View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15671_high_2 (Length: 424)

Name: NF15671_high_2
Description: NF15671
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15671_high_2
NF15671_high_2
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (77-408)||(2368242-2368574)
chr7 (2-302)||(44225845-44226149)
chr7 (163-302)||(23943255-23943394)
chr7 (110-288)||(10526125-10526310)
chr7 (41-118)||(10526761-10526838)
chr7 (59-128)||(29248784-29248853)
chr7 (91-156)||(12869382-12869447)
chr7 (224-302)||(12168644-12168722)
chr7 (59-111)||(26153860-26153912)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (2-302)||(26505924-26506232)
chr5 (5-302)||(35049148-35049454)
chr5 (2-302)||(38739950-38740259)
chr5 (2-300)||(17344313-17344610)
chr5 (2-302)||(20883343-20883652)
chr5 (59-152)||(8736342-8736435)
chr5 (6-147)||(6374739-6374881)
chr5 (2-151)||(16109440-16109590)
chr5 (6-149)||(33937115-33937259)
chr5 (59-112)||(28196967-28197020)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (2-298)||(25818541-25818845)
chr1 (2-302)||(30703426-30703735)
chr1 (2-302)||(1180878-1181188)
chr1 (3-207)||(7318217-7318429)
chr1 (2-199)||(12067429-12067634)
chr1 (2-163)||(23943048-23943211)
chr1 (84-150)||(38810276-38810342)
chr1 (163-279)||(36185750-36185866)
chr1 (209-302)||(23943242-23943335)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (2-302)||(1031103-1031412)
chr6 (163-302)||(23232087-23232224)
chr6 (33-120)||(7648080-7648167)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (2-308)||(1938734-1939049)
chr4 (2-302)||(156469-156778)
chr4 (2-288)||(50334452-50334753)
chr4 (2-117)||(50006869-50006985)
chr4 (163-302)||(18486623-18486762)
chr4 (59-151)||(41784844-41784936)
chr4 (211-302)||(41420220-41420311)
chr4 (211-302)||(41784983-41785074)
chr4 (59-152)||(18777753-18777844)
chr4 (163-216)||(5534062-5534115)
chr4 (250-302)||(41785193-41785245)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (41-288)||(33228392-33228646)
chr8 (3-302)||(5015809-5016117)
chr8 (163-308)||(5075804-5075949)
chr8 (59-156)||(4472746-4472843)
chr8 (2-149)||(15892979-15893124)
chr8 (180-302)||(22675458-22675580)
chr8 (212-302)||(41601209-41601299)
chr8 (59-128)||(30944865-30944934)
chr8 (106-302)||(24618755-24618959)
chr8 (1-102)||(24619111-24619213)
chr8 (59-144)||(29671294-29671379)
chr8 (59-115)||(27187760-27187816)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (2-302)||(19379590-19379898)
chr2 (2-151)||(35004236-35004386)
chr2 (4-302)||(26224507-26224813)
chr2 (63-163)||(22728340-22728440)
chr2 (3-302)||(9827052-9827359)
chr2 (2-151)||(28758872-28759022)
chr2 (59-120)||(36342451-36342512)
chr2 (193-255)||(35004416-35004478)
chr2 (237-302)||(22728239-22728304)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (2-151)||(20514167-20514317)
chr3 (6-229)||(27934206-27934437)
chr3 (163-308)||(54336304-54336449)
chr3 (59-152)||(30531251-30531344)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (163-301)||(33153-33291)
[»] scaffold0070 (1 HSPs)
scaffold0070 (59-156)||(45704-45801)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 77 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 2368574 - 2368242
Alignment:
Q  77 ttacatatttatgtccgatccattgaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgttcatattgttgatgaatttgtgttt 176  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  2368574 ttacatatttatgtccgatccattgaaatataatatttattaacatgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgttcgtattgttgatgaatttttgttt 2368475  T
Q  177 atgtaatttaacaataaatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaa-ttttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttac 275  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||    
T  2368474 atgtaatttaacaataaatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaatttttcaaaatgtatgaaaaaattgatgtaatttagatcgtttac 2368375  T
Q  276 gtgttattaagtgtaattaagtgattaaaggtcggaaaggcatgcttgcacaggtccataactggccttcataaatatggaactcgtgtctatctcgtat 375  Q
     ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2368374 atgtcattaagtgtaattaagtgattacaggtcggaaaggtatgcttgcacaggtccataactggccttcataaatatggaacccgtgtctatctcgtat 2368275  T
Q  376 atatacaagtactccataattgaattttgtggt 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2368274 atatacaagtactccataattgaattttgtggt 2368242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 2 - 302
Target Start/End: Original strand, 44225845 - 44226149
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccatt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||| | |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||    
T  44225845 cgtgtattttccacaactagtcaaagatgatagtgacgttgattacatgtttcgcgtgatggttgaaaataaccttttacatctttatgtccgatccgtt 44225944  T
Q  101 gaaatgtaatatttattaac-ttgtaatatcgtaat-ttgttcgaatttgtgttcatattgttg-------atgaatttgtgtttatgtaatttaacaat 191  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||      ||||| || | ||||||||||| | ||||||||       ||||||||||||| ||||||||||||  |    
T  44225945 gaagtgtaatatttattaacgttgt------gtaatgttttccgaatttgtgtccgtattgttgaattttaatgaatttgtgttgatgtaatttaacgtt 44226038  T
Q  192 aaatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaa 291  Q
     ||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||| ||||| ||||| |||| | |||||  |||||||| |||| ||||||||| |||||||||      
T  44226039 taatttgggtaattttgaccgtttatgtgagattatgtgattttagaaatttatgtacaaatttctgtaatttggatcgtttacgtgtcattaagtgtgt 44226138  T
Q  292 ttaagtgatta 302  Q
    |||||||||||    
T  44226139 ttaagtgatta 44226149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 163 - 302
Target Start/End: Original strand, 23943255 - 23943394
Alignment:
Q  163 atgaatttgtgtttatgtaatttaacaataaatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaat 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||  |||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||| |  |||| |||||| |||||  ||||||    
T  23943255 atgaatttgtgtttatgtaatttaacgatttatttgggtaattttgaccgtttatgtgagattatgtaattctataaatttatggacaaatttgtgtaat 23943354  T
Q  263 ttagatcatttacgtgttattaagtgtaattaagtgatta 302  Q
    || |||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  23943355 ttggatcgtttacgtgtcattaagtgtgtttaagtgatta 23943394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 110 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 10526310 - 10526125
Alignment:
Q  110 tatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgttcatattgttga-------tgaatttgtgtttatgtaatttaacaataaatttggtta 202  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||   |||| ||||       ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||    
