View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1562_low_1 (Length: 479)

Name: NF1562_low_1
Description: NF1562
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1562_low_1
NF1562_low_1
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (1-478)||(39470070-39470546)
chr5 (121-478)||(39457605-39457963)
chr5 (175-465)||(39463880-39464171)
chr5 (198-478)||(39487047-39487328)
chr5 (175-432)||(39472589-39472847)
chr5 (194-465)||(39476084-39476362)
chr5 (176-465)||(39451560-39451850)
chr5 (194-444)||(39460825-39461079)
chr5 (177-443)||(39455188-39455455)
chr5 (333-465)||(39483980-39484113)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 310; Significance: 1e-174; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 39470546 - 39470070
Alignment:
Q  1 ttggtttgaaatctctttattcaatatctgttgaaacgatgcagcatagatttggatctgtatattcaactcacagagctgtccgttccgagttttgata 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||  |||||  |||| |  || ||  || ||||||||||||||| || |||||||||||| ||    
T  39470546 ttggtttgaa-tctctatattcaatatctgtttgaacgagacagcaccgattcgactcagttgatgcaactcacagagctgcccattccgagttttgcta 39470448  T
Q  101 atccggttccttcgatctcgttgcccagttcagtgctacgcaaggaatgcaaatccggctgcacgagtttcgccaaaggcctaaagaatgctgatggcat 200  Q
    ||||| ||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || ||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  39470447 atccgtttcctttaaactcgttgcccagttcagtgctacacaaggaatacaaatccgtcttcatgagcttcgccaaaggcctcaagaatgccgatggcat 39470348  T
Q  201 tattgtcaattcatttgaagcgctagaatcctatgtggttcactcctttttctctcattctgaactagctggtttatccatatatccaataggacccatg 300  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39470347 tattgtcaattcatttgaagagctagaatcctatgcggttcactcctttttctctcatcccgaactagctggtttatccatatatccaataggacccata 39470248  T
Q  301 ttaaacctagagcccaaaaccaagggcaccgttgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcatcctccttccacggtagctttcctctgcttcg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  39470247 ttaaacctagagcccaaaaccaagggcaccgttgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcagcctccttcctcggtagttttcctctgcttcg 39470148  T
Q  401 ggagcagggttttttcgatggggatcaggttaaggtgatcgcacttgctgtagagaatactggggtccgttttgtgtg 478  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39470147 ggagcagggttttttcgatgaggatcaggttaaggggatcgcacttgctgtagagaatactggggtccgtattgtgtg 39470070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 121 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 39457963 - 39457605
Alignment:
Q  121 ttgcccagttcagtgctacgcaaggaatgcaaatccggctgcacgagtttcgccaaaggcctaaagaatgctgatggcattattgtcaattcatttgaag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | |||  || || ||| |  || ||||| || ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  39457963 ttgcccagttcagtgctacgcaaggaatgggagtccttcttcatgagctatgcgaaaggtctcaagaatgctgatgccattattgtaaattcatttgaag 39457864  T
Q  221 cgctagaatcctatgtggttcactcctttttctctcattctgaactagctggtttatccatatatccaataggacccatgttaaacctagagcccaaaac 320  Q
     ||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||||  ||||||| || |||||||   ||||||||||    
T  39457863 agctagaatcctatgccgttcactcctttgtctctcatcctgatctagcaggtttacccatatatccggtaggaccaatattaaaccccaagcccaaaac 39457764  T
Q  321 caagggcaccgttgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcatcctccttccacggtagctttcctctgcttcgggagca-gggttttttcgat 419  Q
    |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  39457763 caagagcgccattgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcaacctccttcctcggaagttttcctctgcttcgggagcagggggtttttcgat 39457664  T
Q  420 ggggatcaggttaaggtgatcgcacttgctgtagagaatactggggtccgttttgtgtg 478  Q
    | |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39457663 gaggatcaggttaaggagatcgcccttgctgtagagaatactggggtccgatttgtgtg 39457605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 175 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 39464171 - 39463880
Alignment:
Q  175 aaaggcctaaagaatgctgatggcattattgtcaattcatttgaagcgctagaatcctatgtggttcactcctttttctctcattctgaactagctggtt 274  Q
    |||||||| ||||| ||||||||  |||| || ||||||||||||| |||||||||| |||  ||||| || ||||| ||| || ||   ||||||||||    
