |||||    
T  16327429 tcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactcttactacttt 16327330  T
Q  95 gtcataccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattact 194  Q
    ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16327329 gtccttccttataacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgactattctacctaattcggacattact 16327230  T
Q  195 attccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 248  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16327229 aatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 16327176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 9581454 - 9581707
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------acttt 94  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||      |||||    
T  9581454 tcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactacttt 9581553  T
Q  95 gtcataccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattact 194  Q
    ||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9581554 gtctttccttagaacccatgaccatactcacaattatcaatatgaatggaggattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattact 9581653  T
Q  195 attccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 248  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9581654 aatctggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 9581707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 9729306 - 9729559
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------acttt 94  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||      |||||    
T  9729306 tcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactacttt 9729405  T
Q  95 gtcataccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattact 194  Q
    ||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9729406 gtctttccttagaacccatgaccatactcacaattatcaatatgaatggaggattattagaactaattgtttgattattctacctaattcagacattact 9729505  T
Q  195 attccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 248  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9729506 aatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaatccacaggtacaa 9729559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 4311280 - 4311532
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------acttt 94  Q
    ||||||| |||||| ||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||      |||||    
T  4311280 tcatcacctttatttctaggaagtttgggg-gagtgtgaatcaagagatcaagaggatagaggggaactattatctagacttatatactctcactacttt 4311378  T
Q  95 gtcataccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattact 194  Q
    ||| |  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4311379 gtcctttcttagaacccatggccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattact 4311478  T
Q  195 attccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 248  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  4311479 aatccggaggtggtggaaaatttgctttacgttggtactaacccacatgtacaa 4311532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 8783751 - 8783498
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------acttt 94  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||      |||||    
T  8783751 tcatcacctttattgctaggaagtttggggtgagtgtgaatcaatggatcaaggggatagaggggaactattatctagacttatatactctcactacttt 8783652  T
Q  95 gtcataccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattact 194  Q
    | | | ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| || ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  8783651 gcccttccttacaacccatggccctactcacaattacaaatatgaaaggagaattattacagataattttttgattattctccctaattcggacataact 8783552  T
Q  195 attccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 248  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8783551 aatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaa 8783498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 14223312 - 14223144
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttat------actacttt 94  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||      ||||||||    
T  14223312 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggaaagaggagaactattatctaaacttatatactctcactacttt 14223213  T
Q  95 gtcataccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattg 163  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14223212 gtcattccttaaagcccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattg 14223144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 110 - 247
Target Start/End: Original strand, 23513736 - 23513873
Alignment:
Q  110 ccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtg 209  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||| |||||| ||| ||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  23513736 ccatggcccttctcacaattacctatatgagtggagagtcaataatgctaattacttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggta 23513835  T
Q  210 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||    
T  23513836 gaaaactttgtttatgttggcactaacccacaggtaca 23513873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 120 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 4462244 - 4462117
Alignment:
Q  120 actcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtggaaaatttgc 219  Q
    ||||||||| |||||||||| | || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||| ||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  4462244 actcacaatgaccaatatgattagaaaatcattagagctcattgtttgattattctacctaatccgttcataactaacccgaaggtggtggaaaatttgc 4462145  T
Q  220 tttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  4462144 tttatattggtactaacccactggtaca 4462117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 110 - 247
Target Start/End: Original strand, 13741088 - 13741225
Alignment:
Q  110 ccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtg 209  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||     
T  13741088 ccatggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgataattgcttgattattctacctaattcggacattactaattcggaggtggta 13741187  T
Q  210 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||||| |   |||||||||| ||||| |||||||||||    
T  13741188 gaaaactatgtttatgttggcactaatccacaggtaca 13741225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 114 - 247
Target Start/End: Original strand, 5395811 - 5395944
Alignment:
Q  114 gaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtggaaa 213  Q
    |||||| || ||||||||||| |||| |||||  ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||    
T  5395811 gacccttctaacaattaccaaaatgagtggagcgtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccggaggtggtagaaa 5395910  T
Q  214 atttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    | ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  5395911 acttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 5395944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 110 - 247
Target Start/End: Original strand, 12565670 - 12565807
Alignment:
Q  110 ccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtg 209  Q
    ||||| |||| || |||||||||||||||| |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||  ||||||||| || ||||||| | ||||||||||     
T  12565670 ccatggcccttctaacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattatttaacctaattcagatattactaattcggaggtggta 12565769  T
