View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15637_high_34 (Length: 311)

Name: NF15637_high_34
Description: NF15637
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15637_high_34
NF15637_high_34
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (23-287)||(27045424-27045688)
chr1 (139-237)||(22626469-22626567)
chr1 (134-287)||(21785836-21785986)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (23-290)||(15349234-15349501)
chr4 (23-290)||(14687162-14687435)
chr4 (27-287)||(42711168-42711434)
chr4 (134-287)||(11498006-11498159)
chr4 (134-287)||(45240250-45240404)
chr4 (147-287)||(18290701-18290841)
chr4 (133-287)||(10629417-10629568)
chr4 (144-253)||(11918125-11918233)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (23-287)||(22062904-22063168)
chr6 (23-288)||(19586966-19587222)
chr6 (133-287)||(18188962-18189116)
chr6 (23-287)||(23519144-23519414)
chr6 (144-287)||(17818194-17818337)
chr6 (188-287)||(18852742-18852838)
chr6 (226-271)||(29685293-29685338)
chr6 (229-271)||(18977624-18977666)
chr6 (23-51)||(29685084-29685112)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (23-287)||(540152-540416)
chr7 (23-288)||(16327159-16327430)
chr7 (23-290)||(9581453-9581726)
chr7 (23-290)||(9729305-9729578)
chr7 (23-287)||(4311279-4311548)
chr7 (23-288)||(8783481-8783752)
chr7 (23-186)||(14223144-14223313)
chr7 (133-287)||(23513736-23513890)
chr7 (143-285)||(4462102-4462244)
chr7 (133-287)||(13741088-13741242)
chr7 (137-285)||(5395811-5395959)
chr7 (133-287)||(12565670-12565824)
chr7 (130-287)||(10439731-10439888)
chr7 (249-290)||(14223105-14223146)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (23-287)||(6813419-6813683)
chr3 (20-290)||(12777894-12778170)
chr3 (23-288)||(15024254-15024525)
chr3 (134-285)||(20562017-20562168)
chr3 (134-285)||(20564325-20564476)
chr3 (133-287)||(13090200-13090351)
chr3 (134-285)||(20559709-20559860)
chr3 (133-287)||(9362350-9362501)
chr3 (133-287)||(13096380-13096531)
chr3 (225-287)||(3246906-3246968)
chr3 (216-287)||(20153527-20153598)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (23-290)||(29312-29585)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (23-290)||(20000852-20001122)
chr8 (134-287)||(20040462-20040615)
chr8 (130-287)||(21855169-21855323)
chr8 (134-287)||(17619412-17619562)
[»] scaffold0035 (1 HSPs)
scaffold0035 (23-290)||(51943-52216)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (23-290)||(23712097-23712370)
chr5 (139-287)||(20446238-20446386)
chr5 (133-287)||(21282303-21282458)
chr5 (147-287)||(18487456-18487596)
chr5 (144-287)||(23602033-23602173)
chr5 (133-287)||(24939200-24939351)
chr5 (150-287)||(24218516-24218650)
[»] scaffold0485 (1 HSPs)
scaffold0485 (23-288)||(11296-11568)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (23-288)||(25339498-25339769)
chr2 (133-285)||(24500997-24501148)
[»] scaffold0566 (1 HSPs)
scaffold0566 (134-287)||(1275-1428)
[»] scaffold0222 (1 HSPs)
scaffold0222 (147-275)||(18509-18637)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (133-252)||(11741-11860)
[»] scaffold0113 (1 HSPs)
scaffold0113 (133-287)||(38026-38177)
[»] scaffold0026 (1 HSPs)
scaffold0026 (133-237)||(17034-17138)
[»] scaffold0012 (3 HSPs)
scaffold0012 (191-287)||(8728-8821)
scaffold0012 (191-287)||(12837-12930)
scaffold0012 (243-287)||(8665-8709)
[»] scaffold1184 (1 HSPs)
scaffold1184 (229-268)||(532-571)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 23 - 287
Target Start/End: Original strand, 27045424 - 27045688
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatactactttgtcat 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27045424 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcat 27045523  T
Q  123 tccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatcc 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  27045524 tccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatcc 27045623  T
Q  223 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27045624 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 27045688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 139 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 22626567 - 22626469
Alignment:
Q  139 ccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtggaaaa 237  Q
    |||| ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||| |||||    
T  22626567 cccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggatattactaatccggtggtggtagaaaa 22626469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 134 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 21785986 - 21785836
Alignment:
Q  134 catgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtgg 233  Q
    |||| |||| || |||| |||||| |||  |||||| ||| ||  |||||||  |||||| |||| |||||||| || |||||||||||| ||||||| |    
T  21785986 catggcccttctaacaagtaccaacatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgatttttctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtag 21785887  T
Q  234 aaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    |||| ||   ||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||    
T  21785886 aaaactt---ttatgttggcactaacccacaggtacacaataatggtgatgatg 21785836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 23 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 15349501 - 15349234
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatactactttgtcat 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15349501 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcat 15349402  T
Q  123 tccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatcc 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  15349401 tccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatcc 15349302  T
Q  223 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatgatg 290  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  15349301 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaagatgatggtgatgatgatg 15349234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 23 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 14687435 - 14687162
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatact------actt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||      ||||    
T  14687435 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggagaactattatctaaacttatatactctcactactt 14687336  T
