View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15649_low_2 (Length: 676)

Name: NF15649_low_2
Description: NF15649
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15649_low_2
NF15649_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (29-658)||(2572015-2572651)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 542; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 542; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 658
Target Start/End: Original strand, 2572015 - 2572651
Alignment:
Q  29 agcaaaggagaagaagctttcattataaacaaggtgaaactcttttttgtttataagtaacttgctgtttctttagtgaaaatattgattacttccaaca 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2572015 agcaaaggagaagaagctttcattataaacaaggtgaaactcttttttgtttataagtaacttgctgtttctttagtgaaaatattgattacttccaaca 2572114  T
Q  129 caatgataagttgtcacgcttaacgttgcattacaccatgattaaaaatactgcaagcatgtcacaagtggaccttcttacaaaacccgtcatcattatg 228  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2572115 caatgataagttgtcacacttaacgttgcattacaccatgattaaaaatacttcaagcatgtcacaagtggaccttcttacaaaacccttcatcattatg 2572214  T
Q  229 gattccacgaagtgcaatattaatgttttctctttctttcaagcatgatccctcataatttattgtttcaaattctcaatcttttatggagtatttaatt 328  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2572215 gattccacgaagtgcattattaatcttttctctttctttcaagcatgatccctcataatttattgtttcaaattctcaatcttttatggagtatttaatt 2572314  T
Q  329 ttctgtcatttaattccatgatga-------nnnnnnnnnnnggtgaataattccatatgatgaattttatcacatgcctttgagttcataattaggctt 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2572315 ttctgtcatttaattccatgatgattttttttttttttttttggtgaataattacatatgatgaattttatcacatgcctttgagttcataattaggctt 2572414  T
Q  422 tgctacaataacagcaacatggagttaacttcatccaatgtgtccatactatgttctgctgctcaatttttggagatggaagagtgtgatagtctagaag 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2572415 tgctacaataacagcaacatggagttaacttcatccaatgtgtccatgctatgttctgctgctcaatttttggagatggaagagtgtgatagtctagaag 2572514  T
Q  522 caccaagcttgaagcctcatattgaaaattttcttgatgggattcgtttttggacgtggtttgagctcatggaagcattgaaacaatgtcaagaatcatt 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2572515 caccaagcttgaagcctcatattgaaaattttcttgatgggattcgtttttggacgtggttcgagctcatggaagcattgaaacaatttcaagaatcatt 2572614  T
Q  622 tccttccaaaggttacttagaaattctagacagaatc 658  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2572615 tccttccaaaggttacttagaaattctagacagaatc 2572651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University