View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15632_high_3 (Length: 474)

Name: NF15632_high_3
Description: NF15632
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15632_high_3
NF15632_high_3
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (31-451)||(1962905-1963325)
chr8 (31-451)||(2015104-2015524)
chr8 (31-451)||(2018487-2018907)
chr8 (32-447)||(2011709-2012124)
chr8 (188-365)||(2432951-2433128)
chr8 (32-447)||(2008094-2008509)
chr8 (49-447)||(1968523-1968921)
chr8 (209-447)||(2004714-2004952)
chr8 (209-447)||(1964747-1964985)
chr8 (32-172)||(2004989-2005129)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (31-451)||(5902084-5902498)
chr1 (387-451)||(5905918-5905982)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (392-433)||(22055-22096)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (32-93)||(18189870-18189931)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 397; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 451
Target Start/End: Original strand, 1962905 - 1963325
Alignment:
Q  31 acttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcggga 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1962905 acttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcggga 1963004  T
Q  131 ttttcttgacctagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagc 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1963005 ttttcttgacctagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttcttattaatagc 1963104  T
Q  231 ttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaa 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1963105 ttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagatgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaa 1963204  T
Q  331 catctggtgatgatgctaataagtttgagtgtctgatatggtcggacaaacaacgtccttgttcagttttgtatgtttcttttggtagtggtgacacact 430  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1963205 catctggtgatgatgctaataagtttgagtgtctgacatggttggacaaacaatgtccttgttcagttttgtatgtttcttttggtagtggtggcacact 1963304  T
Q  431 ttcgcaagaacaaattgatga 451  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  1963305 ttcgcaagaacaaattgatga 1963325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 31 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 2015524 - 2015104
Alignment:
Q  31 acttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcggga 130  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  2015524 acttctatttgctcaagttagataaggaaacatcatgcgagtacagagatcttcctgggcctattcaaataccaggtagtgttccgattcatggtcggga 2015425  T
Q  131 ttttcttgacctagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagc 230  Q
    | || |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||     
T  2015424 tctttttgagctagctcaagatagatccagtcaatcttacaaatacttactccaaggtgttgaaaaattgcgtctttttgatggtattcttattaatagt 2015325  T
Q  231 ttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaa 330  Q
    ||| | ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2015324 ttcatagaaatcgaaaacggtcctatagaagcactgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaa 2015225  T
Q  331 catctggtgatgatgctaataagtttgagtgtctgatatggtcggacaaacaacgtccttgttcagttttgtatgtttcttttggtagtggtgacacact 430  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||  |||||    
T  2015224 catctggtgatgatgctaataagtttgaatgtctggcatggttggacaaacaacggccttgttcagttctgtatgtgtctttcgggagtggtggaacact 2015125  T
Q  431 ttcgcaagaacaaattgatga 451  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  2015124 ttcgcaagaacaaattaatga 2015104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 31 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 2018907 - 2018487
Alignment:
Q  31 acttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcggga 130  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||    
T  2018907 acttctatttgctcaagttgaataaggaaacatcatgtcagtacaaagatcttctagagcctattcaaataccaggctgtgtaccaattcatggtcagga 2018808  T
