View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15678_low_2 (Length: 619)

Name: NF15678_low_2
Description: NF15678
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15678_low_2
NF15678_low_2
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (22-566)||(16232279-16232826)
chr2 (22-579)||(34690938-34691490)
chr2 (22-579)||(34713350-34713902)
chr2 (299-579)||(33861221-33861504)
chr2 (133-205)||(33861059-33861131)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (246-604)||(1846728-1847085)
chr8 (246-570)||(4620026-4620346)
chr8 (301-579)||(4787130-4787408)
chr8 (292-570)||(4297851-4298129)
chr8 (22-102)||(4297574-4297654)
chr8 (17-105)||(4619776-4619861)
chr8 (123-198)||(4787457-4787535)
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (246-604)||(7890639-7890993)
chr1 (113-570)||(38137489-38137945)
chr1 (246-574)||(7888404-7888728)
chr1 (123-604)||(45993087-45993567)
chr1 (20-579)||(45983332-45983892)
chr1 (123-554)||(43045657-43046087)
chr1 (123-554)||(43084085-43084515)
chr1 (123-554)||(43066320-43066750)
chr1 (123-554)||(3300941-3301370)
chr1 (123-496)||(43045204-43045576)
chr1 (179-579)||(51291885-51292280)
chr1 (246-579)||(40034320-40034647)
chr1 (246-507)||(43076481-43076737)
chr1 (18-96)||(40034809-40034885)
chr1 (123-198)||(40034689-40034767)
chr1 (68-104)||(43066782-43066818)
chr1 (68-104)||(43084017-43084053)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (134-554)||(4231691-4232107)
chr4 (469-568)||(19964623-19964722)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (307-554)||(7528735-7528982)
chr6 (138-554)||(7519364-7519776)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (246-466)||(16349475-16349691)
chr5 (493-579)||(16352207-16352293)
chr5 (111-198)||(16349337-16349427)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 426; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 566
Target Start/End: Original strand, 16232279 - 16232826
Alignment:
Q  22 gagtatttcggtgtagtggcatccatctgtgaagatagatgttaataattattacttatataaatgaattataaaaataataatcagatgctgaaaatgt 121  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16232279 gagtatttcggtgtagtggcattcatctgtgaagatagatgttaataattattacttatataaatgaattataaaaataataatcagatgctgaaaatgt 16232378  T
Q  122 caataccttgttgcag---cagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgc 218  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16232379 caataccttgttgcagcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgc 16232478  T
Q  219 aaactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggca 318  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16232479 aaaccgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccgatgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggca 16232578  T
Q  319 tcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16232579 tcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccc 16232678  T
Q  419 aagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtaggtcaaatgacc 518  Q
    |||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| ||| |  ||| ||| ||  ||||| ||||||||||||||||||   |||||||||    
T  16232679 aagcatacttgaatgaacgcatcttcatctcagcagcttctttcccaagtgcctcaatggcactcttttgaatacctccaagcttgtaaagcaaatgacc 16232778  T
Q  519 agccgtcgttgccttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgtt 566  Q
     || || |||| |||||| || | ||||||||||||||| | ||||||    
T  16232779 ggcagtagttgacttcccagaattgacatgaccaataaagacaatgtt 16232826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 22 - 579
Target Start/End: Original strand, 34690938 - 34691490
Alignment:
Q  22 gagtatttcggtgtagtggcatccatctgtgaagatagatgttaataattattacttatataaatgaattataaaaataataatcagatgctgaaaa-tg 120  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||| |     
T  34690938 gagtatttgggtgtaatggcatccatctgcgaagatagatgttaataattaatacttatataaatgaattataaaaataat---caaatgctgaaaaata 34691034  T
Q  121 tcaataccttgttgcagcag---atcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttg 217  Q
    | ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  34691035 taaataccttgttgcagcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgaaggcaagaagagcatgttcccaggtctgaccattcttagaccaaccagctcg 34691134  T
Q  218 caaactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggc 317  Q
    |||||    |||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||| ||    
T  34691135 caaacctctagtagtcgaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggaggtcccggtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtccgggagc 34691230  T
Q  318 atcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacc 417  Q
    ||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34691231 atcaatgagagtgaagcagtacttggttgtctcaaacttgcata--gaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagcgttgagcttgtcaagcacc 34691328  T
Q  418 caagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtaggtcaaatgac 517  Q
    ||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| ||| |  ||| ||| ||  ||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  34691329 caagcatacttgaatgaacgcttcttcatctcagcagcttctttcccaagtgcctcaatggcactcttttcaatacctccaagcttgtaaatcaaatgac 34691428  T
