View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15647_low_1 (Length: 1064)

Name: NF15647_low_1
Description: NF15647
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15647_low_1
NF15647_low_1
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (17-1048)||(38552187-38553218)
chr7 (29-596)||(38545800-38546363)
chr7 (640-1048)||(38546359-38546768)
[»] scaffold1995 (1 HSPs)
scaffold1995 (168-1048)||(1-881)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (468-533)||(10076471-10076536)
chr8 (480-524)||(42704503-42704547)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (484-533)||(8802827-8802876)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (538-583)||(18007500-18007545)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 915; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 915; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1048
Target Start/End: Original strand, 38552187 - 38553218
Alignment:
Q  17 atcacaacccacaaaacaatcatcaaaacttactgaactaccaatcgaaaaagcatggcgcaaaatccacggtgaagatgattgggttggccttttggat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38552187 atcacaacccacaaaacaatcatcaaaacttactgaactaccaatcgaaaaagcatggcgcaaaatccacggtgaagatgattgggttggccttttggat 38552286  T
Q  117 ccaatggacccaataatgcgatctgaactaatccgttatggagagatgtctcaagcctgttatgatgcatttgattttgatccatattcaaaatattgtg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38552287 ccaatggacccaataatgcgatctgaactaatccgttatggagagatgtctcaagcctgttatgatgcatttgattttgatccatattcaaaatattgtg 38552386  T
Q  217 gtagttgcaaacacccacgccttgaatttttcccatccttagatcttccacacatagggtatgacgttacacgctacctctacgccacagcaaatgttaa 316  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38552387 gtagttgcaaacacccacaccttgaatttttcccatccttagatcttccacacatagggtatgacgttacacgctacctctacgccacagcaaatgttaa 38552486  T
Q  317 cgtcccagatttcttcaagaaatctcgatggccagataaatattggagcgaacacgcaaattggatgggatacatagccgtttcaaatgatgaagcaaca 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  38552487 cgtcccagatttcttcaagaaatctcgatggccagataaatattggagcgaacacgcgaattggatgggatacatagccgtttcaaacgatgaaacaaca 38552586  T
Q  417 aaacaaataggtgtgtgattaacgtttacaaatgtacttttgagtaaatgttactccctcatgtatcaaatataagaaataattggtcaaagaaagttga 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38552587 aaacaaataggtgtgtgattaacgtttacaaatgtacttatgagtaaatgttactccctcatgtatcaaatataagaaataattggtcaaagaaagttga 38552686  T
Q  517 tgtatttagtccaaaataactaaatatatcaacttcacttgatcaatttttgtgtatatttgagatcggaaaaaatattttgcaaatgaacttttgattn 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  38552687 tgtatttagtccaaaataactaaatatatcaacttcacttgatcaatttttgtgtatatttgagatcggaaaaaatattttgcaaatgaacttttgatta 38552786  T
Q  617 nnnnnntgagttttccttgacgttatttatgtttggaactaacaggtcgtagagacatcgttatcgcttggcgaggaacagttactcatgtcgaatgggt 716  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38552787 aaaaaatgagttttccttgacgttatttatgtttggaactaacaggtcgtagagacatcgttatcgcttggcgaggaaccgttactcatgtcgaatgggt 38552886  T
Q  717 agccaatcttcaaaattttcttaaacctatttaccaagacattccttgtccagacaacgatgttcgagtagaagcaggttttcttgatatgtacactgat 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  38552887 agccaatcttcaaaattttcttaaacctatttaccaagacattccttgtccggacaacgacgttcgagtagaagcaggttttctcgatatgtacaccgat 38552986  T
Q  817 agacaaacaaaagacggttattgtaaatattctgctagagaacaagttttaggagaagtgaaaaggttgttagagaaatttcctaacgaagaagtaagta 916  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  38552987 agacacataaaagacggttattgtaaatattccgcaagagaacaagttttaggggaagtgagaaggttgttagcgaaatttcctaacgaagaagttagta 38553086  T
Q  917 ttacgttaaccggacatagtttagggagtgctatggcaacattaagtgcgtttgatatagcggaaacagggttaaatgttagggaaaatggtgaaaaaat 1016  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38553087 ttacgttaacgggacatagtttaggtagtgctatggcaacattaagtgcgtttgatatagcagaaacaaggttaaatgttagggaaaatggtgaaaaaat 38553186  T
