View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15642_low_9 (Length: 652)

Name: NF15642_low_9
Description: NF15642
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15642_low_9
NF15642_low_9
[»] chr7 (23 HSPs)
chr7 (110-541)||(4783731-4784162)
chr7 (110-541)||(4816160-4816591)
chr7 (12-541)||(4636533-4637056)
chr7 (72-633)||(4711879-4712437)
chr7 (184-628)||(4845824-4846268)
chr7 (115-628)||(4630700-4631210)
chr7 (250-628)||(4662899-4663274)
chr7 (101-633)||(4666694-4667229)
chr7 (110-633)||(4863690-4864210)
chr7 (194-633)||(4653372-4653808)
chr7 (190-627)||(4697003-4697437)
chr7 (192-462)||(4643521-4643791)
chr7 (192-456)||(4672526-4672790)
chr7 (476-633)||(4672837-4672991)
chr7 (503-633)||(4643868-4643995)
chr7 (377-443)||(4647561-4647625)
chr7 (81-150)||(4846299-4846365)
chr7 (101-150)||(4643445-4643494)
chr7 (101-161)||(4672435-4672495)
chr7 (115-161)||(4697466-4697512)
chr7 (187-246)||(4647378-4647437)
chr7 (570-628)||(4637082-4637140)
chr7 (180-232)||(4661636-4661688)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (101-628)||(18925554-18926078)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 110 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 4784162 - 4783731
Alignment:
Q  110 ttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaa 209  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4784162 ttatttttatcacttattttcaaaatctcaattccattcaacgtgacatcacgatataccgtaggcataggttttggtaatcgttgtagcttgatcgaaa 4784063  T
Q  210 gattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4784062 gattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaaccaaaggagcaccactccaccttatcac 4783963  T
Q  310 atcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaacctt 409  Q
    |||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4783962 atcagcagcatgttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaaaattctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaacctt 4783863  T
Q  410 accatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagctt 509  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||| ||| |||    
T  4783862 accatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattgtaatcctctgtctcatacattccataacttcttgcagttaagtaaacacctt 4783763  T
Q  510 ctggtgcaatgtaatttggaatggtattgttt 541  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  4783762 ctggtgcaatgtaatttggaatgacattgttt 4783731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 110 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 4816591 - 4816160
Alignment:
Q  110 ttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaa 209  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4816591 ttatttttatcacttattttcaaaatctcaattccattcaacgtgacatcacgatataccgaaggcataggttttggtaatcgatgtagcttgatcgaaa 4816492  T
Q  210 gattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4816491 gattaactttttcaatttgagagcttccgccatgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccatatcac 4816392  T
Q  310 atcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaacctt 409  Q
    |||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4816391 atcagcaaaaagttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaaaattctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaacctt 4816292  T
Q  410 accatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagctt 509  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||| ||| |||    
T  4816291 accatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattgtaatcctctgtctcatacattccataacttcttgcagttaagtaaacacctt 4816192  T
Q  510 ctggtgcaatgtaatttggaatggtattgttt 541  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  4816191 ctggtgcaatgtaatttggaatgacattgttt 4816160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 12 - 541
Target Start/End: Original strand, 4636533 - 4637056
Alignment:
Q  12 gagatgaaactccaactatgactatggttgacttcttggactttgattttttagatgaaagtataatgtgtttgttgggattcaaaccagcgagattgtt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4636533 gagatgaaactccaactatgactacagttgacttcttggacttttgtttttgagatgatagtataatgtgtttgttgggattcaaaccagcgagattgtt 4636632  T
Q  112 atatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaaga 211  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |   | ||||||||||| || |||||||| | || |||||||||||| |||||||| ||||||    
T  4636633 atatttatcactaattttgaaaatctcgattccattaagaataacatcacgatatactgtaggcatgggttgtggtaatcgttgaagcttgattgaaaga 4636732  T
Q  212 ttaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcacat 311  Q
    | |||| |||||||||||||| ||   || |      ||||||  ||  |||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||    
T  4636733 taaactctttcaatttgagagattaatccct------ccatagaaacaacataatccttatgaacaggaaccatacgagcaccactccaccctatcacat 4636826  T
Q  312 cagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttac 411  Q
    | ||  ||  |||| ||||| | | ||||||||| ||||||||   ||||||||| |  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4636827 ccgccttttcttcaaccaaagtgttatctatgaatatctgaaagactctatcacctttatagttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttac 4636926  T
Q  412 catataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttct 511  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||| || || ||||| ||| |||||    
T  4636927 catataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattataatcctttgtctcatacattccgtaacttcttgcagttaagtacacaacttct 4637026  T
Q  512 ggtgcaatgtaatttggaatggtattgttt 541  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||    