Q  210 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12565770 gaaaacttggtttatgttggtactaacccaccggtaca 12565807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 107 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 10439888 - 10439748
Alignment:
Q  107 aacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtg 206  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  | |||||  |||||||||||||||||||| || |||||||  | | |||||    
T  10439888 aacccatagcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgataatttcttgattattctacctaattcagatattactaagctgaaggtg 10439789  T
Q  207 gtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    || ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  10439788 gtagaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 10439748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Original strand, 27045425 - 27045673
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27045425 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcatt 27045524  T
Q  101 ccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27045525 ccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccg 27045624  T
Q  201 gaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaa 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27045625 gaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaa 27045673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 116 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 22626567 - 22626469
Alignment:
Q  116 ccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtggaaaa 214  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||    
T  22626567 cccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggatattactaatccggtggtggtagaaaa 22626469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 111 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 21785986 - 21785853
Alignment:
Q  111 catgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtgg 210  Q
    |||| |||| || |||| |||||| |||| |||||| ||| ||  |||||||  |||||| ||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||| |    
T  21785986 catggcccttctaacaagtaccaacatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgatttttctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtag 21785887  T
Q  211 aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    |||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  21785886 aaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 21785853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 22063167 - 22062919
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22063167 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcatt 22063068  T
Q  101 ccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccg 200  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22063067 ccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaacatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccg 22062968  T
Q  201 gaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaa 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22062967 gaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaa 22062919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 19587221 - 19586983
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------acttt 94  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||| ||||||      |||||    
T  19587221 tcatcacctttattgctaggaagtttggggtgagtctgaatcaagggatcaagaggatagagaggaactattatctacacttatatactctcactacttt 19587122  T
Q  95 gtcataccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattact 194  Q
    ||| | ||||| ||||||||  |||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||                 
T  19587121 gtccttccttagaacccatggacctacttacaattaccaatataaacggagaattattagagctaattgtttgattattctacctaa------------- 19587035  T
Q  195 attccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 248  Q
      || ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19587034 --tctggaggtggtggaaaatttgatttatgttggtattaacccacaggtacaa 19586983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 110 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 18189116 - 18188979
Alignment:
Q  110 ccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtg 209  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||     
T  18189116 ccatgacccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggataatactaatccggaggtggta 18189017  T
Q  210 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  18189016 gaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 18188979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 101 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 23519307 - 23519161
Alignment:
Q  101 ccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccg 200  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||   ||| | | | ||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||    
T  23519307 ccttataacccatgacccttctcacaactaccaatatgtgcggaaagtaaatagggctaattgtttgattattctaccttatttggacataactaatccg 23519208  T
Q  201 gaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  23519207 gagatggtggaaaatttgctttatgttggaactaacccacgggtaca 23519161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 121 - 247
Target Start/End: Original strand, 17818194 - 17818320
Alignment:
Q  121 ctcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtggaaaatttgct 220  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||| ||||| ||| |    
T  17818194 ctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgtaggtggtagaaaacttggt 17818293  T
Q  221 ttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||    
T  17818294 ttatgttggcactaacccacaggtaca 17818320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 110 - 249
Target Start/End: Original strand, 18852688 - 18852823
Alignment:
Q  110 ccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtg 209  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||  | || || || |||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| ||||     
T  18852688 ccatggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtaaataatgttatttctt-gattattctacctaattcagatattactaatccggagatggta 18852786  T
Q  210 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaa 249  Q
    |||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18852787 gaaaatt---tttatgttggcactaacccacaggtacaaa 18852823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 203 - 248
Target Start/End: Original strand, 29685293 - 29685338
Alignment:
Q  203 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29685293 ggtggtggaaaatttgctttatgttagtactaacccacaggtacaa 29685338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 206 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 24390326 - 24390285
Alignment:
Q  206 ggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||    
T  24390326 ggtggaaaatttgctttatgctggtactaacaaacaggtaca 24390285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Original strand, 6813420 - 6813668
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  6813420 tcatcacttttattgctaagaagtttgaggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcatt 6813519  T
Q  101 ccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccg 200  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6813520 ccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccg 6813619  T
