View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF15635_low_1 (Length: 802)
Name: NF15635_low_1
Description: NF15635
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15635_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 679; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 679; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 796
Target Start/End: Original strand, 20632550 - 20633335
Alignment:
| Q |
8 |
gaaatgaagcctaattagatacaggaagccagaatcaacttcgaaaaaccatgttagattgtaatttaaattgacaagttcaacccaatacggagccatg |
107 |
Q |
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| T |
20632550 |
gaaatgaagcctaattagatacaggaagccagaatcaacttcgaaaaaccatgttagattgtaatttaaattgacaaatccagcccaatacggagccatg |
20632649 |
T |
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| Q |
108 |
gaacgtgacgtgcggtagacatcatcaggagcagtatactcgggaacatgatcagtatacaaaacttcaatgctcttattgaagcgtttaataccatatc |
207 |
Q |
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| T |
20632650 |
gaacgcgacgtgcggtagacatcatcaggagcagtatactccggaacatgatcagtatacaaaactttcatgctcttattgaagtgtttaaaatcatatc |
20632749 |
T |
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| Q |
208 |
tcataaagatgtaaccatcatcgatatcccaattgcgaaacataccagtatcaaatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagt |
307 |
Q |
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| T |
20632750 |
ccccaaagatgtaaccatcatcgatatcccaattgcgaaacataccagtatcatatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagt |
20632849 |
T |
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| Q |
308 |
ttccatagctgaatcattataaatgtaaacaacatttgcatcctggccaactaaagcaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtatt |
407 |
Q |
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| T |
20632850 |
ttccatagctgaatcattataaatgtaaacaa---ttgtatcgtggccagcgaaaggaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtatt |
20632946 |
T |
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| Q |
408 |
gaaacaacttcaataccattcacaaatgcatatgcatcagaatcatttgatgatggagtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatga |
507 |
Q |
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| T |
20632947 |
gaaacaacttcaataccattcacaaatgcatatgcatcagaatcatttgatgatggagtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatga |
20633046 |
T |
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| Q |
508 |
attctttcattaaatatactatgttaaagtaatctacatttagagaaacactaaagttatgcagaagagtgaagttaccagcagtgacagataagaaagc |
607 |
Q |
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| T |
20633047 |
attctttcattaaatatgctaagttaaagtaatctacatttagagaaacactaaagttatgcagaagagtgaagttaccggcagtgacagataagaaagc |
20633146 |
T |
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| Q |
608 |
ttttgagatgttgaagtccaaataagaataagggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattga |
707 |
Q |
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| T |
20633147 |
ttttgagatgttgaagtccaaataagaaaaagggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattga |
20633246 |
T |
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| Q |
708 |
aagattctagctgtcatataaggaacttcaggaatggattcaagatttgaagaaagtgcttttgctgttaaggacttgttgatgatgtc |
796 |
Q |
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| T |
20633247 |
aagattctagctgtcatataaggaacttcaggaatggattcaagatttgaagaaagtgcttttgctgttaaggacttattgatgatgtc |
20633335 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 641; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 793
Target Start/End: Original strand, 20648652 - 20649428
Alignment:
| Q |
8 |
gaaatgaagcctaattagatacaggaagccagaatcaacttcgaaaaaccatgttagattgtaatttaaattgacaagttcaacccaatacggagccatg |
107 |
Q |
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| T |
20648652 |
gaaatgaagcctaattagatacaggaagccagaatcaacttcgaaaaaccatgttagattgtaatttaaattgacag------cccaatacggagtcatg |
20648745 |
T |
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| Q |
108 |
gaacgtgacgtgcggtagacatcatcaggagcagtatactcgggaacatgatcagtatacaaaacttcaatgctcttattgaagcgtttaataccatatc |
207 |
Q |
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| T |
20648746 |
gaacgcgacgtgcggtagacatcatcaggagcagtatactccggaacatgatcagtatacaaaactttcatgctcctattgaagggtttaatttcatcta |
20648845 |
T |
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| Q |
208 |
tcataaagatgtaaccatcatcgatatcccaattgcgaaacataccagtatcaaatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagt |
307 |
Q |
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| T |
20648846 |
ccccaaagatgtaaccatcatcgatatcccaattgcgaaacataccagtatcatatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagt |
20648945 |
T |
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| Q |
308 |
ttccatagctgaatcattataaatgtaaacaacatttgcatcctggccaactaaagcaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtatt |
407 |
Q |
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| T |
20648946 |
ttccatagctgaatcattataaatgtaaacaacttttgtatcgtggccaactaaaggaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtatt |
20649045 |
T |
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| Q |
408 |
gaaacaacttcaataccattcacaaatgcatatgcatcagaatcatttgatgatggagtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatga |
507 |
Q |
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| T |
20649046 |
gaaacaacttcaataccattcacaaatgcatatgcatcagaatcatttgatgatggagtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatga |
20649145 |
T |
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| Q |
508 |
attctttcattaaatatactatgttaaagtaatctacatttagagaaacactaaagttatgcagaagagtgaagttaccagcagtgacagataagaaagc |
607 |
Q |
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| T |
20649146 |
attctttcattaaatatgctaagttaaagtaatctacatttagagaaacactaaagttatgcagaagagtgaagttaccagcagtgacagataagaaagc |
20649245 |
T |
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| Q |
608 |
ttttgagatgttgaagtccaaataagaataagggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattga |
707 |
Q |
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| T |
20649246 |
ttttgagatattgaaattcaaataagaaaaagggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattga |
20649345 |
T |
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| Q |
708 |
aagattctagctgtcatataaggaacttcaggaatggattcaagatttgaagaaagtgcttttgctgttaaggacttgttgatgat |
793 |
Q |
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| T |
20649346 |
aagattctagctgtcatataaggaacttcaggaatggattgaagatttgaag---gtgcttttgctgttaaggacttgttgatgat |
20649428 |
T |
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