T  4637027 ggtgcaatgtaatttggaatgacattgttt 4637056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 72 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 4712437 - 4711879
Alignment:
Q  72 gtataatgtgtttgttgggattcaaaccagcgagattgttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgt 171  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||   |||||||||| ||    ||    
T  4712437 gtataatgtgtttgatgggattcaaaccagcgagattatt---tttatcacttattttgaaaatctcaattccattcattatgacatcacggtaatttgt 4712341  T
Q  172 aggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatcctta 271  Q
        |||  || ||||  |||||| ||||| || ||||| |||||| ||||||||| |||||||||   ||||||   |||  |||| ||||||||||||    
T  4712340 gtagatactttctggttctcgttgaagcttaattgaaaggttaactctttcaatttcagagcttccattttgagagtacattttcacagcataatcctta 4712241  T
Q  272 tgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcct 371  Q
    ||||||||||  |    | ||||||||||    |||||||||||   | ||||||||||| ||||||  || || ||||||||   ||||||||| |  |    
T  4712240 tgaacaggaatcatgttaccaccactccagtaaatcacatcagcgtattgttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttat 4712141  T
Q  372 gtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctc 471  Q
      |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  4712140 tcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcac 4712041  T
Q  472 atccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaaca 571  Q
    |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4712040 atccattccataacttcttgcagtaaagtatacagcttctggtgcagtgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaaca 4711941  T
Q  572 cttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacg 633  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  4711940 gttgatacactttgtggatattctttttccaggtaaagaggaaaatcactgtcccaattacg 4711879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 184 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 4846268 - 4845824
Alignment:
Q  184 tggtaatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaaca 283  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||   ||||||    ||  |||| ||||||||||||||||||||||      
T  4846268 tggtaatcgttgaagcttgattgaaagattaactctttcaatttcagagcttccattttgagagtagattttcacagcataatccttatgaacaggaatc 4846169  T
Q  284 aaaggagcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgcc 383  Q
    |    | ||||||||||    ||||||||||||  | ||||||||||| ||||||  || || ||||||||   ||||||||| |  |  ||| || ||     
T  4846168 atgttaccaccactccaaaaaatcacatcagcatatagttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttattcttggtaagca 4846069  T
Q  384 aatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccata 483  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||||||    
T  4846068 gatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaacttcgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatactttccata 4845969  T
Q  484 acttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactt 583  Q
    |||||| || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  4845968 acttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggaatagtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaaaacttgatacacta 4845869  T
Q  584 tgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaa 628  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  4845868 agtggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaa 4845824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 115 - 628
Target Start/End: Original strand, 4630700 - 4631210
Alignment:
Q  115 tttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaagatta 214  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |  |||||||||||| |  ||  | |||| || ||||  |||| | |||||||| |||||||||    
T  4630700 tttatcacttattttgaaaatctcaattccattcagcaggacatcacgatatattgtgtgtatagtttctggtgctcgtcgaagcttgattgaaagatta 4630799  T
Q  215 actttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcacatcag 314  Q
    ||| |||||||||||||||||||  |||||||   ||||  |||  ||||||||||||||  |||||| | | |||||||||||||||||||||||||||    
T  4630800 actctttcaatttgagagcttccttcttgagagtacataagcacaacataatccttatgagtaggaaccatacgagcaccactccaccttatcacatcag 4630899  T
Q  315 cacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccat 414  Q
    |  ||   ||||| | | | | | ||||||||||||||||   ||||||||| |  | | | ||   |   |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4630900 ctttttcctcagctagaatgttagctatgaaaatctgaaagactctatcaccttgatctcttatcgtcatttcaaactcacaaaaatgtaatcttaccat 4630999  T
Q  415 ataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggt 514  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||    
T  4631000 ataagtaaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatcctttgttgcatccattccataacttctcgcagttaagtaaacagcttctggt 4631099  T
Q  515 gcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaa 614  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    |||| ||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4631100 gcagtgtaatttgaaatggtattgtttaaatagtttagatgat---gtccaaaataacttgatacactaagtggatattctttctccaagtaacgaggaa 4631196  T
Q  615 aatcgttgtcccaa 628  Q
    |||| |||||||||    
T  4631197 aatcattgtcccaa 4631210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 250 - 628
Target Start/End: Original strand, 4662899 - 4663274
Alignment:
Q  250 catagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatc 349  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||| | | || ||  |||||||||||||||||| ||   |  |||| | ||| |||||||||| ||||||    