Q  117 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattac 216  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  14687335 tgtcattccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatataaatggagaattattagagctaattgtttgattatgctacctaattcggacattac 14687236  T
Q  217 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatgatg 290  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| |||||||||||    
T  14687235 taatccggaggcggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaagataatgatgatgatgatg 14687162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 27 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 42711434 - 42711168
Alignment:
Q  27 tcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatact------actttgtc 120  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||  |||||      ||||||||    
T  42711434 tcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaaaggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactactttgtc 42711335  T
Q  121 attccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaat 220  Q
     ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  42711334 tttccttagaacccatgaccatactcataattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaat 42711235  T
Q  221 ccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  42711234 ccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaagatgatggtgatgatg 42711168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 134 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 11498159 - 11498006
Alignment:
Q  134 catgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtgg 233  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||  |||||| ||| |   | |||||| ||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||| |    
T  11498159 catgacccttctaacaattaccaatatgagtggagagtcaattatgttaattgcttgattattctacctaattcaaatattactaatccggaggtggtag 11498060  T
Q  234 aaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  11498059 aaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 11498006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 134 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 45240404 - 45240250
Alignment:
Q  134 catgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaa-ttgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtg 232  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  ||||| ||| ||||||||||| || |||||  | ||||||||||||||||||||     
T  45240404 catggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataacgctaaattgcttgattattctaccaaattcgaatattactaatccggaggtggta 45240305  T
Q  233 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  45240304 gaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 45240250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 147 - 287
Target Start/End: Original strand, 18290701 - 18290841
Alignment:
Q  147 acaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtggaaaatttgcttta 246  Q
    |||||||||||||||  |||| | ||| ||  || ||||  ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||    
T  18290701 acaattaccaatatgagtggaaattcaataatgcaaatttattgattattctacctaattcagatattactaatccggaggtgatagaaaacttggttta 18290800  T
Q  247 tgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  18290801 tgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 18290841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 133 - 287
Target Start/End: Original strand, 10629417 - 10629568
Alignment:
Q  133 ccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtg 232  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  ||||||||||| |||||||| || |||||||||||| ||| |||     
T  10629417 ccatggcccttctcacaattcccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggcggta 10629516  T
Q  233 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    ||||| |   |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  10629517 gaaaact---tttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 10629568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 144 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 11918233 - 11918125
Alignment:
Q  144 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 243  Q
    ||||||||||||||||||  |||| | ||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||| | ||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||| |    
T  11918233 ctcacaattaccaatatgagtggaaagtcaatagggctaatt-tttgattattctacctaatccggacataactaacccgaaggtggtggaaaaattgtt 11918135  T
Q  244 ttatgttggt 253  Q
    ||||||||||    
T  11918134 ttatgttggt 11918125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 23 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 22063168 - 22062904
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatactactttgtcat 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22063168 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcat 22063069  T
Q  123 tccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatcc 222  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  22063068 tccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaacatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatcc 22062969  T
Q  223 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22062968 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 22062904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 23 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 19587222 - 19586966
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatact------actt 116  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||  |||||      ||||    
T  19587222 atcatcacctttattgctaggaagtttggggtgagtctgaatcaagggatcaagaggatagagaggaactattatctacacttatatactctcactactt 19587123  T
Q  117 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattac 216  Q
    |||| ||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||  | ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |               |    
T  19587122 tgtccttccttagaacccatggacctacttacaattaccaatataaacggagaattattagagctaattgtttgattattctac---------------c 19587038  T
Q  217 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatga 288  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| | ||||||    