Q  131 ttttcttgacctagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagc 230  Q
    | || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  2018807 tcttgttgaccaagctcaagatagatcaagtcaatcttacaaattcttacttgaacgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtattcttattaatagc 2018708  T
Q  231 ttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaa 330  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||  ||||||  |||| |  ||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||| |    
T  2018707 ttcctagaaattgaaaaaggtcctatagaagcactcacagaagacagaagtggcaaccctgatgtttatgctgttggaccaattatccaaacgccaacca 2018608  T
Q  331 catctggtgatgatgctaataagtttgagtgtctgatatggtcggacaaacaacgtccttgttcagttttgtatgtttcttttggtagtggtgacacact 430  Q
     ||| |||||||||| ||||  |||  ||||||||  ||||| ||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  2018607 aatcgggtgatgatgataatgggttgaagtgtctggcatggttggacaaacagcaaacttgttcagttttgtatgtttcttttgggagtggtggcacact 2018508  T
Q  431 ttcgcaagaacaaattgatga 451  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  2018507 ttcgcaagaacaaattaatga 2018487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 32 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 2012124 - 2011709
Alignment:
Q  32 cttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcgggat 131  Q
    |||| ||||||  ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||  || |||| || || || ||  | |||||  |||||    
T  2012124 cttctatttgcctaagttggatgaggaaacaacatgtgagtacagagatctcccagagcctatcaaagtaccgggctgcgtaccactccatggcagggat 2012025  T
Q  132 tttcttgacc-tagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagc 230  Q
     | ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||| | ||| || |||  |||| |||  ||  || ||  ||||||||||||  ||||||||    
T  2012024 ct-cttgaccatagttcaagatagatcaagtcaagcttacaaatacttccttcaacatgttaaaagtttaagttttgctgatggtgttcttgttaatagc 2011926  T
Q  231 ttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaa 330  Q
    ||| | ||||| |||| ||| |||||| | ||| ||||||| ||||||||||  |||| |  ||| ||| ||||||||||||| ||||| ||| |||||     
T  2011925 ttcttagaaatggaaatgggacctataaatgcattgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtctatcctgttggacccatcatccagacagtaacag 2011826  T
Q  331 catctggtgatgatgctaataagtttgagtgtctgatatggtcggacaaacaacgtccttgttcagttttgtatgtttcttttggtagtggtgacacact 430  Q
      |||| |||||||||||||   || |||||||||  |||||  ||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||    
T  2011825 gttctgttgatgatgctaatggtttggagtgtctgtcatggttagacaaacaacaatcttgttcagttttgtatgtgtctttcggtagtggtggtacact 2011726  T
Q  431 ttcgcaagaacaaattg 447  Q
    ||| || ||||||||||    
T  2011725 ttcacacgaacaaattg 2011709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 188 - 365
Target Start/End: Original strand, 2432951 - 2433128
Alignment:
Q  188 tgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagcttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaac 287  Q
    |||| |||||| |||| || |||||||||||||  ||||||||||| | ||||| |||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||     
T  2432951 tgttaaaaaataccgttttgttgatggtgttcttgttaatagcttcttagaaatggaaaggggtcctataaaagcactgacagatgaaggaagtgaaaat 2433050  T
Q  288 cttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaacatctggtgatgatgctaataagtttgagtgtctg 365  Q
    | |||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||||  ||||  ||||||||||||| ||| |||||||||    
T  2433051 cctcttgtgtatcctgttggacccatcatccagacaataacaagttctgacgatgatgctaatatgttggagtgtctg 2433128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 32 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 2008509 - 2008094
Alignment:
Q  32 cttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcgggat 131  Q
    |||| ||||||  ||| ||||| ||||||| ||||||||||| |||||| | | |||||||||  |||||||||||||||| ||  | |||||  |||||    
T  2008509 cttctatttgcctaagctggatgaggaaacatcatgtgagtatagagatatactagagcctataaaaataccaggttgtgtaccactccatggcagggat 2008410  T
Q  132 tttcttgacc-tagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagc 230  Q