T  10526310 tatttattaacgtttaatatcgtaatttgatcgaatttgtgtctgtattattgaattttaatgaatttgtgtttatgtaatttaacgatgaatttgggta 10526211  T
Q  203 atttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtg 288  Q
    |||   |||||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||   |||||||| |||| ||||| ||| ||||||||    
T  10526210 attcgaaccgtttatgtgagattatgtaattttagaaatttatggacaaatctgtgtaatttggatcgtttacatgtcattaagtg 10526125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 41 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 10526838 - 10526761
Alignment:
Q  41 gattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaatgtaatatttatta 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| | |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  10526838 gattacatgtttcgcgtgatggttgaaaataaccttttacttctttatgtccgattcgttgaagtgtaatatttatta 10526761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 29248853 - 29248784
Alignment:
Q  59 atggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaatgtaatatttattaacttgtaata 128  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||    
T  29248853 atggttgaaaataacattttgcatctttatgtctgatccattgaagtgtaatatttatgaacgtgtaata 29248784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 91 - 156
Target Start/End: Original strand, 12869382 - 12869447
Alignment:
Q  91 ccgatccattgaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgttcata 156  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||  ||||| |||| |||||||||| ||||    
T  12869382 ccgatccattgaagtgtaatatttattaacgcgtaatagtgtaatgtgtttgaatttgtgtccata 12869447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 224 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 12168722 - 12168644
Alignment:
Q  224 ttatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaattaagtgatta 302  Q
    |||||| ||||  ||||| || ||| |||||| || ||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12168722 ttatgtgatttaggaaatttaaggacaaattggtgcaattaggatcgtttacgtgtcattaagtgtaattaagtgatta 12168644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 59 - 111
Target Start/End: Original strand, 26153860 - 26153912
Alignment:
Q  59 atggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaatgtaata 111  Q
    |||||| ||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||| |||||||    
T  26153860 atggttcaaaataacattttatctctttatgtccgatccattgaagtgtaata 26153912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 2 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 26506232 - 26505924
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||    
T  26506232 cgtgtattttccacaacttgtcgaagatgatagcgacgttgcttacatgtttagcgtgatggttgaaaataacactttacatctttatgtccgatctttt 26506133  T
Q  101 gaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgttcatattgttg-------atgaatttgtgtttatgtaatttaacaataa 193  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| | | ||||||||       |||||||||||||||||| ||||||| || |    
T  26506132 gaaatgtaatatttattaacatgtaatagtgtaatttgttcgaatttgtatccgtattgttgaattttaatgaatttgtgtttatgttatttaacgatga 26506033  T
Q  194 atttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaatt 293  Q
    |||||  || ||||||||||||| || |||||||||||||||| |||| || ||| |||||| |||||||| |||| ||||| ||| ||||||||| |||    
T  26506032 atttgtgtattttttaccgtttatgtgagattatgtaattttcaaaatttaaggacaaattggtgtaatttggatcgtttacatgtcattaagtgtgatt 26505933  T
Q  294 aagtgatta 302  Q
    |||||||||    
T  26505932 aagtgatta 26505924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 5 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 35049454 - 35049148
Alignment:
Q  5 gtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaa 103  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| ||| | |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||| |||||    
T  35049454 gtattttccacaactagtcaaagatgatagtgacgttgattacatgtttcgcgtgatggttgaaaataatcttttacatctttatgtccgatccgttgaa 35049355  T
Q  104 atgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttc-gaatttgtgttcatattgttga-------tgaatttgtgtttatgtaatttaacaataaat 195  Q
     |||||||||||||||  |||||||  ||||| | ||| |||||||||| | |||||||||       |||||||||||| |||||||||||| || |||    
T  35049354 gtgtaatatttattaatgtgtaatagtgtaatgttttccgaatttgtgtccgtattgttgaattttaatgaatttgtgttgatgtaatttaacgatgaat 35049255  T
Q  196 ttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaattaa 295  Q
    |||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||  |||||||| |||| ||||||||| |||||||||  ||||    
T  35049254 ttgggtaattttgaccgtttatgtgagattatgtaattttagaaatttatggacaaatttgtgtaatttggatcgtttacgtgtcattaagtgtgtttaa 35049155  T
Q  296 gtgatta 302  Q
    |||||||    
T  35049154 gtgatta 35049148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 2 - 302
Target Start/End: Original strand, 38739950 - 38740259
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccatt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||| | |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||| ||    
T  38739950 cgtgtattttccacaactagtcaaagatgatagtgacgttgattacatgtttcgtgtgatggttgaaaataatcttttacatctttatgtccgatccgtt 38740049  T
Q  101 gaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttc-gaatttgtgttcatattgttga-------tgaatttgtgtttatgtaatttaacaata 192  Q
    ||| | |||||||||||||| |||||||  ||||| | ||| |||||||||| | |||||||||       |||||| |||||||||||||||||| ||     
T  38740050 gaagtctaatatttattaacgtgtaatagtgtaatgttttccgaatttgtgtccgtattgttgaattttaatgaattcgtgtttatgtaatttaacgatg 38740149  T
Q  193 aatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaat 292  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||  |||||||| |||| ||||||||| |||||||||  |    
T  38740150 aatttgggtaattttgaccgtttatgtgagattatgtaattttagaaatttatggacaaatttgtgtaatttggatcgtttacgtgtcattaagtgtgtt 38740249  T
Q  293 taagtgatta 302  Q
    ||||||||||    
T  38740250 taagtgatta 38740259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 2 - 300
Target Start/End: Original strand, 17344313 - 17344610
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggatgc-gacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  || |||| ||| ||||||||    
T  17344313 cgtgtattttccacaacttgtcgaagatgataccgacgctgattacatgtttcgtgtgatggttgaaaataacactttgaatctttacgtctgatccatt 17344412  T
Q  101 gaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgttcatattgttg-------atgaatttgtgtttatgtaatttaacaataa 193  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||       ||||||||||| |||| ||||||||| || |    
T  17344413 gaagtgtaatatttattaacgtgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgtctgtattgttgaattttaatgaatttgtggttatataatttaacgatga 17344512  T
