View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15626_high_4 (Length: 355)

Name: NF15626_high_4
Description: NF15626
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15626_high_4
NF15626_high_4
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-355)||(37705095-37705449)
chr5 (36-238)||(37437914-37438116)
chr5 (38-145)||(37700646-37700753)
chr5 (257-334)||(1629760-1629837)
chr5 (240-343)||(1629683-1629786)
chr5 (240-355)||(29532048-29532161)
chr5 (313-354)||(2143379-2143420)
chr5 (261-346)||(30384213-30384297)
chr5 (259-346)||(37704830-37704917)
chr5 (292-355)||(41232901-41232964)
chr5 (261-355)||(13953523-13953616)
chr5 (240-336)||(29531855-29531950)
chr5 (260-355)||(38458806-38458899)
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (46-219)||(16840622-16840796)
chr4 (242-355)||(22519808-22519921)
chr4 (261-350)||(48194394-48194483)
chr4 (242-334)||(33617920-33618010)
chr4 (261-349)||(22889586-22889674)
chr4 (261-349)||(22941250-22941338)
chr4 (261-336)||(53769786-53769861)
chr4 (240-346)||(2323266-2323372)
chr4 (255-329)||(42676809-42676883)
chr4 (263-346)||(34013780-34013861)
chr4 (266-341)||(22519373-22519448)
chr4 (260-355)||(34717567-34717660)
chr4 (261-350)||(20141745-20141835)
chr4 (292-346)||(31095078-31095131)
chr4 (261-346)||(31095291-31095377)
chr4 (305-355)||(40070310-40070360)
chr4 (292-353)||(48194179-48194239)
chr4 (315-355)||(22519313-22519353)
chr4 (257-329)||(22519774-22519846)
chr4 (261-341)||(31095106-31095186)
chr4 (282-346)||(55368780-55368844)
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (242-355)||(41331326-41331439)
chr7 (260-353)||(30551947-30552040)
chr7 (260-353)||(6589558-6589651)
chr7 (257-336)||(12422044-12422123)
chr7 (240-347)||(32804629-32804736)
chr7 (261-349)||(1532197-1532285)
chr7 (242-355)||(18128519-18128632)
chr7 (261-355)||(28003342-28003434)
chr7 (261-354)||(5755594-5755685)
chr7 (250-350)||(20389633-20389734)
chr7 (240-344)||(12422352-12422455)
chr7 (240-347)||(21921059-21921164)
chr7 (275-340)||(32918529-32918595)
chr7 (292-353)||(1532441-1532501)
chr7 (260-336)||(6586862-6586938)
chr7 (154-189)||(21595127-21595162)
chr7 (262-341)||(48447283-48447362)
chr7 (298-355)||(5762696-5762753)
chr7 (261-334)||(21921012-21921085)
chr7 (242-346)||(45477966-45478070)
[»] scaffold0591 (1 HSPs)
scaffold0591 (240-355)||(3889-4003)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (261-347)||(2277209-2277295)
chr8 (260-340)||(27532989-27533069)
chr8 (277-355)||(37064690-37064768)
chr8 (242-344)||(15907689-15907790)
chr8 (242-355)||(15907945-15908058)
chr8 (242-324)||(12807666-12807748)
chr8 (257-353)||(32566875-32566969)
chr8 (259-347)||(2967707-2967794)
chr8 (261-355)||(3806999-3807091)
chr8 (277-347)||(45445141-45445210)
chr8 (238-330)||(41123-41216)
chr8 (289-334)||(32566724-32566769)
chr8 (264-340)||(3806856-3806932)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (242-355)||(8198647-8198759)
chr2 (242-355)||(8203407-8203519)
chr2 (242-325)||(45385838-45385921)
chr2 (261-355)||(4558913-4559007)
chr2 (242-355)||(4923428-4923541)
chr2 (154-221)||(8265959-8266027)
chr2 (261-355)||(42053964-42054058)
chr2 (261-350)||(3289442-3289531)
chr2 (244-310)||(4558680-4558745)
chr2 (261-319)||(8198419-8198477)
chr2 (292-334)||(8198608-8198650)
chr2 (261-319)||(8203179-8203237)
chr2 (292-334)||(8203368-8203410)
chr2 (240-315)||(32546464-32546538)
chr2 (294-354)||(28358958-28359018)
[»] chr1 (18 HSPs)
chr1 (260-353)||(16554303-16554396)
chr1 (261-350)||(18470189-18470279)
chr1 (242-349)||(12656368-12656474)
chr1 (261-355)||(802252-802346)
chr1 (261-347)||(16026108-16026194)
chr1 (261-350)||(363615-363705)
chr1 (261-355)||(46530163-46530257)
chr1 (292-349)||(48130213-48130268)
chr1 (262-355)||(47726601-47726693)
chr1 (262-355)||(47747907-47747999)
chr1 (255-344)||(48130428-48130516)
chr1 (242-341)||(363806-363906)
chr1 (240-347)||(11016967-11017075)
chr1 (242-344)||(46530411-46530517)
chr1 (154-220)||(2125101-2125168)
chr1 (277-355)||(26706354-26706432)
chr1 (292-353)||(16026346-16026406)
chr1 (292-349)||(18470439-18470495)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (242-353)||(12458392-12458504)
chr6 (261-355)||(33547750-33547845)
chr6 (255-355)||(16419591-16419694)
chr6 (292-348)||(7202300-7202356)
chr6 (260-347)||(10544291-10544376)
chr6 (259-343)||(31314513-31314596)
chr6 (261-334)||(196063-196135)
chr6 (261-334)||(16419660-16419732)
chr6 (315-355)||(33547744-33547784)
chr6 (261-341)||(33547811-33547890)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (261-350)||(51265894-51265984)
chr3 (260-355)||(44291414-44291509)
chr3 (242-346)||(48200367-48200471)
chr3 (292-348)||(44291025-44291081)
chr3 (242-336)||(33291582-33291676)
chr3 (292-353)||(51265679-51265739)
chr3 (242-343)||(1662257-1662357)
chr3 (242-334)||(14747077-14747167)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 37705449 - 37705095
Alignment:
Q  1 agtcacccacttagtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  37705449 agtcacccacttagtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaacccacgagttgagtatcgatatccga 37705350  T
Q  101 tgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagttt 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705349 tggcatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaagaaattataaatttaaagaaatttttgtagttt 37705250  T
Q  201 agttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  37705249 agttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattggtcatttaagatt 37705150  T
Q  301 tttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705149 tttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 37705095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 36 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 37438116 - 37437914
Alignment:
Q  36 tccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaat 135  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||||| |    
T  37438116 tccatgatgaaccgcttataaaggtggtttacagtagaactcaatagtagagtatcgatatcatatgacacttaatactttttctttttatatgctcagt 37438017  T
Q  136 gcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaat 235  Q
    |||||||||| |||||| ||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |   |||||||||    
T  37438016 gcattttcttatgtgctataataagctttgaggaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatagaaaaaaaaaacacataaaat 37437917  T
Q  236 aaa 238  Q
    |||    
T  37437916 aaa 37437914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 38 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 37700753 - 37700646
Alignment:
Q  38 catgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgc 137  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||  |||||||||||| |||||| |||    
T  37700753 catgatgaaccacttataaaagtggtctacggtagaactcacgagtagagtatcaatatccgatgacacttaatatgttttctttttatgtgctcagtgc 37700654  T
Q  138 attttctt 145  Q