T  4662899 catagtcacaccataatccttatgaacaggaaccatacgaccattactccaccttatcacatcggctaattcttcaactaaattatcatctataaaaatc 4662998  T
Q  350 tgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaag 449  Q
    |||||  |||||||||| |  | | |||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4662999 tgaaacattctatcacctttatttatgatattcggatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatgtatgtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaag 4663098  T
Q  450 ttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtt 549  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| | |||||||| |||| || || |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4663099 ttacattataatcctctgtcacatactttccataatttcttgcagttaagtatacagtttctggtgcagtgtaatttggaatggtattgtttaaatagtt 4663198  T
Q  550 tagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaa 628  Q
    |||||||||   |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| || ||||||    
T  4663199 tagatgatc---tccaaaatcacttgatacactttgtggatattctatctccaagtaacgaggagaatcattttcccaa 4663274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 101 - 633
Target Start/End: Original strand, 4666694 - 4667229
Alignment:
Q  101 gcgagattgttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagct 200  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |    ||||||||  ||    |||   | || || ||||| |||||| ||||    
T  4666694 gcgagattgttatttttgtcacttatttttaaaatctcgattccattaagaaggacatcactgtattttgtaaagacagtttctggtactcgttgaagct 4666793  T
Q  201 tgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactcca 300  Q
    | || |||||||||||| |||||||||||  ||| || ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | || ||||||| |     
T  4666794 taattgaaagattaactctttcaatttgacggctccctccttgagaatccatagtcaaggcataatccttatgaacaggaaccatacgaacaccactact 4666893  T
Q  301 cctt---atcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaa 397  Q
    ||     | ||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||   |||||||||    |  ||||||||||||||||||||||||    
T  4666894 ccaataaagcacgtcagcccttggttcagccataatatcatctataaaaatctgaaaaactctatcacctggattcttgatatgccaatcaaactcacaa 4666993  T
Q  398 aaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtca 497  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||||||||| || ||||| |||| |||| |  ||||||||||||||||||| || || |    
T  4666994 aaatgcaaccttaccatataagtaaaaatagaatcaactttaaaattccatgtcacattataattctctttggcatccattccataacttcttgcagtta 4667093  T
Q  498 agtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattcttt 597  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||||  |||| ||  ||||||||  ||||||||||||| |||    
T  4667094 agtacacaacttctggtgcagtgtaatttggaatagtattttgtaaatagtttggatgatcaggtccaaaataacttgatatgctttgtggatattgttt 4667193  T
Q  598 ctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacg 633  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||    
T  4667194 ctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacg 4667229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 110 - 633
Target Start/End: Original strand, 4863690 - 4864210
Alignment:
Q  110 ttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaa 209  Q
    |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    |||  ||| |  ||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  4863690 ttatttttatcgcttattttaaaaatctcgattccattcaacgtaacatcacggtattttgtaaacatggtctttggtaattgttgtaacttgagcgaaa 4863789  T
Q  210 gattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcac 309  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||    |||| ||| | ||||||||||||||||||||| | | ||| ||| ||||||| ||||||    
T  4863790 ggttaactctttcaatttgagagcttccttcttcagagtttatagacacagtataatccttatgaacaggaaccatacgagaaccgctccaccgtatcac 4863889  T
Q  310 atcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaacctt 409  Q
    ||||||  ||   ||||||| ||||| | ||||||||||||||||   ||||||||| |  | | | |||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  4863890 atcagcgttttcctcagccatactattaactatgaaaatctgaaaggctctatcacctttatttgttatattcggatcaaactcacaaaaatgtaacctt 4863989  T
Q  410 accatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagctt 509  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| |  ||| |||||||| || || ||||| ||| |||    
T  4863990 accatataagtaaaattagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagttaagtacacaactt 4864089  T
Q  510 ctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaag 609  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| ||||||  |||||| |||||||    |  | || |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  4864090 ctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgat---gtttaaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttctccaagtaacg 4864186  T
Q  610 aggaaaatcgttgtcccaactacg 633  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||    
T  4864187 aggaaaatcattgtcccaattacg 4864210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 150; E-Value: 6e-79
Query Start/End: Original strand, 194 - 633
Target Start/End: Original strand, 4653372 - 4653808
Alignment:
Q  194 tgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcac 293  Q
    ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||| ||||||  ||| |||   |||||||||  |||||||||||||||||||||  ||| |||||     
T  4653372 tgtagcttgattgtaagattaactctttcaatttgagtgcttccttcttcagagtgcatagtcacaacataatccttatgaacaggaatcaaacgagcat 4653471  T
