View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15672_high_16 (Length: 445)

Name: NF15672_high_16
Description: NF15672
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15672_high_16
NF15672_high_16
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-435)||(30719424-30719858)
chr4 (1-435)||(30881501-30881935)
chr4 (9-435)||(44730868-44731294)
chr4 (9-435)||(16867255-16867681)
chr4 (11-435)||(30892584-30893008)
chr4 (73-125)||(31185268-31185320)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (9-435)||(8899116-8899542)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (13-434)||(31727275-31727696)
chr2 (85-149)||(4744895-4744959)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 435
Target Start/End: Original strand, 30719424 - 30719858
Alignment:
Q  1 tttggaggttaagcagtagggtaagatgcttccattgcaatgccacaaagtccttcggctgcatctacgcccctttgcatcctaatgtatccttcttcac 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30719424 tttggaagttaagcagtagggtaagatgcttccattgcaatgccacaaagtccttcggctgcatcgactcccctttgcatcttaatgtatccttcttcac 30719523  T
Q  101 cccaatcagttccccatgaattcttaaccaaccaatacttagttccatcattaccgacaccataacctacgactgtgacaccttgtgccaattcagttcc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||| ||||||||    
T  30719524 cccaatcagttccccatgaattcttaaccaaccaatacttggttccatcattaccgacaccataacctacggctgtgacaccatggtccaactcagttcc 30719623  T
Q  201 acttgaaccagtaaagacgccactttttcaaaacccaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaaagtggttgatttgccacagctttctgcagt 300  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30719624 acatgaaccagtaaagacaccacttttgtaaaactgaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaaattggttgatttgccacagctttctgcagt 30719723  T
Q  301 gcctgctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtaactgcatggatggatgctttatttgcactgcaagttccatcaacaccttgataag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  30719724 gcctgctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatagtaactgcatggatggatgctttgtttgcactgcaagttccgtcaacaccttgatagg 30719823  T
Q  401 gatattgagcttcagtgttgagtccatgattttga 435  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30719824 ggtattgagcttcagtgttgagtccatgattttga 30719858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 30881935 - 30881501
Alignment:
Q  1 tttggaggttaagcagtagggtaagatgcttccattgcaatgccacaaagtccttcggctgcatctacgcccctttgcatcctaatgtatccttcttcac 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30881935 tttggaagttaagcagtagggtaagatgcttccattgcaatgccacaaagtccttcggctgcatcgactcccctttgcatcttaatgtatccttcttcac 30881836  T
Q  101 cccaatcagttccccatgaattcttaaccaaccaatacttagttccatcattaccgacaccataacctacgactgtgacaccttgtgccaattcagttcc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||| ||||||||    
T  30881835 cccaatcagttccccatgaattcttaaccaaccaatacttggttccatcattaccgacaccataacctacggctgtgacaccatggtccaactcagttcc 30881736  T
Q  201 acttgaaccagtaaagacgccactttttcaaaacccaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaaagtggttgatttgccacagctttctgcagt 300  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30881735 acatgaaccagtaaagacaccacttttgtaaaactgaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaaattggttgatttgccacagctttctgcagt 30881636  T
Q  301 gcctgctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtaactgcatggatggatgctttatttgcactgcaagttccatcaacaccttgataag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  30881635 gcctgctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatagtaactgcatggatggatgctttgtttgcactgcaagttccgtcaacaccttgatagg 30881536  T
Q  401 gatattgagcttcagtgttgagtccatgattttga 435  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30881535 ggtattgagcttcagtgttgagtccatgattttga 30881501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 9 - 435
Target Start/End: Original strand, 44730868 - 44731294
Alignment:
Q  9 ttaagcagtagggtaagatgcttccattgcaatgccacaaagtccttcggctgcatctacgcccctttgcatcctaatgtatccttcttcaccccaatca 108  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44730868 ttaagcagtagggtaagatgcttgcattgcaatgccacagagtccttcagcggcatccactcccctttgcatcctaatgtatccttcttcgccccaatca 44730967  T
Q  109 gttccccatgaattcttaaccaaccaatacttagttccatcattaccgacaccataacctacgactgtgacaccttgtgccaattcagttccacttgaac 208  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||| ||  |||| || ||||||| |||||    