    || ||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||   ||| |||| || |||| ||   ||  ||  |  ||||||||||||  ||||||||    
T  2008409 tt-cttgagcatagctcaagatagatcaagtcaagcttacaaacacttcctcccatttgttaaacttttaagttctgctgatggtgttcttgttaatagc 2008311  T
Q  231 ttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaa 330  Q
    ||||| ||||| || | ||||||| ||   ||||||| ||| || ||| |||| |||| ||  |||||| |||||||||| |||||| |||||  |||||    
T  2008310 ttcctagaaatagagatgggtcctctaagtgcaatgaaagaggagggaggtgacaaccctccagtgtatcctgttggacctattatcgaaacagaaacaa 2008211  T
Q  331 catctggtgatgatgctaataagtttgagtgtctgatatggtcggacaaacaacgtccttgttcagttttgtatgtttcttttggtagtggtgacacact 430  Q
     |||||||||||||||||||   || |||||||||   |||| ||| ||||| |  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |  |||||    
T  2008210 aatctggtgatgatgctaatggcttggagtgtctggcctggttggataaacagcaaccttgttcggttttgtatgtatcttttgggagtggaggtacact 2008111  T
Q  431 ttcgcaagaacaaattg 447  Q
    ||| || || |||||||    
T  2008110 ttcacaggagcaaattg 2008094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 49 - 447
Target Start/End: Original strand, 1968523 - 1968921
Alignment:
Q  49 tggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcgggattttcttgacc-tagctc 147  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||  |||||||||| ||||| || || |||||  ||||| | ||||| | ||||||    
T  1968523 tggatgaggaaacatcatgtgagtatagagatataccagagcctataaaaataccaggctgtgtaccaatccatggcagggatct-cttgagcgtagctc 1968621  T
Q  148 aagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagcttcctggaaattgaaaa 247  Q
    |||||||||||||||||  ||||||   ||| |||| |  | || ||   ||  || ||  |||||||||| |  ||||||||||||||||| | || |     
T  1968622 aagatagatcaagtcaagtttacaaacacttcctcccactttttaaacttttaagttttgctgatggtgtttttgttaatagcttcctggaattggagat 1968721  T
Q  248 gggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaacatctggtgatgatgct 347  Q
    ||| ||||||   ||||||| ||| || |||||||| |||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||  || ||||||||||||    
T  1968722 gggacctataagtgcaatgaaagaggagggaagtgacaaccctccagtgtatcctgttggaccaattatccaaacagaaacaagttcaggtgatgatgct 1968821  T
Q  348 aataagtttgagtgtctgatatggtcggacaaacaacgtccttgttcagttttgtatgtttcttttggtagtggtgacacactttcgcaagaacaaattg 447  Q
    |||   || |||||||||   |||| ||| ||||| |  ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||  |||||||| || ||||||||||    
T  1968822 aatggcttggagtgtctggcctggttggataaacagcagccttgctcagttttgtatgtatctttcgggagtggtggtacactttcacacgaacaaattg 1968921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 209 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 2004952 - 2004714
Alignment:
Q  209 tgatggtgttctaattaatagcttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttgga 308  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| ||||| || | ||||||||||   ||||||| ||| |||||||||||||||| || ||||||| ||||||||    
T  2004952 tgatggtgttcttgttaatagcttcctagaaatggagatgggtcctataagtgcaatgaaagatgaaggaagtgaaaaccctcctgtgtatcctgttgga 2004853  T
Q  309 cccattatccaaacactaacaacatctggtgatgatgctaataagtttgagtgtctgatatggtcggacaaacaacgtccttgttcagttttgtatgttt 408  Q
    ||||| ||||  ||  ||  ||  || ||||||| |  | ||  ||| || ||||| | ||||| ||| ||||| |  |||||||||||||||||||| |    
T  2004852 cccatcatcccgacgatagaaagttccggtgatgctaatcatgggttggaatgtctaacatggttggataaacagcaaccttgttcagttttgtatgtgt 2004753  T
Q  409 cttttggtagtggtgacacactttcgcaagaacaaattg 447  Q
    ||||||| ||||| |  |||||||| |||||||||||||    
T  2004752 cttttgggagtggcggtacactttcacaagaacaaattg 2004714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 209 - 447
Target Start/End: Original strand, 1964747 - 1964985
Alignment:
Q  209 tgatggtgttctaattaatagcttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttgga 308  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| | ||||| |||| ||| |||||| |||||  |||||| ||||||||||  |||| |  ||||||| ||||||||    