Q  194 atttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaatt 293  Q
    |||||  ||||||| ||| |||| || |||||||||||||         ||||||||||| | |||||||| |||| |||||||||  |||||||| |||    
T  17344513 atttgtgtaattttgaccatttatgtgagattatgtaatt---------tatggataaataggtgtaatttggatcgtttacgtgtcgttaagtgtgatt 17344603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 2 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 20883652 - 20883343
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccatt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||| | |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||| ||    
T  20883652 cgtgtattttccacaactagtcaaagatgatagtgacgttgattacatgtttcgcgagatggttgaaaataaccttttacatctttatgtccaatccgtt 20883553  T
Q  101 gaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaat-ttgttcgaatttgtgttcatattgttg-------atgaatttgtgtttatgtaatttaacaata 192  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| || | |||||||||||   ||||||||       ||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  20883552 gaaatttaatatttattaacgtgtaatagcgtaatgttttccgaatttgtgtctgtattgttgaattttaatgaatttgtgttgatgtaatttaacgatg 20883453  T
Q  193 aatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaat 292  Q
    ||||||| ||||||| |||||| | || |||||||||| |||| ||||| |||||| |||||  |||||||| |||  ||||||||| |||||||||  |    
T  20883452 aatttgggtaattttgaccgttcatgtgagattatgtatttttagaaatttatggacaaatttgtgtaatttggattgtttacgtgtcattaagtgtgtt 20883353  T
Q  293 taagtgatta 302  Q
    ||||||||||    
T  20883352 taagtgatta 20883343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 59 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 8736435 - 8736342
Alignment:
Q  59 atggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgtt 152  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||||||||||| |||||||  |||||  |||||||||||||||    
T  8736435 atggttgaaaataacattttacatttttatgtctgattcatcgaagtgtaatatttattaacgtgtaataatgtaatgcgttcgaatttgtgtt 8736342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 6 - 147
Target Start/End: Original strand, 6374739 - 6374881
Alignment:
Q  6 tattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaa 104  Q
    |||| ||||||||||||| |||| ||  |||||| |||||||||||||    | |||||| ||||||| | ||||||| |||||||| ||||| |||||     
T  6374739 tattatccacaacttgtcaaagatgacagcgacgttgattacatgtttaggttaatggttaaaaataatattttacatctttatgtctgatccgttgaag 6374838  T
Q  105 tgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaattt 147  Q
    |||||||||||||||  |||||||  ||||| |||||||||||    
T  6374839 tgtaatatttattaatgtgtaatagtgtaatgtgttcgaattt 6374881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 2 - 151
Target Start/End: Original strand, 16109440 - 16109590
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccatt 100  Q
    |||||||| |||| ||||| || |||| ||| |||| | || |||||| |||  |||||||||||| ||||||| ||| ||| |||||||| ||||| ||    
T  16109440 cgtgtattatccataacttctcaaagatgatagcgatgttgcttacatatttagcgtgatggttgagaataacattttccatctttatgtctgatccgtt 16109539  T
Q  101 gaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgt 151  Q
    ||| |||||||||||||||  ||||||   ||||| | |||||||||||||    
T  16109540 gaagtgtaatatttattaaagtgtaattgtgtaatgttttcgaatttgtgt 16109590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 6 - 149
Target Start/End: Original strand, 33937115 - 33937259
Alignment:
Q  6 tattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaa 104  Q
    ||||||||||||||| ||||| | ||| | |||  |||||||||||||    | |||||||||||||| | ||||| | ||||||| || || ||||||     
T  33937115 tattttccacaacttatcgaaaatgatagtgacattgattacatgtttagattaatggttgaaaataatattttacttctttatgttcggtctattgaag 33937214  T
Q  105 tgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgt 149  Q
    |||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||| |||||||    
T  33937215 tgtaatatttattaacatgtaatagtgtaatgtgttcaaatttgt 33937259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 59 - 112
Target Start/End: Original strand, 28196967 - 28197020
Alignment:
Q  59 atggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaatgtaatat 112  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  28196967 atggttgaaaataacattttacatatttgtgtctgatccattgaagtgtaatat 28197020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 135; Significance: 3e-70; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 2 - 298
Target Start/End: Original strand, 25818541 - 25818845
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccatt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||    
T  25818541 cgtgtattttccacaactagtcaaagatgatagcgacgttgattacatgtttcgcgtgatggttgaaaataaccttttacatctttatgtccgatccgtt 25818640  T
Q  101 gaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgttcatattgttg-------atgaatttgtgtttatgtaatttaacaataa 193  Q
    ||| ||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||       |||||||||||||||||||||||||| || |    
T  25818641 gaagtgtgatatttattaacgtttaatatcgtaatttgttcgaatttgtgtccgtattattgaattttaatgaatttgtgtttatgtaatttaacgatga 25818740  T
Q  194 atttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaatt 293  Q
    |||||| ||||||| |  ||||| || |||||||||||||||  |||| |||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||||  ||    
T  25818741 atttgggtaattttgatagtttacgtgagattatgtaattttaaaaatttatggacaaattggtgtaatttggatcgtttacgtgtcattaagtgtgttt 25818840  T
Q  294 aagtg 298  Q
    |||||    
T  25818841 aagtg 25818845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 2 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 30703735 - 30703426
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccatt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||| | |||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||| |||||||| ||||| ||    
T  30703735 cgtgtattttccacaactagtcaaagatgatagtgacgttgattacatgtttcgcgtgatgtttgaaaataaccttttacatctttatgtctgatccgtt 30703636  T
Q  101 gaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcg-aatttgtgttcatattgttga-------tgaatttgtgtttatgtaatttaacaata 192  Q
    ||| |||||||||||||||  || ||||  ||||| | |||  ||||||||| | |||||||||       |||||||||||| |||||||||||| ||     
T  30703635 gaagtgtaatatttattaatgtgcaatagtgtaatgttttcctaatttgtgtccgtattgttgaattttaatgaatttgtgttgatgtaatttaacgatg 30703536  T
Q  193 aatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaat 292  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| | |||||  |||||||| |||| ||||| ||| |||||||||  |    
T  30703535 aatttgggtaattttgaccgtttatgtgagattatgtaattttagaaatgtatgtaaaaatttgtgtaatttggatcgtttacatgtcattaagtgtgtt 30703436  T
Q  293 taagtgatta 302  Q
    ||||||||||    
