View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15637_high_13 (Length: 366)

Name: NF15637_high_13
Description: NF15637
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15637_high_13
NF15637_high_13
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (31-345)||(1962905-1963219)
chr8 (31-345)||(2015210-2015524)
chr8 (31-345)||(2018593-2018907)
chr8 (188-330)||(2432951-2433093)
chr8 (32-345)||(2008196-2008509)
chr8 (32-329)||(2011827-2012124)
chr8 (209-318)||(2004843-2004952)
chr8 (49-345)||(1968523-1968819)
chr8 (209-313)||(1964747-1964851)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (31-323)||(5902084-5902376)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 31 - 345
Target Start/End: Original strand, 1962905 - 1963219
Alignment:
Q  31 acttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcccattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcggga 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1962905 acttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcggga 1963004  T
Q  131 ttttcttgacctagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagc 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1963005 ttttcttgacctagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttcttattaatagc 1963104  T
Q  231 ttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaa 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1963105 ttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagatgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaa 1963204  T
Q  331 catctggtgatgatg 345  Q
    |||||||||||||||    
T  1963205 catctggtgatgatg 1963219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 31 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 2015524 - 2015210
Alignment:
Q  31 acttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcccattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcggga 130  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  2015524 acttctatttgctcaagttagataaggaaacatcatgcgagtacagagatcttcctgggcctattcaaataccaggtagtgttccgattcatggtcggga 2015425  T
Q  131 ttttcttgacctagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagc 230  Q
    | || |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||     
T  2015424 tctttttgagctagctcaagatagatccagtcaatcttacaaatacttactccaaggtgttgaaaaattgcgtctttttgatggtattcttattaatagt 2015325  T
Q  231 ttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaa 330  Q
    ||| | ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2015324 ttcatagaaatcgaaaacggtcctatagaagcactgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaa 2015225  T
Q  331 catctggtgatgatg 345  Q
    |||||||||||||||    
T  2015224 catctggtgatgatg 2015210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 31 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 2018907 - 2018593
Alignment:
Q  31 acttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcccattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcggga 130  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||    
T  2018907 acttctatttgctcaagttgaataaggaaacatcatgtcagtacaaagatcttctagagcctattcaaataccaggctgtgtaccaattcatggtcagga 2018808  T
Q  131 ttttcttgacctagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagc 230  Q
    | || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  2018807 tcttgttgaccaagctcaagatagatcaagtcaatcttacaaattcttacttgaacgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtattcttattaatagc 2018708  T
Q  231 ttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaa 330  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||  ||||||  |||| |  ||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||| |    
T  2018707 ttcctagaaattgaaaaaggtcctatagaagcactcacagaagacagaagtggcaaccctgatgtttatgctgttggaccaattatccaaacgccaacca 2018608  T
Q  331 catctggtgatgatg 345  Q
     ||| ||||||||||    
T  2018607 aatcgggtgatgatg 2018593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 188 - 330
Target Start/End: Original strand, 2432951 - 2433093
Alignment:
Q  188 tgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagcttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaac 287  Q
    |||| |||||| |||| || |||||||||||||  ||||||||||| | ||||| |||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||     
T  2432951 tgttaaaaaataccgttttgttgatggtgttcttgttaatagcttcttagaaatggaaaggggtcctataaaagcactgacagatgaaggaagtgaaaat 2433050  T
Q  288 cttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaa 330  Q
    | |||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  2433051 cctcttgtgtatcctgttggacccatcatccagacaataacaa 2433093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 32 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 2008509 - 2008196
Alignment:
Q  32 cttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcccattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcgggat 131  Q
    |||| ||||||  ||| ||||| ||||||| ||||||||||| |||||| | | |||||| ||  |||||||||||||||| ||  | |||||  ||||     
T  2008509 cttctatttgcctaagctggatgaggaaacatcatgtgagtatagagatatactagagcctataaaaataccaggttgtgtaccactccatggcaggga- 2008411  T
Q  132 tttcttga-cctagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagc 230  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||   ||| |||| || |||| ||   ||  ||  |  ||||||||||||  ||||||||    
