View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15648_low_5 (Length: 330)

Name: NF15648_low_5
Description: NF15648
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15648_low_5
NF15648_low_5
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (18-330)||(36184791-36185103)
chr8 (18-330)||(36207975-36208287)
chr8 (56-326)||(36202507-36202777)
chr8 (21-330)||(36201118-36201425)
chr8 (21-330)||(36196950-36197253)
chr8 (30-330)||(36213404-36213710)
chr8 (21-330)||(36210062-36210371)
chr8 (21-141)||(36214837-36214957)
chr8 (144-330)||(36199096-36199282)
chr8 (39-162)||(36188749-36188872)
chr8 (54-164)||(36183540-36183650)
chr8 (217-330)||(36188629-36188742)
chr8 (46-106)||(36199303-36199363)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 18 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 36185103 - 36184791
Alignment:
Q  18 aatagtcaagcattctgttaaaacagctataagaaaagctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgaccaagaaaccagacatt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36185103 aatagtcaagcattctgttaaaacatctagaagaaaagctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgaccaagaaaccagacatt 36185004  T
Q  118 agcaagattcaaacacagattggtattgcaataggtctcaattttgatgataagatcgatctatctgaaacatcttgttgcgtgtgttatggtaataaca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36185003 agcaagattcaaacacagattggtattgcaataggtctgaattttgatgataagatcgatctatctgaaacatcttgttgcgtgtgttatggtaataaca 36184904  T
Q  218 aaagaatgacaactgcagaaagagctcttcttctgtgcgctaagataaaggaactgcaaacagtactagttgtattgtgtgatcttcatggtagacttga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36184903 aaagaatgacaactgcagaaagagctcttcttctgtgcgctaagataaaggaactgcaaacagtactagttgtattgtgtgatcttcatggtagacttga 36184804  T
Q  318 tttaggtgagatt 330  Q
    |||||||||||||    
T  36184803 tttaggtgagatt 36184791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 18 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 36208287 - 36207975
Alignment:
Q  18 aatagtcaagcattctgttaaaacagctataagaaaagctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgaccaagaaaccagacatt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36208287 aatagtcaagcattctgttaaaacatctagaagaaaagctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgaccaagaaaccagacatt 36208188  T
Q  118 agcaagattcaaacacagattggtattgcaataggtctcaattttgatgataagatcgatctatctgaaacatcttgttgcgtgtgttatggtaataaca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36208187 agcaagattcaaacacagattggtattgcaataggtctgaattttgatgataagatcgatctatctgaaacatcttgttgcgtgtgttatggtaataaca 36208088  T
Q  218 aaagaatgacaactgcagaaagagctcttcttctgtgcgctaagataaaggaactgcaaacagtactagttgtattgtgtgatcttcatggtagacttga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  36208087 aaagaatgacaactgcagaaagagctcttcttctgtgtgctaagataaagaaactgcaaacagtactagttgtactgtatgatcttcatggtagacttga 36207988  T
Q  318 tttaggtgagatt 330  Q
    |||||||||||||    
T  36207987 tttaggtgagatt 36207975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 56 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 36202777 - 36202507
Alignment:
Q  56 ctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgaccaagaaaccagacattagcaagattcaaacacagattggtattgcaataggtct 155  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||   ||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||    
T  36202777 ctgagagagatcaattgttcgaaaagattgtcacagcaaccgtgacgaagaagccagacattacacagattcaaacacaaattggtgatgcaatatgtct 36202678  T
Q  156 caattttgatgataagatcgatctatctgaaacatcttgttgcgtgtgttatggtaataacaaaagaatgacaactgcagaaagagctcttcttctgtgc 255  Q
     ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||     
T  36202677 gaattttgatgataagattgatctagctgaatcatcctgttgcatgtcttacggtaataacaaaagaataagaactgcagaaagagctcttctactgtgt 36202578  T
Q  256 gctaagataaaggaactgcaaacagtactagttgtattgtgtgatcttcatggtagacttgatttaggtga 326  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  36202577 gctaagatgaaggagctgcaaacagtcctagttgtaatgtatgatctccatggtagacttgatttaagtga 36202507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 21 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 36201425 - 36201118
Alignment:
Q  21 agtcaagcattctgttaaaacagctataagaaaagctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgaccaagaaaccagacattagc 120  Q
    ||||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||      
T  36201425 agtcaagtattctgtaaaagcagctataagaagagctgagaga--tcaattgttccaaaagactgtcacagcaactgtgaccaagaagccagacattaat 36201328  T
Q  121 aagattcaaacacagattggtattgcaataggtctcaattttgatgataagatcgatctatctgaaacatcttgttgcgtgtgttatggtaataacaaaa 220  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||  ||   | |  || || |||||||| |||||| ||||||||  ||||    
T  36201327 aagattcaaacacagattggtgatgcaataggtctcaattttaatgatatgacggaggcagcaaaatcaacttgttgcatgtgttttggtaatagtaaaa 36201228  T
Q  221 gaatgacaactgcagaaagagctcttcttctgtgcgctaagataaaggaactgcaaacagtactagttgtattgtgtgatcttcatggtagacttgattt 320  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| | || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  36201227 gaatgacaactgcagatagagctcatcttatttgtgctaagatgaaggagctgcaaacagtcctagttgtactgtatgatcttcatggtagatttgattt 36201128  T
Q  321 aggtgagatt 330  Q
    ||| ||||||    
T  36201127 aggggagatt 36201118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 21 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 36197253 - 36196950
Alignment:
Q  21 agtcaagcattctgttaaaacagctataagaaaagctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgaccaagaaaccagacattagc 120  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||      
T  36197253 agtcaagcattctgcaaaaacagctataagaagagctgagagagatcaattattccaaaagattgtcacagcaactgtgacaaagaagccagacattaca 36197154  T
Q  121 aagattcaaacacagattggtattgcaataggtctcaattttgatgataagatcgatctatctgaaacatcttgttgcgtgtgttatggtaataacaaaa 220  Q
    |||||||||||||  ||||||  ||||||||      |||||||||||||||  |||| | ||||| || |||||||| ||| || ||||||||  ||||    
T  36197153 aagattcaaacactaattggtgatgcaatag------attttgatgataagacggatccagctgaatcaacttgttgcatgttttttggtaatagaaaaa 36197060  T
Q  221 gaatgacaactgcagaaagagctcttcttctgtgcgctaagataaaggaactgcaaacagtactagttgtattgtgtgatcttcatggtagacttgattt 320  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||| ||||| |||||    
T  36197059 gaatggcaactgcagaaagagctcatcttttgtgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtactgtatgatcttcgtgggagactcgattt 36196960  T
Q  321 aggtgagatt 330  Q
    ||||||||||    
T  36196959 aggtgagatt 36196950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 30 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 36213710 - 36213404
Alignment:
Q  30 ttctgttaaaacagctataagaaaagctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacag------caactgtgaccaagaaaccagacattagcaag 123  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||| ||||| ||||||||||  | |    
T  36213710 ttctgtaaaaacagctataagaagagctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagtcacagcaactgtgacaaagaagccagacattacaatg 36213611  T
Q  124 attcaaacacagattggtattgcaataggtctcaattttgatgataagatcgatctatctgaaacatcttgttgcgtgtgttatggtaataacaaaagaa 223  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||  || || | ||| || |||||||| |||||| ||||||||  |||| |     
T  36213610 attcaaacacaaattggtgatgcaataggtctcaattttaatgataagatgaatgtagccgaatcaacttgttgcatgtgttttggtaatagtaaaacag 36213511  T
Q  224 tgacaactgcagaaagagctcttcttctgtgcgctaagataaaggaactgcaaacagtactagttgtattgtgtgatcttcatggtagacttgatttagg 323  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | || |||||||| || || ||||||||||| ||  ||||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||||    
T  36213510 tgacaactgcagaaagagctcatcttatttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatgggagactcgatttagg 36213411  T
Q  324 tgagatt 330  Q
    |||||||    
T  36213410 tgagatt 36213404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 21 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 36210371 - 36210062
Alignment:
Q  21 agtcaagcattctgttaaaacagctataagaaaagctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgaccaagaaaccagacattagc 120  Q
    |||| |||||||||   ||||||||||||||| ||| |||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||      
T  36210371 agtcgagcattctgcacaaacagctataagaagagcagagaaagatcattcgttccaaaagattgtcacaacaactgtgacaaagaagccagacattaca 36210272  T
Q  121 aagattcaaacacagattggtattgcaataggtctcaattttgatgataagatcgatctatctgaaacatcttgttgcgtgtgttatggtaataacaaaa 220  Q
    |||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||   || || | | | || || |||||  | ||| ||||||||  ||||    
