View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15637_high_5 (Length: 461)

Name: NF15637_high_5
Description: NF15637
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15637_high_5
NF15637_high_5
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (13-433)||(36938129-36938549)
chr4 (13-433)||(36948376-36948793)
chr4 (13-433)||(36958510-36958927)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 36938549 - 36938129
Alignment:
Q  13 aacctgtgaaggtgacacttaaattgtttgaactagaattgtaactaatatcaacatcatatcctccttcgtccaagctagtgaaccattgggttgtgta 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36938549 aacctgtgaaggtgacacttaaattgtttgaactagaattgtaactaatatcaacatcatatcctctttcgtccaagctagtgaaccattgggttgtgta 36938450  T
Q  113 agaagtactgattgaattaacatcaatccctacatgatcatatgtaggatcccatgtattgacaaatgtatcaaattccacagccacaaagggattttct 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36938449 agaagtactgattgaattaacatcaatccccacatgatcatatgtaggatcccatgtattgacaaatgtatcaaattccacagccacaaagggattttct 36938350  T
Q  213 tttgtgtaatttggagtagctaattgaacgctgctcatgagaccaataccacttccatctcttggaacaggtagtggaaaattggggtgtgccaaataga 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36938349 tttgtgtaatttggagtagctaattgaacgctgctcatgagaccaataccacttccatctcttggaacaggtagtggaaaattggggtgtgccaaataga 36938250  T
Q  313 aggtgattccatctgaatgatcggttttgttgagggtgttgatagtaaatgagaaacgagtagtaaaatccgtgacttcactcgtgtttatgttccaaag 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36938249 aggtgattccatctgaatgatcggttttgttgagggtgttgatagtaaatgagaaacgagtagtaaaatccgtgacttcactcgtgtttatgttccaaag 36938150  T
Q  413 atgaaatagttttgaatatgt 433  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  36938149 atgaaatagttttgaatatgt 36938129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 13 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 36948793 - 36948376
Alignment:
Q  13 aacctgtgaaggtgacacttaaattgtttgaactagaattgtaactaatatcaacatcatatcctccttcgtccaagctagtgaaccattgggttgtgta 112  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||  ||||| |  ||| |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| || ||||     
T  36948793 aacctgtgaatgtgacagttaaattgtttgaacttgaatcataactcacttcagcatcatatcctctttcatccatgctagtgaaccattgtgtagtgtg 36948694  T
Q  113 agaagtactgattgaattaacatcaatccctacatgatcatatgtaggatcccatgtattgacaaatgtatcaaattccacagccacaaagggattttct 212  Q
    |  ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  36948693 attagtgctgatagaattaacatcaatcccaacatgatcatatttaggatcccagtcattaacaaatgtatcaaattccacagctacaaatggattttct 36948594  T
Q  213 tttgtgtaatttggagtagctaattgaacgctgctcatgagaccaataccacttccatct-cttggaacaggtagtggaaaattggggtgtgccaaatag 311  Q
    ||||||||||||||| ||   |||||||| | ||||   ||||| |||||||||||||||  |||| |||  ||  |||||||||||| |||||||||||    
T  36948593 tttgtgtaatttggattactcaattgaacacggctcgctagaccgataccacttccatctatttgggaca--ta--ggaaaattggggcgtgccaaatag 36948498  T
Q  312 aaggtgattccatctgaatgatcggttttgttgagggtgttgatagtaaatgagaaacgagtagtaaaatccgtgacttcactcgtgtttatgttccaaa 411  Q
    |||||||| ||||||  |||||   |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  36948497 aaggtgatgccatctccatgataacttttgttgggggtgttgatagaaaatgagaaacgagtagtgaaatctgtgacttcacttgtgttaatgttccaaa 36948398  T
Q  412 gatgaaatagttttgaatatgt 433  Q
    ||||||| | ||||||||||||    
T  36948397 gatgaaacaattttgaatatgt 36948376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 13 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 36958927 - 36958510
Alignment:
Q  13 aacctgtgaaggtgacacttaaattgtttgaactagaattgtaactaatatcaacatcatatcctccttcgtccaagctagtgaaccattgggttgtgta 112  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||||||||| |||| |||||| |  ||| |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| || | ||     
T  36958927 aacctgtaaatgtgacagttaaattgtttgaacttgaatcgtaactgacttcagcatcatatcctctttcatccatgctagtgaaccattgtgtagcgtg 36958828  T
Q  113 agaagtactgattgaattaacatcaatccctacatgatcatatgtaggatcccatgtattgacaaatgtatcaaattccacagccacaaagggattttct 212  Q
    |  ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  36958827 attagtgctgatagaattaacatcaatcccaacatgatcatagttaggatcccattcattaacaaatgtatcaaattccacagctacaaatggattttct 36958728  T
Q  213 tttgtgtaatttggagtagctaattgaacgctgctcatgagaccaataccacttccatct-cttggaacaggtagtggaaaattggggtgtgccaaatag 311  Q
    |||||||||| |||| ||   ||||||||   ||||   ||||| || || | ||||| |  |||| ||| |    ||||||||||||||||||||||||    
T  36958727 tttgtgtaatctggattactcaattgaacaaggctcgcaagaccgattccgcctccatatatttgggacatg----ggaaaattggggtgtgccaaatag 36958632  T
Q  312 aaggtgattccatctgaatgatcggttttgttgagggtgttgatagtaaatgagaaacgagtagtaaaatccgtgacttcactcgtgtttatgttccaaa 411  Q
    ||||| || ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| || || ||||||| |||||    
T  36958631 aaggtcatgccatctgcatgatgggttttgttgggggtgttgatagtaaatgagaaacgagtattgaaatctgtgacttcgcttgtttttatgtcccaaa 36958532  T
Q  412 gatgaaatagttttgaatatgt 433  Q
    ||||||| | ||||||||||||    
T  36958531 gatgaaacaattttgaatatgt 36958510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University