Q  201 gaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaa 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6813620 gaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaa 6813668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 12778166 - 12777913
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------acttt 94  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||| | ||||      |||||    
T  12778166 tcatcccttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatttactctcactacttt 12778067  T
Q  95 gtcataccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattact 194  Q
    ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12778066 gtccttccttagaacccatgaccctactcacaattatcaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattact 12777967  T
Q  195 attccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 248  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12777966 aattcggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 12777913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 15024255 - 15024508
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------acttt 94  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| |||| ||||||      |||||    
T  15024255 tcatcacttttattgctagaaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggggtactattatctatacttatatactctcactacttt 15024354  T
Q  95 gtcataccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattact 194  Q
    ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||    
T  15024355 gtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattaatagagctaattgttttattattctacctaatccagacataact 15024454  T
Q  195 attccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 248  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  15024455 aatccggaggtggtggaaaatttgcattatgttggtactaatccacatgtacaa 15024508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 111 - 247
Target Start/End: Original strand, 20562017 - 20562153
Alignment:
Q  111 catgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtgg 210  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| | |||||||||| |    
T  20562017 catggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcggaggtggtag 20562116  T
Q  211 aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    |||| | | ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  20562117 aaaactaggtttgtgttggcactaacccacaggtaca 20562153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 111 - 247
Target Start/End: Original strand, 20564325 - 20564461
Alignment:
Q  111 catgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtgg 210  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| | |||||||||| |    
T  20564325 catggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcggaggtggtag 20564424  T
Q  211 aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    |||| | | ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  20564425 aaaactaggtttgtgttggcactaacccacaggtaca 20564461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 111 - 247
Target Start/End: Original strand, 20559709 - 20559845
Alignment:
Q  111 catgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtgg 210  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| | |||||||||| |    
T  20559709 catggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcggaggtggtag 20559808  T
Q  211 aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    |||| | | ||| |||||| |||||||||||| ||||    
T  20559809 aaaactaggtttgtgttggcactaacccacagataca 20559845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 110 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 13090351 - 13090217
Alignment:
Q  110 ccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtg 209  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||| || ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||||||     
T  13090351 ccatggcccttctcacaattcccaatatgagtggtgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggta 13090252  T
Q  210 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  13090251 gaaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 13090217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 110 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 9362501 - 9362367
Alignment:
Q  110 ccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtg 209  Q
    ||||| |||| ||||||||  ||||||||| |||||| ||| ||  |||||||  ||||||||||||||||||||  | ||||||| |||| |||||||     
T  9362501 ccatggcccttctcacaatccccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcaaatattactaatccgaaggtggta 9362402  T
Q  210 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  9362401 gaaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 9362367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 110 - 247
Target Start/End: Original strand, 13096380 - 13096514
Alignment:
Q  110 ccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtg 209  Q
    ||||| |||| ||||||||| |||| |||| |||||| ||| ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||||||     
T  13096380 ccatggcccttctcacaattcccaacatgagtggagagtcaataattctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggta 13096479  T
Q  210 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||||| |   |||||||||  |||||||||||||||||    
T  13096480 gaaaact---tttatgttgacactaacccacaggtaca 13096514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 202 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 3246968 - 3246922
Alignment:
Q  202 aggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 248  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  3246968 aggtggtggaaaatttgttttatttttgtactaacccacaggtacaa 3246922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 128 - 247
Target Start/End: Original strand, 20153465 - 20153581
Alignment:
Q  128 ttaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtggaaaatttgctttatgtt 227  Q
    |||||||||||| |||||| ||| |   |||||||  ||||||||||||||   ||| || ||| ||| || ||||||||| ||||| ||  ||||||||    
T  20153465 ttaccaatatgagtggagagtcaatgctgctaatttcttgattattctacc---ttcagatattcctaatctggaggtggtagaaaactttgtttatgtt 20153561  T
Q  228 ggtactaacccacaggtaca 247  Q
    || ||||||| |||||||||    
T  20153562 ggcactaacctacaggtaca 20153581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 29313 - 29566
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------acttt 94  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||    
T  29313 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactctcactacttt 29412  T
Q  95 gtcataccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattact 194  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29413 gtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtatgattattctacctaattcggacattact 29512  T
Q  195 attccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 248  Q
    | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29513 aatccggaggtggtagaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 29566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 201; Significance: 1e-110; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 20000853 - 20001103
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------acttt 94  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||    
T  20000853 tcatcacttttattgctaag---tttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactctcactacttt 20000949  T