    ||||||||    
T  37700653 attttctt 37700646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 257 - 334
Target Start/End: Original strand, 1629760 - 1629837
Alignment:
Q  257 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 334  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||| |||| |||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||| ||||    
T  1629760 gtcttttaagttaattaattgtaacaaatcgatcctttaagttttttccgtagcaattaagtcctttaagttatttaa 1629837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 240 - 343
Target Start/End: Original strand, 1629683 - 1629786
Alignment:
Q  240 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 339  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||   ||||  |||| | ||||||| |||||||||||||||| ||    
T  1629683 gttaaattacaccaaaagtcctttaagttatttaattgtaataaattcgttctttaaaaattttctgtacaaattaggtcttttaagttaattaattgta 1629782  T
Q  340 acaa 343  Q
    ||||    
T  1629783 acaa 1629786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 240 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 29532161 - 29532048
Alignment:
Q  240 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 339  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||||||| | |||||| ||||||| | ||||| |||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||||| | ||    
T  29532161 gttaaattacatcatatgtcttt-aagttattcaattgtaacaaattgaacctttaaatttttt-cgtatcacttagcttctttatgttaattaactgta 29532064  T
Q  340 acaagttggtccttta 355  Q
    | ||||||||| ||||    
T  29532063 aaaagttggtcattta 29532048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 313 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 2143420 - 2143379
Alignment:
Q  313 ttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 354  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  2143420 ttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttagtccttt 2143379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 261 - 346
Target Start/End: Original strand, 30384213 - 30384297
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 346  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || |||||||||||| ||||  ||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||    
T  30384213 tttaagttatttaattgtaacaaatttgtcttttaagtttttt-cgtattacttacgtcttttaagttatttaattgtaacaagtt 30384297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 259 - 346
Target Start/End: Original strand, 37704830 - 37704917
Alignment:
Q  259 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 346  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||| | |  |||||| ||||| |||| |||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  37704830 cttttaagttatttaattataacaaatcggttttttaagattttttcgtatcacttgcgtcatttaagttatttaattataacaagtt 37704917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 292 - 355
Target Start/End: Original strand, 41232901 - 41232964
Alignment:
Q  292 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    ||||||||||||   |||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  41232901 tttaagtttttttgataccacttagatcctttaagtcaattaattgtaataagttggtctttta 41232964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 261 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 13953616 - 13953523
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    |||||||| |||| || ||| |||||| |  |||||||||||| | |||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  13953616 tttaagttgtttaattataataaattggttttttaagtttttt-cataccgcttaagtcatttaagttaattaattgtaacaagtttgtctttta 13953523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 240 - 336
Target Start/End: Original strand, 29531855 - 29531950
Alignment:
Q  240 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 336  Q
    |||||||||||  | | ||| ||||||||||||| |||||| |||||  || |||||||||||| |||| || ||| ||| ||||||||| ||||||    
T  29531855 gttaaattacatgagatgtcatttaagttatttaattgtaataaattagtcctttaagtttttt-cgtatcatttacgtcatttaagttatttaatt 29531950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 260 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 38458899 - 38458806
Alignment:
Q  260 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||||||||| |||||||||||  || ||||||||| || ||| ||| ||||| ||| ||||    
T  38458899 ttttaagttatttaattgtaataaattagt--tttaagtttttttcgtaccacttatatcttttaagttattttattgtaataagttagtcattta 38458806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 46 - 219
Target Start/End: Original strand, 16840622 - 16840796
Alignment:
Q  46 accaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcga-tatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttct 144  Q
    |||| ||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  16840622 accacttataaaagtggtttactttagaactcacgagtagagtatcaaatatcttatgacacttaatactttttctttttatatgcttagtacattttct 16840721  T
Q  145 tttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaa 219  Q
    | | || | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  16840722 tatttgttataacaaactttgaataaattatagatttaaagaaatttttgtagtttagttaaaaactataaaaaa 16840796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 242 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 22519921 - 22519808
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 340  Q
    |||||||||||| | |||||| || ||||||| |||||| |||||| || || ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22519921 taaattacaccagaggtctttaaa-ttatttaattgtaacaaattggtccttaaagtttttttccgtaccacttaggtcttttaagttaattaattataa 22519823  T
Q  341 caagttggtccttta 355  Q
    ||||||| |||||||    
T  22519822 caagttgatccttta 22519808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 261 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 48194483 - 48194394
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 350  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  48194483 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgtttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 48194394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 242 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 33618010 - 33617920
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 334  Q
    |||||||||| | | ||| ||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33618010 taaattacacaagaggtcatttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagttttt--cgtaccgcttaggtcctttaagttaattaa 33617920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 261 - 349
Target Start/End: Original strand, 22889586 - 22889674
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 349  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22889586 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22889674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 261 - 349
Target Start/End: Original strand, 22941250 - 22941338
