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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF15671_low_1 (Length: 678)
Name: NF15671_low_1
Description: NF15671
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15671_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 625; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 625; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 43087292 - 43086640
Alignment:
| Q |
18 |
gttatgagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatg |
117 |
Q |
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| T |
43087292 |
gttatgagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatg |
43087193 |
T |
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| Q |
118 |
gttacttgcttgctatacaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcaattattattaatacactaata |
217 |
Q |
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| T |
43087192 |
gttacttgcttgctatacaagttaactctctaagtaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcagttattattaatacactaata |
43087093 |
T |
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| Q |
218 |
atctcaacgataaaatcggcatctactatgatcgtcttgattcttacgtcacataccggagccaacaaattacttacagaaccgccatacctccgtcgta |
317 |
Q |
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| T |
43087092 |
atcccaacaataaaatcggtatctactacgatcgtcttgattcttacgtcacataccggagccaacaaattacttacagaaccgccatacctccgtcgta |
43086993 |
T |
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| Q |
318 |
tcagggacacaaagaggttgatgtttggtctccgtttgtttacggaacaaacgttccggtagctccatataactctgttgctcttagccaagaccaggat |
417 |
Q |
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| T |
43086992 |
tcagggacacaaagaggttgatgtttggtctccgtttgtttacggaacaaacgttccggtagctccatataactctgttgctcttagccaagaccaggat |
43086893 |
T |
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| Q |
418 |
aacggtaacgttcttgttgtcgttaaatttgatggtagggttaggtggaaggttggtgcttttatttctggtcattaccatatttttgttcgttgtcctg |
517 |
Q |
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| T |
43086892 |
aacggtaacgttcttgttgtcgttaaatttgatggtagggttaggtggaaggttggtgcttttatttctggtcattaccatatttttgttcgttgtcctg |
43086793 |
T |
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| Q |
518 |
cttttatcacatttggtccaagaagtaacggtattagcgtcggtgatagcggcgctgttaagtatcagattgttcaacggtgcactgtcagtgtttgata |
617 |
Q |
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| T |
43086792 |
cttttatcacgtttggtccaagaagtaacggtattagcgtcggtgatagcggcgctgttaagtatcagattgttcaacggtgcactgtcagtgtttgata |
43086693 |
T |
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| Q |
618 |
gtcaacgatgttgagtatattgtgtttcactccttcctctattcttctctgct |
670 |
Q |
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| T |
43086692 |
gtcaacgatgttgagtatattgtgtttcactccttcctctattcttctctgct |
43086640 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 621; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 43090963 - 43090311
Alignment:
| Q |
18 |
gttatgagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatg |
117 |
Q |
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| T |
43090963 |
gttatgagaagagagaataatggaaagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatg |
43090864 |
T |
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| Q |
118 |
gttacttgcttgctatacaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcaattattattaatacactaata |
217 |
Q |
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| T |
43090863 |
gttacttgcttgctatgcaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcagttattattaatacactaata |
43090764 |
T |
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| Q |
218 |
atctcaacgataaaatcggcatctactatgatcgtcttgattcttacgtcacataccggagccaacaaattacttacagaaccgccatacctccgtcgta |
317 |
Q |
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| T |
43090763 |
atcccaacaataaaatcggtatctactacgatcgtcttgattcttacgtcacataccggagccaacaaattacttacagaaccgccatacctccgtcgta |
43090664 |
T |
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| Q |
318 |
tcagggacacaaagaggttgatgtttggtctccgtttgtttacggaacaaacgttccggtagctccatataactctgttgctcttagccaagaccaggat |
417 |
Q |
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| T |
43090663 |
tcagggacacaaagaggttgatgtttggtctccgtttgtttacggaacaaacgttccggtagctccatataactctgttgctcttagccaagaccaggat |
43090564 |
T |
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| Q |
418 |
aacggtaacgttcttgttgtcgttaaatttgatggtagggttaggtggaaggttggtgcttttatttctggtcattaccatatttttgttcgttgtcctg |
517 |
Q |
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| T |
43090563 |
aacggtaacgttcttgttgtcgttaaatttgatggtagggttaggtggaaggttggtgcttttatttctggtcattaccatatttttgttcgttgtcctg |
43090464 |
T |
|
| Q |
518 |
cttttatcacatttggtccaagaagtaacggtattagcgtcggtgatagcggcgctgttaagtatcagattgttcaacggtgcactgtcagtgtttgata |
617 |
Q |
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| T |
43090463 |
cttttatcacgtttggtccaagaagtaacggtattagcgtcggtgatagcggcgctgttaagtatcagattgttcaacggtgcactgtcagtgtttgata |
43090364 |
T |
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| Q |
618 |
gtcaacgatgttgagtatattgtgtttcactccttcctctattcttctctgct |
670 |
Q |
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| T |
43090363 |
gtcaacgatgttgagtatattgtgtttcactccttcctctattcttctctgct |