Q  518 cagccgtcgttgccttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaataggaaacttt 579  Q
    ||||||| |||| |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||    
T  34691429 cagccgtagttgacttcccagagttgacatgaccaataaacacaatgttgatatgaaccttt 34691490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 22 - 579
Target Start/End: Original strand, 34713350 - 34713902
Alignment:
Q  22 gagtatttcggtgtagtggcatccatctgtgaagatagatgttaataattattacttatataaatgaattataaaaataataatcagatgctgaaaa-tg 120  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||| |     
T  34713350 gagtatttgggtgtaatggcatccatctgcgaagatagatgttaataattaatacttatataaatgaattataaaaataat---caaatgctgaaaaata 34713446  T
Q  121 tcaataccttgttgcagcag---atcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttg 217  Q
    | ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  34713447 taaataccttgttgcagcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgaaggcaagaagagcatgttcccaggtctgaccattcttagaccaaccagctcg 34713546  T
Q  218 caaactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggc 317  Q
    |||||    |||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||| ||    
T  34713547 caaacctctagtagtcgaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggaggtcccggtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtccgggagc 34713642  T
Q  318 atcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacc 417  Q
    ||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34713643 atcaatgagagtgaagcagtacttggttgtctcaaacttgcata--gaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagcgttgagcttgtcaagcacc 34713740  T
Q  418 caagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtaggtcaaatgac 517  Q
    ||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| ||| |  ||| ||| ||  ||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  34713741 caagcatacttgaatgaacgcttcttcatctcagcagcttctttcccaagtgcctcaatggcactcttttcaatacctccaagcttgtaaatcaaatgac 34713840  T
Q  518 cagccgtcgttgccttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaataggaaacttt 579  Q
    ||||||| |||| |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||    
T  34713841 cagccgtagttgacttcccagagttgacatgaccaataaacacaatgttgatatgaaccttt 34713902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 299 - 579
Target Start/End: Original strand, 33861221 - 33861504
Alignment:
Q  299 aatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagc 398  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||  ||| | | ||||| | |||||||||| || | ||| |||| |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  33861221 aatccctgtgtccaggggcatcaatgacagtgtaccggtactggtttgtctcaaaattacgcatagaaacgtcaatggagatacctctttcacgctcagc 33861320  T
Q  399 cttgagcttgtcaagcacccaa---gcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacct 495  Q
    || |||||||||||| ||||||   |||||||||||||||| | |||  |||| ||||||||||| |||||  || || ||||||| ||| ||||||| |    
T  33861321 ctcgagcttgtcaagaacccaattagcatacttgaatgaacacttgtcgatctgagcagcttcttcctcaagactgtcaatgacatgcttgtcaatacat 33861420  T
Q  496 ccaagcttgtaggtcaaatgaccagccgtcgttgccttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaataggaaacttt 579  Q
    |||||||||| |  ||||||||| |  || |||| |||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  33861421 ccaagcttgtggagcaaatgaccggttgtggttgacttcccagagtcaacatgaccaataaccacaatgttaatatgaaacttt 33861504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 133 - 205
Target Start/End: Original strand, 33861059 - 33861131
Alignment:
Q  133 tgcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttaga 205  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||||| | || || || |||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  33861059 tgcagcagatcatttgaggcacaccaagagtgcaggcgagaagggcatgttcacgggtctgaccatgcttaga 33861131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 246 - 604
Target Start/End: Original strand, 1846728 - 1847085
Alignment:
Q  246 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 345  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||   | | ||||||    
T  1846728 agaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggtt 1846823  T
Q  346 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgttta 445  Q
    ||||||||||| || |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1846824 gtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgttta 1846923  T
Q  446 tctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtaggtcaaatgaccagccgtcgttgccttcccggagtcgac 545  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1846924 tctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgac 1847023  T
Q  546 atg---accaataaacagaatgttaataggaaactttcccctactcatcagtccttcaactt 604  Q
    |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1847024 atgaccaccaataaacagaatgttaataggaaactttcccctactcatcagtccttcaactt 1847085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 246 - 570
Target Start/End: Original strand, 4620026 - 4620346
Alignment:
Q  246 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 345  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  4620026 agaacagcacagtcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaa----tgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggtt 4620121  T
