View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15642_low_3 (Length: 793)

Name: NF15642_low_3
Description: NF15642
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15642_low_3
NF15642_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (20-777)||(7704860-7705616)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 651; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 651; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 777
Target Start/End: Complemental strand, 7705616 - 7704860
Alignment:
Q  20 cgataagcattaacaattaataattttattgcttaaaggatctacatggtttatattgctattgaagaatgacattggcaaaacattctacatgatttga 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7705616 cgataagcattaacaattaataattttattgcttaaaggatctacatggcttatattgctattgaagaatgacattggcaaaacattctacatgatttga 7705517  T
Q  120 atcacggtaaaatttaatttctgatacacaggttggtgccatgaatctgcagaattgaatttgtcggtcgctggacacattgtagaaccaaatgaatatt 219  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  7705516 atcactgtaaaatttaatttctgatacacaggttggtgccatgaatctgcagaattgaatttttcggtcgctggac-cattgtagaac-aaatgaatatt 7705419  T
Q  220 tatatgaaactgataaatatgtctttgagcttatatgaagctatttgctgggaccttcataaaaggtgcatattatgattaaacacacatttgatgtcaa 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7705418 tatatgaaactgataaatatgtctttgagcttatataaagctatttgctgggaccttcataaaaggtgcatattatgattaaacacacattttatgtcaa 7705319  T
Q  320 gtgtcaatctacatatataggtttctgcagaactattttacttcctgcttatcttgtgctcatactatgaatttgttttgactaaaatgtttaatctcaa 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7705318 gtgtcaatctacatatataggtttctgcagaactattttacttcctgcttatcttgtgctcatactatgaatttgttttgactaaaatatttaatctcaa 7705219  T
Q  420 ctaattttgaagtttattgtgtgcaacaagaatgctagaaattcc-aaagataacaaagaaagcnnnnnnnnnnnnnnnntggcactgttcagtaagtaa 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  7705218 ctaattttgaagtttattgtgtgcaacaagaatgctagaaactcctaaagataacaaagaaagcaaaaagaaaaaaaaaatggcactgttcagtaagtaa 7705119  T
Q  519 aaagttctgagaaaatgttcaatgatgttgtccagcaaagtaactatagataagcaaaatttcaaaaaagaattcatcatcgaattcagatgaaatagaa 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7705118 aaagttctgagaaaatgttcaatgatgttgtccagcaaagtaactatagataagcaaaatttcaaaaaagaattcatcatcgaattcagatgaaatagaa 7705019  T
Q  619 tgaaaggaaactaaaacctttgaacaggggaatagaatgaacaaaacctaattcgtaacaatatcgtcgtaggatacttagtgatcatgagacatccgta 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  7705018 tgaaaggaaactaaaacctttgaacaggggaatagaatgaacaaaacctaattcgtaacaatatcgtcgtaggatacttagggatcatgagacatcccta 7704919  T
Q  719 attaaatcaacaattcaacgtacccatcccattacattaatgaattaaactctattcat 777  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7704918 attaaatcaacaattcaacgtacccatcccattacattaatgaattaaactctattcat 7704860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University