Q  95 gtcataccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattact 194  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20000950 gtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattact 20001049  T
Q  195 attccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 248  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20001050 aatctggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 20001103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 111 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 20040615 - 20040479
Alignment:
Q  111 catgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtgg 210  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||| |    
T  20040615 catggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccagaggtggtag 20040516  T
Q  211 aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    |||| | | |||||||||| |||||||||||||||||    
T  20040515 aaaactaggtttatgttggcactaacccacaggtaca 20040479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 107 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 21855323 - 21855186
Alignment:
Q  107 aacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtg 206  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||||    
T  21855323 aacccataacccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtg 21855224  T
Q  207 gtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    || ||||| |   |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  21855223 gtagaaaact---tttatgttggcactaacctacaggtaca 21855186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 111 - 247
Target Start/End: Original strand, 17619412 - 17619545
Alignment:
Q  111 catgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtgg 210  Q
    |||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||| |    
T  17619412 catggcccttctcacaatttccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtag 17619511  T
Q  211 aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    |||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  17619512 aaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 17619545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold0035
Description:

Target: scaffold0035; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 52215 - 51962
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------acttt 94  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||      |||||    
T  52215 tcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactcttactacttt 52116  T
Q  95 gtcataccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattact 194  Q
    ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  52115 gtccttccttataacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgactattctacctaattcggacattact 52016  T
Q  195 attccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52015 attccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 51962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 159; Significance: 1e-84; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 23712369 - 23712116
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------acttt 94  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||      |||||    
T  23712369 tcatcacttttgttgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactacttt 23712270  T
Q  95 gtcataccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattact 194  Q
    ||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23712269 gtctttccttagaacccatgaccatactcacaattaccaatatgaatggaggattattagaactaattttttgattattctacctaattcggacattact 23712170  T
Q  195 attccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 248  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23712169 aatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtcctaacccacaggtacaa 23712116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 116 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 20446386 - 20446255
Alignment:
Q  116 ccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtggaaaat 215  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||| |||||     
T  20446386 cccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtagaaaac 20446287  T
Q  216 ttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  20446286 ttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 20446255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 110 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 21282458 - 21282320
Alignment:
Q  110 ccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaa-ttgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggt 208  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  ||||| ||| |||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||||    
T  21282458 ccataacccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataacgctaaattgcttgattattctaccaaattcgaatattactaatccggaggtggt 21282359  T
Q  209 ggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
     ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  21282358 agaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 21282320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 124 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 18487596 - 18487473
Alignment:
Q  124 acaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtggaaaatttgcttta 223  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||| || ||| |||||||| ||||| ||| ||||    
T  18487596 acaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattattaatcctgaggtggtagaaaacttggttta 18487497  T
Q  224 tgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    |||||| |||||||||||||||||    
T  18487496 tgttggcactaacccacaggtaca 18487473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 121 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 23602173 - 23602050
Alignment:
Q  121 ctcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtggaaaatttgct 220  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| || ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||| ||||| |   |    
T  23602173 ctcacaattcccaatatgagtggcgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtagaaaact---t 23602077  T
Q  221 ttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||    
T  23602076 ttatgttggcactaacccacaggtaca 23602050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 110 - 247
Target Start/End: Original strand, 24939200 - 24939334
Alignment:
Q  110 ccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtg 209  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||| || ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| | || |||||||     
T  24939200 ccatggcccttctcacaattcccaatatgagtggcgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcgaaggtggta 24939299  T
Q  210 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  24939300 gaaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 24939334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 247
Target Start/End: Original strand, 24218516 - 24218633
Alignment:
Q  127 attaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtggaaaatttgctttatgt 226  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| |||| ||||| |    ||||||    
T  24218516 attaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccggagatggtagaaaact---attatgt 24218612  T
Q  227 tggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||| ||||||||||| |||||    