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 349  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22941250 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22941338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 261 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 53769861 - 53769786
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 336  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  53769861 tttaaattatttaattgtaataaattaatcatttaagtatttttcataccacttaggtcttttaaattatttaatt 53769786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 240 - 346
Target Start/End: Original strand, 2323266 - 2323372
Alignment:
Q  240 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 339  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||   | ||||||||||||  ||||||  ||| || || ||||||||||||| ||    
T  2323266 gttaaattacatcaaaagtcctttaaattatttaattgtaacaaattagccctttaagtttttttggtaccatgtagttctttcaagttaattaattgta 2323365  T
Q  340 acaagtt 346  Q
    |||||||    
T  2323366 acaagtt 2323372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 255 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 42676883 - 42676809
Alignment:
Q  255 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagtta 329  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| || || ||| |||| ||||||| |||| |||||||||| |||||||||    
T  42676883 aagtcttttaagttaattaattgtaacaagttaatcctttatgtttttttcgtatcacttaggtcatttaagtta 42676809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 263 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 34013861 - 34013780
Alignment:
Q  263 taagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 346  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||  ||||| | ||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  34013861 taagttatttaattgtaacaaattaatcatttaa--ttttttcatactacttaagtcctttaaattaattaaatataataagtt 34013780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 266 - 341
Target Start/End: Original strand, 22519373 - 22519448
Alignment:
Q  266 gttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 341  Q
    |||||||| |||||| || ||  || ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22519373 gttatttaattgtaacaagttagtcctttaagtatttttcgtaacacttaggtcctttaagttatttaattgtaac 22519448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 260 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 34717660 - 34717567
Alignment:
Q  260 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  | ||||||||||||| |||| ||| || ||| ||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||    
T  34717660 ttttaagttatttaattgtaataaatttgt-atttaagtttttt-cgtatcacctaagtcttttaagttaattaattgaaacaagtttgtctttta 34717567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 261 - 350
Target Start/End: Original strand, 20141745 - 20141835
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 350  Q
    ||||||||||||| |||||| || | | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  20141745 tttaagttatttaattgtaataagtaggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtc 20141835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 292 - 346
Target Start/End: Original strand, 31095078 - 31095131
Alignment:
Q  292 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 346  Q
    |||||||||||| | || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31095078 tttaagtttttt-catatcacttacgtcctttaagttatttaattataacaagtt 31095131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 261 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 31095377 - 31095291
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 346  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || | |||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  31095377 tttaagttatttaattgtaataaatttgtccacttaaattattttcgtaccatttaggtcttttaagttaattagttgtaacaagtt 31095291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 305 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 40070360 - 40070310
Alignment:
Q  305 cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    |||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  40070360 cgtatcacttagatcatttaagttaattaaatataacaagttgatccttta 40070310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 292 - 353
Target Start/End: Original strand, 48194179 - 48194239
Alignment:
Q  292 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 353  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||| | ||||||||||||||||    
T  48194179 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaactgtaacaagttggtcctt 48194239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 315 - 355
Target Start/End: Original strand, 22519313 - 22519353
Alignment:
Q  315 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||    
T  22519313 aggtcctttaagttagttaattataacatgctggtccttta 22519353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 257 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 22519846 - 22519774
Alignment:
Q  257 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagtta 329  Q
    ||||||||||||| ||| || ||| || |||||| ||||||||||||  ||| || ||||||| |||||||||    
T  22519846 gtcttttaagttaattaattataacaagttgatcctttaagttttttctgtatcaattaggtcatttaagtta 22519774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 261 - 341
Target Start/End: Original strand, 31095106 - 31095186
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 341  Q
    ||||||||||||| || ||| || || ||||||||||| || |  ||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||||    
T  31095106 tttaagttatttaattataacaagttaatcatttaagtattgtttgtaacacttaggttctttaagttatttaattgtaac 31095186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 282 - 346
Target Start/End: Original strand, 55368780 - 55368844
Alignment:
Q  282 aaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 346  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||| ||| ||| || ||| |||||    
T  55368780 aaattgatcatttaagtttttttcgtaccatttatatcctttaaattatttatttgtaataagtt 55368844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 66; Significance: 4e-29; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 242 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 41331439 - 41331326
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 341  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  41331439 taaattatatcataagtcatttaagttatttaattgtaataaattgatcatttaagtttttctcgtaccacctagctcatttaagttaataaattataac 41331340  T
Q  342 aagttggtccttta 355  Q
    |||||||| |||||    
T  41331339 aagttggttcttta 41331326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 260 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 30552040 - 30551947
Alignment:
Q  260 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 353  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  30552040 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 30551947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 260 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 6589651 - 6589558
