View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15700_high_6 (Length: 222)

Name: NF15700_high_6
Description: NF15700
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15700_high_6
NF15700_high_6
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (10-216)||(222045-222251)
chr6 (10-214)||(14627086-14627289)
chr6 (10-214)||(35010350-35010553)
chr6 (10-214)||(14151402-14151605)
chr6 (10-130)||(15861667-15861787)
chr6 (10-134)||(1658804-1658928)
chr6 (10-214)||(27739937-27740140)
chr6 (10-130)||(1651044-1651164)
chr6 (42-214)||(1554940-1555110)
chr6 (119-214)||(16301184-16301278)
chr6 (42-155)||(29665158-29665269)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (10-214)||(223127-223330)
[»] scaffold0124 (1 HSPs)
scaffold0124 (10-214)||(36349-36552)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (10-214)||(23112103-23112306)
chr5 (5-214)||(34938376-34938584)
chr5 (10-214)||(29191220-29191423)
chr5 (5-214)||(23985411-23985619)
chr5 (35-214)||(25003802-25003980)
chr5 (49-214)||(2030766-2030930)
chr5 (5-93)||(22054880-22054968)
chr5 (5-93)||(18531916-18532004)
chr5 (76-147)||(32949999-32950069)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (10-214)||(14911024-14911227)
chr4 (17-151)||(7849135-7849268)
chr4 (5-93)||(31114764-31114852)
chr4 (5-93)||(15676003-15676091)
chr4 (5-93)||(10105278-10105366)
chr4 (119-214)||(55377879-55377973)
chr4 (117-145)||(8373536-8373564)
chr4 (117-145)||(19019495-19019523)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (10-214)||(32650538-32650741)
chr1 (10-130)||(45050626-45050746)
chr1 (10-127)||(41393399-41393515)
chr1 (117-145)||(20253351-20253379)
[»] scaffold0075 (1 HSPs)
scaffold0075 (10-208)||(24152-24349)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (12-214)||(23174598-23174800)
chr3 (10-130)||(15614005-15614125)
chr3 (10-130)||(15574986-15575106)
chr3 (42-214)||(18738727-18738898)
chr3 (53-214)||(51962283-51962443)
chr3 (96-214)||(17937116-17937233)
chr3 (124-214)||(18892878-18892967)
chr3 (124-214)||(18889651-18889741)
chr3 (10-93)||(47983897-47983980)
chr3 (10-93)||(47993184-47993267)
chr3 (10-93)||(48002471-48002554)
chr3 (10-93)||(48011757-48011840)
chr3 (5-127)||(17913409-17913533)
chr3 (42-151)||(11987276-11987384)
chr3 (115-214)||(54039725-54039823)
[»] scaffold0125 (1 HSPs)
scaffold0125 (5-151)||(34670-34816)
[»] scaffold0162 (1 HSPs)
scaffold0162 (5-214)||(9125-9333)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (10-151)||(7512896-7513037)
chr2 (49-202)||(32464882-32465034)
chr2 (10-150)||(25266346-25266484)
chr2 (5-93)||(24342495-24342583)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (10-134)||(16479923-16480047)
chr7 (10-153)||(13320241-13320384)
chr7 (10-214)||(47481975-47482178)
chr7 (10-127)||(26010286-26010402)
chr7 (42-214)||(15761265-15761435)
chr7 (119-214)||(7285610-7285705)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (10-134)||(6775215-6775339)
chr8 (10-130)||(24548165-24548285)
chr8 (42-214)||(18618243-18618413)
chr8 (117-145)||(17151202-17151230)
[»] scaffold0132 (1 HSPs)
scaffold0132 (10-214)||(12736-12939)
[»] scaffold0686 (1 HSPs)
scaffold0686 (49-214)||(7106-7270)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (49-214)||(167308-167472)
[»] scaffold0215 (1 HSPs)
scaffold0215 (10-122)||(17184-17295)
[»] scaffold0361 (1 HSPs)
scaffold0361 (12-151)||(2719-2856)
[»] scaffold0342 (1 HSPs)
scaffold0342 (49-151)||(1788-1890)
[»] scaffold1427 (1 HSPs)
scaffold1427 (167-214)||(1446-1493)
[»] scaffold0066 (1 HSPs)
scaffold0066 (117-214)||(53384-53479)
[»] scaffold0833 (1 HSPs)
scaffold0833 (119-151)||(2155-2187)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 10 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 222251 - 222045
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  222251 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 222152  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  222151 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 222052  T
Q  210 atgatgt 216  Q
    |||||||    
T  222051 atgatgt 222045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 10 - 214
Target Start/End: Original strand, 14627086 - 14627289
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14627086 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgaatgattatatggaagtatttgattgttag 14627185  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 209  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| | |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  14627186 ttgagtgttgaatgtaatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgacttggaaagtaggcaaatcatgtatttgatgtgaaattatgtgaaggtg 14627284  T
Q  210 atgat 214  Q
    |||||    
T  14627285 atgat 14627289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 10 - 214
Target Start/End: Original strand, 35010350 - 35010553
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35010350 agagagacgaacattgatgaaaatattcttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 35010449  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 209  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||  |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||     
T  35010450 ttgagttttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgacttggaaagtgagcaaatcatgtatttgatgtgaaattatgtgaaggta 35010548  T
Q  210 atgat 214  Q
    |||||    
T  35010549 atgat 35010553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 10 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 14151605 - 14151402
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  14151605 agagagacgaacattgatgaaaatattcttttaagccaatcaccttatcaatctctcatgtttagttttgtatgactatatggaagtatttgaatgatag 14151506  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 209  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| | |||  |||||||| ||| ||||||| |||||||| ||| ||    