Q  346 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgttta 445  Q
    |||||||||||| |||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||    
T  4620122 gtctcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgttta 4620221  T
Q  446 tctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtaggtcaaatgaccagccgtcgttgccttcccggagtcgac 545  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||    
T  4620222 tctcagcggcttctttctcaaatcgctcaatgacatcctttttaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagcagtggttgacttcccagagtcgac 4620321  T
Q  546 atgaccaataaacagaatgttaata 570  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||    
T  4620322 atgaccaataaacacaatattaata 4620346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 301 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 4787408 - 4787130
Alignment:
Q  301 tccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagcct 400  Q
    |||||||||||||| ||||||||||  |||||   ||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||  |||||||||||||||| |||    
T  4787408 tccctgtgtccgggagcatcaatgacagtgcagttgtacttgtttgtctcaaacttggacatagaaatgtcaattgtggcacctctttcacgctcaccct 4787309  T
Q  401 tgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaag 500  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   ||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||||||    
T  4787308 tgagtttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaaggccagttagcctcataagcttctttctcaagtctctcaatgacatcctttccaatgcctccaag 4787209  T
Q  501 cttgtaggtcaaatgaccagccgtcgttgccttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaataggaaacttt 579  Q
    |||||||  ||||||| |||  || |||| ||||||||||| | | |||||||||| || |||||||||| ||| ||||    
T  4787208 cttgtagagcaaatgagcagtggtggttgacttcccggagttggcttgaccaataaccacaatgttaatacgaaccttt 4787130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 292 - 570
Target Start/End: Original strand, 4297851 - 4298129
Alignment:
Q  292 ttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcac 391  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||||||||   ||||   ||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||||||||  ||||||||||     
T  4297851 ttaatgcattccctatgtccgggggcatcaatgacaatgcagttgtacttgtttgtctcaaacttggacagagaaatgtcaattgtggcacctctttcat 4297950  T
Q  392 gctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaat 491  Q
    | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| || |||| | |||| || || ||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  4297951 ggtcagctttgagtttgtcaagtacccaagcatacttgaacgaaggcatgttaacctcaacatctactttctcaagtctctcaatgacatccttttcaat 4298050  T
Q  492 acctccaagcttgtaggtcaaatgaccagccgtcgttgccttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaata 570  Q
     ||||| || ||||||  ||||||| |||  || |||| ||||||||||| | |||| ||||||| || ||||||||||    
T  4298051 gcctccgagtttgtagagcaaatgagcagtagtggttgacttcccggagttggcatggccaataaccacaatgttaata 4298129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 22 - 102
Target Start/End: Original strand, 4297574 - 4297654
Alignment:
Q  22 gagtatttcggtgtagtggcatccatctgtgaagatagatgttaataattattacttatataaatgaattataaaaataat 102  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  4297574 gagtatttgggtgtagtggcatccatctgtgaagatagatgatgataattagtatttatacaaatgaattataaaaataat 4297654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 17 - 105
Target Start/End: Original strand, 4619776 - 4619861
Alignment:
Q  17 acttagagtatttcggtgtagtggcatccatctgtgaagatagatgttaataattattacttatataaatgaattataaaaataataat 105  Q
    |||| |||||||| |||| |||||||||||||| | ||||||||||   | ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4619776 acttggagtatttgggtgcagtggcatccatctatcaagatagatg---aaaattagtaattatataaatgaataataaaaataataat 4619861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 123 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 4787535 - 4787457
Alignment:
Q  123 aataccttgttgca---gcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccat 198  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||| |||| | ||||| |||||||||||   |||||||||||    
T  4787535 aataccttgttgcagcagcagatcatttgcttcacaccaacagtgaaggcaagaagagcatgttcaagggtctgaccat 4787457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 246 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 7890993 - 7890639
Alignment:
Q  246 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 345  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||||    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | | | ||||||    
T  7890993 agaacagcacagtcagcttcggacgctccagtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtccaggggcatcaatgagagtgcagcggaagttggtt 7890898  T
Q  346 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgttta 445  Q
    ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  7890897 gtctcaaacttccacagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaatgcctgttca 7890798  T
Q  446 tctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtaggtcaaatgaccagccgtcgttgccttcccggagtcgac 545  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7890797 tctcagcagcttctttctcaaatctatcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgac 7890698  T
