View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15642_low_11 (Length: 551)

Name: NF15642_low_11
Description: NF15642
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15642_low_11
NF15642_low_11
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (6-533)||(8957541-8958068)
chr8 (16-136)||(8946009-8946129)
chr8 (16-143)||(8962945-8963072)
chr8 (457-533)||(8946459-8946535)
chr8 (328-401)||(8946330-8946403)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (16-533)||(34962792-34963300)
chr1 (329-409)||(25928102-25928183)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (6-221)||(21687162-21687374)
chr2 (326-403)||(21687476-21687553)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-128)||(19375878-19375998)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 516; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 516; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 8958068 - 8957541
Alignment:
Q  6 aggagcagagatgtcaggtttcaaaatatatggacaactatttgaaggccctcttgaactataagaagaaacactaggtgctggtttaattccaaaaact 105  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8958068 aggagcagtgatgtcaggtttcaaaatatatggacaactatttgaaggccctcttgaactataagaagaaacactaggtgctggtttaattccaaaaact 8957969  T
Q  106 gttttcttgaaagacatgcttgcttttgaagtagagtttttagagttataactcttgatgtaagctttgactacttctccattgattggatcaacaatga 205  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8957968 gttttcatgaaagacatgcttgcttttgaagtagagtttttagagttataactcttgatgtaagctttgactacttctccattgattggatcaacaatga 8957869  T
Q  206 tggatgcaaaactattttctgaaaagtatatgtttgtaacatttgtaataaaaacagccccaagaacttttgcttcatccaaattatcgacttgataaaa 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8957868 tggatgcaaaactattttctgaaaagtatatgtttgtaacatttgtaataaaaacagccccaagaacttttgcttcatccaaattatcgacttgataaaa 8957769  T
Q  306 aaggctagctccgtccttgtcttcacacacaacaatcttgtttttcacttttttcaattccttaacattgtcacataaacccatgaaaacaattggaacg 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8957768 aaggctagctccgtccttgtcttcacacacaacaatcttgtttttcacttttttcaattccttaacattgtcacataaacccatgaaaacaattggaacg 8957669  T
Q  406 ttattggaagaaaatgttcctatataacgtgacaaccccgtgattgtgttaccatttccaagtgtaagggtcccatgaaattctctatccatagttccag 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8957668 ttattggaagaaaatgttcctatataacgtgacaaccccgtgattgtgttaccatttccaagtgtaagggtcccttgaaattctctatccatagttccag 8957569  T
Q  506 cagccacagttatgacccaaggtgttcc 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8957568 cagccacagttatgacccaaggtgttcc 8957541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 136
Target Start/End: Original strand, 8946009 - 8946129
Alignment:
Q  16 atgtcaggtttcaaaatatatggacaactatttgaaggccctcttgaactataagaagaaacactaggtgctggtttaattccaaaaactgttttcttga 115  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||| || |  |||||    
T  8946009 atgtcaggtttcaagacatatggacaactatttgatggtcctctcgaactagaagagtaaacaccaggtgctggtttagttccaaaaattgataacttga 8946108  T
Q  116 aagacatgcttgcttttgaag 136  Q
    |||||||  ||||| ||||||    
T  8946109 aagacatatttgctattgaag 8946129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 8963072 - 8962945
Alignment:
Q  16 atgtcaggtttcaaaatatatggacaactatttgaaggccctcttgaactataagaagaaacactaggtgctggtttaattccaaaaactgttttcttga 115  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||   || |||||| ||||||||   ||||||  |||  ||||||    
T  8963072 atgtcaggtttcaacacatatggacaactctttgatggccctctagaactataaaaatccaccctaggtactggtttagcaccaaaagatgtaatcttga 8962973  T
Q  116 aagacatgcttgcttttgaagtagagtt 143  Q
    |||||||  || || ||||| |||||||    
T  8962972 aagacattttttctattgaactagagtt 8962945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 457 - 533
Target Start/End: Original strand, 8946459 - 8946535
Alignment:
Q  457 ccatttccaagtgtaagggtcccatgaaattctctatccatagttccagcagccacagttatgacccaaggtgttcc 533  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||| | | ||| ||||||||    
T  8946459 ccattaccaagtgtaagagtcgcatgaaattcacgatccatagtaccagcagcaacagttgtcaaccatggtgttcc 8946535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 328 - 401
Target Start/End: Original strand, 8946330 - 8946403
Alignment:
Q  328 tcacacacaacaatcttgtttttcacttttttcaattccttaacattgtcacataaacccatgaaaacaattgg 401  Q
    ||||| || ||||| ||||| ||||||||  | |||||  |||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  8946330 tcacaaaccacaatattgttcttcactttgattaattctgtaacattgtcgcacaaacccatgaaaacaattgg 8946403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 16 - 533
