View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1563_low_3 (Length: 685)
Name: NF1563_low_3
Description: NF1563
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1563_low_3 |
 | |
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| [»] scaffold0402 (1 HSPs) |
| | |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 463; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 463; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 3256 - 2601
Alignment:
| Q |
1 |
gaaggttttccttccaattgccttgcaattccgctggaaaatgatgactaaagaaaatgaggataagaaattgtagaaagttactattatttaactcaac |
100 |
Q |
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|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
3256 |
gaaggttttccttccacttgccttgcaattccgctggaaaatgatgactaaagaaaatgaggataagaaattgtagaaagttactattatttaactcaac |
3157 |
T |
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| Q |
101 |
aaatttcaatttaaaccattacataagagaagcagttaaaagaaaaatcaaagagcagtcc-aaagagtcatcaaattaaatgacatattgctccctttg |
199 |
Q |
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|
|
| T |
3156 |
aaatttcaattgaaaccattacataagagaaccagttaaaagaaaaatcaaagagcagtccaaaagagtcatcaaattaaatgacatattgctccctttg |
3057 |
T |
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| Q |
200 |
gggaatcagaggaaaattatatgtccgagaaatatggaaataacaataaaatcgggatttcaaaacatttgttagcaggattatgcagtagaaaatgatt |
299 |
Q |
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|
| T |
3056 |
gggaatcataggaaaattatatgtccgagaaatatagaaataacaataaaatcgggatttcaaaacatttgttggcaggattatgctgtggaaaatgatt |
2957 |
T |
|
| Q |
300 |
gatat-------------aaatcatccaaaatatgagacaatctagagctaactaccaaggatgaaaggatcgtacaacagctgaacataaaagctgtga |
386 |
Q |
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| T |
2956 |
gatatagaaggctaatacaaatcatccaaaatatgagacaatctagagctaactaccaaggatgaaaggatcgtacaacagctgaacataaaagctgtga |
2857 |
T |
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| Q |
387 |
attataacttctattgaaaagaaaaattaaaatcatttacgtaagagagagtgatgataactattatctcatacattcaagaaagttctggatttatagc |
486 |
Q |
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| T |
2856 |
agtataacttctattgaaaagaaaatttaaaatc-tttacgtaagagagagtgatgataactattatctcatacattcaaaaaagttctggatttatagc |
2758 |
T |
|
| Q |
487 |
atgatattttaaaaatccaaaaaataaacatatatgtttgctttcaacttcatccctaggaagctaaaacaattgatcactaatttaacacttaaggaaa |
586 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
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| T |
2757 |
atgattttttaaaaatccaaaatatgcacatatatgtttgctttcaacttcatccctaggaag---------------------ttaacacttaaggaaa |
2679 |
T |
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| Q |
587 |
ttagtctaatttatcgatacaaatagagaaaaatacaatgaagagcttcgccaatcttttatttattactgctgcaatact |
667 |
Q |
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|
| T |
2678 |
ttggtctaatttatcgatagaactagagaaaaatacaatgaagagattcgccaatcttttat---ttactgctgcaatact |
2601 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 42 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 19336115 - 19335775
Alignment:
| Q |
42 |
tgatgactaaagaaaatgaggataagaaattgtagaaagttactattatttaactcaacaaatttcaatttaaaccattacataagagaagcagttaaaa |
141 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
19336115 |
tgatgactaaagaaaatgaggataagaaattgtagaaagttactattatttaactcaacaaaattcaatttaaaccattacataagagaaccagttaaaa |
19336016 |
T |
|
| Q |
142 |
gaaaaatcaaagagcagtccaaa-gagtcatcaaattaaatgacatattgctccctttggggaatcagaggaaaattatatgtccgagaaatatggaaat |
240 |
Q |
| |
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|
|
| T |
19336015 |
gaaaaatcaaagagcagtccaaaagagtcatcaaattaaatgacatattgctccctttggggaatcagaggaaaattatatgtccgagaaatatagaaat |
19335916 |
T |
|
| Q |
241 |
aacaataaaatcgggatttcaaaacatttgttagcaggattatgcagtagaaaatgattgatat-------------aaatcatccaaaatatgagacaa |
327 |
Q |
| |
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|
| T |
19335915 |
aacaataaaatcgggatttcaaaacatttgttggcaggattatgcagtggaaaatgattgatatagaaggctaatacaaatcatccaaaatatgagacaa |
19335816 |
T |
|
| Q |
328 |
tctagagctaactaccaaggatgaaaggatcgtacaacagc |
368 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19335815 |