Q  1017 tcatgtttcggtattttcattttctggaccta 1048  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  38553187 tcatgtttctgttttttcattttctggaccta 38553218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 596
Target Start/End: Original strand, 38545800 - 38546363
Alignment:
Q  29 aaaacaatcatcaaaacttactgaactaccaatcgaaaaagcatggcgcaaaatccacggtgaagatgattgggttggccttttggatccaatggaccca 128  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  38545800 aaaacaatcatcaaaactaaccgaacttcccatagaaaaagcatggcgaaaaatccacggtgaagatgattgggttggccttctagatccaatggaccca 38545899  T
Q  129 ataatgcgatctgaactaatccgttatggagagatgtctcaagcctgttatgatgcatttgattttgatccatattcaaaatattgtggtagttgcaaac 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38545900 ataatgcgatctgaactaatccgttacggagaaaagtcccaagcctgttatgatgcatttgattttgatccatattcaaaatattgtggtagttgcaaac 38545999  T
Q  229 acccacgccttgaatttttcccatccttagatcttccacacatagggtatgacgttacacgctacctctacgccacagcaaatgttaacgtcccagattt 328  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38546000 acccacaccttgaatttttcccatccttagatcttccacacatagggtatgacgttacacgctacctctacgccacagcaaatgttaacgtcccagattt 38546099  T
Q  329 cttcaagaaatctcgatggccagataaatattggagcgaacacgcaaattggatgggatacatagccgtttcaaatgatgaagcaacaaaacaaataggt 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38546100 cttcaagaaatctcgatggccagataaatattggagcgaacacgcgaattggatgggatacatagctgtttcaaacgatgaagcaacaaaacaaataggt 38546199  T
Q  429 gtgtgattaacgtttacaaatgtacttttgagtaaatgttactccctcatgtatcaaatataagaaataattggtcaaagaaagttgatgtatttagtcc 528  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  | || |  |||||     |  ||||||    |||||||||||||    
T  38546200 gtgtgattaacgtttacaaatgtacttttgagtaaatgttattccctcatgcatgtattaaattaaata-----tataagaaa---tatgtatttagtcc 38546291  T
Q  529 aaaat---aactaaatatatcaacttcacttgatcaatttttgtgtata-tttgagatcggaaaaaatattt 596  Q
    |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  38546292 aaaatttgaactaaatatatcaacttcacttgatcaatttatgagtatattttgagatccgaaaaaatattt 38546363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 640 - 1048
Target Start/End: Original strand, 38546359 - 38546768
Alignment:
Q  640 tatttatgttt-ggaactaacaggtcgtagagacatcgttatcgcttggcgaggaacagttactcatgtcgaatgggtagccaatcttcaaaattttctt 738  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||    
T  38546359 tatttatgttttggaactaacaggtcgtagagacatcgttattgcttggcgaggaaccgttactcatgttgaatgggtagccaatcttcaaaattacctt 38546458  T
Q  739 aaacctatttaccaagacattccttgtccagacaacgatgttcgagtagaagcaggttttcttgatatgtacactgatagacaaacaaaagacggttatt 838  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||    
T  38546459 aaacctctttacaaagacattccttgtccggacaacgacgttcgagtagaagcaggttttctcgatatgtacaccgatagacacataaaagacggttatt 38546558  T
Q  839 gtaaatattctgctagagaacaagttttaggagaagtgaaaaggttgttagagaaatttcctaacgaagaagtaagtattacgttaaccggacatagttt 938  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  38546559 gtaaatattccgcaagagaacaagttttaggggaagtgagaaggttgttagcgaaatttcctaacgaagaagttagtattacgttaacgggacatagttt 38546658  T
Q  939 agggagtgctatggcaacattaagtgcgtttgatatagcggaaacagggttaaatgttagggaaaatggtgaaaaaattcatgtttcggtattttcattt 1038  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  38546659 aggaagtgctatggcaacattaagtgcgtttgatatagcggaaacagggttaaatgttagggaaaatggtgaaaaaattcatgtttctgttttttcattt 38546758  T
Q  1039 tctggaccta 1048  Q
    ||||||||||    
T  38546759 tctggaccta 38546768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1995 (Bit Score: 796; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold1995
Description:

Target: scaffold1995; HSP #1
Raw Score: 796; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 168 - 1048
Target Start/End: Original strand, 1 - 881
Alignment:
Q  168 caagcctgttatgatgcatttgattttgatccatattcaaaatattgtggtagttgcaaacacccacgccttgaatttttcccatccttagatcttccac 267  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1 caagcctgttatgatgcatttgattttgatccatattcaaaatattgtggtagttgcaaacacccacaccttgaatttttcccatccttagatcttccac 100  T