Target Start/End: Original strand, 34962792 - 34963300
Alignment:
Q  16 atgtcaggtttcaaaatatatggacaactatttgaaggccctcttgaactataagaagaaacactaggtgctggtttaattccaaaaactgttttcttga 115  Q
    |||||||||||||| | | |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  34962792 atgtcaggtttcaacacaaatggacaactatatgatggccctcttgaactatatgaatcaacactaggtgctggtttagttccaaaaactgttttcatga 34962891  T
Q  116 aagacatgcttgcttttgaagtagagtttttagagttataactcttgatgtaagctttgactacttctccattgattggatcaacaatgatggatgcaaa 215  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||  ||         |||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  34962892 aagacatgcttgcaattgaagtagagttacta---------ctcttgatgtaagctttgacaatttcaccatttattggattaacaaggatggttgcaaa 34962982  T
Q  216 actattttctgaaaagtatatgtttgtaacatttgtaataaaaacagccccaagaacttttgcttcatccaaattatcgacttgataaaaaaggctagct 315  Q
    |||||||| |||| || |||||| ||  ||||||| ||| |||||||| |||| |||||||||| ||| |||||||| |||||| | ||| |||  || |    
T  34962983 actattttgtgaatagaatatgtctgagacatttgaaatcaaaacagctccaaaaacttttgctgcattcaaattattgacttggtcaaataggtcagtt 34963082  T
Q  316 ccgtccttgtcttcacacacaacaatcttgtttttcacttttttcaattccttaacattgtcacataaacccatgaaaacaattggaacgttattggaag 415  Q
    || | ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |  |  | ||    
T  34963083 ccattcttgtcttcacacactataatcttgcttttcacttttttcaattcataaacattgttacataaatccatgaaaacaattggaacatcttgtgtag 34963182  T
Q  416 aaaatgttcctatataacgtgacaaccccgtgattgtgttaccatttccaagtgtaagggtcccatgaaattctctatccatagttccagcagccacagt 515  Q
    | |||||||||| |||| | ||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34963183 acaatgttcctacataaagagacaatcctatgattttgttaccatttccaagtgtaacagtcccttgaaaatctctatccatagttccagcagccacagt 34963282  T
Q  516 tatgacccaaggtgttcc 533  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  34963283 tataacccaaggtgttcc 34963300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 329 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 25928183 - 25928102
Alignment:
Q  329 cacacacaacaatcttgtttttcac-ttttttcaattccttaacattgtcacataaacccatgaaaacaattggaacgttat 409  Q
    ||||||| ||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  25928183 cacacaccacaatcttggtttttacgttttttcaactccttaacattgtcgcataaacccataaaaacaataggaacattat 25928102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 6 - 221
Target Start/End: Original strand, 21687162 - 21687374
Alignment:
Q  6 aggagcagagatgtcaggtttcaaaatatatggacaactatttgaaggccctcttgaactataagaagaaacactaggtgctggtttaattccaaaaact 105  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || || ||||| |||||| ||   |||||||||| || |||||  || ||| ||    
T  21687162 aggagcagtgatgtcaggtttcaacacatatggacaactatttgatggtccccttgagctataaaaatccacactaggtgttgatttaacaccgaaagct 21687261  T
Q  106 gttttcttgaaagacatgcttgcttttgaagtagagtttttagagttataactcttgatgtaagctttgactacttctccattgattggatcaacaatga 205  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |   |||||||||| |||||||||||||||||| || | ||||||||| | ||||| || |||||    
T  21687262 gttttcttgaaagacatgtttgctattgaactagcg---ttagagttatgactcttgatgtaagctttcacaatttctccatttactggattaataatga 21687358  T
Q  206 tggatgcaaaactatt 221  Q
    ||||||  ||||||||    
T  21687359 tggatgggaaactatt 21687374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 326 - 403
Target Start/End: Original strand, 21687476 - 21687553
Alignment:
Q  326 cttcacacacaacaatcttgtttttcacttttttcaattccttaacattgtcacataaacccatgaaaacaattggaa 403  Q
    ||||||| || ||||||||  | |||||| | || ||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||    
T  21687476 cttcacaaaccacaatctttctcttcactgtgtttaattctttaacattgtcacacatacccataaaaacaattggaa 21687553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 65; Significance: 3e-28; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 8 - 128
Target Start/End: Original strand, 19375878 - 19375998
Alignment:
Q  8 gagcagagatgtcaggtttcaaaatatatggacaactatttgaaggccctcttgaactataagaagaaacactaggtgctggtttaattccaaaaactgt 107  Q
    |||||| |||||| |||||||| | | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||||||| ||||||||  ||||||| |||    
T  19375878 gagcagtgatgtcgggtttcaacacaaatggacaattatttgaaggccctcttgaactataaagatcaacactaggtgttggtttaacaccaaaaattgt 19375977  T
Q  108 tttcttgaaagacatgcttgc 128  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  19375978 tttcttgaaagacatgcttgc 19375998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University