Q  294 cactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactc 393  Q
      |||||    |||||||||||| |||||||||||||   ||||| ||| || ||||| ||   ||||||||| |  |  |||||| |||||||||| ||    
T  4653472 tgctccatgaaatcacatcagcatttggttcagccaagaaatcatgtataaatatctggaaaactctatcacctttatccttgatacgccaatcaaattc 4653571  T
Q  394 acaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcg 493  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |  || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||     
T  4653572 acaaaaatgtaacctgaccatataagtaaatgttgagtcaacttcgaaattccaagttacattgtaatcctctgtgacattcattccataacttctcgca 4653671  T
Q  494 gtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatatt 593  Q
    || | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||||   || || || |||||||||||||| |||||||||    
T  4653672 gttaggtatacagcttctggtgcgatgtaatttggaattgtattgtttttatagttgagatgat---ttacaaaatcacttgatacacttagtggatatt 4653768  T
Q  594 ctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacg 633  Q
     |||||| |||||| ||||| ||||||| |||||| ||||    
T  4653769 gtttctctaagtaacgaggataatcgttatcccaattacg 4653808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 190 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 4697437 - 4697003
Alignment:
Q  190 tcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaagga 289  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||||   ||||| ||| |||||||| |||||||||||||| | ||||    
T  4697437 tcgttgtagcttgattgaaagattaagtctttcaatttgagagcttccttcttgagagtgcatagacacagcataatctttatgaacaggaaccatagga 4697338  T
Q  290 gcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaa 389  Q
    | |  ||||||    |||||||||||  ||   || |||||| ||| | ||||||| || |||||   |||||||||    | ||||||||||  |||||    
T  4697337 gtagtactccaagaaatcacatcagcgtttatctccgccaaagtattagctatgaatatttgaaagactctatcacctatatttttgatatgctgatcaa 4697238  T
Q  390 actcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttct 489  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |  |||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||    
T  4697237 actcacaaaaatgcaaccttaccatataagtaaaaccaacatcaacttcgaaattccaagttacattgaaatcctctgtctcatccaatccacgacttct 4697138  T
Q  490 agcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtgga 589  Q
     || || ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||  |||||| |||||||    |  | || |||||||||  |||||||||    
T  4697137 tgcagttaagtacacagcttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgat---gtttaaaatcacttgatatgctttgtgga 4697041  T
Q  590 tattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtccca 627  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  4697040 tattgtttctccaagtaacgaggaaaatcattgtccca 4697003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 192 - 462
Target Start/End: Original strand, 4643521 - 4643791
Alignment:
Q  192 gttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagc 291  Q
    |||| |||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||||  ||||| |  |||||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  4643521 gttgaagcttgattgaaagattagctctttcaagttgagagcttccttcttgatagtccatagacattgcataatccttatgaacaggaaccaaacgagc 4643620  T
Q  292 accactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaac 391  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||  ||  |||| ||||| | | ||||||||| ||||||||   ||||||||| |  | | | |||| |  |||||||    
T  4643621 accactccaccctatcacatccgccttttcttcaaccaaagtgttatctatgaatatctgaaagactctatcacctttatttgttatatccggatcaaac 4643720  T
Q  392 tcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatc 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4643721 tcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaaccagaatcaacctcaaaattccaagttacattgaaatc 4643791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 192 - 456
Target Start/End: Original strand, 4672526 - 4672790
Alignment:
Q  192 gttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagc 291  Q
    |||| ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||   |||||| || ||||||||||||||||||||||| | | ||||    
T  4672526 gttgaagcttaatagaaagattaactctttcaatttgagagcttccttcttgagagtacatagtgacagcataatccttatgaacaggaaccatacgagc 4672625  T
Q  292 accactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaac 391  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||   ||||||| | | | | |||| |||||||||||   |||||||||    |   ||||| |||  ||||||    
T  4672626 accactccaacttataacatcagctctttcctcagccagagtgttagctataaaaatctgaaaggctctatcacctgtattaatgataagcctgtcaaac 4672725  T
Q  392 tcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacatt 456  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4672726 tcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacatt 4672790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 476 - 633
Target Start/End: Original strand, 4672837 - 4672991
Alignment:
Q  476 attccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttg 575  Q
    |||||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||   |   |||  ||||||    
T  4672837 attccataacttcttgcagttacgtaaacagcttctggtgcagtgtaatttggaatggtattgtttaaaaagttgagatgatgcat---atactcacttg 4672933  T
Q  576 atacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacg 633  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||||||||  | ||||||| ||||||||| ||||    
T  4672934 atacactaagtggatattgtttctccaagtaaccatgaaaatcattgtcccaattacg 4672991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 503 - 633