T  14151505 ttaagtgtggaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctctttgcttggaatgtgagcaaatcatgtatttgatgtggaattatgtgaagatg 14151407  T
Q  210 atgat 214  Q
    |||||    
T  14151406 atgat 14151402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 10 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 15861787 - 15861667
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15861787 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagtattgtatgactatatggaagtatttgattgttag 15861688  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtt 130  Q
    |||||||||||||| ||||||    
T  15861687 ttgagtgttgaatgagatgtt 15861667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 134
Target Start/End: Original strand, 1658804 - 1658928
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1658804 agagagacgaacattgacgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttcgttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 1658903  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatc 134  Q
     |||||||||||| |||||||||||    
T  1658904 gtgagtgttgaatatgatgtttatc 1658928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 27740140 - 27739937
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||    
T  27740140 agagagacgaacattggtgaaaatatcctttaaggcaaatcaccttataaatctttcataattggttttgtatgactatatggaagtaatggattgatag 27740041  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 209  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||   |||| | |||  |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  27740040 ttgagtattgaatgtgatgtttatcttaaggtgacata-ttttcctctttatttggaatgtgagcaaatcatgtatttgatgtgaaattatgtgaaggtg 27739942  T
Q  210 atgat 214  Q
    |||||    
T  27739941 atgat 27739937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 10 - 130
Target Start/End: Original strand, 1651044 - 1651164
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1651044 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagtcaatcaccttataaatctttcatatttagtgttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 1651143  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtt 130  Q
    |||||| |||||| |||||||    
T  1651144 ttgagtattgaatatgatgtt 1651164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 42 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 1555110 - 1554940
Alignment:
Q  42 aagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggt 141  Q
    ||||||||  ||||||||||| |||||   | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||| || | |||||| |||||    
T  1555110 aagccaattgccttataaatctttcatgacttgttttgtatgactatatggaagtacttgattattaattgaatgttgaatgagaag-ttatctcaaggt 1555012  T
Q  142 gatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 214  Q
    |||||| ||||||| ||  ||||| | |||  |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  1555011 gatgta-ttttcctttttacttggaatgtgagcaaatcatgtaagtgatgtgaaattatgtgaaggtgatgat 1554940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 214
Target Start/End: Original strand, 16301184 - 16301278
Alignment:
Q  119 gaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 214  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||||  ||||| | |||  |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  16301184 gaatgtgatgtttatcttaagatgacgtatctt-cctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtaattgatgtgaaattatgtgaaggtgatgat 16301278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 42 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 29665269 - 29665158
Alignment:
Q  42 aagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggt 141  Q
    |||||||||  |||||||||| |||||   || |||||||| | |||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||| || | |||||| |||||    
T  29665269 aagccaatcgtcttataaatctttcatgactaattttgtataa-tatatggaagtacttgattattaattgaatgttgaatgagaag-ttatctcaaggt 29665172  T
Q  142 gatgtatttttcct 155  Q
    |||||||| |||||    
T  29665171 gatgtattcttcct 29665158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 169; Significance: 8e-91; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 8e-91
Query Start/End: Original strand, 10 - 214
Target Start/End: Original strand, 223127 - 223330
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  223127 agagagacaaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcatcttataaatccttcatatctagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 223226  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  223227 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgacttggaaagtgggcaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 223325  T
Q  210 atgat 214  Q
    |||||    
T  223326 atgat 223330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124 (Bit Score: 165; Significance: 2e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0124
Description:

Target: scaffold0124; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 10 - 214
Target Start/End: Original strand, 36349 - 36552
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  36349 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgaaagtatttgattgatag 36448  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 209  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36449 atgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgacttggaaagtgggcaaatcatatatctaatgtgaaattatgtaaaggtg 36547  T
Q  210 atgat 214  Q
    |||||    
T  36548 atgat 36552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 165; Significance: 2e-88; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 10 - 214
Target Start/End: Original strand, 23112103 - 23112306