T  2008410 tttcttgagcatagctcaagatagatcaagtcaagcttacaaacacttcctcccatttgttaaacttttaagttctgctgatggtgttcttgttaatagc 2008311  T
Q  231 ttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaa 330  Q
    ||||| ||||| || | ||||||| ||   ||||||| ||| || ||| |||| |||| ||  |||||| |||||||||| |||||| |||||  |||||    
T  2008310 ttcctagaaatagagatgggtcctctaagtgcaatgaaagaggagggaggtgacaaccctccagtgtatcctgttggacctattatcgaaacagaaacaa 2008211  T
Q  331 catctggtgatgatg 345  Q
     ||||||||||||||    
T  2008210 aatctggtgatgatg 2008196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 32 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 2012124 - 2011827
Alignment:
Q  32 cttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcccattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcgggat 131  Q
    |||| ||||||  ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||  || |||| || || || ||  | |||||  |||||    
T  2012124 cttctatttgcctaagttggatgaggaaacaacatgtgagtacagagatctcccagagcctatcaaagtaccgggctgcgtaccactccatggcagggat 2012025  T
Q  132 tttcttgacc-tagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagc 230  Q
     | ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||| | ||| || |||  |||| |||  ||  || ||  ||||||||||||  ||||||||    
T  2012024 ct-cttgaccatagttcaagatagatcaagtcaagcttacaaatacttccttcaacatgttaaaagtttaagttttgctgatggtgttcttgttaatagc 2011926  T
Q  231 ttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaaca 329  Q
    ||| | ||||| |||| ||| |||||| | ||| ||||||| ||||||||||  |||| |  ||| ||| ||||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  2011925 ttcttagaaatggaaatgggacctataaatgcattgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtctatcctgttggacccatcatccagacagtaaca 2011827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 209 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 2004952 - 2004843
Alignment:
Q  209 tgatggtgttctaattaatagcttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttgga 308  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| ||||| || | ||||||||||   ||||||| ||| |||||||||||||||| || ||||||| ||||||||    
T  2004952 tgatggtgttcttgttaatagcttcctagaaatggagatgggtcctataagtgcaatgaaagatgaaggaagtgaaaaccctcctgtgtatcctgttgga 2004853  T
Q  309 cccattatcc 318  Q
    ||||| ||||    
T  2004852 cccatcatcc 2004843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 49 - 345
Target Start/End: Original strand, 1968523 - 1968819
Alignment:
Q  49 tggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcccattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcgggattttcttga-cctagctc 147  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||| ||  |||||||||| ||||| || || |||||  |||| | |||||| | ||||||    
T  1968523 tggatgaggaaacatcatgtgagtatagagatataccagagcctataaaaataccaggctgtgtaccaatccatggcaggga-tctcttgagcgtagctc 1968621  T
Q  148 aagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagcttcctggaaattgaaaa 247  Q
    |||||||||||||||||  ||||||   ||| |||| |  | || ||   ||  || ||  |||||||||| |  ||||||||||||||||| | || |     
T  1968622 aagatagatcaagtcaagtttacaaacacttcctcccactttttaaacttttaagttttgctgatggtgtttttgttaatagcttcctggaattggagat 1968721  T
Q  248 gggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaacatctggtgatgatg 345  Q
    ||| ||||||   ||||||| ||| || |||||||| |||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||  || ||||||||||    
T  1968722 gggacctataagtgcaatgaaagaggagggaagtgacaaccctccagtgtatcctgttggaccaattatccaaacagaaacaagttcaggtgatgatg 1968819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 209 - 313
Target Start/End: Original strand, 1964747 - 1964851
Alignment:
Q  209 tgatggtgttctaattaatagcttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttgga 308  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| | ||||| |||| ||| |||||| |||||  |||||| ||||||||||  |||| |  ||||||| ||||||||    
T  1964747 tgatggtgttcttgttaatagcttcttagaaatggaaatgggacctataaaagcaccgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtgtatcctgttgga 1964846  T
Q  309 cccat 313  Q
    |||||    
T  1964847 cccat 1964851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 121; Significance: 6e-62; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 31 - 323
Target Start/End: Original strand, 5902084 - 5902376
Alignment:
Q  31 acttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcccattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcggga 130  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||  |||||||||||| || |||| |||||||||    
T  5902084 acttctatttgctcaaattggataaggaaacatcatgtgagtacagagatctgccagaacctattcaagcaccaggttgtgtaccaattcgtggtcggga 5902183  T
Q  131 ttttcttgacctagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagc 230  Q
    | |  ||| || ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||| || || ||| |||| ||  | |||||||  | || |||||||||    
T  5902184 tctcgttgcccaagctcaagatagatcgagccaatcttacaaattcttactccaacgtattaaaagattctgttctgttgatggcatacttattaatagc 5902283  T
Q  231 ttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaaca 323  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||| |  ||||||  || ||||||||||||||||||||    
T  5902284 ttcctggaaattgaaaaaggtcctatagaagcactgacagaagaaggaagtggtaaccctgctgtgtaccctattggacccattatccaaaca 5902376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University