Target Start/End: Original strand, 4643868 - 4643995
Alignment:
Q  503 acagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctcca 602  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    | ||||| || ||||||| ||| | ||||||| ||||||||    
T  4643868 acagcttctggtgcagtgtaatttggaatggcattttttaaatagtttagatgat---gttcataatcatttgatacgcttagcggatattgtttctcca 4643964  T
Q  603 agtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacg 633  Q
    ||||| ||||| |||| ||||||||| ||||    
T  4643965 agtaacgaggataatcattgtcccaattacg 4643995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 377 - 443
Target Start/End: Original strand, 4647561 - 4647625
Alignment:
Q  377 atatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaat 443  Q
    ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||    
T  4647561 atatgtcaatcaaactcacaaaa--gtaaccttaccatataagtaaaaccagaatcaacttcaaaat 4647625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 81 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 4846365 - 4846299
Alignment:
Q  81 gtttgttgggattcaaaccagcgagattgttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaa 150  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||   ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  4846365 gtttgttgggattcataccagccagattgtt---tttatcacttactttgaaaatctcgattccattcaa 4846299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 101 - 150
Target Start/End: Original strand, 4643445 - 4643494
Alignment:
Q  101 gcgagattgttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaa 150  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4643445 gcgagattgttatttttgtcacttatttttaaaatctcgattccattcaa 4643494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 101 - 161
Target Start/End: Original strand, 4672435 - 4672495
Alignment:
Q  101 gcgagattgttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcac 161  Q
    |||||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  4672435 gcgagattattatttttatcacttactttgaaaatctcgattccatttaatgtgacatcac 4672495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 115 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 4697512 - 4697466
Alignment:
Q  115 tttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcac 161  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  4697512 tttatcatttattttcaaaatctcgatgccattcaatgtgacatcac 4697466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 187 - 246
Target Start/End: Original strand, 4647378 - 4647437
Alignment:
Q  187 taatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgaga 246  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||| ||||||||    
T  4647378 taatcgttgaagcttgattgaaagattaactctttcaatttgattccttcctccttgaga 4647437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 570 - 628
Target Start/End: Original strand, 4637082 - 4637140
Alignment:
Q  570 cacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaa 628  Q
    |||||||||||||   ||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  4637082 cacttgatacactagatgggtactctttctccaagtaaagaggaaaatcattgccccaa 4637140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 180 - 232
Target Start/End: Original strand, 4661636 - 4661688
Alignment:
Q  180 attttggtaatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagag 232  Q
    |||||| |||| |||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||    
T  4661636 attttgataatggttgaagcttgattgaaagatcaactctttcaatttgagag 4661688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 101 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 18926078 - 18925554
Alignment:
Q  101 gcgagattgttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagct 200  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||    |     |||  || ||||  |||||||||||    
T  18926078 gcgagattgttatttttgtcacttattttcaaaatctcgatcccattcaatgtgacattacggtattttgagtagatattttctggtgctcgttgtagct 18925979  T
Q  201 tgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactcca 300  Q
    | || |||||||||||| ||| |||||| ||||||||  || ||||   |||||||||  |||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||    
T  18925978 ttattgaaagattaactcttttaatttgcgagcttccttctcgagagtacatagtcacaacataatccttatgaacaggaaccatacgagcaccactcca 18925879  T
Q  301 ccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaa 400  Q
        |||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||||||||   ||||||||| |  |  || ||||||||||||||||| ||||||    
T  18925878 atgaatcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaa 18925779  T
Q  401 tgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagt 500  Q
    || || ||||||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| || || ||||    
T  18925778 tgcaatcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaaattccaagttacattataatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagt 18925679  T
Q  501 atacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctc 600  Q
    ||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||    |  | || || ||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  18925678 atacaacttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgtttatatagttgagattat---gtgtaaaatcatttgatacacttagtggatattgtttctc 18925582  T
Q  601 caagtaaagaggaaaatcgttgtcccaa 628  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18925581 caagtaacgaggaaaatcgttgtcccaa 18925554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University