T  24218613 tggcactaacccacatgtaca 24218633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0485 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 1)
Name: scaffold0485
Description:

Target: scaffold0485; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 11567 - 11313
Alignment:
Q  1 tcatcacttttattgctaagaagtttggggtgattgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttata------ctacttt 94  Q
    ||||||| ||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||||      |||||||    
T  11567 tcatcacctttattgctagaaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggggaactattatctagacttatataatctcactacttt 11468  T
Q  95 gtcataccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattact 194  Q
    ||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  11467 gtccttccttagaacccatgaccatactcacaattaccaatatgagtggagaattattagagctaattgtttgattattctacctaatccggacataact 11368  T
Q  195 attccggaggtggtgg-aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 248  Q
    | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11367 aatctggaggtggtggaaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 11313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 82; Significance: 9e-39; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 110 - 247
Target Start/End: Original strand, 24500997 - 24501134
Alignment:
Q  110 ccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtg 209  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||| | |||||| ||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  24500997 ccatggcccttctcacaattaccaatattagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggta 24501096  T
Q  210 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  24501097 gaaaacttgatttatgttggcactaacccacaggtaca 24501134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 102 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 25339661 - 25339516
Alignment:
Q  102 cttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccgg 201  Q
    |||| ||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||   ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||    
T  25339661 cttagaactcatggcccaactcacaattaccaatatgagtggaaggtcaatagggctaattgtttgattattctacctaatccggacataactaatctgg 25339562  T
Q  202 aggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||| |||||    
T  25339561 aggtggtggaaaattttctttatgttggcactaactcacatgtaca 25339516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0222 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0222
Description:

Target: scaffold0222; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 124 - 247
Target Start/End: Original strand, 18509 - 18632
Alignment:
Q  124 acaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtggaaaatttgcttta 223  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||| ||| ||||    
T  18509 acaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccggaggtggtagaaaacttggttta 18608  T
Q  224 tgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    |||||| |||||||||||||||||    
T  18609 tgttggcactaacccacaggtaca 18632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 110 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 11860 - 11741
Alignment:
Q  110 ccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtg 209  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||     
T  11860 ccatgacccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggatattactaatctggaggtggta 11761  T
Q  210 gaaaatttgctttatgttgg 229  Q
    ||||| ||| ||||||||||    
T  11760 gaaaacttggtttatgttgg 11741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0566 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0566
Description:

Target: scaffold0566; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 111 - 247
Target Start/End: Original strand, 1275 - 1411
Alignment:
Q  111 catgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtgg 210  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||| |   |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| || ||||||||| |    
T  1275 catgacccttctaacaattaccaatatgagtggagagtcaattatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatctggaggtggtag 1374  T
Q  211 aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    |||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  1375 aaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 1411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026 (Bit Score: 57; Significance: 8e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0026
Description:

Target: scaffold0026; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 110 - 214
Target Start/End: Original strand, 17034 - 17138
Alignment:
Q  110 ccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtg 209  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||     
T  17034 ccatgacccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggatattactaatacagaggtggta 17133  T
Q  210 gaaaa 214  Q
    |||||    
T  17134 gaaaa 17138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 110 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 38177 - 38043
Alignment:
Q  110 ccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtg 209  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||| || ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| | |  |||||||     
T  38177 ccatggcccttctcacaatttccaatatgagtggcgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattctaaggtggta 38078  T
Q  210 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  38077 gaaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 38043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1184 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold1184
Description:

Target: scaffold1184; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 206 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 571 - 537
Alignment:
Q  206 ggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccac 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  571 ggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccac 537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 2)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 121 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 12977 - 12854
Alignment:
Q  121 ctcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtggaaaatttgct 220  Q
    |||||| |||||||||||| | |||| ||| ||  |||||||   | |||||||||||||| |  || ||||||| || ||||||||| ||||| ||       
T  12977 ctcacagttaccaatatgagtagagagtcaataatgctaatttccttattattctacctaaattagatattactaatctggaggtggtagaaaactt--- 12881  T
Q  221 ttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||    
T  12880 ttatgttggcactaacccacaggtaca 12854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 121 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 8868 - 8745
Alignment:
Q  121 ctcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactattccggaggtggtggaaaatttgct 220  Q
    |||||| |||||||||||| | |||| ||| ||  |||||||   | |||||||||||||| |  || ||||||| || ||||||||| ||||| ||       
T  8868 ctcacagttaccaatatgagtagagagtcaataatgctaatttccttattattctacctaaattagatattactaatctggaggtggtagaaaactt--- 8772  T
Q  221 ttatgttggtactaacccacaggtaca 247  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||    
T  8771 ttatgttggcactaacccacatgtaca 8745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University