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23112103 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatcgttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgatag 23112202  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 209  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23112203 atgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgacttggaaagtgagcaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 23112301  T
Q  210 atgat 214  Q
    |||||    
T  23112302 atgat 23112306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 5 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 34938584 - 34938376
Alignment:
Q  5 tgtcgagagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgatt 104  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34938584 tgtcaagagagacgaacattgatgaaaatatcctttaaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgatt 34938485  T
Q  105 gttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaa 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| |    
T  34938484 gttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgacttggaaagtgggcaaatcatgtatttgatgtgaaattatgtga 34938386  T
Q  205 aggtgatgat 214  Q
    ||||||||||    
T  34938385 aggtgatgat 34938376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 10 - 214
Target Start/End: Original strand, 29191220 - 29191423
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29191220 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgatggttag 29191319  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 209  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||| | |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  29191320 ttgagtattgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgacttgaaaagtaggcaaatcatgtatttgatgtgaaattatgtgaaggtg 29191418  T
Q  210 atgat 214  Q
    |||||    
T  29191419 atgat 29191423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 5 - 214
Target Start/End: Original strand, 23985411 - 23985619
Alignment:
Q  5 tgtcgagagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgatt 104  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23985411 tgtcaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcatcttataactctttcataattagttttgtatgactatatggaagtatatgatt 23985510  T
Q  105 gttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaa 204  Q
    | ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| | |||  |||||||| ||| |||| |||| |||||| |    
T  23985511 gatagttgagaattgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtatttgatatgaagttatgtga 23985609  T
Q  205 aggtgatgat 214  Q
    ||||||||||    
T  23985610 aggtgatgat 23985619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 35 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 25003980 - 25003802
Alignment:
Q  35 tccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatc 134  Q
    ||||||| ||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25003980 tcctttttagcaaattaccttataaatctttcataattagttttgtatgtctatatggaagtatttgattgatagttgagtattgaatgtgatgtttatc 25003881  T
Q  135 ttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 214  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||  ||||| | |||  |||||||| ||| |||| |||||||| || |||||||||||    
T  25003880 ttaaggtgacgta-ttttcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtatttgatatgaaattacgtgaaggtgatgat 25003802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 49 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 2030930 - 2030766
Alignment:
Q  49 tcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtat 148  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||| |||     
T  2030930 tcaccttataaatccttcataattgattttgtatgactatatggaagtattggattgatagttgaatatggaatgagatgtttatcttaaggtgacgta- 2030832  T
Q  149 ttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 214  Q
    || |||||||  ||||| | |||  |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  2030831 ttatcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtaattgatgtgaaattatgtgaaggtgatgat 2030766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 5 - 93
Target Start/End: Original strand, 22054880 - 22054968
Alignment:
Q  5 tgtcgagagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 93  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| | |||||||||||||||||| |||||    
T  22054880 tgtcaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttacgaatctttcttgtttagttttgtatgactaaatgga 22054968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 5 - 93
Target Start/End: Original strand, 18531916 - 18532004
Alignment:
Q  5 tgtcgagagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 93  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| | |||||||| ||||||||| |||||    
T  18531916 tgtcaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttacgaatctttcttgtttagtttcgtatgactaaatgga 18532004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 76 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 32950069 - 32949999
Alignment:
Q  76 tttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta 147  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||| || | |||||| |||||||||||    
T  32950069 tttgtatgactatatggaagtacttgattattaattgaatgttgaatgagaag-ttatctcaaggtgatgta 32949999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 165; Significance: 2e-88; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 10 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 14911227 - 14911024
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  14911227 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcactttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtaattgattgatag 14911128  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 209  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14911127 atgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgacttggaaagtgggcaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 14911029  T