T  30703435 taagtgatta 30703426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 2 - 302
Target Start/End: Original strand, 1180878 - 1181188
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccatt 100  Q
    ||||||| |||||||||| ||| |||| ||| | |||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||    
T  1180878 cgtgtatattccacaactagtcaaagatgatcgtgacgttgattacatgtttcgtgtgattgttgaaaataaccttttacatctttatgtccgatccgtt 1180977  T
Q  101 gaaatgtaatattt-attaacttgtaatatcgtaat-ttgttcgaatttgtgttcatattgttga-------tgaatttgtgtttatgtaatttaacaat 191  Q
    ||| |||||||||| |||||| |||||||  ||||| || |||||||||||||   |||||||||       |||| ||||||| |||||||||||| ||    
T  1180978 gaagtgtaatattttattaacgtgtaatagtgtaatgtttttcgaatttgtgtctgtattgttgaattttaatgaacttgtgttgatgtaatttaacgat 1181077  T
Q  192 aaatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaa 291  Q
     ||||||| ||||||| ||||||||  | ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||  |||||||| |||| |||| |||| |||||||||      
T  1181078 gaatttgggtaattttgaccgtttatatgagattatgtaattttagaaatttatggacaaatttgtgtaatttggatcgtttatgtgtcattaagtgtgt 1181177  T
Q  292 ttaagtgatta 302  Q
    |||||||||||    
T  1181178 ttaagtgatta 1181188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 3 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 7318429 - 7318217
Alignment:
Q  3 gtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattg 101  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| || |||| |||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||   |||    
T  7318429 gtgtattttccacaacttctcgaagatgatagcgacgttgcttacgtgtttagcgtgatggttgaaaataacgctttacatctttatgtcagatatgttg 7318330  T
Q  102 aaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgttcatattgttg-------atgaatttgtgtttatgtaatttaacaataaa 194  Q
    || |||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||||||| | ||||||||       | |||||||||||||||||||||||| || ||    
T  7318329 aagtgtaatatttattaacgtgtaatagtgtaatttgttcaaatttgtgtccgtattgttgaattttaaagaatttgtgtttatgtaatttaacgatgaa 7318230  T
Q  195 tttggttaatttt 207  Q
    ||||| |||||||    
T  7318229 tttgggtaatttt 7318217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 199
Target Start/End: Original strand, 12067429 - 12067634
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccatt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||  || | |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||| | ||    
T  12067429 cgtgtattttccacaactagtcaaagataatagtgacgttgattacatgtttcgcgtgatggttgaaaataaccttttacatctttatgtctgat-cgtt 12067527  T
Q  101 gaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaat-ttgttcgaatttgtgttcatattgttg-------atgaatttgtgtttatgtaatttaacaata 192  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||  ||||| || | ||||||||||| | ||||||||       ||||||||||| | |||||||||||| ||     
T  12067528 gaagtgtaatatttattaacgtgtaatagtgtaatgttttccgaatttgtgtccgtattgttgaattttaatgaatttgtgctgatgtaatttaacgatg 12067627  T
Q  193 aatttgg 199  Q
    |||||||    
T  12067628 aatttgg 12067634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 163
Target Start/End: Original strand, 23943048 - 23943211
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccatt 100  Q
    |||||||| |||||||||| || |||| ||| |||||| ||||| |||||||   || |||||||| |||||||||||  || ||| |||||||||| ||    
T  23943048 cgtgtattatccacaacttctcaaagatgatagcgacgttgatttcatgtttagggtaatggttgagaataacactttgtatctttttgtccgatccgtt 23943147  T
Q  101 gaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaat-ttgttcgaatttgtgttcatattgttga 163  Q
    ||| ||||||  ||||| |  |||||||  ||||| || ||||||||||||| | |||||||||    
T  23943148 gaagtgtaatcattatttaagtgtaatagtgtaatgtttttcgaatttgtgtccgtattgttga 23943211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 84 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 38810342 - 38810276
Alignment:
Q  84 tttatgtccgatccattgaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtg 150  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| |||||||  ||||| ||||||||||||||    
T  38810342 tttatgtccgatccattgaagtgtaatattgagtaacatgtaatagtgtaatgtgttcgaatttgtg 38810276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 163 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 36185866 - 36185750
Alignment:
Q  163 atgaatttgtgtttatgtaatttaacaataaatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaat 262  Q
    |||||||| || |||||||||||||| || ||||||| |||  || |||||||| || | ||||||| ||||| | ||| |||||| |||||  ||||||    
T  36185866 atgaatttatgcttatgtaatttaacgatgaatttgggtaaaattgaccgtttatgtcaaattatgtcattttaggaatttatggacaaatttgtgtaat 36185767  T
Q  263 ttagatcatttacgtgt 279  Q
    || |||| |||||||||    
T  36185766 ttggatcgtttacgtgt 36185750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 209 - 302
Target Start/End: Original strand, 23943242 - 23943335
Alignment:
Q  209 accgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaattaagtgatta 302  Q
    |||||||| || |||||||||||||||  |||| |||||| |||||   ||||||| ||||  |||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  23943242 accgtttatgtgagattatgtaattttataaatttatggacaaatttgcgtaatttggatcgcttacgtgtcattaagtgtgtttaagtgatta 23943335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 116; Significance: 7e-59; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 2 - 302
Target Start/End: Original strand, 1031103 - 1031412
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccatt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||| | |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| | ||    
T  1031103 cgtgtattttccacaactagtcaaagatgatagtgacgttgattacatgtttcgcgtgatggttgaaaataaccttttacatctttatgtccgatgcgtt 1031202  T
Q  101 gaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaat-ttgttcgaatttgtgttcatattgttg-------atgaatttgtgtttatgtaatttaacaata 192  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||  ||||| || | ||||||||||| | ||| ||||       ||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  1031203 gaagtgtaatatttattaacgtgtaatagtgtaatgttttccgaatttgtgtccgtatcgttgaattttaatgaatttgtgttgatgtaatttaacgatg 1031302  T
Q  193 aatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaat 292  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||  |||||||| |||| ||||||||| |||||||||  |    
T  1031303 aatttgggtaattttgaccgtttatgtgagattatgtaattttagaaatttatggacaaatttgtgtaatttggatcgtttacgtgtcattaagtgtgtt 1031402  T
Q  293 taagtgatta 302  Q
    ||| ||||||    
T  1031403 taaatgatta 1031412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 163 - 302
Target Start/End: Original strand, 23232087 - 23232224
Alignment:
Q  163 atgaatttgtgtttatgtaatttaacaataaatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaat 262  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |||  || |||  || || ||||| || ||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||  ||||||    
T  23232087 atgaatttgtgcttatgtaatttaacgatgaat--gggtaaaattgactgtttatgtcagattatgtcattttagaaatttatggacaaatttgtgtaat 23232184  T
Q  263 ttagatcatttacgtgttattaagtgtaattaagtgatta 302  Q
    || |||| || |||||| ||| |||||  |||||||||||    
T  23232185 ttggatcgttgacgtgtcatttagtgtgtttaagtgatta 23232224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 7648167 - 7648080
Alignment:
Q  33 gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaatgtaatatttattaac 120  Q
    |||||| |||||||||||||    | ||| |||||||||||| |||| |||||  ||| || ||||||||| ||||||||||||||||    
T  7648167 gcgacgttgattacatgtttaggttaatgcttgaaaataacattttatatattcgtgttcgctccattgaagtgtaatatttattaac 7648080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 110; Significance: 3e-55; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 2 - 308
Target Start/End: Original strand, 1938734 - 1939049
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccatt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||| | |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||    
T  1938734 cgtgtattttccacaactagtcaaagatgatagtgacgttgattacatgtttcgcgtgatggttgaaaataaccttttacatctttatgtccgatccatt 1938833  T
Q  101 gaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaat-ttgttcgaatttgtgttcatattgttg-------atgaatttgtgtttatgtaatttaacaata 192  Q
    ||| |||||||||||||||| | |||||  ||||| || | |||||||||||   ||||||||       ||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  1938834 gaagtgtaatatttattaacatataatagtgtaatgttttccgaatttgtgtctgtattgttgaattttaatgaatttgtgttgatgtaatttaacgatg 1938933  T
Q  193 aatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaat 292  Q
    ||||||  |||||||  ||||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||  | |||||| |||| ||||||||| ||||| |||  |    
T  1938934 aatttgagtaattttggccgtttatgtgagattatgtaattttagaaatttatggacaaatttgtataatttggatcgtttacgtgtcattaaatgtgtt 1939033  T
Q  293 taagtgattaaaggtc 308  Q
    |||||||||| |||||    
T  1939034 taagtgattacaggtc 1939049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 2 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 156778 - 156469
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccatt 100  Q
    |||||||| |||||||||| || |||| ||| |||||| ||||| |||||||   || |||||||| |||||||||||  || ||| |||||||||| ||    
T  156778 cgtgtattatccacaacttctcaaagatgatagcgacgttgatttcatgtttagggtaatggttgagaataacactttgtatctttttgtccgatccgtt 156679  T
Q  101 gaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttc-gaatttgtgttcatattgttga-------tgaatttgtgtttatgtaatttaacaata 192  Q
    ||| ||||||  ||||| |   ||||||  | ||| | ||| |||||||||| | |||||||||       ||||||||||||||||||||||||| ||     
T  156678 gaagtgtaatcattatttaagggtaatagtgaaatgttttccgaatttgtgtccgtattgttgaattttaatgaatttgtgtttatgtaatttaacgatg 156579  T
Q  193 aatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaat 292  Q
    ||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||  |||||||| |||| ||||||||| || ||||||  |    
T  156578 aatttgggtgatttttaccgtttatgtaagattatgtaattttataaatttatggacaaatttgtgtaatttggatcgtttacgtgtcatcaagtgtgtt 156479  T
Q  293 taagtgatta 302  Q
    ||||||||||    
T  156478 taagtgatta 156469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 2 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 50334753 - 50334452
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccatt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||| | |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||  ||    
T  50334753 cgtgtattttccacaactagtcaaagatgatagtgacgttgattacatgtttcgcgtgatggttgaaaataactttttacatctttatgtctgatctgtt 50334654  T
Q  101 gaaatgtaatatttatta------acttgtaatatcgtaat-ttgttcgaatttgtgttcatattgttg-------atgaatttgtgtttatgtaattta 186  Q
    ||| ||| ||||||||||      | | ||||||  ||||| || |||||||||||||   ||||||||       ||||||||||||| ||||||||||    
T  50334653 gaagtgttatatttattaatgtgtaatagtaatagtgtaatgtttttcgaatttgtgtctgtattgttgaattttaatgaatttgtgttgatgtaattta 50334554  T
Q  187 acaataaatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaag 286  Q
    ||||| ||||||| ||||| | || |||||    ||||||||||||||  ||||| |||||| |||||  |||||||| |||| |||||||||  |||||    
T  50334553 acaatgaatttgggtaattctgactgtttataagagattatgtaatttgagaaatttatggacaaatttgtgtaatttggatcgtttacgtgtgtttaag 50334454  T
Q  287 tg 288  Q
    ||    
T  50334453 tg 50334452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 50006985 - 50006869
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggatgc-gacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccatt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||| | |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||    
T  50006985 cgtgtattttccacaactagtcaaagatgatactgacgttgattacaagtttcccgtgatggttgaaaataaccttttacatctttatgtccgatccgtt 50006886  T
Q  101 gaaatgtaatatttatt 117  Q
    ||| |||||||||||||    
T  50006885 gaagtgtaatatttatt 50006869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 163 - 302
Target Start/End: Original strand, 18486623 - 18486762
Alignment:
Q  163 atgaatttgtgtttatgtaatttaacaataaatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaat 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||  || |||||||| || ||||||||| ||||| ||||| || ||| |||||  ||||||    
T  18486623 atgaatttgtgtttatgtaatttaacgatgaatttgggtaaaattgaccgtttatgtcagattatgtcattttagaaatttaaggacaaatttgtgtaat 18486722  T
Q  263 ttagatcatttacgtgttattaagtgtaattaagtgatta 302  Q
    || |||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  18486723 ttggatcgtttacgtgtcattaagtgtgtttaagtgatta 18486762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 59 - 151
Target Start/End: Original strand, 41784844 - 41784936
Alignment:
Q  59 atggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgt 151  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||  ||||| |||||||||||||||    
T  41784844 atggttgaaaataacattttacatctttatgtctgatccattgaagtgtaatatttatgaacgtgtaatagtgtaatgtgttcgaatttgtgt 41784936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 211 - 302
Target Start/End: Original strand, 41420220 - 41420311
Alignment:
Q  211 cgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaattaagtgatta 302  Q
    |||||| || |||||||||||||||  |||| |||||| |||||  |||||||| |||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  41420220 cgtttatgtgagattatgtaattttataaatttatggacaaatttgtgtaatttggatcgtttacgtgtcattaagtgtgtttaagtgatta 41420311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 211 - 302