T  19587037 taatctggaggtggtggaaaatttgatttatgttggtattaacccacaggtacaagatgatgggggtgatga 19586966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 133 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 18189116 - 18188962
Alignment:
Q  133 ccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtg 232  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||| ||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||||||     
T  18189116 ccatgacccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggataatactaatccggaggtggta 18189017  T
Q  233 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  18189016 gaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 18188962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 23 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 23519414 - 23519144
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatac------tactt 116  Q
    |||||||| || ||||||| ||||||| | |||| |||||   | ||| |||| ||||| || | ||||||||||||| |||| |||||      |||      
T  23519414 atcatcaccttcattgctaggaagtttagagtgaatatgagcaagggggtcaataggattgaggggaactattatctagacttagataccctcaatacca 23519315  T
Q  117 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattac 216  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||   ||| | | | ||| |||||||||||||||||||| ||| |||  ||||| ||    
T  23519314 tgtctttccttataacccatgacccttctcacaactaccaatatgtgcggaaagtaaatagggctaattgtttgattattctaccttatttggacataac 23519215  T
Q  217 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||  |||||||||||||||    
T  23519214 taatccggagatggtggaaaatttgctttatgttggaactaacccacgggtacatgatgatggtgatgatg 23519144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 144 - 287
Target Start/End: Original strand, 17818194 - 17818337
Alignment:
Q  144 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 243  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  ||||||||||| |||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| ||| |    
T  17818194 ctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgtaggtggtagaaaacttggt 17818293  T
Q  244 ttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  17818294 ttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 17818337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 188 - 287
Target Start/End: Original strand, 18852742 - 18852838
Alignment:
Q  188 ttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||   |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  18852742 ttgattattctacctaattcagatattactaatccggagatggtagaaaatt---tttatgttggcactaacccacaggtacaaaatgatggtaatgatg 18852838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 226 - 271
Target Start/End: Original strand, 29685293 - 29685338
Alignment:
Q  226 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaa 271  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  29685293 ggtggtggaaaatttgctttatgttagtactaacccacaggtacaa 29685338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 229 - 271
Target Start/End: Original strand, 18977624 - 18977666
Alignment:
Q  229 ggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaa 271  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  18977624 ggtggaaaatttgctttatgctggtactaacaaacatgtacaa 18977666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 23 - 51
Target Start/End: Original strand, 29685084 - 29685112
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttgg 51  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29685084 atcatcacttttattgctaagaagtttgg 29685112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 233; Significance: 1e-129; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 23 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 540416 - 540152
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatactactttgtcat 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  540416 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcat 540317  T
Q  123 tccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatcc 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  540316 tccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaaaggagaatcattaaagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatcc 540217  T
Q  223 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  540216 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 540152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 8e-98
Query Start/End: Original strand, 23 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 16327430 - 16327159
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatact------actt 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||      ||||    
T  16327430 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactcttactactt 16327331  T
Q  117 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattac 216  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  16327330 tgtccttccttataacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgactattctacctaattcggacattac 16327231  T
Q  217 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatga 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||    
T  16327230 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaagatgatggtggtgatga 16327159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 23 - 290
Target Start/End: Original strand, 9581453 - 9581726
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatact------actt 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||  |||||      ||||    
T  9581453 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 9581552  T
Q  117 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattac 216  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  9581553 tgtctttccttagaacccatgaccatactcacaattatcaatatgaatggaggattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 9581652  T
Q  217 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatgatg 290  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  9581653 taatctggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaagatgatggtgatgatgatg 9581726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 23 - 290
Target Start/End: Original strand, 9729305 - 9729578
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatact------actt 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||  |||||      ||||    
T  9729305 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 9729404  T