Q  210 atgat 214  Q
    |||||    
T  14911028 atgat 14911024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 17 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 7849268 - 7849135
Alignment:
Q  17 tgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtg 116  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| |||||| ||  ||||| ||||||| |||||| ||||||||||    
T  7849268 tgaacgttaatgaaaatatccttttaagccaatcaccttctaaatccttcatgatta-ttttgtgtgcttatatagaagtatatgattgatagttgagtg 7849170  T
Q  117 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttt 151  Q
    |||| |  |||||||||||||||||||||||||||    
T  7849169 ttgacttagatgtttatcttaaggtgatgtatttt 7849135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 5 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 31114852 - 31114764
Alignment:
Q  5 tgtcgagagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 93  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| | |||||||||||||||||| |||||    
T  31114852 tgtcaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttacgaatctttcttgtttagttttgtatgactaaatgga 31114764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 5 - 93
Target Start/End: Original strand, 15676003 - 15676091
Alignment:
Q  5 tgtcgagagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 93  Q
    |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| | |||||||||||||||||| |||||    
T  15676003 tgtcaagagagacgaatattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttacgaatctttcttgtttagttttgtatgactaaatgga 15676091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 5 - 93
Target Start/End: Original strand, 10105278 - 10105366
Alignment:
Q  5 tgtcgagagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 93  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||| ||| | |||||||||||||||||| |||||    
T  10105278 tgtctagagagacgaacattgatgaaaatattcttttaagctaatcaccttacgaatctttcttgtttagttttgtatgactaaatgga 10105366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 119 - 214
Target Start/End: Original strand, 55377879 - 55377973
Alignment:
Q  119 gaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 214  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||  ||||| | |||  |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  55377879 gaatgtgatgtttatcttaagatgacgtatttt-cctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtatttgatgtgaaattatgtgaaggtgatgat 55377973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 117 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 8373564 - 8373536
Alignment:
Q  117 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatg 145  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8373564 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatg 8373536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 117 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 19019523 - 19019495
Alignment:
Q  117 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatg 145  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19019523 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatg 19019495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 10 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 32650741 - 32650538
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  32650741 agagagacgaacattgatgaaaatatcattttaagtcaattaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgatag 32650642  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 209  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32650641 atgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtattttt-ctcttgacttggaaagtgggcaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaagggtg 32650543  T
Q  210 atgat 214  Q
    |||||    
T  32650542 atgat 32650538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 10 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 45050746 - 45050626
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||    
T  45050746 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagtgttgtatgactatatgaaagtttttgattgctag 45050647  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtt 130  Q
    |||||| |||||| |||||||    
T  45050646 ttgagtattgaatatgatgtt 45050626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 10 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 41393515 - 41393399
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  41393515 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcatcttataaatctttcataattagtttcgtatgattatatggaagtatttgattg-tag 41393417  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgat 127  Q
    |||| |||||||| ||||    
T  41393416 ttgaatgttgaatatgat 41393399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 117 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 20253379 - 20253351
Alignment:
Q  117 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatg 145  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20253379 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatg 20253351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0075 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 1)
Name: scaffold0075
Description:

Target: scaffold0075; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 10 - 208
Target Start/End: Original strand, 24152 - 24349
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24152 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgatggttag 24251  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggt 208  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| | |||||||| ||| |||||| ||||||||| |||||    