Target Start/End: Original strand, 41784983 - 41785074
Alignment:
Q  211 cgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaattaagtgatta 302  Q
    |||||| || ||||||||| |||||   ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||| |||||||    
T  41784983 cgtttatgtgagattatgtgattttgagaatttaaggacaaattgatgtaatttagatcatttatgtgtcattaagtgtgattatgtgatta 41785074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 59 - 152
Target Start/End: Original strand, 18777753 - 18777844
Alignment:
Q  59 atggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgtt 152  Q
    ||||||| ||||||||  |||||| ||| | || | |||||||||||||||||| ||||||| ||||| |  ||||| ||||||||| ||||||    
T  18777753 atggttgcaaataaca--ttacatctttgtttctgctccattgaaatgtaatatgtattaacgtgtaaaagtgtaatatgttcgaatatgtgtt 18777844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 163 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 5534115 - 5534062
Alignment:
Q  163 atgaatttgtgtttatgtaatttaacaataaatttggttaatttttaccgttta 216  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||| ||||||| ||||||||    
T  5534115 atgaatttgtgttgatgtaaattaacgatgaatttggataattttgaccgttta 5534062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 250 - 302
Target Start/End: Original strand, 41785193 - 41785245
Alignment:
Q  250 aaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaattaagtgatta 302  Q
    ||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||    
T  41785193 aaattcatgtaatttggatcgtttacgtgtcattaattgtgattaagtgatta 41785245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 101; Significance: 6e-50; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 41 - 288
Target Start/End: Original strand, 33228392 - 33228646
Alignment:
Q  41 gattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgtt 140  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||  ||||| | |||||||||||||| | ||||||||||||||  |    
T  33228392 gattacatgtttcgcgtgatggttgaaaataacattttacatctttacgtccgatctgttgaagtctaatatttattaacatttaatatcgtaattttct 33228491  T
Q  141 cgaatttgtgttcatattgttg-------atgaatttgtgtttatgtaatttaacaataaatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaatt 233  Q
    |||||||||||   |||| |||       |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||  |||||||| || |||||||||||||    
T  33228492 cgaatttgtgtctgtattattgaattttaatgaatttgtgtttatgtaatttaacgatgaatttgggtaatttgaaccgtttatgtgagattatgtaatt 33228591  T
Q  234 ttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtg 288  Q
    || ||||| |||||| |||||  |||||||| |||| ||||| ||| ||||||||    
T  33228592 ttagaaatttatggacaaatttgtgtaatttggatcgtttacatgtcattaagtg 33228646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 3 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 5016117 - 5015809
Alignment:
Q  3 gtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattg 101  Q
    ||||||| |||||||||| || |||| ||| | |||| ||||| ||| |||   || |||||||| |||||||||||  || ||| |||||||||| |||    
T  5016117 gtgtattatccacaacttctcaaagatgatagtgacgttgatttcatatttagggtaatggttgagaataacactttgtatctttttgtccgatccgttg 5016018  T
Q  102 aaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttc-gaatttgtgttcatattgttga-------tgaatttgtgtttatgtaatttaacaataa 193  Q
    || ||||||  ||||| |  ||||| |  ||||| | ||| |||||||||| | |||||||||       ||||||||||||| ||||||||||| || |    
T  5016017 aagtgtaatcattatttaagtgtaacagtgtaatattttccgaatttgtgtccgtattgttgaattttaatgaatttgtgtttgtgtaatttaacgatga 5015918  T
Q  194 atttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaatt 293  Q
    |||||| ||||||| |||||||| || ||||||| |||||||  |||| |||| | |||||  |||||||| |||| ||||||||| |||||||||  ||    
T  5015917 atttgggtaattttgaccgtttatgtgagattatttaattttataaatttatgtacaaatttgtgtaatttggatcgtttacgtgtcattaagtgtgttt 5015818  T
Q  294 aagtgatta 302  Q
    |||||||||    
T  5015817 aagtgatta 5015809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 163 - 308
Target Start/End: Original strand, 5075804 - 5075949
Alignment:
Q  163 atgaatttgtgtttatgtaatttaacaataaatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaat 262  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| |||||||| || | |||||||||||||  |||| |||||| | ||| |||||||    
T  5075804 atgaatttatgtttatgtaatttaacgatgaatttgggtaattttgaccgtttatgtgatattatgtaattttataaatttatggacatatttatgtaat 5075903  T
Q  263 ttagatcatttacgtgttattaagtgtaattaagtgattaaaggtc 308  Q
    || |||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||| |||||    
T  5075904 ttggatcgtttacgtgtcattaagtgtttttaagtcattacaggtc 5075949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 59 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 4472843 - 4472746
Alignment:
Q  59 atggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgttcata 156  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  4472843 atggttgaaaataacattttacatctttgtgtctgatccattgaagtgtaatatttattaacgtgtaatagtgtaatgtgttcaaatttgtgttcata 4472746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 2 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 15893124 - 15892979
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggatgcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattg 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||    ||||  ||||||||||    | |||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| |||    
T  15893124 cgtgtattttccacaacttgtcaaagatgatag--cgatatttacatgtttaggttaatggttgaaaataacattttacatctttatgtctgatccgttg 15893027  T
Q  102 aaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgt 149  Q
    || |||||||||||||||| |||||||  ||||| |||| ||||||||    
T  15893026 aagtgtaatatttattaacgtgtaatagtgtaatgtgtttgaatttgt 15892979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 180 - 302
Target Start/End: Original strand, 22675458 - 22675580
Alignment:
Q  180 taatttaacaataaatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgt 279  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||||| |||||||| || | ||||||||||||| ||||| |||||| |||||  || ||||  |||| |||| ||||    
T  22675458 taatttaacgatgaatttgggtaattttgaccgtttatgtgatattatgtaattttagaaatttatggaaaaatttgtgcaattcggatcgtttatgtgt 22675557  T
Q  280 tattaagtgtaattaagtgatta 302  Q
     |||||||||  |||||||||||    
T  22675558 cattaagtgtgtttaagtgatta 22675580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 212 - 302
Target Start/End: Original strand, 41601209 - 41601299
Alignment:
Q  212 gtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaattaagtgatta 302  Q
    ||||| || ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  41601209 gtttatgtgagattatataattttagaaatttatggataaatttgtgtaatttggatcgtttacgtgtcattaagtgtgtttaagtgatta 41601299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 128
