View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15647_high_8 (Length: 351)

Name: NF15647_high_8
Description: NF15647
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15647_high_8
NF15647_high_8
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-326)||(13398264-13398596)
chr1 (6-175)||(42201500-42201670)
chr1 (6-175)||(42210368-42210538)
chr1 (4-46)||(28411678-28411720)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (4-175)||(6195653-6195826)
chr6 (102-175)||(12218004-12218077)
chr6 (57-163)||(8437073-8437179)
chr6 (102-175)||(8444596-8444669)
chr6 (102-175)||(8453400-8453473)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (7-172)||(36071484-36071651)
chr3 (96-174)||(43347757-43347835)
chr3 (7-163)||(37170239-37170397)
chr3 (26-112)||(43347703-43347791)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (15-175)||(4304530-4304691)
chr5 (90-172)||(28428450-28428532)
chr5 (4-49)||(28428536-28428580)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (96-175)||(17031714-17031793)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (82-169)||(42413407-42413494)
chr8 (66-131)||(30502171-30502237)
chr8 (78-134)||(42413489-42413545)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (91-151)||(29508298-29508357)
chr2 (60-100)||(29508285-29508325)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (73-127)||(9823875-9823929)
chr7 (73-127)||(10725800-10725854)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 13398596 - 13398264
Alignment:
Q  1 taaactttttgttagacgttgattcgttgaaaatttgtatggacttcaaatatttgtatattatgtaagaactatgaaatttgtatgggttatggaattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13398596 taaactttttgttagacgttg----gttgaaaatttgtatggacttcaaatatttgtatattatgtaagaactatgaaatttgtatgggttatggaattt 13398501  T
Q  101 gtatggattatgaaatttgaatggattatgtatgtcttatgaaattaaaatggatgtttaaaagttgaagttttt--nnnnnnnntcatttttcaaaaat 198  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||          |||||||||||||||    
T  13398500 gcatggattatgaaatttgaatagattatgtatgtcttatgaaattaaaatggatatttaaaagttgaagtttttaaaaaaaaaatcatttttcaaaaat 13398401  T
Q  199 ccaaggatatcctgaaatacgagtggatacatcaatactcgtggattaac---------atacccacgtaggtataggaacgggcaagagtatcatattt 289  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||| |||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  13398400 ccaaggatatccttaaatacaagtggatacaccaatacccgtggattaaccatattgagatacccacgtaggtataggaacgggcaagagtgccatattt 13398301  T
Q  290 atccaacggaacggagaccaatatcatattatatgta 326  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  13398300 atccaacgggacggagacgaatatcatattatatgta 13398264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 6 - 175
Target Start/End: Original strand, 42201500 - 42201670
Alignment:
Q  6 tttttgttagacgttgattcgttgaaaatttgtatggacttcaaatatttg-tatattatgtaagaactatgaaatttgtatgggttatggaatttgtat 104  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||  |||   || |||||||||| |||||||| |||||||    |||| |||||||||    
T  42201500 tttttcttagacgttgattagttgtaaatttgtatggatttcaagaattgcatagattatgtaaggactatgaattttgtatcaactatgaaatttgtat 42201599  T
Q  105 ggattatgaaatttgaatggattatgtatgtcttatgaaattaaaatggatgtttaaaagttgaagttttt 175  Q
    || |||  ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42201600 ggtttacaaaatttgaatggattttgtatgacttgtgaaattaaaatggatgtttaaaaattgaagttttt 42201670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 6 - 175
Target Start/End: Original strand, 42210368 - 42210538
Alignment:
Q  6 tttttgttagacgttgattcgttgaaaatttgtatggacttcaaatatttg-tatattatgtaagaactatgaaatttgtatgggttatggaatttgtat 104  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||  |||   || |||||||||| |||||||| |||||||    |||| |||||||||    
T  42210368 tttttcttagacgttgattagttgtaaatttgtatggatttcaagaattgcatagattatgtaaggactatgaattttgtatcaactatgaaatttgtat 42210467  T
Q  105 ggattatgaaatttgaatggattatgtatgtcttatgaaattaaaatggatgtttaaaagttgaagttttt 175  Q
    || |||  ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42210468 ggtttacaaaatttgaatggattttgtatgacttgtgaaattaaaatggatgtttaaaaattgaagttttt 42210538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 4 - 46
Target Start/End: Complemental strand, 28411720 - 28411678
Alignment:
Q  4 actttttgttagacgttgattcgttgaaaatttgtatggactt 46  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28411720 acttttttttagacgttgattagttgaaaatttgtatggactt 28411678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 71; Significance: 4e-32; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 4 - 175
Target Start/End: Original strand, 6195653 - 6195826
Alignment:
Q  4 actttttgttagacgttgattcgttgaaaatttgtatggacttcaaatatttgtata--ttatgtaagaactatgaaatttgtatgggttatggaatttg 101  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||| || ||  |||| ||||  ||||||||| |||||||| |||||| || ||||| ||||||    
T  6195653 acttttttttagacgttgattagttgtaaatttgtttggattttaagaatttatatagattatgtaaggactatgaattttgtacggattatgaaatttg 6195752  T
Q  102 tatggattatgaaatttgaatggattatgtatgtcttatgaaattaaaatggatgtttaaaagttgaagttttt 175  Q
    ||||| |||  |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | |||||||||| || ||||||||    
T  6195753 tatggtttacaaaatttgaatggattatgtaagacttatgaaattaaaaagaatgtttaaaaattaaagttttt 6195826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 102 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 12218077 - 12218004
Alignment:
Q  102 tatggattatgaaatttgaatggattatgtatgtcttatgaaattaaaatggatgtttaaaagttgaagttttt 175  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||    
T  12218077 tatggtttatgaaattttaatggattatacatgacttatgaaattaaaattgatgtttacaaattaaagttttt 12218004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 57 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 8437179 - 8437073
Alignment:
Q  57 tatattatgtaagaactatgaaatttgtatgggttatggaatttgtatggattatgaaatttgaatggattatgtatgtcttatgaaattaaaatggatg 156  Q
    ||||| ||||||| |||  ||||||||||| |  |||| ||||||||||| ||| |||||||||| |  ||||||||| ||| |||||  ||||| ||||    
T  8437179 tatatcatgtaaggactccgaaatttgtattgaatatgcaatttgtatggtttaagaaatttgaaagatttatgtatgacttgtgaaagaaaaatagatg 8437080  T
Q  157 tttaaaa 163  Q
    |||||||    
T  8437079 tttaaaa 8437073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 102 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 8444669 - 8444596
Alignment:
Q  102 tatggattatgaaatttgaatggattatgtatgtcttatgaaattaaaatggatgtttaaaagttgaagttttt 175  Q
    ||||| ||| |||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||  || ||| ||| |||||||||||    
T  8444669 tatggtttaagaaatttgaataaattatgtatgatttatgaaattaaaataaatattttaaaattgaagttttt 8444596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 102 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 8453473 - 8453400
Alignment:
Q  102 tatggattatgaaatttgaatggattatgtatgtcttatgaaattaaaatggatgtttaaaagttgaagttttt 175  Q
    ||||| ||| |||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||  || ||| ||| |||||||||||    
T  8453473 tatggtttaagaaatttgaataaattatgtatgatttatgaaattaaaataaatattttaaaattgaagttttt 8453400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 61; Significance: 4e-26; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 7 - 172
Target Start/End: Original strand, 36071484 - 36071651
Alignment:
Q  7 ttttgttagacgttgattcgttgaaaatttgtatggacttcaaatatttgtata--ttatgtaagaactatgaaatttgtatgggttatggaatttgtat 104  Q
    |||| ||||||||||||  | || ||||||||||| |||||||  |||||||||  | ||||||| || || ||||||| | || || || |||||||||    
T  36071484 tttttttagacgttgataagctgtaaatttgtatgaacttcaagaatttgtataaataatgtaaggacaattaaatttgcagggattgtgaaatttgtat 36071583  T
Q  105 ggattatgaaatttgaatggattatgtatgtcttatgaaattaaaatggatgtttaaaagttgaagtt 172  Q
    || ||||||||||| ||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||    
T  36071584 ggtttatgaaatttaaattgattatatatgtcttataaaattaaaatggatgtttaaaaattaaagtt 36071651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 174
Target Start/End: Original strand, 43347757 - 43347835
Alignment:
Q  96 aatttgtatggattatgaaatttgaatggattatgtatgtcttatgaaattaaaatggatgtttaaaagttgaagtttt 174  Q
    |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||  ||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||    
T  43347757 aatttgtatgaattgtggaatttgaatggattatgtatgaattatgaaatttgcatggatgtttaaaaattgaagtttt 43347835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 163
Target Start/End: Original strand, 37170239 - 37170397
Alignment:
Q  7 ttttgttagacgttgattcgttgaaaatttgtatggacttcaaatatttgtata--ttatgtaagaactatgaaatttgtatgggttatggaatttgtat 104  Q
    |||| |||||||| |||| |||||||||||| ||| |||| ||  |||||||||  ||||||||| || |  || ||||||||| | || |||||||  |    
T  37170239 tttttttagacgtcgattagttgaaaatttgcatgaacttgaagaatttgtatagattatgtaaggaccacaaagtttgtatggatcatagaatttgatt 37170338  T
Q  105 ggattatgaaatttgaatggattatgtatgtcttatgaaattaaaatggatgtttaaaa 163  Q
    || ||||||| ||||||| ||||||| ||   ||||||||||| ||| ||| |||||||    
T  37170339 ggtttatgaattttgaatcgattatgcatcagttatgaaattataatagatatttaaaa 37170397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 112
Target Start/End: Original strand, 43347703 - 43347791
Alignment:
Q  26 gttgaaaatttgtatggacttcaaatatttgtat--attatgtaagaactatgaaatttgtatgggttatggaatttgtatggattatg 112  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||  |  ||||||| | ||| |||||||||||  || ||||||||| ||||||||||    