Q  117 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattac 216  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  9729405 tgtctttccttagaacccatgaccatactcacaattatcaatatgaatggaggattattagaactaattgtttgattattctacctaattcagacattac 9729504  T
Q  217 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatgatg 290  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  9729505 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaatccacaggtacaagatgatggtgatgatgatg 9729578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 23 - 287
Target Start/End: Original strand, 4311279 - 4311548
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatact------actt 116  Q
    |||||||| |||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||  |||||      ||||    
T  4311279 atcatcacctttatttctaggaagtttgggg-gagtgtgaatcaagagatcaagaggatagaggggaactattatctagacttatatactctcactactt 4311377  T
Q  117 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattac 216  Q
    |||| || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  4311378 tgtcctttcttagaacccatggccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 4311477  T
Q  217 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4311478 taatccggaggtggtggaaaatttgctttacgttggtactaacccacatgtacaagatgatggtgatgatg 4311548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 23 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 8783752 - 8783481
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatact------actt 116  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||||||| ||||  |||||      ||||    
T  8783752 atcatcacctttattgctaggaagtttggggtgagtgtgaatcaatggatcaaggggatagaggggaactattatctagacttatatactctcactactt 8783653  T
Q  117 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattac 216  Q
    || | ||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| | ||||||| |||| || ||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  8783652 tgcccttccttacaacccatggccctactcacaattacaaatatgaaaggagaattattacagataattttttgattattctccctaattcggacataac 8783553  T
Q  217 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatga 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||    
T  8783552 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaagatcatggtggtgatga 8783481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 23 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 14223313 - 14223144
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgat------actactt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||      |||||||    
T  14223313 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggaaagaggagaactattatctaaacttatatactctcactactt 14223214  T
Q  117 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattg 186  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14223213 tgtcattccttaaagcccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattg 14223144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 133 - 287
Target Start/End: Original strand, 23513736 - 23513890
Alignment:
Q  133 ccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtg 232  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||  |||||| ||| ||  |||||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  23513736 ccatggcccttctcacaattacctatatgagtggagagtcaataatgctaattacttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggta 23513835  T
Q  233 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    ||||| ||  |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  23513836 gaaaactttgtttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 23513890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 143 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 4462244 - 4462102
Alignment:
Q  143 actcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtggaaaatttgc 242  Q
    ||||||||| |||||||||  | || ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |   ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  4462244 actcacaatgaccaatatgattagaaaatcattagagctcattgtttgattattctacctaatccgttcataactaacccgaaggtggtggaaaatttgc 4462145  T
Q  243 tttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatga 285  Q
    ||||| |||||||||||||||  |||||  |||||||||||||    
T  4462144 tttatattggtactaacccactggtacatgatgatggtgatga 4462102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 133 - 287
Target Start/End: Original strand, 13741088 - 13741242
Alignment:
Q  133 ccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtg 232  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  | |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||     
T  13741088 ccatggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgataattgcttgattattctacctaattcggacattactaattcggaggtggta 13741187  T
Q  233 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    ||||| |   |||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  13741188 gaaaactatgtttatgttggcactaatccacaggtacacaatgatggtgatgatg 13741242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 137 - 285
Target Start/End: Original strand, 5395811 - 5395959
Alignment:
Q  137 gaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtggaaa 236  Q
    |||||| || ||||||||||| |||  |||||  ||| ||  |||||||  ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  5395811 gacccttctaacaattaccaaaatgagtggagcgtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccggaggtggtagaaa 5395910  T
Q  237 atttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatga 285  Q
    | ||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  5395911 acttggtttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatga 5395959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 133 - 287
Target Start/End: Original strand, 12565670 - 12565824
Alignment:
Q  133 ccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtg 232  Q
    ||||| |||| || |||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||   |||||||| || ||||||||| ||||||||||     
T  12565670 ccatggcccttctaacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattatttaacctaattcagatattactaattcggaggtggta 12565769  T
Q  233 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  12565770 gaaaacttggtttatgttggtactaacccaccggtacacaatgatggtgatgatg 12565824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 130 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 10439888 - 10439731
Alignment:
Q  130 aacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtg 229  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  | |||||  ||||||||||| |||||||| || |||||||| | | |||||    
T  10439888 aacccatagcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgataatttcttgattattctacctaattcagatattactaagctgaaggtg 10439789  T
Q  230 gtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    || ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  10439788 gtagaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 10439731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 249 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 14223146 - 14223105
Alignment:
Q  249 ttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatgatg 290  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  14223146 ttggtactaacccacaggtacaagatgatggtgatgatgatg 14223105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 233; Significance: 1e-129; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 23 - 287
Target Start/End: Original strand, 6813419 - 6813683
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatactactttgtcat 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6813419 atcatcacttttattgctaagaagtttgaggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcat 6813518  T
Q  123 tccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatcc 222  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  6813519 tccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatcc 6813618  T
Q  223 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  6813619 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtaatgatg 6813683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 20 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 12778170 - 12777894
Alignment:
Q  20 gacatcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatact------a 113  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||   ||||      |    
T  12778170 gacatcatcccttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatttactctcacta 12778071  T
Q  114 ctttgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacat 213  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  12778070 ctttgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattatcaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacat 12777971  T
Q  214 tactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatgatg 290  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  12777970 tactaattcggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaagatgatggtgatgatgatg 12777894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 23 - 288
Target Start/End: Original strand, 15024254 - 15024525
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatact------actt 116  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| ||||  |||||      ||||    
T  15024254 atcatcacttttattgctagaaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggggtactattatctatacttatatactctcactactt 15024353  T
Q  117 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattac 216  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||| ||    
T  15024354 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattaatagagctaattgttttattattctacctaatccagacataac 15024453  T
Q  217 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatga 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||    
T  15024454 taatccggaggtggtggaaaatttgcattatgttggtactaatccacatgtacaagatgatggaggtgatga 15024525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 134 - 285
Target Start/End: Original strand, 20562017 - 20562168
Alignment:
Q  134 catgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtgg 233  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||   ||||||  ||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||||| |    
T  20562017 catggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcggaggtggtag 20562116  T
Q  234 aaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatga 285  Q
    |||| | | ||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  20562117 aaaactaggtttgtgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatga 20562168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 134 - 285
Target Start/End: Original strand, 20564325 - 20564476
Alignment:
Q  134 catgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtgg 233  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||   ||||||  ||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||||| |    
T  20564325 catggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcggaggtggtag 20564424  T
Q  234 aaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatga 285  Q
    |||| | | ||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  20564425 aaaactaggtttgtgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatga 20564476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 133 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 13090351 - 13090200
Alignment:
Q  133 ccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtg 232  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||  ||| || ||| ||  |||||||  ||||||||||| |||||||| || |||||||||||| |||||||     
T  13090351 ccatggcccttctcacaattcccaatatgagtggtgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggta 13090252  T
Q  233 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    ||||| |   |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  13090251 gaaaact---tttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 13090200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 134 - 285
Target Start/End: Original strand, 20559709 - 20559860
Alignment:
Q  134 catgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtgg 233  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||   ||||||  ||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||||| |    
T  20559709 catggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcggaggtggtag 20559808  T
Q  234 aaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatga 285  Q
    |||| | | ||| |||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  20559809 aaaactaggtttgtgttggcactaacccacagatacacaatgatggtgatga 20559860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 133 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 9362501 - 9362350
Alignment:
Q  133 ccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtg 232  Q
    ||||| |||| ||||||||  ||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  ||||||||||| ||||||||  | |||||||||||| |||||||     
T  9362501 ccatggcccttctcacaatccccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcaaatattactaatccgaaggtggta 9362402  T
Q  233 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    ||||| ||   ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  9362401 gaaaactt---ttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 9362350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 133 - 287
Target Start/End: Original strand, 13096380 - 13096531
Alignment:
Q  133 ccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtg 232  Q
    ||||| |||| ||||||||| |||| |||  |||||| ||| ||   ||||||  ||||||||||| |||||||| || |||||||||||| |||||||     
T  13096380 ccatggcccttctcacaattcccaacatgagtggagagtcaataattctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggta 13096479  T
Q  233 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    ||||| |   |||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  13096480 gaaaact---tttatgttgacactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 13096531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 225 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 3246968 - 3246906
Alignment:
Q  225 aggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  3246968 aggtggtggaaaatttgttttatttttgtactaacccacaggtacaagatgatggtgatgatg 3246906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 216 - 287
Target Start/End: Original strand, 20153527 - 20153598
Alignment:
Q  216 ctaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    |||||| ||||||||| ||||| ||  |||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  20153527 ctaatctggaggtggtagaaaactttgtttatgttggcactaacctacaggtacacaatgatggtgatgatg 20153598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 23 - 290
Target Start/End: Original strand, 29312 - 29585
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatact------actt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||      ||||    
T  29312 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactctcactactt 29411  T
Q  117 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||    
T  29412 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtatgattattctacctaattcggacattac 29511  T
Q  217 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatgatg 290  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||    
T  29512 taatccggaggtggtagaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaagatgatggtaatgatgatg 29585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 23 - 290
Target Start/End: Original strand, 20000852 - 20001122
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatact------actt 116  Q
    |||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||      ||||    
T  20000852 atcatcacttttattgctaag---tttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactctcactactt 20000948  T
Q  117 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  20000949 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 20001048  T
Q  217 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatgatg 290  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  20001049 taatctggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaagatgatggtgatgatgatg 20001122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 134 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 20040615 - 20040462
Alignment:
Q  134 catgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtgg 233  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||   ||||||  ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| |    
T  20040615 catggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccagaggtggtag 20040516  T
Q  234 aaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    |||| | | |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  20040515 aaaactaggtttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 20040462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 130 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 21855323 - 21855169
Alignment:
Q  130 aacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtg 229  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  ||||||||||| |||||||| || |||||||||||| |||||    
T  21855323 aacccataacccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtg 21855224  T
Q  230 gtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    || ||||| |   |||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  21855223 gtagaaaact---tttatgttggcactaacctacaggtacacaatgatggtgatgatg 21855169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 134 - 287
Target Start/End: Original strand, 17619412 - 17619562
Alignment:
Q  134 catgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtgg 233  Q
    |||| |||| ||||||||| ||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  ||||||||||| |||||||| || |||||||||||| ||||||| |    
T  17619412 catggcccttctcacaatttccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtag 17619511  T
Q  234 aaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    |||| |   |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  17619512 aaaact---tttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 17619562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035 (Bit Score: 183; Significance: 5e-99; HSPs: 1)
Name: scaffold0035
Description:

Target: scaffold0035; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 23 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 52216 - 51943
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatact------actt 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||      ||||    
T  52216 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactcttactactt 52117  T
Q  117 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattac 216  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  52116 tgtccttccttataacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgactattctacctaattcggacattac 52017  T
Q  217 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatgatg 290  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  52016 tattccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaagatgatggtgatgatgatg 51943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 163; Significance: 5e-87; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 23 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 23712370 - 23712097
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatact------actt 116  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||  |||||      ||||    
T  23712370 atcatcacttttgttgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 23712271  T
Q  117 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattac 216  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| || |||||| |||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  23712270 tgtctttccttagaacccatgaccatactcacaattaccaatatgaatggaggattattagaactaattttttgattattctacctaattcggacattac 23712171  T
Q  217 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatgatg 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  23712170 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtcctaacccacaggtacaagatgatggtgatgatgatg 23712097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 139 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 20446386 - 20446238
Alignment:
Q  139 ccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtggaaaat 238  Q
    |||| ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  ||||||||||| |||||||| || |||||||||||| ||||||| |||||     
T  20446386 cccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtagaaaac 20446287  T
Q  239 ttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  20446286 ttggtttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 20446238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 133 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 21282458 - 21282303
Alignment:
Q  133 ccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaa-ttgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggt 231  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  ||||| ||| ||||||||||| || |||||  | ||||||||||||||||||||    
T  21282458 ccataacccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataacgctaaattgcttgattattctaccaaattcgaatattactaatccggaggtggt 21282359  T
Q  232 ggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
     ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  21282358 agaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 21282303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 147 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 18487596 - 18487456
Alignment:
Q  147 acaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtggaaaatttgcttta 246  Q
    |||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  ||||||||||| |||||||| || |||| |||||| |||||||| ||||| ||| ||||    
T  18487596 acaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattattaatcctgaggtggtagaaaacttggttta 18487497  T
Q  247 tgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  18487496 tgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 18487456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 144 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 23602173 - 23602033
Alignment:
Q  144 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 243  Q
    ||||||||| ||||||||  ||| || ||| ||  |||||||  ||||||||||| |||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| |   |    
T  23602173 ctcacaattcccaatatgagtggcgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtagaaaact---t 23602077  T
Q  244 ttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  23602076 ttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 23602033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 133 - 287
Target Start/End: Original strand, 24939200 - 24939351
Alignment:
Q  133 ccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtg 232  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||  ||| || ||| ||  |||||||  ||||||||||| |||||||| || ||||||||| || |||||||     
T  24939200 ccatggcccttctcacaattcccaatatgagtggcgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcgaaggtggta 24939299  T
Q  233 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    ||||| |   |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  24939300 gaaaact---tttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 24939351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 150 - 287
Target Start/End: Original strand, 24218516 - 24218650
Alignment:
Q  150 attaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgt 249  Q
    ||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||| |    ||||||    
T  24218516 attaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccggagatggtagaaaact---attatgt 24218612  T
Q  250 tggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  24218613 tggcactaacccacatgtacacaatgatggtaatgatg 24218650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0485 (Bit Score: 146; Significance: 6e-77; HSPs: 1)
Name: scaffold0485
Description:

Target: scaffold0485; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 23 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 11568 - 11296
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgata------ctactt 116  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||  |||      ||||||    
T  11568 atcatcacctttattgctagaaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggggaactattatctagacttatataatctcactactt 11469  T
Q  117 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattac 216  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||    
T  11468 tgtccttccttagaacccatgaccatactcacaattaccaatatgagtggagaattattagagctaattgtttgattattctacctaatccggacataac 11369  T
Q  217 taatccggaggtggtgg-aaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatga 288  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||    
T  11368 taatctggaggtggtggaaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaggtgatggtggtgatga 11296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 23 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 25339769 - 25339498
Alignment:
Q  23 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaactttgatact------actt 116  Q
    |||||||| || ||||||| ||||||||| || ||| ||| | |||||||||| |||||||| | |||| ||  | || |||| |||||       |||     
T  25339769 atcatcaccttcattgctaggaagtttggagtaagtgtgagtaaagggatcaataggatagaggggaacaatagtttagacttagataccctcaccacta 25339670  T