Target Start/End: Original strand, 30944865 - 30944934
Alignment:
Q  59 atggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaatgtaatatttattaacttgtaata 128  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||    
T  30944865 atggttgaaaataacattttgcatctttatgtctgatccattgaagtgtaatatttatgaacgtgtaata 30944934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 24618959 - 24618755
Alignment:
Q  106 gtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgttcatattgttga-------tgaatttgtgtt-tatgtaatttaacaataaattt 197  Q
    |||||||| |||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||   || ||||||       |||||||||||| | ||||||||||| |  |||||    
T  24618959 gtaatattcattaacgtgtaatagtgtaatgtgttcgaatttgtgtctgtaatgttgaattttaatgaatttgtgttatgtgtaatttaacgacgaattt 24618860  T
Q  198 ggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaattaagt 297  Q
    |  ||||||  | |||||| ||  |||||||| ||||| |||||||| |||  ||||| |||||||| |||  |||| |||| ||||| ||| |||||||    
T  24618859 gtgtaatttggatcgtttatgtgtgattatgtgattttggaaatgtaaggacgaattggtgtaatttggatagtttatgtgtcattaactgtgattaagt 24618760  T
Q  298 gatta 302  Q
    |||||    
T  24618759 gatta 24618755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 24619213 - 24619111
Alignment:
Q  1 tcgtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccat 99  Q
    ||||||||| |||||||||| || |||| ||| | |||| |||||||||||||    | |||||||||||||| | ||| ||| ||| ||||||||||||    
T  24619213 tcgtgtattatccacaacttttcaaagatgatagtgacgttgattacatgtttaggttaatggttgaaaataaaaatttgcatctttgtgtccgatccat 24619114  T
Q  100 tga 102  Q
    |||    
T  24619113 tga 24619111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 144
Target Start/End: Original strand, 29671294 - 29671379
Alignment:
Q  59 atggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaa 144  Q
    |||||| |||||||   ||||||| |||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||| | |||||  ||||| ||||||||    
T  29671294 atggttaaaaataaatttttacatctttatgtttgatccattgaagtgtaatatatattaacgtataatagtgtaatgtgttcgaa 29671379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 59 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 27187816 - 27187760
Alignment:
Q  59 atggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaatgtaatattta 115  Q
    |||||||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||||| || | |||||||||    
T  27187816 atggttgaaaataacattttacgtctttatgttcgatccattaaagtctaatattta 27187760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 96; Significance: 6e-47; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 2 - 302
Target Start/End: Original strand, 19379590 - 19379898
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccatt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||| | |||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||    
T  19379590 cgtgtattttccacaactagtcaaagatgatagtgacgttgattacatgtttcgcgtgatgcttgaaaataaccttttacatctttatgtccgatccgtt 19379689  T
Q  101 gaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaat-ttgttcgaatttgtgttcatattgttg-------atgaatttgtgtttatgtaatttaacaata 192  Q
    ||| ||||| |||| ||||| |||||||  ||||| || | |||||||||||   ||||||||       ||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  19379690 gaagtgtaacattttttaacgtgtaatagtgtaatattttccgaatttgtgtctgtattgttgaattttaatgaatttgtgttgatgtaatttaacgatg 19379789  T
Q  193 aatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaat 292  Q
    ||||||| ||||||| |||||||  || ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||  |||||||| ||||  |||| ||| |||||||||  |    
T  19379790 aatttgggtaattttgaccgtttgtgtgagattatgtaattttagaaatttatggacaaatttgtgtaatttggatc-gttacttgtcattaagtgtgtt 19379888  T
Q  293 taagtgatta 302  Q
    ||||||||||    
T  19379889 taagtgatta 19379898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 2 - 151
Target Start/End: Original strand, 35004236 - 35004386
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccatt 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| || | ||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | ||||| |||||||||||||  ||    
T  35004236 cgtgtatttttcacaacttgtcaaatatgatagcgacgttgattacatgtttcgcgtgatggttgagaataacattctacatctttatgtccgatctgtt 35004335  T
Q  101 gaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgt 151  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35004336 gaagtgtaatatttattaacgtgtaatatcgtaatttattcgaatttgtgt 35004386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 4 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 26224813 - 26224507
Alignment:
Q  4 tgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattga 102  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| ||| | |||| |||||||||||||    | |||||||| ||| |||||||  || ||| |||||||||| ||||    
T  26224813 tgtattttctagaacttgtcgaagatgatagtgacgttgattacatgtttaggttcatggttgagaattacactttgtatctttttgtccgatccgttga 26224714  T
Q  103 aatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttc-gaatttgtgttcatattgttga-------tgaatttgtgtttatgtaatttaacaataaa 194  Q
    | |||| ||||| || |  ||||| |  ||||| | ||| ||||||||||   |||||||||       |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26224713 agtgtagtatttgtttaagtgtaacagtgtaatattttctgaatttgtgtctgtattgttgaattttaatgaatttgtgtttatgtaatttaacaatgaa 26224614  T
Q  195 tttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaatta 294  Q
    ||||| ||||||| ||| |||| || |||||||||| ||||  |||| |||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||||  |||    
T  26224613 tttgggtaattttgacc-tttatgtgagattatgtatttttataaatttatggacaaattggtgtaatttggatcgtttacgtgtcattaagtgtgttta 26224515  T
Q  295 agtgatta 302  Q
    ||||||||    
T  26224514 agtgatta 26224507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 63 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 22728440 - 22728340
Alignment:
Q  63 ttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgttcatattgttg 162  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| |||    
T  22728440 ttgaaaataacattttacatctttatgtccgatccgttgaagtgtaatatttattaacgtgtaatattgtattttgttcgaatttgtgttcgtatttttg 22728341  T
Q  163 a 163  Q
    |    
T  22728340 a 22728340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 3 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 9827359 - 9827052
Alignment:
Q  3 gtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattg 101  Q
    ||||||| || ||||||| || |||| ||| |||||| |||||||||||||    | |||||||| |||||||||||  || ||| |||||||||| |||    
T  9827359 gtgtattatcaacaacttctcaaagatgatagcgacgttgattacatgtttaggttaatggttgagaataacactttgtatctttttgtccgatccgttg 9827260  T