T  43347703 gttgaaaatttatatggacttcaagaatttgtatggaccatgtaaggattataaaatttgtatgaattgtggaatttgaatggattatg 43347791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 52; Significance: 9e-21; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 15 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 4304691 - 4304530
Alignment:
Q  15 gacgttgattcgttgaaaatttgtatggacttcaaatatttgtata--ttatgtaagaactatgaaatttgtatgggttatggaatttgtatggattatg 112  Q
    |||| ||||| | ||||||| ||||| ||||||||  |||||||||  ||||||||| | ||| |||||||||  | ||||| ||||||||||| |||||    
T  4304691 gacggtgattaggtgaaaatgtgtatagacttcaagaatttgtatacattatgtaaggattattaaatttgtaatgattatg-aatttgtatggtttatg 4304593  T
Q  113 aaatttgaatggattatgtatgtcttatgaaattaaaatggatgtttaaaagttgaagttttt 175  Q
    ||||||||||| |||||||||   ||||||||||   | |||||||||||||| |||||||||    
T  4304592 aaatttgaatgaattatgtatagattatgaaatttgcaaggatgtttaaaagtcgaagttttt 4304530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 90 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 28428532 - 28428450
Alignment:
Q  90 ttatggaatttgtatggattatgaaatttgaatggattatgtatgtcttatgaaattaaaatggatgtttaaaagttgaagtt 172  Q
    ||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  28428532 ttatgcaatttgtatgggttacgaaatttaaatggattatgtatggcttatgaaattaaaatacatgtttaaaaattgaagtt 28428450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 4 - 49
Target Start/End: Complemental strand, 28428580 - 28428536
Alignment:
Q  4 actttttgttagacgttgattcgttgaaaatttgtatggacttcaa 49  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28428580 actttttgt-agacgttgattagttgaaaatttgtatggacttcaa 28428536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 96 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 17031793 - 17031714
Alignment:
Q  96 aatttgtatggattatgaaatttgaatggattatgtatgtcttatgaaattaaaatggatgtttaaaagttgaagttttt 175  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||| ||| |||||| ||||    
T  17031793 aatttgtatgaattatgaaatttgaatggattatgtatggcttatgatatcaaaatagatgtttcaaaattgaagatttt 17031714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 44; Significance: 5e-16; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 82 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 42413494 - 42413407
Alignment:
Q  82 tgtatgggttatggaatttgtatggattatgaaatttgaatggattatgtatgtcttatgaaattaaaatggatgtttaaaagttgaa 169  Q
    ||||||| ||| |||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  42413494 tgtatggattaaggaatttgtaagagttatgaaatttgaatagattatgtatggattatgaaatttgtatggatgtttaaaagttgaa 42413407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 66 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 30502237 - 30502171
Alignment:
Q  66 taagaactatgaaatttgtatgggttatggaatttgtatgg-attatgaaatttgaatggattatgt 131  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||    
T  30502237 taagaattatgaaatttgtatggattatgaaatttgtatggttttatggaatttgaatagattatgt 30502171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 78 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 42413545 - 42413489
Alignment:
Q  78 aatttgtatgggttatggaatttgtatggattatgaaatttgaatggattatgtatg 134  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  42413545 aatttgtatggattaaggaatttgtaagagttatgaaatttgaatagattatgtatg 42413489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 91 - 151
Target Start/End: Original strand, 29508298 - 29508357
Alignment:
Q  91 tatggaatttgtatggattatgaaatttgaatggattatgtatgtcttatgaaattaaaat 151  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||    
T  29508298 tatgaaatttgtatggtttatgaaattt-aatggattatgtaagacttataaaattaaaat 29508357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 60 - 100
Target Start/End: Original strand, 29508285 - 29508325
Alignment:
Q  60 attatgtaagaactatgaaatttgtatgggttatggaattt 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  29508285 attatgtaaggactatgaaatttgtatggtttatgaaattt 29508325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 127
Target Start/End: Original strand, 9823875 - 9823929
Alignment:
Q  73 tatgaaatttgtatgggttatggaatttgtatggattatgaaatttgaatggatt 127  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||    
T  9823875 tatgaaatttgtatgaattatggaatttgtagggcttataaaattttaatggatt 9823929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 127
Target Start/End: Original strand, 10725800 - 10725854
Alignment:
Q  73 tatgaaatttgtatgggttatggaatttgtatggattatgaaatttgaatggatt 127  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||    
T  10725800 tatgaaatttgtatgaattatggaatttgtagggcttataaaattttaatggatt 10725854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University