T  24252 ttgactgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgacttggaaagtaggcaaatcatgtatttgatgtaaaattatgtgaaggt 24349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 140; Significance: 2e-73; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 12 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 23174800 - 23174598
Alignment:
Q  12 agagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagtt 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| ||| |    
T  23174800 agagacgaacattgatgaaaatatccttttaagtcaatcaccttgtaaatccttcatatttagttttaaatgactatatggaagtatttaattgatagat 23174701  T
Q  112 gagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggac-aaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtga 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23174700 gagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgatttggaaagtgggcaaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtga 23174602  T
Q  211 tgat 214  Q
    ||||    
T  23174601 tgat 23174598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 10 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 15614125 - 15614005
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15614125 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttatgaatctttcatatttagtgttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 15614026  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtt 130  Q
    || ||| |||||| |||||||    
T  15614025 ttcagtattgaatatgatgtt 15614005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 10 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 15575106 - 15574986
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15575106 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttatgaatctttcatatttagtgttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 15575007  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtt 130  Q
    || ||| |||||| |||||||    
T  15575006 ttcagtattgaatatgatgtt 15574986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 42 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 18738898 - 18738727
Alignment:
Q  42 aagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggt 141  Q
    |||||||| | ||| |||| | |||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18738898 aagccaattatcttgtaaacctttcatgattagttttttatgactatatggaagtatttgattgatagttgagtgttcaatgtgatgtttatcttaaggt 18738799  T
Q  142 gatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 214  Q
    || ||| ||||||||||  ||||| | |||  |||||||| ||  ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  18738798 gacgta-ttttcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtaattgatgtgaaattatgtggaggtgatgat 18738727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 53 - 214
Target Start/End: Original strand, 51962283 - 51962443
Alignment:
Q  53 cttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtattttt 152  Q
    |||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | | || ||||| |||||||||||||||| ||| ||||    
T  51962283 cttataaatctttcgtaattagttttgtatgactatatggaagtattggattgatagttgaatatggattgtgacgtttatcttaaggtgacgta-tttt 51962381  T
Q  153 cctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 214  Q
    ||||||  ||||| | |||  |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  51962382 cctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtaattgatgtgaaattatgtgaaggtgatgat 51962443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 96 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 17937233 - 17937116
Alignment:
Q  96 tatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaa 195  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  ||||| | |||  |||||||| ||| |||||||||    
T  17937233 tatttgattgatagttgagtgttgaatgtgatgttcatcttaaggtgatgta-ttttcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtatttgatgtgaa 17937135  T
Q  196 attatgtaaaggtgatgat 214  Q
    ||||| ||  |||||||||    
T  17937134 attatatattggtgatgat 17937116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 124 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 18892967 - 18892878
Alignment:
Q  124 tgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 214  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18892967 tgatgttcatcttaaggtgatgtatttt-cctcttgacttggaaagtgggcaaatcatatatttgatgtgtaattatgtaaaggtgatgat 18892878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 124 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 18889741 - 18889651
Alignment:
Q  124 tgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatc-tgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 214  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  18889741 tgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttccttttgacttggaaagtgggcaaatcatatatcaagatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 18889651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 10 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 47983980 - 47983897
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 93  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |  ||||||||||||||||| |||||    
T  47983980 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttattggttagttttgtatgactaaatgga 47983897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 10 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 47993267 - 47993184
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 93  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |  ||||||||||||||||| |||||    
T  47993267 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttattggttagttttgtatgactaaatgga 47993184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 10 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 48002554 - 48002471