Q  546 atgaccaataaacagaatgttaataggaaactttcccctactcatcagtccttcaactt 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  |||||| |||||    
T  7890697 atgaccaataaacagaatgttaataggaaactttggcctactcattggtccttaaactt 7890639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 113 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 38137945 - 38137489
Alignment:
Q  113 tgaaaatgtcaataccttgttgcagcag---atcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaa 209  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||   |||||||| | ||||||||||  | | ||||| |||||||||||  |||||||||| |||| |||  ||    
T  38137945 tgaaaatataaataccttgttgcagcagcagatcatttggcgcacaccaagaacgaatgcaagaagagcatgttcagaggtctgaccttcctgagaataa 38137846  T
Q  210 ccagcttgcaaactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgt 309  Q
    |||||||  |||||   ||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||    |||||||||||||    
T  38137845 ccagcttcaaaactaccagttgtggaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggacgtcccggtaatcatgttcttaat----gaaatccctgtgt 38137750  T
Q  310 ccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgt 409  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||  |||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38137749 ccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggtagtctcaaactttgacagagaaatgtcaatagtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgt 38137650  T
Q  410 caagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtaggt 509  Q
    | |||||||||||||||||||| ||  || |||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  38137649 cgagcacccaagcatacttgaacgatggcttgtttatctcagtagcttctttctcaagtctctcaatgacatccttttcaatacctccaagtttgtagat 38137550  T
Q  510 caaatgaccagccgtcgttgccttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaata 570  Q
    |||||||||||| || |||| |||||| ||||| ||||||||||||| || || |||||||    
T  38137549 caaatgaccagcagtagttgacttcccagagtcaacatgaccaataaccacaacgttaata 38137489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 246 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 7888728 - 7888404
Alignment:
Q  246 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 345  Q
    ||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||| ||    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||    
T  7888728 agaacagcacaatcagcttcagacgccccggtgatcatgttcttgat----gaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagcagtagctggtt 7888633  T
Q  346 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgttta 445  Q
    |||| |||||| || |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  7888632 gtctgaaacttccaaagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagtttgtcaagcacccaagcatacttgaataaacgtctgttta 7888533  T
Q  446 tctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtaggtcaaatgaccagccgtcgttgccttcccggagtcgac 545  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||| || ||    
T  7888532 tctcagcagcttctttctcaagtttctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagcagtggttgacttcccggaatcaac 7888433  T
Q  546 atgaccaataaacagaatgttaataggaa 574  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  7888432 atgaccaataaacagaaagttaagaggaa 7888404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 123 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 45993567 - 45993087
Alignment:
Q  123 aataccttgttgcagca---gatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgca 219  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||  |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| ||   ||| ||||  |    
T  45993567 aataccttgttgcagcaacagatcatttgattcacaccaagagtgaaggcaagaagagcatgttcacgagtctgaccatcctttgaaataccggcttcaa 45993468  T
Q  220 aactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcat 319  Q
    |||   ||||||||||||  ||||  ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||| |||||    
T  45993467 aaccacgagtagtggaatcaatgatgagaacagcacaatcagcttgggacgtcccggtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtccggaggcat 45993372  T
Q  320 caatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccca 419  Q
    ||||||  ||||| | ||||||| |||||||||||||  |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  45993371 caatgacagtgcagctgtacttgtttgtctcaaacttcgacaaagaactgtcaattgtgatacctctttcacgctcagtcttgagcttgtcaagcaccca 45993272  T
Q  420 agcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtaggtcaaatgacca 519  Q
    ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||| | ||||| |||||| |||| | | |||||||||    
T  45993271 agcatacttgaatgaacgcttgatcatctcagcagcttctttctcaagactctcgatgacactcttgtgaatacatccaagtttgtggatgaaatgacca 45993172  T
Q  520 gccgtcgttgccttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaataggaaactttcccctactcatcagtccttcaactt 604  Q
    |  || |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| |||| || ||  ||| ||||||| |||||    
T  45993171 gtagtggttgacttcccggagtcgacatgaccaataaccacaatgctaataggaaccttttccttatccattagtccttaaactt 45993087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 20 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 45983892 - 45983332
Alignment:
Q  20 tagagtatttcggtgtagtggcatccatctgtgaagatagatgttaataattattacttatataaatgaattataaaaataat-------aatc----ag 108  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||   | ||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||       ||||    ||    
T  45983892 tagagtatttaggtgtagtggcatccatctgtcggggtagatg---ataattagtacttatataaatgaattataaaaataatcaaatacaatcttaaag 45983796  T
Q  109 atgctgaaaatgtcaataccttgttgcagcag---atcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttaga 205  Q
      || |||||| | ||||||||||||||||||   ||||||||  |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||||||| | ||      
T  45983795 gggcggaaaatataaataccttgttgcagcagcagatcatttgattcacaccaagagtgaaggcaagaagagcatgttcacgggtctgaccattcata-- 45983698  T
Q  206 ccaaccagcttgcaaactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccct 305  Q
        || ||||  ||||    |||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||    |||||||||    
T  45983697 ----ccggcttcaaaaccaccagtagtggaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggacgttccggtgatcatgttcttaat----gaaatccct 45983606  T
Q  306 gtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagc 405  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||   ||||||| |||||||||||||  ||| || |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  45983605 gtgtccgggggcatcaatgacagtgcagttgtacttgtttgtctcaaacttcgacagggtaatgtcaattgtaacacctctttcacgttcagccttgagc 45983506  T
Q  406 ttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||  ||| | ||||| |||||| ||||    
T  45983505 ttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatcttagcagcttctttctcaagactctcaatgacactcttgtgaatacatccaagtttgt 45983406  T
Q  506 aggtcaaatgaccagccgtcgttgccttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaataggaaacttt 579  Q
     | ||||||||||||  || |||| |||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||    
T  45983405 ggatcaaatgaccagtagtggttgacttcccggagtccacatgaccaataaccacaatgttaatacgaaccttt 45983332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 123 - 554
Target Start/End: Original strand, 43045657 - 43046087
Alignment:
Q  123 aataccttgttgca---gcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgca 219  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||   ||| ||||  |    
T  43045657 aataccttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaa 43045756  T
Q  220 aactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcat 319  Q
    |||    |||||||||||  ||||  ||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||    
T  43045757 aaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaa----tgaaatccctgtgtccgggggcat 43045852  T
Q  320 caatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccca 419  Q
    | ||||  |||||  |||||||||||||||||||||| || |  | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  43045853 cgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggaccca 43045952  T
Q  420 agcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtaggtcaaatgacca 519  Q
     |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  43045953 ggcatacttgaatgaacgcttgttcatctcagcagcttctttctcaaacctctcaatgacacgcttgtcaatacctccaagcttgtagatcaagtgacca 43046052  T
Q  520 gccgtcgttgccttcccggagtcgacatgaccaat 554  Q
    |  || ||||  ||||| ||||||||||| |||||    
T  43046053 gtggtggttgatttcccagagtcgacatggccaat 43046087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 123 - 554
Target Start/End: Original strand, 43084085 - 43084515
Alignment:
Q  123 aataccttgttgca---gcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgca 219  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||   ||| ||||  |    
T  43084085 aataccttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaa 43084184  T
Q  220 aactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcat 319  Q
    |||    |||||||||||  ||||  ||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||    
T  43084185 aaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaa----tgaaatccctgtgtccgggggcat 43084280  T
Q  320 caatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccca 419  Q
    | ||||  |||||  |||||||||||||||||||||| || |  | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  43084281 cgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggaccca 43084380  T
Q  420 agcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtaggtcaaatgacca 519  Q
     |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  43084381 ggcatacttgaatgaacgcttgttcatctcagcagcttctttctcaaacctctctatgacacgcttgtcaatacctccaagcttgtagatcaagtgacca 43084480  T
Q  520 gccgtcgttgccttcccggagtcgacatgaccaat 554  Q
    |  || ||||  ||||| ||||| ||||| |||||    
T  43084481 gttgtggttgatttcccagagtcaacatggccaat 43084515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 123 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 43066750 - 43066320
Alignment:
Q  123 aataccttgttgca---gcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgca 219  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||   ||| ||||  |    
T  43066750 aataccttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaa 43066651  T
Q  220 aactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcat 319  Q