T  36210271 aagattcaaacagaaattggcaatgcaataggtctcaattttaatgataagacgtatgtagccgtatcaactggttgcacgcgttttggtaatagtaaaa 36210172  T
Q  221 gaatgacaactgcagaaagagctcttcttctgtgcgctaagataaaggaactgcaaacagtactagttgtattgtgtgatcttcatggtagacttgattt 320  Q
    |||||| ||||||||||||||||  |||||| || |||||||| || || ||||||||||| ||  ||||| ||| ||||||||||||| ||||  ||||    
T  36210171 gaatgataactgcagaaagagctgatcttctttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggtcgactcaattt 36210072  T
Q  321 aggtgagatt 330  Q
    ||| ||||||    
T  36210071 aggagagatt 36210062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 21 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 36214957 - 36214837
Alignment:
Q  21 agtcaagcattctgttaaaacagctataagaaaagctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgaccaagaaaccagacattagc 120  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||      
T  36214957 agtcaagcattctgtaaaaacagctataagaagagctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgacaaagaagccagacattaca 36214858  T
Q  121 aagattcaaacacagattggt 141  Q
    |||||||||||||| ||||||    
T  36214857 aagattcaaacacaaattggt 36214837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 144 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 36199282 - 36199096
Alignment:
Q  144 tgcaataggtctcaattttgatgataagatcgatctatctgaaacatcttgttgcgtgtgttatggtaataacaaaagaatgacaactgcagaaagagct 243  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||  ||| || ||||| |  |||||||| |||||| || |||||| |||||| |||||||| |||||||||||    
T  36199282 tgcaataggtctgaattttgatgatacgacagatatagctgaatctacttgttgcatgtgttttgttaataataaaagattgacaactacagaaagagct 36199183  T
Q  244 cttcttctgtgcgctaagataaaggaactgcaaacagtactagttgtattgtgtgatcttcatggtagacttgatttaggtgagatt 330  Q
    ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  36199182 cttcttctgtgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtagtgtatgatctttatggtagacttgatttaagtaagatt 36199096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 39 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 36188872 - 36188749
Alignment:
Q  39 aacagctataagaaaagctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgaccaagaaaccagacattagcaagattcaaacacagatt 138  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||  |||||||||||| | |||    
T  36188872 aacagctataagaacagctgagaaagatcaattgttccaaaagattgtcacaacaactgtaacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaatt 36188773  T
Q  139 ggtattgcaataggtctcaatttt 162  Q
    ||   |||||||||||||||||||    
T  36188772 ggctatgcaataggtctcaatttt 36188749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 54 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 36183650 - 36183540
Alignment:
Q  54 agctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgaccaagaaaccagacattagcaagattcaaacacagattggtattgcaataggt 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||  |||| |  |||||||   |||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  36183650 agctgagagagatcaattgttccaaaagatcgtcttagcaactgtgacatagaagcttgacattacatagattcgaacacaaattggtattgcaataggt 36183551  T
Q  154 ctcaattttga 164  Q
    |||||||||||    
T  36183550 ctcaattttga 36183540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 217 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 36188742 - 36188629
Alignment:
Q  217 aaaagaatgacaactgcagaaagagctcttcttctgtgcgctaagataaaggaactgcaaacagtactagttgtattgtgtgatcttcatggtagacttg 316  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||  |||||| || |||||||| || || ||||||||||| ||  ||||| ||| ||||||||||||| ||||      
T  36188742 aaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggtcgactca 36188643  T
Q  317 atttaggtgagatt 330  Q
    ||||||| ||||||    
T  36188642 atttaggagagatt 36188629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 46 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 36199363 - 36199303
Alignment:
Q  46 ataagaaaagctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgaccaaga 106  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  36199363 ataagaagagccgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacaacaactgtgacaaaga 36199303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University