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 93  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |  ||||||||||||||||| |||||    
T  48002554 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttattggttagttttgtatgactaaatgga 48002471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 10 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 48011840 - 48011757
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 93  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |  ||||||||||||||||| |||||    
T  48011840 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttattggttagttttgtatgactaaatgga 48011757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 5 - 127
Target Start/End: Original strand, 17913409 - 17913533
Alignment:
Q  5 tgtcgagagagatgaacattgatgaaaatatc-cttttaagccaa-tcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttga 102  Q
    |||| ||||||| |||||||||| |||||||  | |||||||||| ||| |||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17913409 tgtcaagagagacgaacattgataaaaatatatcctttaagccaaatcatcttataaatctttcataatcatttttgtatgactatatggaagtagttga 17913508  T
Q  103 ttgttagttgagtgttgaatgtgat 127  Q
     || |||| ||||||||||||||||    
T  17913509 atgatagtggagtgttgaatgtgat 17913533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 42 - 151
Target Start/End: Original strand, 11987276 - 11987384
Alignment:
Q  42 aagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggt 141  Q
    |||||||||  |||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||| |||||| | | |||| ||||||||| || | |||||| |||||    
T  11987276 aagccaatcgtcttataaatctttcatgattagttttgtatgactatattgaagtacttgattataaattgaatgttgaatgagaag-ttatctcaaggt 11987374  T
Q  142 gatgtatttt 151  Q
    ||||||||||    
T  11987375 gatgtatttt 11987384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 115 - 214
Target Start/End: Original strand, 54039725 - 54039823
Alignment:
Q  115 tgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 214  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||||| | |||  |||||||| ||| |||||||||| ||| | |||||||||||    
T  54039725 tgttggatgtgatgtttatcttaaggtgacata-ttttcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtatttgatgtgaaactatatgaaggtgatgat 54039823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0125 (Bit Score: 131; Significance: 4e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0125
Description:

Target: scaffold0125; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 5 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 34816 - 34670
Alignment:
Q  5 tgtcgagagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgatt 104  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34816 tgtcaagagagacgaacattgatgaaaatatcctttaaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgatt 34717  T
Q  105 gttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttt 151  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34716 gttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttt 34670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0162 (Bit Score: 122; Significance: 9e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0162
Description:

Target: scaffold0162; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 5 - 214
Target Start/End: Original strand, 9125 - 9333
Alignment:
Q  5 tgtcgagagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgatt 104  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9125 tgtcaagagagacgaacattgatgaaaatatcctttaaagccaatcaccttataaatctttcataattagttttgtatgactatatggaagtatttgatt 9224  T
Q  105 gttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaa 204  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||| | |||  ||||||||  |  | |||||||||||||| |    
T  9225 gatagttgagtgtcgaatgtgatgtttatcttaaggtgacgta-ttttcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgaaattaatgtgaaattatgtga 9323  T
Q  205 aggtgatgat 214  Q
    ||||||||||    
T  9324 aggtgatgat 9333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 118; Significance: 2e-60; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 10 - 151
Target Start/End: Original strand, 7512896 - 7513037
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7512896 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaataaccttataaatctttcataattagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 7512995  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttt 151  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  7512996 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaagtgatgtctttt 7513037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 49 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 32465034 - 32464882
Alignment:
Q  49 tcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtat 148  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  32465034 tcaccttataaatctttcataattagttttgtatgactatatggaagtatttgattgacagttgagtattgaatatgatgtttatcttaaggtgatgta- 32464936  T
Q  149 ttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgt 202  Q
    ||||||||||  ||||| | |||  |||||||| ||  ||||||||||||||||    
T  32464935 ttttcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtaattgatgtgaaattatgt 32464882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 10 - 150
Target Start/End: Original strand, 25266346 - 25266484
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||     
T  25266346 agagagacgaacattgatgaaaatatccttt-aagccaatcaccttataaatctttcatgactagttttgtatgactatatggaagtacttgatcattaa 25266444  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtattt 150  Q
    |||| ||||||||| || | |||||| ||||||||||||||    
T  25266445 ttgaatgttgaatgagaag-ttatctcaaggtgatgtattt 25266484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 5 - 93
Target Start/End: Original strand, 24342495 - 24342583
Alignment:
Q  5 tgtcgagagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 93  Q
    |||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| | |||||||||||||||||| |||||    
T  24342495 tgtcaagagagacgaaaattgttgaaaatatccttttaagccaatcaccttacgaatctttcttgtttagttttgtatgactaaatgga 24342583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 113; Significance: 2e-57; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 10 - 134
Target Start/End: Original strand, 16479923 - 16480047
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16479923 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 16480022  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatc 134  Q
    ||||||||||||| |||||||||||    
T  16480023 ttgagtgttgaatatgatgtttatc 16480047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 10 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 13320384 - 13320241
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13320384 agagagacgaacattgatgaaaatatcctttaaagccaatcaccttataaatctttcataattagttttgtatgactatatggaagtatttgattgatag 13320285  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttc 153  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13320284 tcgagtgtcgaatgtgatgtttatcttaaggtgacgtatttttc 13320241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 10 - 214
Target Start/End: Original strand, 47481975 - 47482178
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  47481975 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcatcttataaatctttcataattagttttgtatgactatatggaagtatttgactgatag 47482074  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 209  Q
    |||| | | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||  ||||| | |||  |||||||| ||| |||||||||||||| | || |||    
T  47482075 ttgaatatggaatgtgatgtttatcttaaggtgacgta-tttccctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtatttgatgtgaaattatatgaatgtg 47482173  T
Q  210 atgat 214  Q
    |||||    
T  47482174 atgat 47482178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 10 - 127
Target Start/End: Original strand, 26010286 - 26010402
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  26010286 agagagacgaacattgatgaaaatatcattttaagccaatcaccttataaatctttcataattagtttcgtatgattatatggaagtatttgattg-tag 26010384  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgat 127  Q
    |||| |||||||| ||||    
T  26010385 ttgaatgttgaatatgat 26010402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 42 - 214
Target Start/End: Original strand, 15761265 - 15761435
Alignment:
Q  42 aagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggt 141  Q
    ||||||||  ||||||||||| |||||   | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||| || | |||||| |||||    
T  15761265 aagccaattgccttataaatctttcatgacttgttttgtatgactatatggaagtacttgattattaattgaatgttgaatgagaag-ttatctcaaggt 15761363  T
Q  142 gatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 214  Q
    |||||| ||||||| ||  ||||| | |||  |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  15761364 gatgta-ttttcctttttacttggaatgtgagcaaatcatgtaagtgatgtgaaattatgtgaaggtgatgat 15761435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 214
Target Start/End: Original strand, 7285610 - 7285705
Alignment:
Q  119 gaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 214  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||  | ||||||||  ||||| | |||  |||||||| | | |||||||||||||||| |||||||||||    
T  7285610 gaatgtgatgtttatcttaagatgacgttatcttcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtgtttgatgtgaaattatgtgaaggtgatgat 7285705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 101; Significance: 3e-50; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 134
Target Start/End: Original strand, 6775215 - 6775339
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6775215 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcataattagtttcgtatgattatatggaagtatttgattgttag 6775314  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatc 134  Q
    ||||||||||||| |||||||||||    
T  6775315 ttgagtgttgaatatgatgtttatc 6775339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 10 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 24548285 - 24548165
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24548285 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttatgaatctttcatatttagtgttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 24548186  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtt 130  Q
    |||||| |||||| |||||||    
T  24548185 ttgagtattgaatatgatgtt 24548165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 42 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 18618413 - 18618243
Alignment:
Q  42 aagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggt 141  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||| || | |||||| |||||    
T  18618413 aagccaatcgccttataaatctttcatgactagttttgtatgactatatggaagtacttgattattaattgaatgttgaatgagaag-ttatctcaaggt 18618315  T
Q  142 gatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 214  Q
    |||||| ||||||| ||  ||||| | |||  |||||||| ||  |||||| ||||||||| |||||||||||    
T  18618314 gatgta-ttttcctttttacttggaatgtgagcaaatcatgtaagtgatgtcaaattatgtgaaggtgatgat 18618243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 117 - 145
Target Start/End: Original strand, 17151202 - 17151230
Alignment:
Q  117 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatg 145  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17151202 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatg 17151230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0132 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0132
Description:

Target: scaffold0132; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 10 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 12939 - 12736