Q  117 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattac 216  Q
    |||| || |||| ||| |||| ||| |||||||||||||||||||  ||||   ||| ||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||    
T  25339669 tgtcctttcttagaactcatggcccaactcacaattaccaatatgagtggaaggtcaatagggctaattgtttgattattctacctaatccggacataac 25339570  T
Q  217 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatga 288  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  25339569 taatctggaggtggtggaaaattttctttatgttggcactaactcacatgtacatgatgatggtggtgatga 25339498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 133 - 285
Target Start/End: Original strand, 24500997 - 24501148
Alignment:
Q  133 ccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtg 232  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||   |||||| ||| ||  |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  24500997 ccatggcccttctcacaattaccaatattagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggta 24501096  T
Q  233 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatga 285  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  24501097 gaaaacttgatttatgttggcactaacccacaggtacacaat-atggtgatga 24501148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0566 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0566
Description:

Target: scaffold0566; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 134 - 287
Target Start/End: Original strand, 1275 - 1428
Alignment:
Q  134 catgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtgg 233  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||  |||||| ||| |   |||||||  ||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||||||||| |    
T  1275 catgacccttctaacaattaccaatatgagtggagagtcaattatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatctggaggtggtag 1374  T
Q  234 aaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  1375 aaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 1428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0222 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0222
Description:

Target: scaffold0222; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 147 - 275
Target Start/End: Original strand, 18509 - 18637
Alignment:
Q  147 acaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtggaaaatttgcttta 246  Q
    |||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||    
T  18509 acaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccggaggtggtagaaaacttggttta 18608  T
Q  247 tgttggtactaacccacatgtacaaaatg 275  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  18609 tgttggcactaacccacaggtacacaatg 18637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 133 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 11860 - 11741
Alignment:
Q  133 ccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtg 232  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||| |||||||||     
T  11860 ccatgacccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggatattactaatctggaggtggta 11761  T
Q  233 gaaaatttgctttatgttgg 252  Q
    ||||| ||| ||||||||||    
T  11760 gaaaacttggtttatgttgg 11741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113 (Bit Score: 49; Significance: 5e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 133 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 38177 - 38026
Alignment:
Q  133 ccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtg 232  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||  ||| || ||| ||  |||||||  ||||||||||| |||||||| || ||||||||| |  |||||||     
T  38177 ccatggcccttctcacaatttccaatatgagtggcgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattctaaggtggta 38078  T
Q  233 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    ||||| ||   ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  38077 gaaaactt---ttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 38026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026 (Bit Score: 49; Significance: 5e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0026
Description:

Target: scaffold0026; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 133 - 237
Target Start/End: Original strand, 17034 - 17138
Alignment:
Q  133 ccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtg 232  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||| | ||||||||     
T  17034 ccatgacccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggatattactaatacagaggtggta 17133  T
Q  233 gaaaa 237  Q
    |||||    
T  17134 gaaaa 17138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 3)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 191 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 8821 - 8728
Alignment:
Q  191 attattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    |||||||| ||||| |  || |||||||||| ||||||||| ||||| ||   ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8821 attattctacctaaattagatattactaatctggaggtggtagaaaactt---ttatgttggcactaacccacatgtacacaatgatggtgatgatg 8728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 191 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 12930 - 12837
Alignment:
Q  191 attattctgcctaattccgacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    |||||||| ||||| |  || |||||||||| ||||||||| ||||| ||   ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  12930 attattctacctaaattagatattactaatctggaggtggtagaaaactt---ttatgttggcactaacccacaggtacataatgatggtgatgatg 12837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 243 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 8709 - 8665
Alignment:
Q  243 tttatgttggtactaacccacatgtacaaaatgatggtgatgatg 287  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  8709 tttatgttggcactaacccacagatacacaatgatggtgatgatg 8665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1184 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold1184
Description:

Target: scaffold1184; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 229 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 571 - 532
Alignment:
Q  229 ggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgta 268  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  571 ggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacgtgta 532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University