Alignment:
Q  260 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 353  Q
    |||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  6589651 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaataagttggtcctt 6589558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 257 - 336
Target Start/End: Original strand, 12422044 - 12422123
Alignment:
Q  257 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 336  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12422044 gtcttttaagttattaaattgtaataaattggtcatttaagtttttttcataccacttaggtcctttaagtaaattaatt 12422123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 240 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 32804736 - 32804629
Alignment:
Q  240 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 339  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||| | ||| ||||| ||| ||||||||||||||||  |    
T  32804736 gttaaattacaccacaagtcttttaggatatttaattgtaataaattgatcttttaggtttttttcatacaacttaagtcatttaagttaattaattgca 32804637  T
Q  340 acaagttg 347  Q
    ||||||||    
T  32804636 acaagttg 32804629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 261 - 349
Target Start/End: Original strand, 1532197 - 1532285
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 349  Q
    ||||||||||||| |||||| || |||||||||||  ||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  1532197 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacattttttttgtacctcttaggtcctttaagttatttaactataacaagttggt 1532285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 242 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 18128632 - 18128519
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcattt-aagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 340  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||||  ||||| |||||| || ||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  18128632 taaattacaccataggtcctttaaattatttaaatgtaataaattggtccttttaagtttttt-cgtactacttaggttctttaagttaattaattgtaa 18128534  T
Q  341 caagttggtccttta 355  Q
     |||||||| |||||    
T  18128533 taagttggtgcttta 18128519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 261 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 28003434 - 28003342
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    ||||| ||||||| |||||| || |||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||    
T  28003434 tttaaattatttaattgtaacaagttgatcgtt-aagtttttt-cgtaccaattaggtcctttaagttaattaaatgtaacaagttgatccttta 28003342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 261 - 354
Target Start/End: Original strand, 5755594 - 5755685
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 354  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||  | ||||| |||||  |||||||||||  || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5755594 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt--cgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 5755685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 250 - 350
Target Start/End: Original strand, 20389633 - 20389734
Alignment:
Q  250 accataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 348  Q
    |||||| |||||||||||||||||  ||||| ||| |  |  ||||||||||||  ||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20389633 accataggtcttttaagttatttaaatgtaacaaagtagttctttaagttttttttcgtactacttagatgctttaagttaattaattgtaacaagttgg 20389732  T
Q  349 tc 350  Q
    ||    
T  20389733 tc 20389734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 240 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 12422455 - 12422352
Alignment:
Q  240 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 339  Q
    |||||||||||||  || |  ||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||| |||||| ||    
T  12422455 gttaaattacaccggaatttctttaagttatttaattgtaacaaattcatcctttaagtttttt-tgtatcacttacgtcttttaagttatttaatttta 12422357  T
Q  340 acaag 344  Q
    |||||    
T  12422356 acaag 12422352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 240 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 21921164 - 21921059
Alignment:
Q  240 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 339  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||  | |||  ||||  |||||||||||||||   ||||||||| || ||||||||||||||| | ||    
T  21921164 gttaaattacatcataagtcatttaagttatttaactataactaatttgtcatttaagtttttt-tttaccacttatgt-ctttaagttaattaactgta 21921067  T
Q  340 acaagttg 347  Q
    ||||||||    
T  21921066 acaagttg 21921059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 275 - 340
Target Start/End: Original strand, 32918529 - 32918595
Alignment:
Q  275 ttgtaagaaattgatcatttaagtttt-ttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 340  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32918529 ttgtaataaattgatcttttgagttttatttcgtatcacttagctcctttaagttaattaattataa 32918595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 292 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 1532501 - 1532441
Alignment:
Q  292 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 353  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  1532501 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 1532441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 260 - 336
Target Start/End: Original strand, 6586862 - 6586938
Alignment:
Q  260 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 336  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||||||||  |||| ||||||  |||| ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  6586862 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatctcttaaatttttttggtactacttaggtcatttaagttaatcaatt 6586938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 154 - 189
Target Start/End: Original strand, 21595127 - 21595162
Alignment:
Q  154 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaat 189  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21595127 taacaaactttgaaaaaattatgaatttaaagaaat 21595162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 262 - 341
Target Start/End: Original strand, 48447283 - 48447362
Alignment:
Q  262 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 341  Q
    |||||||||||| |||||| |||||  |  ||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  48447283 ttaagttatttaattgtaacaaattagtactttaagtatttttcgtaacgcttaggtcctttaagttatttaattgtaac 48447362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 298 - 355
Target Start/End: Original strand, 5762696 - 5762753
Alignment:
Q  298 ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    |||||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  5762696 ttttttccgtaccacttaggtaatatatgttaattaattgtaacaagttggttcttta 5762753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 261 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 21921085 - 21921012
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 334  Q