    |||    |||||||||||  ||||  ||||| ||||| ||||||| ||| || ||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||    
T  43066650 aaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtccgggggcat 43066555  T
Q  320 caatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccca 419  Q
    | ||||  |||||  |||||||||||||||||||||| || |  | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  43066554 cgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaagaaccca 43066455  T
Q  420 agcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtaggtcaaatgacca 519  Q
     |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||| |||||||||||||| |||||| | || ||||||    
T  43066454 ggcatacttgaatgaacgcttgttcatctcagcagcttctttctcaaacctctcaatgacacgcttgtcaatacctccaagtttgtagattaagtgacca 43066355  T
Q  520 gccgtcgttgccttcccggagtcgacatgaccaat 554  Q
    |  || |||| ||| || ||||||||||| |||||    
T  43066354 gtggtggttgacttgccagagtcgacatggccaat 43066320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 123 - 554
Target Start/End: Original strand, 3300941 - 3301370
Alignment:
Q  123 aataccttgttgcagcaga--tcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgcaa 220  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||| ||||| | |||||| |||||||| ||   ||| ||||  ||    
T  3300941 aataccttgttgcagcaaaaatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaagaagagcgtgttcacgggtctgcccatcctttgatataccggcttcaaa 3301040  T
Q  221 actgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatc 320  Q
    ||     ||||||||||  ||||  ||||||||||| ||||||| ||| || || || |||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||    
T  3301041 accaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaa----tgaaatccctgtgtccgggggcatc 3301136  T
Q  321 aatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaa 420  Q
    |||||  |||||  ||||||| || ||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  3301137 aatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacattcagccttgagcttgtcgagcacccaa 3301236  T
Q  421 gcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtaggtcaaatgaccag 520  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||  ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |    
T  3301237 gcatacttgaatgaacgcttgttcatctcagcagcttctttctcaaacctctcaatcacacgcttgtcaatacctccaagcttgtagatcaagtgaccgg 3301336  T
Q  521 ccgtcgttgccttcccggagtcgacatgaccaat 554  Q
      || |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3301337 tggtggttgacttcccggagtcgacatgaccaat 3301370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 123 - 496
Target Start/End: Original strand, 43045204 - 43045576
Alignment:
Q  123 aataccttgttgca---gcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgca 219  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||   ||| ||||  |    
T  43045204 aataccttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaa 43045303  T
Q  220 aactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcat 319  Q
    |||    |||||||||||  ||||  ||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||    
T  43045304 aaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaa----tgaaatccctgtgtccgggggcat 43045399  T
Q  320 caatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccca 419  Q
    | ||||  |||||  |||||||||||||||||||||| || |  | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  43045400 cgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggaccca 43045499  T
Q  420 agcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctc 496  Q
     |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||| ||||||||||    
T  43045500 ggcatacttgaatgaacgcttgttcatctcagcagcttctttctcaaacctctcaatgacacgcttgtcaatacctc 43045576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 160; E-Value: 6e-85
Query Start/End: Original strand, 179 - 579
Target Start/End: Original strand, 51291885 - 51292280
Alignment:
Q  179 atgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgcaaactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtg 278  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||  |||||||||  || | |  ||| |||||||  | ||  |||| | |||||||||||| | | | ||||| |    
T  51291885 atgttcaccggtctgaccatccttagaataaccagcttcaaacccgccagttgtggaatcaaggatgagaataacacagtcagcttggaacggcccggcg 51291984  T
Q  279 atcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtg 378  Q
    ||||||||||||||    ||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||| | |  |||||||||||||||    
T  51291985 atcatgttcttaat----gaaattcccatgtccgggggcatcaatgagagtgcaatagtacttgattgt-tcaaacttggatagagaaatgtcaattgtg 51292079  T
Q  379 atacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgatga 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||| |||||| |||     
T  51292080 atacctctttcacgctcagccttgaacttgtcaagcacccaagcatacgtgaatgaacgcatgttcatctcagtagcttctttctcaagtctctcaatgt 51292179  T
Q  479 catccttttcaatacctccaagcttgtaggtcaaatgaccagccgtcgttgccttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaataggaaactt 578  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  ||| ||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||    
T  51292180 cattcttgtcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagcagtatttgactttccatagtcgacatgaccaataaacacaatgttaatacgaacctt 51292279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 158; E-Value: 9e-84