43090311 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 216 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 43076867 - 43076413
Alignment:
| Q |
216 |
taatctcaacgataaaatcggcatctactatgatcgtcttgattcttacgtcacataccggagccaacaaattacttacagaaccgccatacctccgtcg |
315 |
Q |
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||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
43076867 |
taatcccaacgataaaattggtatctactacgatcgtcttgattcttacgtcacataccggagccaacaaattacttacagaaccgccatacctccgtcg |
43076768 |
T |
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| Q |
316 |
tatcagggacacaaagaggttgatgtttggtctccgtttgtttacggaacaaacgttccggtagctccatataactctgttgctcttagccaagaccagg |
415 |
Q |
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| T |
43076767 |
tatcagggacacaaagaggttgatgtttggtctccgtttgtttacggaacaaacgttccggtagctccatataactctgttgctcttagccaagaccagg |
43076668 |
T |
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| Q |
416 |
ataacggtaacgttcttgttgtcgttaaatttgatggtagggttaggtggaaggttggtgcttttatttctggtcattaccatatttttgttcgttgtcc |
515 |
Q |
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| T |
43076667 |
ataacggtaacgttcttgttgtcgttaaatttgatggtagggttaggtggaaggttggtgcttttatttctggtcattaccatatttttgttcgttgtcc |
43076568 |
T |
|
| Q |
516 |
tgcttttatcacatttggtccaagaagtaacggtattagcgtcggtgatagcggcgctgttaagtatcagattgttcaacggtgcactgtcagtgtttga |
615 |
Q |
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| T |
43076567 |
tgcttttatcacgtttggtccaagaagtaacggtattagcgtcggtgatagcggcgctgttaagtatcagattgttcaacggtgcactgtcagtgtttga |
43076468 |
T |
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| Q |
616 |
tagtcaacgatgttgagtatattgtgtttcactccttcctctattcttctctgct |
670 |
Q |
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|
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| T |
43076467 |
tagtcaacgatgttgagtatattgtgtttcactccttcctctattcttctctgct |
43076413 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 35894606 - 35894405
Alignment:
| Q |
18 |
gttatgagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatg |
117 |
Q |
| |
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|
| T |
35894606 |
gttatgagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatg |
35894507 |
T |
|
| Q |
118 |
gttacttgcttgctatacaagttaactctctaactaataggaaaaatt-aaaacaaacttaaccaaattagttacaagcaattattattaatacactaat |
216 |
Q |
| |
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| T |
35894506 |
gttacttgcttgttatgcaagttaactctctaactaatagaaaaaattaaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcagttattattaatacactgat |
35894407 |
T |
|
| Q |
217 |
aa |
218 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
35894406 |
aa |
35894405 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 7e-88
Query Start/End: Original strand, 18 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 35898741 - 35898541
Alignment:
| Q |
18 |
gttatgagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatg |
117 |
Q |
| |
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|
| T |
35898741 |
gttatgagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgcttattagttatcaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatg |
35898642 |
T |
|
| Q |
118 |
gttacttgcttgctatacaagttaactctctaactaataggaaaaatt-aaaacaaacttaaccaaattagttacaagcaattattattaatacactaat |
216 |
Q |
| |
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| T |
35898641 |
gttacttgcttgttatgcaagttaactctctaactaataggacaaattaaaaacaaacttaaccaaattacttacaagcagttattattaatacactaat |
35898542 |
T |
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| Q |
217 |
a |
217 |
Q |
| |
|
| |
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| T |
35898541 |
a |
35898541 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 219
Target Start/End: Original strand, 26023233 - 26023434
Alignment:
| Q |
18 |
gttatgagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatg |
117 |
Q |
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| T |
26023233 |
gttatgagaagagagaataatggatagaatttttgtgtaatgtgaatgttattcattagtaatgaggttcataattacaaaaccttttataggcaaaatg |
26023332 |
T |
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| Q |
118 |
gttacttgcttgctatacaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcaattattattaatacactaata |
217 |
Q |
| |
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|
|
| T |
26023333 |
gttacttgcttgctatgcaagttaactctctaactaataggaaaattaaaaacaaacttaaccctattagttacatgcagttattattaatacactaata |
26023432 |
T |
|
| Q |
218 |
at |
219 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
26023433 |
at |
26023434 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 184; Significance: 3e-99; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 217
Target Start/End: Original strand, 11748778 - 11748977
Alignment:
| Q |
18 |
gttatgagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatg |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11748778 |
gttatgagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatg |
11748877 |
T |
|
| Q |
118 |
gttacttgcttgctatacaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcaattattattaatacactaata |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
11748878 |
gttacttgcttgctatgcaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaactaaattagttacaagcagttattattagtacactaata |