    ||||||||| |||  ||||| || ||| | ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  21921085 tttaagttaattaactgtaacaagttgtttatttaagttttttccgtactaattaggtcctttaagttatttaa 21921012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 242 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 45478070 - 45477966
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 341  Q
    |||||||||||  |  |||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| |  ||||||   || |||||||| ||| ||||||||| | || ||||    
T  45478070 taaattacacctcatatcttttaaattatttaattgtaataaattgatcattaattttttttttttatcacttaggccctataagttaataagttgtaac 45477971  T
Q  342 aagtt 346  Q
    |||||    
T  45477970 aagtt 45477966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0591 (Bit Score: 64; Significance: 6e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0591
Description:

Target: scaffold0591; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 240 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 4003 - 3889
Alignment:
Q  240 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 339  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||    
T  4003 gttaaattacaccagaagtcatttatgttatttaattgtaataaattgatcatttaagttattttcctaccactgaggt-ctttaagttaattgattgta 3905  T
Q  340 acaagttggtccttta 355  Q
    ||||||||||||||||    
T  3904 acaagttggtccttta 3889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 261 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 2277295 - 2277209
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 347  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2277295 tttaagttatttaattgtaacaaattgatcctttaagttttttttgtaccacttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttg 2277209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 260 - 340
Target Start/End: Original strand, 27532989 - 27533069
Alignment:
Q  260 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 340  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  27532989 ttttaagttatttaattgtaataaattgatcttttaagttttttatgtaccacttacgtcctttaagttatttaattataa 27533069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 277 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 37064768 - 37064690
Alignment:
Q  277 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37064768 gtaataaattaatcaattaagtttttttcgcaccacttaagtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 37064690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 242 - 344
Target Start/End: Original strand, 15907689 - 15907790
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 341  Q
    |||||||||||| || || ||||||||||||| |||| | |||||| || |||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  15907689 taaattacaccagaaatcctttaagttatttacttgtgataaattggtc-tttaagtttttttcgtaccacttatattctttaagttaattaattataac 15907787  T
Q  342 aag 344  Q
    |||    
T  15907788 aag 15907790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 242 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 15908058 - 15907945
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 341  Q
    |||||||||||| || || |||||| ||||||  ||||| |||||  | ||||||||||||| | ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  15908058 taaattacaccaaaaatcctttaagatatttaactgtaataaattagttatttaagtttttttcataccacttaggttttttaggttaattaattataac 15907959  T
Q  342 aagttggtccttta 355  Q
    |||||| |||||||    
T  15907958 aagttgatccttta 15907945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 12807748 - 12807666
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttta 324  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||||| |||| | ||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  12807748 taaattacaccagagatcttttaagttatttaattgttataaattgattttttaaattttttacataccacttaggtccttta 12807666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 257 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 32566969 - 32566875
Alignment:
Q  257 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 353  Q
    ||||||||||||||||  || ||||||||||||| |||| |  ||||| |||| | ||||||| |||||||| ||||||| ||||||| | ||||||    
T  32566969 gtcttttaagttattttattataagaaattgatcctttagg--ttttatgtactatttaggtcatttaagtttattaattgtaacaagctagtcctt 32566875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 2967794 - 2967707
Alignment:
Q  259 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 347  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||| |  |||||||||||| | | | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2967794 cttttaagttatttaatcctaacaaattgttt-tttaagtttttttccttctacttagatcctttaaattaattaattataacaagttg 2967707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 261 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 3807091 - 3806999
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    ||||| ||||||| | |||| |||||| || | |||||||||||  ||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||    
T  3807091 tttaaattatttaatagtaacaaattggtcctctaagtttttta--tacaacttatgtcttttaagttaattaattttaacaagttagtacttta 3806999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 277 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 45445210 - 45445141
Alignment:
Q  277 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 347  Q
    |||| |||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||    
T  45445210 gtaataaattggtcgtttaagtttttt-cgtaccaattaggtcctgtaaattatttaatcataacaagttg 45445141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 238 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 41216 - 41123
Alignment:
Q  238 atgttaaattacaccataag-tcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaa 330  Q
    ||||||||||||||||  || || ||||| ||||||| |||||| |||||  || ||||||||||||  |||||||||| ||  ||||||||||    
T  41216 atgttaaattacaccaagagatcctttaaattatttaattgtaacaaattagtcctttaagttttttgtgtaccacttatgttatttaagttaa 41123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 289 - 334
Target Start/End: Original strand, 32566724 - 32566769
Alignment:
Q  289 tcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 334  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  32566724 tcatttaagtttttttcgtgccacttaagtcctttaagttatttaa 32566769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 264 - 340
Target Start/End: Original strand, 3806856 - 3806932
Alignment:
Q  264 aagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 340  Q
    ||||||||||  ||||| || ||  |||||||||| |||| |||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||    
T  3806856 aagttatttaactgtaacaagttagtcatttaagtatttttcgtagcacttaggtccttttaattatttaattataa 3806932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 54; Significance: 6e-22; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 242 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 8198759 - 8198647
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 341  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8198759 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8198661  T