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||    
T  12939 agagagacgaacattgatgaaaatatcatttaaagccaatcaccttataaatccttcataattgattttgtatgattatatggaagtattggattgatag 12840  T
Q  110 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 209  Q
    |||| |   ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||| | | |||  |||||||| ||  ||||||||||||||||  |||||    
T  12839 ttgaatacggaatgagatgtttatcttaaggtgacgta-ttttcctctttacttagaatgtgagcaaatcatgtaattgatgtgaaattatgtgcaggtg 12741  T
Q  210 atgat 214  Q
    |||||    
T  12740 atgat 12736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0686 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0686
Description:

Target: scaffold0686; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 49 - 214
Target Start/End: Original strand, 7106 - 7270
Alignment:
Q  49 tcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtat 148  Q
    ||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | | || |||||||||||||||||||||| |||     
T  7106 tcaccttataaatccttcatgattgattttgtatgactatatggaagtattggattgatagttgaatatggattgtgatgtttatcttaaggtgacgta- 7204  T
Q  149 ttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 214  Q
    ||||||||||   |||| | |||  |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  7205 ttttcctctttatttggaatgtgagcaaatcatgtaattgatgtgaaattatgtgaaggtgatgat 7270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 49 - 214
Target Start/End: Original strand, 167308 - 167472
Alignment:
Q  49 tcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtat 148  Q
    |||||||||||||| |||||  ||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||     
T  167308 tcaccttataaatcgttcatgattgattttgtatggctatatggaagtattggattgatagttgaatatggattgtgatgtttatcttaaggtgatgta- 167406  T
Q  149 ttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 214  Q
    ||||||||||  ||||| | |||  |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  167407 ttttcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtaattgatgtgaaattatgtgaaggtgatgat 167472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0215 (Bit Score: 69; Significance: 4e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0215
Description:

Target: scaffold0215; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 10 - 122
Target Start/End: Original strand, 17184 - 17295
Alignment:
Q  10 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 109  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  17184 agagagacaaacattgatgaaaatatcattttaagccaatcatcttataaatttttcataattagttttgtatgattatatggaagtatttgattg-tag 17282  T
Q  110 ttgagtgttgaat 122  Q
    |||| ||||||||    
T  17283 ttgaatgttgaat 17295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0361 (Bit Score: 64; Significance: 4e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0361
Description:

Target: scaffold0361; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 12 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 2856 - 2719
Alignment:
Q  12 agagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagtt 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||  |||||| |||||||||||||||||||| ||  || ||| ||    
T  2856 agagacgaacattgatgaaaatatccttt-aagccaatcaccttataaatctttaatgattagttgtgtatgactatatggaagtacttttttattaatt 2758  T
Q  112 gagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttt 151  Q
    || ||||||||| || | |||||| |||||||||||||||    
T  2757 gaatgttgaatgagaag-ttatctcaaggtgatgtatttt 2719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0342 (Bit Score: 59; Significance: 4e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0342
Description:

Target: scaffold0342; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 49 - 151
Target Start/End: Original strand, 1788 - 1890
Alignment:
Q  49 tcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtat 148  Q
    ||||||||||||||||||| | ||   |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1788 tcaccttataaatccttcacaattgactttgtatgactatatggaagtattggattgatagttgaatatggaatgtgatgtttatcttaaggtgacgtat 1887  T
Q  149 ttt 151  Q
    |||    
T  1888 ttt 1890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1427 (Bit Score: 44; Significance: 3e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold1427
Description:

Target: scaffold1427; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 167 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 1493 - 1446
Alignment:
Q  167 aagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1493 aagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaagggtgatgat 1446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0066 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0066
Description:

Target: scaffold0066; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 117 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 53479 - 53384
Alignment:
Q  117 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgtcttggcaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||  ||||| | |||  |||||||| ||  |||||||||||||||  |||||||||||    
T  53479 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatg--tttctcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtaagtgatgtgaaattatgagaaggtgatgat 53384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0833 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0833
Description:

Target: scaffold0833; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 119 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 2187 - 2155
Alignment:
Q  119 gaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttt 151  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2187 gaatgtgatgtttatcttaaggtgacgtatttt 2155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University