Q  268 acatagggtatgacgttacacgctacctctacgccacagcaaatgttaacgtcccagatttcttcaagaaatctcgatggccagataaatattggagcga 367  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  101 acatagggtatgacgttacacgctacctctacgccacagcaaatgttaacgtcccagatttcttcaagaaatctcgatggccagataaatattggagcga 200  T
Q  368 acacgcaaattggatgggatacatagccgtttcaaatgatgaagcaacaaaacaaataggtgtgtgattaacgtttacaaatgtacttttgagtaaatgt 467  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  201 acacgcgaattggatgggatacatagccgtttcaaacgatgaaacaacaaaacaaataggtgtgtgattaacgtttacaaatgtacttatgagtaaatgt 300  T
Q  468 tactccctcatgtatcaaatataagaaataattggtcaaagaaagttgatgtatttagtccaaaataactaaatatatcaacttcacttgatcaattttt 567  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  301 tactccctcatgtatcaaatataagaaataattggtcaaagaaagttgatgtatttagtccaaaataactaaatatatcaacttcacttgatcaattttt 400  T
Q  568 gtgtatatttgagatcggaaaaaatattttgcaaatgaacttttgattnnnnnnntgagttttccttgacgttatttatgtttggaactaacaggtcgta 667  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  401 gtgtatatttgagatcggaaaaaatattttgcaaatgaacttttgattaaaaaaatgagttttccttgacgttatttatgtttggaactaacaggtcgta 500  T
Q  668 gagacatcgttatcgcttggcgaggaacagttactcatgtcgaatgggtagccaatcttcaaaattttcttaaacctatttaccaagacattccttgtcc 767  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  501 gagacatcgttatcgcttggcgaggaaccgttactcatgtcgaatgggtagccaatcttcaaaattttcttaaacctatttaccaagacattccttgtcc 600  T
Q  768 agacaacgatgttcgagtagaagcaggttttcttgatatgtacactgatagacaaacaaaagacggttattgtaaatattctgctagagaacaagtttta 867  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||||    
T  601 agacaacgatgttcgagtagaagcaggttttcttgatatgtacaccgatagacaaacaaaagacggttattgtaaatattcctcaagagaacaggtttta 700  T
Q  868 ggagaagtgaaaaggttgttagagaaatttcctaacgaagaagtaagtattacgttaaccggacatagtttagggagtgctatggcaacattaagtgcgt 967  Q
    || ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  701 ggggaagtgagaaggttgttagcgaaatttcctaacgaagaagtaagtattacgttaaccggacatagtttagggagtgctatggcaacattaagtgcgt 800  T
Q  968 ttgatatagcggaaacagggttaaatgttagggaaaatggtgaaaaaattcatgtttcggtattttcattttctggaccta 1048  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  801 ttgatatagcagaaacaaggttaaatgttagggaaaatggtgaaaaaattcatgtttcggtattttcattttctggaccta 881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000002; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 468 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 10076536 - 10076471
Alignment:
Q  468 tactccctcatgtatcaaatataagaaataattggtcaaagaaagttgatgtatttagtccaaaat 533  Q
    |||||||||  || ||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||    
T  10076536 tactccctctggtctcaaatataaggaaaaattggtcagagaaagttgatgtatatggtccaaaat 10076471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 480 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 42704547 - 42704503
Alignment:
Q  480 tatcaaatataagaaataattggtcaaagaaagttgatgtattta 524  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42704547 tatcaaatataagtaaaaattggtcaaagaaatttgatgtattta 42704503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 484 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 8802876 - 8802827
Alignment:
Q  484 aaatataagaaataattggtcaaagaaagttgatgtatttagtccaaaat 533  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||  ||||||||    
T  8802876 aaatataagaaaaaatttgtcaaagaaagttgatatatttgatccaaaat 8802827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 538 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 18007545 - 18007500
Alignment:
Q  538 aaatatatcaacttcacttgatcaatttttgtgtatatttgagatc 583  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18007545 aaatatatcaactttctttgatcaatttttgtttatatttgagatc 18007500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University