T  39464171 aaaggcctcaagaaggctgatggttttatagtaaattcatttgaagagctagaatcccatgcagttcattcatttttatctgatactattctagctggtt 39464072  T
Q  275 tatccatatatccaataggacccatgttaaacctagagcccaaaaccaagggcaccgttgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcatcctcc 374  Q
    ||   ||||||||  | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | || |||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||| |||||    
T  39464071 tacggatatatcctgtgggacccatattaaacccagagcccaaaaccaaggaccccattgattatgatgatatcatcaagtggcttgatgatcaacctcc 39463972  T
Q  375 ttccacggtagctttcctctgcttcgggagcag-ggttttttcgatggggatcaggttaaggtgatcgcacttgctgtagagaatactgggg 465  Q
    |||| | |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||| | ||||||| |||||    
T  39463971 ttcctcagtagttttcctctgcttcgggagcagaggttctttcgatgaagatcaggttaaggagattgcacttgctattgagaatagtgggg 39463880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 198 - 478
Target Start/End: Original strand, 39487047 - 39487328
Alignment:
Q  198 cattattgtcaattcatttgaagcgctagaatcctatgtggttcactcctttttctctcattctgaactagctggtttatccatatatccaataggaccc 297  Q
    |||||| || ||||||||||||| | |||||||  |||  ||||| ||||||||||||||| |||| ||||| |  ||| |  |||||||| | ||||||    
T  39487047 cattatagtaaattcatttgaagagttagaatcacatgctgttcaatcctttttctctcatcctgatctagcagaattaccggtatatccagtgggaccc 39487146  T
Q  298 atgttaaacctagagcccaaaaccaagggcaccgttgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcatcctccttccacggtagctttcctctgct 397  Q
     | |||||||  ||||||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||    
T  39487147 ttattaaaccccgagcccaaaactaagggcaccgatgagtctgatgatatcatcaagtggcttgatgatcaacctccttcctcggtagttttcctctgct 39487246  T
Q  398 tcgggagca-gggttttttcgatggggatcaggttaaggtgatcgcacttgctgtagagaatactggggtccgttttgtgtg 478  Q
    ||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||| | ||| |||| |||| | ||||||  ||| | ||||||||||||    
T  39487247 tcgggagcaggggctctttcgatgaggatcaggttaaagagattgcacatgctattgagaattgtggagcccgttttgtgtg 39487328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 175 - 432
Target Start/End: Original strand, 39472589 - 39472847
Alignment:
Q  175 aaaggcctaaagaatgctgatggcattattgtcaattcatttgaagcgctagaatcctatgtggttcactcctttttctctcattctgaactagctggtt 274  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||| | |  ||||||||  |||  ||| || |||  | ||||||||    
T  39472589 aaaggcctcaagaacgctgatggctttatagtaaattcatttgaagagctagaatcccacgcagttcactcgatttcatctgatcctggtccagctggtt 39472688  T
Q  275 tatccatatatccaataggacccatgttaaacctagagcccaaaaccaagggcaccgttgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcatcctcc 374  Q
    || | ||||||||  |||| |||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||||| ||| |    
T  39472689 tacctatatatccggtagggcccatactgaacctggagcccaaaaccaagggcaccgttgattccgatgacatcatcaagtggcttgatgatcaacctgc 39472788  T
Q  375 ttccacggtagctttcctctgcttcgggagca-gggttttttcgatggggatcaggtta 432  Q
     ||| | |||| ||||||||||||||| || | ||||| |||||| | |||||||||||    
T  39472789 atcctcagtagttttcctctgcttcggaagtatgggttctttcgacgaggatcaggtta 39472847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 194 - 465
Target Start/End: Original strand, 39476084 - 39476362
Alignment:
Q  194 atggcattattgtcaattcatttgaagcgctagaatcctatgtggttcactcctttttctctcattctgaactagctggtttatccatatatccaatagg 293  Q
    |||||||||| || || |||||||||| |||||||||  ||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||| | | | ||   ||||||||  | ||    
T  39476084 atggcattatagtaaactcatttgaagagctagaatcacatgcggttcactcttttttctctcatcctgatctatcggatatactgatatatccggtggg 39476183  T
Q  294 acccatgttaaacctagagcccaaaaccaagggcaccgttga------ttctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcatcctccttccacggtagct 387  Q
    |||  | |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||      |||||| ||| |  | ||||||||||||||||| ||||||||| | |||| |    
T  39476184 acctttattaaaccttgagcccaaaacaaagggcactgttgacgctgattctgatgatgtaatgaagtggcttgatgatcaacctccttcctccgtagtt 39476283  T
Q  388 ttcctctgcttcgggagca-gggttttttcgatggggatcaggttaaggtgatcgcacttgctgtagagaatactgggg 465  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||  ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  39476284 ttcctctgcttcgggagtaggggttattttgatgaagatcaggttaaggagatcgcacatgctgttgagaatagtgggg 39476362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 176 - 465