Q  342 aagttggtccttta 355  Q
    ||||||| ||||||    
T  8198660 aagttggcccttta 8198647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 242 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 8203519 - 8203407
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 341  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8203519 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8203421  T
Q  342 aagttggtccttta 355  Q
    ||||||| ||||||    
T  8203420 aagttggcccttta 8203407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 242 - 325
Target Start/End: Original strand, 45385838 - 45385921
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaa 325  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||  | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  45385838 taaattacaccataggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaagtttttttcgtaccacttacgtcctttaa 45385921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 261 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 4559007 - 4558913
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacg-taccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  4559007 tttaagttatttaattgtaataaattgatc-tttaagttttttttggtacaacttaggtactttatgttaattaattgtaacaagttgttccttta 4558913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 355
Target Start/End: Original strand, 4923428 - 4923541
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 341  Q
    |||||||||||  | |||| ||||||| |||| || ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||  |||| |||||| |||| |||     
T  4923428 taaattacaccggatgtctcttaagttttttaattataataaattgatcatttatgttttttccgtaccatttaggttttttacgttaataaattgtaat 4923527  T
Q  342 aagttggtccttta 355  Q
    |||||  |||||||    
T  4923528 aagttaatccttta 4923541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 154 - 221
Target Start/End: Original strand, 8265959 - 8266027
Alignment:
Q  154 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatt-tttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaa 221  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  8265959 taacaaaatttgagaaaattataaatttaaagaaattgtatgtagttaagttaagaatcatacgaaaaa 8266027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 261 - 355
Target Start/End: Original strand, 42053964 - 42054058
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    |||||||||||||||| ||| || || ||| |||||||||| |   || ||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||    
T  42053964 tttaagttatttagttataataagttaatcctttaagttttgtttatatcacttaggttctttaagttgtttaattttaacaagttagtccttta 42054058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 261 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 3289531 - 3289442
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 350  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  ||| ||||||  || ||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  3289531 tttaaattatttaattgtaataaattggtcttttaagttttttttgtatcacttaaatcttttaattgaattaattgtaacaagttggtc 3289442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 244 - 310
Target Start/End: Original strand, 4558680 - 4558745
Alignment:
Q  244 aattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtacc 310  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||| ||||||    
T  4558680 aattacacgataattctcttaagttatttaattgtaataaattggtc-tttaagtttttttcgtacc 4558745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 261 - 319
Target Start/End: Original strand, 8198419 - 8198477
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 319  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8198419 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8198477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 292 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 8198650 - 8198608
Alignment:
Q  292 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 334  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  8198650 tttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaa 8198608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 261 - 319
Target Start/End: Original strand, 8203179 - 8203237
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 319  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8203179 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8203237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 292 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 8203410 - 8203368
Alignment:
Q  292 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 334  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  8203410 tttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaa 8203368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 240 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 32546538 - 32546464
Alignment:
Q  240 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtt-ttttacgtaccactta 315  Q
    |||||||||||||| | ||  |||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  32546538 gttaaattacaccagaggt--tttaagttttttaatcgtaataaattgatcatttaagttatttttcgtaccactta 32546464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 294 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 28359018 - 28358958
Alignment:
Q  294 taagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 354  Q
    |||||||| | |||| || |||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  28359018 taagttttgttcgtatcaattagttcctttaagttaattaaatgtaacaggttggtccttt 28358958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 54; Significance: 6e-22; HSPs: 18)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 260 - 353
Target Start/End: Original strand, 16554303 - 16554396
Alignment:
Q  260 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 353  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  16554303 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaagtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 16554396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 261 - 350
Target Start/End: Original strand, 18470189 - 18470279
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 350  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  18470189 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 18470279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 242 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 12656474 - 12656368
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 341  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||  ||||| |||||| |||||||||||   |||||||||||||||||| |||     
T  12656474 taaattacaccgaaagtcctttaagttatttaattgtaacatattgattttttaaatttttt-cgtaccacttaaaccctttaagttaattaattgtaat 12656376  T
Q  342 aagttggt 349  Q
    ||||||||    
T  12656375 aagttggt 12656368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 261 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 802346 - 802252