11748977 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 25810213 - 25810014
Alignment:
| Q |
18 |
gttatgagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatg |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25810213 |
gttatgagaagagagaatgagggatagaattattgtgtaatgtgaatattattcattagttatgaggttcacaattacaaagccttttataggcaaaatg |
25810114 |
T |
|
| Q |
118 |
gttacttgcttgctatacaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcaattattattaatacactaata |
217 |
Q |
| |
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|
|
| T |
25810113 |
gttacttgcttgctatgcaagttaactctctaactaataggaaaattaaaaacaaatttaacaatattagttatatgcagttattattaatacactaata |
25810014 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 180; Significance: 7e-97; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 18 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 3461916 - 3461717
Alignment:
| Q |
18 |
gttatgagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatg |
117 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
3461916 |
gttatgagaagagagaataatggagagaattactgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagtcttttataggcaaaatg |
3461817 |
T |
|
| Q |
118 |
gttacttgcttgctatacaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcaattattattaatacactaata |
217 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
3461816 |
gttacttgcttgctatgcaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaaacagttattattaatacactaata |
3461717 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 171; Significance: 2e-91; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 19 - 217
Target Start/End: Original strand, 43305424 - 43305622
Alignment:
| Q |
19 |
ttatgagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatgg |
118 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
43305424 |
ttatgagaagagagaacaatggagataattattgtgtaatgtgaatattgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatgg |
43305523 |
T |
|
| Q |
119 |
ttacttgcttgctatacaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcaattattattaatacactaata |
217 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
43305524 |
ttacttacttgctatgcaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcagttattattaatacagtaata |
43305622 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 26 - 112
Target Start/End: Original strand, 6681680 - 6681766
Alignment:
| Q |
26 |
aagagagaataatggagagaat-tattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttt-tataggca |
112 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
6681680 |
aagagagaataatggagagaatatatt-tgtaatgtgaatgttattcattagttatgagtttcacaa-tacaaagcctttatataggca |
6681766 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 162; Significance: 4e-86; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 24 - 217
Target Start/End: Original strand, 50778117 - 50778310
Alignment:
| Q |
24 |
agaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttact |
123 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
50778117 |
agaagagagaataatggggagaattattgtgtaatgtgaatattgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggtcact |
50778216 |
T |
|
| Q |
124 |
tgcttgctatacaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcaattattattaatacactaata |
217 |
Q |
| |
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| T |
50778217 |
tgcttgcaatgcaagttaactctctaactaatagaaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagaagttattattaatacactaata |
50778310 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 9e-78
Query Start/End: Original strand, 18 - 185
Target Start/End: Original strand, 50781216 - 50781383
Alignment:
| Q |
18 |
gttatgagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatg |
117 |
Q |
| |
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| T |
50781216 |
gttatgagaagagagaataatggggagaattattgtgtaatgtgaatattgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttatagacaaaatg |
50781315 |
T |
|
| Q |
118 |
gttacttgcttgctatacaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaatt |
185 |
Q |
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| T |
50781316 |
gttacttgcttgctatgcaagttaactctctaactaataggaaaaactaaaacaaacttaaccaaatt |
50781383 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 217 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 25247650 - 25247505
Alignment:
| Q |
217 |
aatctcaacgataaaatcggcatctactatgatcgtcttgattcttacgtcacataccggagccaacaaattacttacagaaccgccatacctccgtcgt |
316 |
Q |
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| T |
25247650 |
aatcccaacgataacatcggtgtatactacgatcgtctcgatacttacatgacctaccggagccaacagattactctccggaccgccataccgccttctt |
25247551 |
T |
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| Q |
317 |
atcagggacacaaagaggttgatgtttggtctccgtttgtttacgg |
362 |
Q |
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| T |
25247550 |
accaaggtcacaatgagtatgacgtttggtctccgtttgtttacgg |
25247505 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 466 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 25247401 - 25247347
Alignment:
| Q |
466 |
aaggttggtgcttttatttctggtcattaccatatttttgttcgttgtcctgctt |
520 |
Q |
| |
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| T |
25247401 |
aaggttggtgcttttatttctggtcgttatcatatacatgttcgttgccctgctt |
25247347 |
T |
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