Target Start/End: Original strand, 39451560 - 39451850
Alignment:
Q  176 aaggcctaaagaatgctgatggcattattgtcaattcatttgaagcgctagaatcctatgtggttcactcctttttctctcattctgaactagctggttt 275  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||  | | ||||||||||||||||  |||| ||||| || |  ||||    
T  39451560 aaggcctcaagaatgccgatggcattatagtaaattcatttgaagagctagaatcacacgcggttcactcctttttcaatcatcctgaattaacaagttt 39451659  T
Q  276 atc---catatatccaataggacccatgttaaacctagagcccaaaaccaagggcaccgttgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcatcct 372  Q
    | |    ||||||||  ||||||| || ||||  |  |||||||||||||||| |   |||| ||||   |||||  |||| |||||||||||||| |||    
T  39451660 accaattatatatccggtaggacctatattaagtcctgagcccaaaaccaaggacgttgttggttct---gatatcatcaactggcttgatgatcaacct 39451756  T
Q  373 ccttccacggtagctttcctctgcttcgggagca-gggttttttcgatggggatcaggttaaggtgatcgcacttgctgtagagaatactgggg 465  Q
    | |||  | || | |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||| | ||||||| |||||    
T  39451757 ctttcttctgttgttttcctctgctttgggagcaggggttgtttcgatgaggaccaggttaaggagatcgcacatgctattgagaatagtgggg 39451850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 194 - 444
Target Start/End: Original strand, 39460825 - 39461079
Alignment:
Q  194 atggcattattgtcaattcatttgaagcgctagaatcctatgtggttcactcctttttctctcattctgaactagctggtttatcc---atatatccaat 290  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||| |||  ||||| || |||||||||||  |||| |||||| ||||| |    || |||||       
T  39460825 atggtattatagtaaattcatttgaagagctagaatcccatgcagttcaatcatttttctctcaccctgatctagctagtttaccggttatttatccggc 39460924  T
Q  291 aggacccatgttaaacctagagcccaaaaccaagggcaccgttgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcatcctccttccacggtagctttc 390  Q
    |||||||||  ||||||  ||||||||||||||||| || |||| ||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||| |||| | |||| ||||    
T  39460925 aggacccattataaaccctgagcccaaaaccaagggaacagttggttcagatgatatcatcaagtggcttgatgatcaacctctttcctccgtagttttc 39461024  T
Q  391 ctctgcttcgggagca-gggttttttcgatggggatcaggttaaggtgatcgcac 444  Q
    |||||||| ||||  | ||||   ||||||| ||||||| |||||| ||||||||    
T  39461025 ctctgctttgggactaggggtaccttcgatgaggatcagattaaggagatcgcac 39461079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 177 - 443
Target Start/End: Original strand, 39455188 - 39455455
Alignment:
Q  177 aggcctaaagaatgctgatggcattattgtcaattcatttgaagcgctagaatcctatgtggttcactcctttttctctcattctgaactagctggttta 276  Q
    |||||| |||||||| ||||| || || || |||||||||||||  || |||||  ||| |||||||||||||||||||||| ||||| || |  |||||    
T  39455188 aggcctcaagaatgccgatggaatcatagtaaattcatttgaagatcttgaatctcatgcggttcactcctttttctctcatcctgaattaacaagttta 39455287  T
Q  277 tccat---atatccaataggacccatgttaaacctagagcccaaaaccaagggcaccgttgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcatcctc 373  Q
     | ||   ||||||  ||||||| || ||||  |  |||||||||||||||| ||  |||| ||||||   |||  ||||||||||||||||||| ||||    
T  39455288 ccaattatatatccggtaggacctatattaagtcctgagcccaaaaccaaggacattgttggttctga---tatcatcaagtggcttgatgatcaacctc 39455384  T
Q  374 cttccacggtagctttcctctgcttcgggagc-agggttttttcgatggggatcaggttaaggtgatcgca 443  Q
     |||| | || | |||||| |||||||| ||| | |||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||    
T  39455385 tttcctccgtcgttttcctttgcttcggaagcaaaggttgttttgatgaggatcaggttaaggagatcgca 39455455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 333 - 465
Target Start/End: Original strand, 39483980 - 39484113
Alignment:
Q  333 tgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcatcctccttccacggtagctttcctctgcttcgggagca-gggttttttcgatggggatcaggtt 431  Q
    ||||||||| |||||  | ||||||||| || |||| ||||||||| | |||| |||||||||||| ||||| | ||||| ||| ||||  |||||||||    
T  39483980 tgattctgatgatataatgaagtggcttcataatcaacctccttcctccgtagttttcctctgctttgggagtaggggttattttgatgaagatcaggtt 39484079  T
Q  432 aaggtgatcgcacttgctgtagagaatactgggg 465  Q
    |||| |||||||| || ||| ||||||| |||||    
T  39484080 aaggagatcgcacatgttgttgagaatagtgggg 39484113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University