Query Start/End: Original strand, 246 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 40034647 - 40034320
Alignment:
Q  246 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 345  Q
    ||||||||||||||||||  ||| || ||||| | ||||||||| ||    ||||||  ||||||||||||| |||||||| |||||   ||| ||||||    
T  40034647 agaacagcacagtcagctagggacgtgccggttaacatgttcttgat----gaaatc--tgtgtccgggggcgtcaatgagagtgcagtggtatttggtt 40034554  T
Q  346 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgttta 445  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| |    
T  40034553 gtctcaaacttggacatggaaatatcaattgtaacacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagtacccaagcatacttgaatgagcgcttgttca 40034454  T
Q  446 tctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtaggtcaaatgaccagccgtcgttgccttcccggagtcgac 545  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||| | || |||| |||||| ||||||||    
T  40034453 tctcagcagcttctttctcaaatttctcaatgacatcctttttaataccgccaagcttgtagatcaaatgaccaccagtggttgacttcccagagtcgac 40034354  T
Q  546 atgaccaataaacagaatgttaataggaaacttt 579  Q
    || ||||||||| |  ||||||||| ||| ||||    
T  40034353 attaccaataaatacgatgttaatatgaaccttt 40034320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 246 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 43076737 - 43076481
Alignment:
Q  246 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 345  Q
    |||| |||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||    ||||| | ||||||| ||| |||||||||    ||| |||| ||| |||    
T  43076737 agaagagcacaatcagcttgggacgtcccagtgatcatgttcttaat----gaaattcttgtgtcccgggacatcaatgacaacgcagcagttctttgtt 43076642  T
Q  346 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgttta 445  Q
    ||||||||||| || |  ||||| ||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||  | |    |    
T  43076641 gtctcaaacttccagagagaaatctcaatggt-atacctctttcacgttcagccctgagcttgtcaaggatccaggcatacttgactgaagtcttaccca 43076543  T
Q  446 tctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtag 507  Q
    | |||||||||||| |||||||  |||| ||||||  ||| |||| ||||||||| ||||||    
T  43076542 tttcagcagcttctatctcaaacttctcaatgacactcttgtcaacacctccaagtttgtag 43076481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 40034885 - 40034809
Alignment:
Q  18 cttagagtatttcggtgtagtggcatccatctgtgaagatagatgttaataattattactt-atataaatgaattataaa 96  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||   ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  40034885 cttagagtatttgggtgtagttgcatccatctgtcaagatagatg---ataattagtacttaatataaatgaactataaa 40034809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 123 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 40034767 - 40034689
Alignment:
Q  123 aataccttgttgca---gcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccat 198  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||  ||||||||||||| || ||||| |||||||||||   |||||||||||    
T  40034767 aataccttgttgcagcagcagatcatttgattcacaccaagagtataggcaagaagagcatgttcagtggtctgaccat 40034689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 68 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 43066818 - 43066782
Alignment:
Q  68 aattattacttatataaatgaattataaaaataataa 104  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43066818 aattagtacttaaataaatgaattataaaaataataa 43066782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 68 - 104
Target Start/End: Original strand, 43084017 - 43084053
Alignment:
Q  68 aattattacttatataaatgaattataaaaataataa 104  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43084017 aattagtacttaaataaatgaattataaaaataataa 43084053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 180; Significance: 7e-97; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 134 - 554
Target Start/End: Original strand, 4231691 - 4232107
Alignment:
Q  134 gcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgcaaactgagagtagtg 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| ||   ||||||||  ||||    ||| |||    
T  4231691 gcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgagtctgaccatccttggaaataccagcttcaaaaccaccagtggtg 4231790  T
Q  234 gaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaa 333  Q
    ||||  ||||  ||||||||||| ||||||| ||| || || || |||||||||||||    |||||||||||||||| |||||||||||||  |||||     
T  4231791 gaatcaatgatgagaacagcacaatcagcttgggatgtaccagtaatcatgttcttaa----tgaaatccctgtgtccaggggcatcaatgacagtgcag 4231886  T
Q  334 cagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatg 433  Q
     ||||||| || ||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  4231887 tagtacttagtggtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagaacccaagcatacttaaatg 4231986  T
Q  434 aacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtaggtcaaatgaccagccgtcgttgcctt 533  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||  ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||  || |||| |||    
T  4231987 aacgcttgttcatctcagcagcttctttctcaaacctctcaatcacacgcttgtcaatacctccaagcttgtagatcaagtgaccagtggtagttgactt 4232086  T
Q  534 cccggagtcgacatgaccaat 554  Q