T  44730968 gttccccatgagttcttaaccaaccaatacttggttccatcattaccgacaccataacccacagcggtgacaccatgatccaactcggttccacatgaac 44731067  T
Q  209 cagtaaagacgccactttttcaaaacccaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaaagtggttgatttgccacagctttctgcagtgcctgctc 308  Q
    || ||||||| || |||||  ||||   ||||||||| |||||||||||||| || || ||||  ||||||||||| |||||||| |||| |||||||||    
T  44731068 cactaaagacaccgcttttgtaaaattgaaagtcagatccactagcatcaatggcaacagaaataggttgatttgcgacagctttttgcaatgcctgctc 44731167  T
Q  309 attgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtaactgcatggatggatgctttatttgcactgcaagttccatcaacaccttgataaggatattga 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| |||       
T  44731168 attgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtagctgcatgaatggacgctttgtttgcattgcatgttccgtcaacaccttgataagggtatgcg 44731267  T
Q  409 gcttcagtgttgagtccatgattttga 435  Q
    ||||||||  | ||||| |||||||||    
T  44731268 gcttcagtactaagtccgtgattttga 44731294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 9 - 435
Target Start/End: Original strand, 16867255 - 16867681
Alignment:
Q  9 ttaagcagtagggtaagatgcttccattgcaatgccacaaagtccttcggctgcatctacgcccctttgcatcctaatgtatccttcttcaccccaatca 108  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||     
T  16867255 ttaagcagtagggtatgatgcttgcattgcaatgccacaaagtccttcagcagcatcaacacctctttgcatcataatgtatccttcttcaccccattcg 16867354  T
Q  109 gttccccatgaattcttaaccaaccaatacttagttccatcattaccgacaccataacctacgactgtgacaccttgtgccaattcagttccacttgaac 208  Q
    |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| | || ||||| ||  |||| |||||||| | |||||    
T  16867355 gttccccaagagtttttaaccaaccaatacttagttccatcattactaacaccataacccacggcggtaacaccatgatccaactcagttccgcatgaac 16867454  T
Q  209 cagtaaagacgccactttttcaaaacccaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaaagtggttgatttgccacagctttctgcagtgcctgctc 308  Q
    |||||||||||||||||||  | ||   |||||| || |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||    
T  16867455 cagtaaagacgccacttttgtagaattgaaagtcggaaccactagcatcaatggctacggaaatcggttgattagccactgctttttgtagtgcctgctc 16867554  T
Q  309 attgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtaactgcatggatggatgctttatttgcactgcaagttccatcaacaccttgataaggatattga 408  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||  |||| || || ||||||||||||||||| || |      
T  16867555 attgttggtcgggacatcttcatacccagtaatggtaactgcattgatggatcctttgtttgcgttgcatgtcccgtcaacaccttgataagggtagttg 16867654  T
Q  409 gcttcagtgttgagtccatgattttga 435  Q
    ||||| || || |||||||||||||||    
T  16867655 gcttcggtatttagtccatgattttga 16867681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 11 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 30893008 - 30892584
Alignment:
Q  11 aagcagtagggtaagatgcttccattgcaatgccacaaagtccttcggctgcatctacgcccctttgcatcctaatgtatccttcttcaccccaatcagt 110  Q
    ||||||| || ||||||||   |||||||||||||||||||||||  || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  30893008 aagcagtgggataagatgccatcattgcaatgccacaaagtccttgagcagcatctacgctcctttgcatcctaatgtatccttcttcaccccaatcatt 30892909  T
Q  111 tccccatgaattcttaaccaaccaatacttagttccatcattaccgacaccataacctacgactgtgacaccttgtgccaattcagttccacttgaacca 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |  |||||||| ||  | || ||||| ||  |||| | ||| |||| |||||||    
T  30892908 tccccatgaattcttaaccaaccaatacttggttccatcattactaatgccataacccacagcagtaacaccatgatccaactgagtaccacatgaacca 30892809  T
Q  211 gtaaagacgccactttttcaaaacccaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaaagtggttgatttgccacagctttctgcagtgcctgctcat 310  Q
    || ||||| ||||||||  ||||    || || || ||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||| | |||||    
T  30892808 gtgaagacaccacttttgtaaaattggaaatcggagccactcgcatcaatggctacggaaattggttgattagccactgctttttgcagtgcattctcat 30892709  T
Q  311 tgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtaactgcatggatggatgctttatttgcactgcaagttccatcaacaccttgataaggatattgagc 410  Q
    |||| || |||||||||||||| || | ||| ||| | ||| || | || | || |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  30892708 tgtttgccgggacatcttcatatccagcaatagtagcagcaggggttgaagtttcatttgcactgcaagttccgtcaacaccttgataggggtattgagc 30892609  T
Q  411 ttcagtgttgagtccatgattttga 435  Q