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||| || |||||  ||||| |||||||||||  |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  802346 tttaagttatttaaatgtaataaattggtcctttaaacttttttcgtaccacttatatcctttgaattaattaattgtaacaagttggtccttta 802252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 261 - 347
Target Start/End: Original strand, 16026108 - 16026194
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 347  Q
    ||||||||||||| |||||| || || ||||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||    
T  16026108 tttaagttatttaattgtaataagttaatcatttacatttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaataagttg 16026194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 261 - 350
Target Start/End: Original strand, 363615 - 363705
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 350  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  363615 tttaagttatttaattgtaataaataggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtc 363705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 261 - 355
Target Start/End: Original strand, 46530163 - 46530257
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    ||||||||||||| |||| | ||| || |  ||||| | |||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  46530163 tttaagttatttaattgtcacaaactggttctttaattctttttcgcaccacttaggtcttttaagttaattaattgtaacaagtttgcccttta 46530257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 292 - 349
Target Start/End: Original strand, 48130213 - 48130268
Alignment:
Q  292 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 349  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48130213 tttaagtttttt--gtaccacttagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggt 48130268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 262 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 47726693 - 47726601
Alignment:
Q  262 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| ||||||||||    
T  47726693 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtccttta 47726601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 262 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 47747999 - 47747907
Alignment:
Q  262 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| ||||||||||    
T  47747999 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtccttta 47747907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 255 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 48130516 - 48130428
Alignment:
Q  255 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaag 344  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |   ||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||    
T  48130516 aagtcctttaaattatttaattgtaataaattgattatttaagttttct-tttaccatttaggtcttttaagttaattacttgtaacaag 48130428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 363906 - 363806
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagt-cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 340  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||| ||||   |||| ||| ||||||||  |||||| |||    
T  363906 taaattacaccagatgttcttttaagttatttaattgtaagaaatttgtcatttaagtatttttcgtaatgcttaagtcatttaagttgtttaattgtaa 363807  T
Q  341 c 341  Q
    |    
T  363806 c 363806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 240 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 11017075 - 11016967
Alignment:
Q  240 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcat-ttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattat 338  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| || ||| ||||| ||| | |||  |||||| | || |||||||||  ||||||||| |||||| |    
T  11017075 gttaaattacactatatgtcctttaagttatttaattataataaattaatcttcttattttttttgcatatcacttaggtgttttaagttatttaattgt 11016976  T
Q  339 aacaagttg 347  Q
    |||||||||    
T  11016975 aacaagttg 11016967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 46530517 - 46530411
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaag---ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatta 337  Q
    |||||||||||| | ||| ||| ||||||||| |||||| |||||| ||  ||||||   |||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||     
T  46530517 taaattacaccagatgtcattttagttatttatttgtaacaaattgctctttttaagttttttttttcgtaccactcacgtcatttaagttaattaattg 46530418  T
Q  338 taacaag 344  Q
    |||||||    
T  46530417 taacaag 46530411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 154 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 2125168 - 2125101
Alignment:
Q  154 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgt-agtttagttaagaaccatacaaaaa 220  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  | || | |||||||||||||||||| ||||    
T  2125168 taacaaactttgagaaaattataaatttaaaaaaatcatggtgaatttagttaagaaccatacgaaaa 2125101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 277 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 26706432 - 26706354
Alignment:
Q  277 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttt-aagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    |||| ||||||||  |||||||||||| |||| || ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  26706432 gtaataaattgattctttaagtttttt-cgtatcatttaagtccttttaagttaattaattattacaagtttgtccttta 26706354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 292 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 16026406 - 16026346
Alignment:
Q  292 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 353  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  16026406 tttaagtttttt-cgtacaacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 16026346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 292 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 18470495 - 18470439
Alignment:
Q  292 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 349  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  18470495 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggt 18470439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 49; Significance: 6e-19; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 242 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 12458504 - 12458392
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 340  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||| || ||| |  |||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  12458504 taaattacactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaatttggtactttaagttttttcccgtacttcttaggtcctttaagttaataaattaaaa 12458405  T
Q  341 caagttggtcctt 353  Q
    |||||||||||||    
T  12458404 caagttggtcctt 12458392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 261 - 355
Target Start/End: Original strand, 33547750 - 33547845