tctagagctaactaccaaggatgaaaggatcgtacaacagc |
19335775 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0402 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 1)
Name: scaffold0402
Description:
Target: scaffold0402; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 42 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 15274 - 14933
Alignment:
| Q |
42 |
tgatgactaaagaaaatgaggataagaaattgtagaaagttactattatttaactcaacaaatttcaatttaaaccattacataagagaagcagttaaaa |
141 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
15274 |
tgatgactaaagaaaatgaggataagaaattgtagaaagttactattatttaactcaacaaatttcaatttaaaccattacataagagaaccagttaaaa |
15175 |
T |
|
| Q |
142 |
gaaaaatcaaagagcagtccaaa-gagtcatcaaattaaatgacatattgctccctttggggaatcagaggaaaattatatgtccgagaaatatggaaat |
240 |
Q |
| |
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|
| T |
15174 |
gaaaaatcaaagagcagtccaaaagagtcatcaaattaaatgacatattgctccctttggggaatcataggaaaattatatgtccgagaaatatagaaat |
15075 |
T |
|
| Q |
241 |
aacaataaaatcgggatttcaaaacatttgttagcaggattatgcagtagaaaatgattgatat-------------aaatcatccaaaatatgagacaa |
327 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
15074 |
aacaataaaatcgggatttcaaaacatttgttggcaggattttgctgtggaaaatgattgatatagaaggctaatacaaatcatccaaaatatgagacaa |
14975 |
T |
|
| Q |
328 |
tctagagctaactaccaaggatgaaaggatcgtacaacagct |
369 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14974 |
tctagagctaactaccaaggatgaaaggatcgtacaacagct |
14933 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 42 - 369
Target Start/End: Original strand, 17938669 - 17939010
Alignment:
| Q |
42 |
tgatgactaaagaaaatgaggataagaaattgtagaaagttactattatttaactcaacaaatttcaatttaaaccattacataagagaagcagttaaaa |
141 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
17938669 |
tgatgactaaagaaaatgaggataagaaattgtagaaagttactattatttaactcaacaaatttcaatttaaaccattacataagagaaccagttaaaa |
17938768 |
T |
|
| Q |
142 |
gaaaaatcaaagagcagtccaaa-gagtcatcaaattaaatgacatattgctccctttggggaatcagaggaaaattatatgtccgagaaatatggaaat |
240 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |
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|
| T |
17938769 |
gaaaaatcaaagagcagtccaaaagagtcatcaaattaaatgacatattgctccctttggggaatcataggaaaattatatgtccgagaaatatagaaat |
17938868 |
T |
|
| Q |
241 |
aacaataaaatcgggatttcaaaacatttgttagcaggattatgcagtagaaaatgattgatat-------------aaatcatccaaaatatgagacaa |
327 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17938869 |
aacaataaaatcgggatttcaaaacatttgttggcaggattttgctgtggaaaatgattgatatagaaggctaatacaaatcatccaaaatatgagacaa |
17938968 |
T |
|
| Q |
328 |
tctagagctaactaccaaggatgaaaggatcgtacaacagct |
369 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17938969 |
tctagagctaactaccaaggatgaaaggatcgtacaacagct |
17939010 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 389 - 426
Target Start/End: Original strand, 22487689 - 22487726
Alignment:
| Q |
389 |
tataacttctattgaaaagaaaaattaaaatcatttac |
426 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
22487689 |
tataacttctattgaaaataaaatttaaaatcatttac |
22487726 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 428 - 667
Target Start/End: Original strand, 4792443 - 4792682
Alignment:
| Q |
428 |
taagagagagtgatgataactattatctcatacattcaagaaagttctggatttatagcatgatattttaaaaatccaaaaaataaacatatatgtttgc |
527 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4792443 |
taagaaagagtgatgataactattatctcatacattcaagaaagttctggatttatagcatgatattttaaaaatccaaaaaataaacatatatgtttgc |
4792542 |
T |
|
| Q |
528 |
tttcaacttcatccctaggaagctaaaacaattgatcactaatttaacacttaaggaaattagtctaatttatcgatacaaatagagaaaaatacaatga |
627 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4792543 |
tttcaacttcatccctaggaagctaaaacaattgatcactaatttaacacttaaggaaattagtctaatttatcgatacaaatagagaaaaatacaatga |
4792642 |
T |
|
| Q |
628 |
agagcttcgccaatcttttatttattactgctgcaatact |
667 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4792643 |
agagcttcgccaatcttttatttattactgctgcaatact |
4792682 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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