    |||||||| ||||||||||||||||    
T  30892608 ttcagtgtggagtccatgattttga 30892584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 73 - 125
Target Start/End: Original strand, 31185268 - 31185320
Alignment:
Q  73 ctttgcatcctaatgtatccttcttcaccccaatcagttccccatgaattctt 125  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  31185268 ctttgcatccttatgtaccctttttcaccccacacagtgccccatgaattctt 31185320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 9 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 8899542 - 8899116
Alignment:
Q  9 ttaagcagtagggtaagatgcttccattgcaatgccacaaagtccttcggctgcatctacgcccctttgcatcctaatgtatccttcttcaccccaatca 108  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||| || || || || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  8899542 ttaagcagtagggtaagatgcctgcattgcaatgccacagagcccttcagcagcttcaactcccctttgcatcataatgtaaccttcttcaccccaatca 8899443  T
Q  109 gttccccatgaattcttaaccaaccaatacttagttccatcattaccgacaccataacctacgactgtgacaccttgtgccaattcagttccacttgaac 208  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||| ||  |||| |||||||| | |||||    
T  8899442 gttccccatgagttcttaaccaaccaatacttggttccatcattactgacaccataacctacggcagtgacaccgtgatccaactcagttccgcatgaac 8899343  T
Q  209 cagtaaagacgccactttttcaaaacccaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaaagtggttgatttgccacagctttctgcagtgcctgctc 308  Q
    | ||||| || ||||||||  ||||   ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  8899342 cggtaaatacaccacttttgtaaaattgaaagtcagagccactagcatcaattgctacagaaattggttgatttgccactgctttttgcagtgcttgctc 8899243  T
Q  309 attgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtaactgcatggatggatgctttatttgcactgcaagttccatcaacaccttgataaggatattga 408  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||| || |||||||||||||||||| | || |||||||||||||| ||||| || ||||||    
T  8899242 attgttggcaggaacatcttcatacccggtaatagtagttgcttgaatggatgctttatttgcattacatgttccatcaacaccctgataggggtattga 8899143  T
Q  409 gcttcagtgttgagtccatgattttga 435  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  8899142 gcttcagtgttgagtccatgattttga 8899116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 13 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 31727696 - 31727275
Alignment:
Q  13 gcagtagggtaagatgcttccattgcaatgccacaaagtccttcggctgcatctacgcccctttgcatcctaatgtatccttcttcaccccaatcagttc 112  Q
    ||||| || ||||||| || ||||||||||||||| |||||||| |  ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||    
T  31727696 gcagttggataagatggttgcattgcaatgccacatagtccttctgaagcatccacacccctttgcatcctaatgtacccttcttcaccccattgagttc 31727597  T
Q  113 cccatgaattcttaaccaaccaatacttagttccatcattaccgacaccataacctacgactgtgacaccttgtgccaattcagttccacttgaaccagt 212  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||  |||| | ||| |||||||||||||| || |  ||||| ||  |||| |||||||||| |||||||||    
T  31727596 cccatgaattcttcaccaaccaatactcagtctcatcttcaccaacaccataacctacaacagctacaccatgatccaactcagttccacatgaaccagt 31727497  T
Q  213 aaagacgccactttttcaaaacccaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaaagtggttgatttgccacagctttctgcagtgcctgctcattg 312  Q
    ||| || ||||||||  ||||    |||||||| |||||||||||||| || || ||||  |||||||| || || ||||| |||| |||||||||||      
T  31727496 aaatacaccacttttgtaaaattggaagtcagagccactagcatcaatggccaccgaaaccggttgattagctacggctttttgcaatgcctgctcatca 31727397  T
Q  313 ttggcagggacatcttcatacccggtaatggtaactgcatggatggatgctttatttgcactgcaagttccatcaacaccttgataaggatattgagctt 412  Q
    ||  | |||||||  || ||||||| ||||||  | |||  | ||  | ||| | ||  | |||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  31727396 tttacggggacattctcgtacccggaaatggttgcagcagagctgcctacttcagttttattgcatgttccatcaacaccttgataagggtattcagctt 31727297  T
Q  413 cagtgttgagtccatgattttg 434  Q
    ||||| | ||||||| ||||||    
T  31727296 cagtgctaagtccattattttg 31727275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 85 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 4744959 - 4744895
Alignment:
Q  85 atgtatccttcttcaccccaatcagttccccatgaattcttaaccaaccaatacttagttccatc 149  Q
    ||||| ||||||||||||||| |  | ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4744959 atgtagccttcttcaccccaacctttaccccaagaattcttaatcaaccaatacttagttccatc 4744895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University