    ||| ||||||||||| |||||    
T  4232087 cccagagtcgacatggccaat 4232107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 469 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 19964722 - 19964623
Alignment:
Q  469 ctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtaggtcaaatgaccagccgtcgttgccttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaa 568  Q
    ||||| |||||||  || ||||||  ||||||||||| | |||| |||||||  || |||| |||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||    
T  19964722 ctctcaatgacatggttgtcaatatatccaagcttgtggatcaagtgaccagtagtggttgacttcccagagtcaacatgaccaataaccacaatgttaa 19964623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 100; Significance: 4e-49; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 307 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 7528982 - 7528735
Alignment:
Q  307 tgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagct 406  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||  |||||||||| |||||||| || |||| || ||| || || || || |||||||||||||||||||| || |    
T  7528982 tgtccgggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaaggcaatatcgatggtaattcctctttcacgctcagccttaagtt 7528883  T
Q  407 tgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgta 506  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||| ||||||||    
T  7528882 tgtcaagaacccatgcatacttgaatgaacgcttgttcatctcagcagcttccttctcaaatctctcgatcacacgcttgtcaatacctcctagcttgta 7528783  T
Q  507 ggtcaaatgaccagccgtcgttgccttcccggagtcgacatgaccaat 554  Q
    | |||| |||||||  || ||||  || || ||||||||||| |||||    
T  7528782 gatcaagtgaccagttgttgttgattttccagagtcgacatgtccaat 7528735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 138 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 7519776 - 7519364
Alignment:
Q  138 cagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgcaaactgagagtagtggaat 237  Q
    |||||||| ||| |||| ||||||||  | ||||| |||||||| || | |||||| |||||||||||   ||||||||  ||||    ||| ||||| |    
T  7519776 cagatcatctgcttcactccaagagtaaatgcaagaagagcatgctcacgggtctgtccatccttagagataccagcttcaaaaccaccagtggtggagt 7519677  T
Q  238 tgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagt 337  Q
      ||||  || |||||||| ||||| | |||||| || || ||||||||||| ||    |||||| |  |||||||| ||||||||||  |||||  |||    
T  7519676 caatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgat----gaaatcacgatgtccgggagcatcaatgactgtgcagtagt 7519581  T
Q  338 acttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacg 437  Q
    ||||||| |||||||| || ||||  | ||| ||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| || |     
T  7519580 acttggtggtctcaaatttccacaaagcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgtacttgaaagacct 7519481  T
Q  438 cctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtaggtcaaatgaccagccgtcgttgccttcccg 537  Q
    | |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  ||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||  || ||||  || ||     
T  7519480 cttgttcatctcagcagcttccttctcgaatctctcgatcacacgcttgtcaatacctcctagcttgtagatcaagtgaccagttgttgttgattttcca 7519381  T
Q  538 gagtcgacatgaccaat 554  Q
    ||||||||||| |||||    
T  7519380 gagtcgacatgtccaat 7519364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 100; Significance: 4e-49; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 246 - 466
Target Start/End: Original strand, 16349475 - 16349691
Alignment:
Q  246 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 345  Q
    |||| |||||| ||||||| ||| ||||| || |||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||    
T  16349475 agaagagcacaatcagcttgggatgtcccagtaatcatgttcttaa----tgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgatagtgcagcggtacttggtt 16349570  T
Q  346 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgttta 445  Q
    |||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||  | ||||||    
T  16349571 gtctcaaaattcaacatagaattgtcaattgtgatacctctttcgcgctcagccttgagtttgtcaagaacccacgcatacttgaaagaatccttgttta 16349670  T
Q  446 tctcagcagcttctttctcaa 466  Q
     |||||||||||  |||||||    
T  16349671 actcagcagctttattctcaa 16349691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 493 - 579
Target Start/End: Original strand, 16352207 - 16352293
Alignment:
Q  493 cctccaagcttgtaggtcaaatgaccagccgtcgttgccttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaataggaaacttt 579  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| || || |||| |||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||    
T  16352207 cctccaagcttgtagaacaaatgaccggcggtggttgacttcccagagttgacatgaccaataaccacaatgttaatatgaaccttt 16352293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 111 - 198
Target Start/End: Original strand, 16349337 - 16349427
Alignment:
Q  111 gctgaaaatgtcaataccttgttgcag---cagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccat 198  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||   |||||||||||| | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||| | | |||||||||    
T  16349337 gctgaaaatatgaataccttgttgcagcagcagatcatttgcttgacaccaagagagtaagcatggagagcatgttcacggatctgaccat 16349427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University