T  1964747 tgatggtgttcttgttaatagcttcttagaaatggaaatgggacctataaaagcaccgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtgtatcctgttgga 1964846  T
Q  309 cccattatccaaacactaacaacatctggtgatgatgctaataagtttgagtgtctgatatggtcggacaaacaacgtccttgttcagttttgtatgttt 408  Q
    ||||| ||| | ||| |||||   ||||    ||||||||||   || |||||||||  |||||  ||||||||||   ||||||||||||||||||| |    
T  1964847 cccatcatcgatacagtaacatgttctgaccgtgatgctaatggtttggagtgtctgtcatggttagacaaacaacaatcttgttcagttttgtatgtgt 1964946  T
Q  409 cttttggtagtggtgacacactttcgcaagaacaaattg 447  Q
    |||| || |||||||  |||||||| || ||||||||||    
T  1964947 ctttcgggagtggtggtacactttcacacgaacaaattg 1964985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 32 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 2005129 - 2004989
Alignment:
Q  32 cttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcgggat 131  Q
    |||| ||||||  ||||||||| | ||||| |||||||||||  ||||| | |||| ||||||  |||||||||||||||| || || |||||  ||||     
T  2005129 cttctatttgcctaagttggatgaagaaacatcatgtgagtatggagatataccagtgcctataaaaataccaggttgtgtaccaatccatggcaggga- 2005031  T
Q  132 tttcttga-cctagctcaagatagatcaagtcaatcttacaa 172  Q
    | || ||| || | |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  2005030 tctcatgagcccaactcaagataggtcaagtcaagcttacaa 2004989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 150; Significance: 4e-79; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 31 - 451
Target Start/End: Original strand, 5902084 - 5902498
Alignment:
Q  31 acttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcggga 130  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||| || |||| |||||||||    
T  5902084 acttctatttgctcaaattggataaggaaacatcatgtgagtacagagatctgccagaacctattcaagcaccaggttgtgtaccaattcgtggtcggga 5902183  T
Q  131 ttttcttgacctagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagc 230  Q
    | |  ||| || ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||| || || ||| |||| ||  | |||||||  | || |||||||||    
T  5902184 tctcgttgcccaagctcaagatagatcgagccaatcttacaaattcttactccaacgtattaaaagattctgttctgttgatggcatacttattaatagc 5902283  T
Q  231 ttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaa 330  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||| |  ||||||  || ||||||||||||||||||||  ||||     
T  5902284 ttcctggaaattgaaaaaggtcctatagaagcactgacagaagaaggaagtggtaaccctgctgtgtaccctattggacccattatccaaacaagaacag 5902383  T
Q  331 catctggtgatgatgctaataagtttgagtgtctgatatggtcggacaaacaacgtccttgttcagttttgtatgtttcttttggtagtggtgacacact 430  Q
     ||||||| || ||| ||      | |||||||||| |||||   | |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||    
T  5902384 aatctggtaataatggta------tggagtgtctgacatggttacataaacaacaaccttgttcagttttgtatgtttcttttggaagtggtggtgcact 5902477  T
Q  431 ttcgcaagaacaaattgatga 451  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  5902478 ttcacaagaacaaattgatga 5902498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 387 - 451
Target Start/End: Original strand, 5905918 - 5905982
Alignment:
Q  387 ccttgttcagttttgtatgtttcttttggtagtggtgacacactttcgcaagaacaaattgatga 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||   ||||||| |||||||||| ||||||    
T  5905918 ccttgttcagttttgtatgtttcttttggaagcggtggtgcactttcacaagaacaaactgatga 5905982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 392 - 433
Target Start/End: Original strand, 22055 - 22096
Alignment:
Q  392 ttcagttttgtatgtttcttttggtagtggtgacacactttc 433  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  22055 ttcagttttgtatgtttcttttggaagtggtggaacactttc 22096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 32 - 93
Target Start/End: Original strand, 18189870 - 18189931
Alignment:
Q  32 cttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagccta 93  Q
    |||| ||||||  ||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  18189870 cttctatttgcctaagttggatgaggaaacaacatgtgagtacagaaatctaccagagccta 18189931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University