Q  102 aaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttc-gaatttgtgttcatattgttga-------tgaatttgtgtttatgtaatttaacaataa 193  Q
    || ||||||||| ||| |  |||||||  ||||| | ||| ||||||||||   |||||||||       |||||||||| |||||||||||||| || |    
T  9827259 aagtgtaatattaatttaagtgtaatagtgtaatgttttccgaatttgtgtatgtattgttgaattttaatgaatttgtgcttatgtaatttaacgatga 9827160  T
Q  194 atttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaatt 293  Q
    |||||| |||  || || ||||| || ||||||| | ||||| ||||| |||||| |||||  |||||||| |||| |||||||| ||||||||||  ||    
T  9827159 atttgggtaaaattgactgtttatgttagattatatcattttagaaatttatggacaaatttgtgtaatttggatcgtttacgtg-tattaagtgtgttt 9827061  T
Q  294 aagtgatta 302  Q
    |||||||||    
T  9827060 aagtgatta 9827052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 151
Target Start/End: Original strand, 28758872 - 28759022
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtga-tggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccat 99  Q
    |||||||| |||||||||| || |||| ||| |||||| ||||||||||||| | || | |||||||  |||||||||||||| |||||||| ||||| |    
T  28758872 cgtgtattatccacaacttctcaaagatgatagcgacgttgattacatgttt-aggtaaatggttgaggataacactttacatctttatgtctgatccgt 28758970  T
Q  100 tgaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgt 151  Q
    |||| ||||||||| || ||| |||||||   |||| |||||||||||||||    
T  28758971 tgaagtgtaatattaatgaacgtgtaatagtataatgtgttcgaatttgtgt 28759022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 59 - 120
Target Start/End: Original strand, 36342451 - 36342512
Alignment:
Q  59 atggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaatgtaatatttattaac 120  Q
    |||||| |||||||||  |||||| ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  36342451 atggttaaaaataacatattacatctttgtgttctatccattgaaatgtaatatttattaac 36342512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 193 - 255
Target Start/End: Original strand, 35004416 - 35004478
Alignment:
Q  193 aatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattg 255  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| || | ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  35004416 aatttgggtaattttgaccgtttatgtgatattatgtaattttagaaatttatggacaaattg 35004478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 237 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 22728304 - 22728239
Alignment:
Q  237 gaaatgtatggataaattgatgtaatttagatcatttacgtgttattaagtgtaattaagtgatta 302  Q
    ||||| |||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||  |||||| ||||    
T  22728304 gaaatttatggacaaattggtgtaatttggatcatttacgtgtcattaaatgtgtttaagtcatta 22728239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 91; Significance: 6e-44; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 2 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 20514317 - 20514167
Alignment:
Q  2 cgtgtattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccatt 100  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||| ||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||||||    
T  20514317 cgtgttttttccacaactagtcaaagatgatagcgacgttgattatatgtttcgcgtgatggttgaaaataaccttttacatatttacgtcagatccatt 20514218  T
Q  101 gaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgt 151  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20514217 gaagtgtaatatttattaacgtgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgt 20514167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 6 - 229
Target Start/End: Original strand, 27934206 - 27934437
Alignment:
Q  6 tattttccacaacttgtcgaagaggat-gcgacgatgattacatgtttcacgtgatggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaa 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||     
T  27934206 tattttccacaacttgtcgaagatgatagcgacgttgcttacatgtttagcgtgatggttgaaaataacactttacatctttatgtctgatcccgtgaag 27934305  T
Q  105 tgta--atatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgttcatattgttg-------atgaatttgtgtttatgtaatttaacaataaat 195  Q
    ||||  |||||||||||  |||||||  ||||| ||||| |||||||||   ||||||||       |||||||||||||||| ||||||||| || |||    
T  27934306 tgtaatatatttattaatgtgtaatagtgtaatgtgttcaaatttgtgtctgtattgttgaattttaatgaatttgtgtttatttaatttaacgatgaat 27934405  T
Q  196 ttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgt 229  Q
    ||  ||| ||||| ||||||| || | |||||||    
T  27934406 tt--ttactttttgccgtttatgtgacattatgt 27934437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 163 - 308
Target Start/End: Original strand, 54336304 - 54336449
Alignment:
Q  163 atgaatttgtgtttatgtaatttaacaataaatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaat 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||  | |||||  ||||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||  |||||  ||||||    
T  54336304 atgaatttgtgtttatgtaatttaacgatgaatttgagtcattttgtccgtttatgtgagattatgtaattttagaaatttatggtcaaatttgtgtaat 54336403  T
Q  263 ttagatcatttacgtgttattaagtgtaattaagtgattaaaggtc 308  Q
    || |||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||| |||||    
T  54336404 ttggatcgtttacgtgtcattaagtgtgtttaagtgattacaggtc 54336449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 59 - 152
Target Start/End: Original strand, 30531251 - 30531344
Alignment:
Q  59 atggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgtt 152  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||  ||||| |||| |||||| ||||    
T  30531251 atggttgaaaataacattttacatctttatgtccgatccgttgaagtgtaatatttatttacgtgtaatagtgtaatgtgtttgaatttatgtt 30531344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 163 - 301
Target Start/End: Original strand, 33153 - 33291
Alignment:
Q  163 atgaatttgtgtttatgtaatttaacaataaatttggttaatttttaccgtttaggtaagattatgtaattttcgaaatgtatggataaattgatgtaat 262  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||  ||||||    
T  33153 atgaatatgtgtttatgtaatttaacgatgaatttgggtaattttgaccgtttatgtgagattatgtaattttagaaatttatggacaaatttgtgtaat 33252  T
Q  263 ttagatcatttacgtgttattaagtgtaattaagtgatt 301  Q
    || |||| ||||||||| | ||| |||  ||||||||||    
T  33253 ttggatcgtttacgtgtcaataattgtgtttaagtgatt 33291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 59 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 45801 - 45704
Alignment:
Q  59 atggttgaaaataacactttacatatttatgtccgatccattgaaatgtaatatttattaacttgtaatatcgtaatttgttcgaatttgtgttcata 156  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||| |||| || |||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||    
T  45801 atggttgaaaataacattttacatctttgtgtccgctccattgaagtgtaatatgtattgacgtgtaatagtgtaatatgttcgaatttgtgtccata 45704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University