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttt-tttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||| |||  || ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  33547750 tttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaagtttatttttgttccacttatgtcctttaagttaattaattgtaacaagtttgtctttta 33547845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 255 - 355
Target Start/End: Original strand, 16419591 - 16419694
Alignment:
Q  255 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac---gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcc 351  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||     |||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||     
T  16419591 aagtcctttaagttatttaattgtaacaaattgatcattgaagtattttcttttgtaccaattagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggtca 16419690  T
Q  352 ttta 355  Q
    ||||    
T  16419691 ttta 16419694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 292 - 348
Target Start/End: Original strand, 7202300 - 7202356
Alignment:
Q  292 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 348  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  7202300 tttaagtttttttcgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaacatgttgg 7202356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 260 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 10544376 - 10544291
Alignment:
Q  260 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 347  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||||   |||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  10544376 ttttaagttatttatctgtaacaaattgac--tttaagtttttttcgtactagttagatccattaagttaattaattataataagttg 10544291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 343
Target Start/End: Original strand, 31314513 - 31314596
Alignment:
Q  259 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaa 343  Q
    ||||| ||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||  ||| |||||| ||  ||||||||| |||||||||||||    
T  31314513 cttttgagttatttaattataacaagttgatcatttaagttttttcagtatcacttatgt-ttttaagttatttaattataacaa 31314596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 261 - 334
Target Start/End: Original strand, 196063 - 196135
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 334  Q
    ||||| ||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  196063 tttaaattaattaattgtaacaaattgat-atttaagttttttcagtatcaattaggtcctttaagttacttaa 196135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 261 - 334
Target Start/End: Original strand, 16419660 - 16419732
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 334  Q
    ||||||||| ||| |||||| || ||| ||||||||||||||| ||||||| || | |||||||||||| ||||    
T  16419660 tttaagttaattaattgtaacaagttggtcatttaagtttttt-cgtaccaatttgatcctttaagttatttaa 16419732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 315 - 355
Target Start/End: Original strand, 33547744 - 33547784
Alignment:
Q  315 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||    
T  33547744 aggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggtccttta 33547784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 261 - 341
Target Start/End: Original strand, 33547811 - 33547890
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 341  Q
    ||||||||| ||| |||||| || ||  || |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  33547811 tttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagtttttt-cataccatttaggtcctttaagttatttaattgtaac 33547890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 47; Significance: 9e-18; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 261 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 51265984 - 51265894
Alignment:
Q  261 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 350  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  51265984 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttagatcctttaagttatttaactataacaagttggtc 51265894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 260 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 44291509 - 44291414
Alignment:
Q  260 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 355  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || | ||| ||||||  ||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  44291509 ttttaagttatttaattgtaacaaattggtcctctaaatttttttagtatcacttatgtcctttaagttatttaattgtaacaagttagtccttta 44291414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 242 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 48200471 - 48200367
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 341  Q
    |||||||||| | || |||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||| |||||| |||| ||| ||||| |||||| ||| |||     
T  48200471 taaattacactagaaatcttttaacttatttaattgtaaagaattgatcatttaattttttttcgtaccgcttaagtcttttaaattaattgattgtaat 48200372  T
Q  342 aagtt 346  Q
    |||||    
T  48200371 aagtt 48200367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 292 - 348
Target Start/End: Original strand, 44291025 - 44291081
Alignment:
Q  292 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 348  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||    
T  44291025 tttaagtttttttcgtaccacttaagtcatttaagttaattagttgtaacaagttgg 44291081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 242 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 33291676 - 33291582
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 336  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||  |||||   ||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  33291676 taaattacaacataagtcctttaagttatttaattgtaacaaattagtactttaaactttttttataccacttatgtcatttaagttaattaatt 33291582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 292 - 353
Target Start/End: Original strand, 51265679 - 51265739
Alignment:
Q  292 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 353  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  51265679 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 51265739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 242 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 1662357 - 1662257
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 341  Q
    ||||||||| || | ||| |||||  |||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||    
T  1662357 taaattacatcagaggtcctttaaagtatttaattgcaataaattgatcttttaagtttttt-tataccacttagatccattatgttaattaattgtaac 1662259  T
Q  342 aa 343  Q
    ||    
T  1662258 aa 1662257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 242 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 14747167 - 14747077
Alignment:
Q  242 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 334  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||| |||||| || |||||  ||||||||||||   ||||||||||||| |||| |||| ||||    
T  14747167 taaattacacaaaaagtcttttaatttatttaattgtaacaatttgat-ttttaagtttttt-tttaccacttaggtcatttatgttatttaa 14747077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University