View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15700_low_1 (Length: 1079)

Name: NF15700_low_1
Description: NF15700
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15700_low_1
NF15700_low_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (99-1068)||(14539074-14540043)
chr7 (1-57)||(14540086-14540142)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 882; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 882; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 99 - 1068
Target Start/End: Complemental strand, 14540043 - 14539074
Alignment:
Q  99 gtggttgcgacctgatgaatgttcagtgcatgtttggattgacgatgatgttgtcaaaattacgatggactgacgtaattttggttaaagttacacctaa 198  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14540043 gtggttgcaacctaatgaatgttcagtgcatgtttggattgacgatgatgttgtcaaaattacgatggactgacgtaattttggttaaagttacacctaa 14539944  T
Q  199 gggatgtaagaaagacattgcagcatgatttcatcaaacttaccgtcaatccaaatatgcgcggaatatgtcaataaccacggttaccaatcaaataccg 298  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14539943 gggatgtaagaaagacattaccgcatgattttatcaaacttacggtcaatccaaatttgcgcggaatatgtcaataaccatggttaccaatcaaataccg 14539844  T
Q  299 taccaaaaagtataaaatcacatgaacagtgttgataactgaattgtacgttgttttatgaattcaggttagactatgatgttgcagaattgacatggga 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14539843 taccaaaaagtataaaatcacatgaacagtgttgatgattgaattgtacgttgttttatgaattcaggttagactatgatgttgcagaattgacatggga 14539744  T
Q  399 aaatggacagatttctatgcatggcttagggttaccgaaagtgccgcataaacatccatcaaccgcaggtacaacaccttcgaaggaaacatgggaaaag 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14539743 aaatggacagatttctatgcatggcttagggttaccgaaagtgccgcataaacatccatcaaccgcaggtacaacaccttccaaggaaacatgggaaaag 14539644  T
Q  499 cctcgtggtagtggtaccttggagtctatagtgaaccaagccacaagctttccgcaccgcggaaaatcaccctttctcgcgggtggtggtgtttatggaa 598  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14539643 cctcgtggtagtggtaccttggagtctatagtgaaccaagccacaagctttccgcaccgcggaaaatcaccctttctcgccggtggtggtgtttatggaa 14539544  T
Q  599 acatgttagtcccatggcttgacccacaacgtgctgcagccatcgcagctgccacagccgcctccaacggcatggctgtggacgcgttggttccgtgctc 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  14539543 acatgttagtcccatggcttgacccacaacgagcggcagccatcgcagccgccacagccgcctccaacggcatggctgtggatgcgttggttccctgctc 14539444  T
Q  699 caatactactaaggagcagagaacccatgcaatggatccagtccctagatcagggattggatcatgcatggttggcggccatacacctgtgggttcctgc 798  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  14539443 caatactactaaggagcagagaacccatgcaatggatccagtccctagatcagggattggatcatgcatggttggcggccatacacccgtgggatcctgc 14539344  T
Q  799 agtgctgtcgtggccgcaacgcaggacgaaggaggtatccttgctgcgtcagcggcaaagcatgggagggtggcacacgtggcggggagcggtagggacc 898  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14539343 agtgctgtcgtggccgcaacgcaagacgaaggaggtatccttgctgcgtcagcggcaaagcgtgggagggtggcacacgtggcggggagcggtagggacc 14539244  T
Q  899 aaagtatgagtggcagtgcaacctttgggaggcagagccaacaagtgacacttgatacgtacgatagggaatttggtatgactggtttcacttcaacttc 998  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14539243 aaagtatgagtggcagtgcaacctttgggaggcagagccagcaagtgacacttgatacgtacgatagggaatttggtatgactggtttcacttcaacttc 14539144  T
Q  999 aatagcttctatggataacaccagctctgagaagcagtgcaccaggaccaccaccatagacgaccatgat 1068  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14539143 aatagcttctatggataacaccagctctgagaagcagtgcaccaggaccaccaccatagacgaccatgat 14539074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 57
Target Start/End: Complemental strand, 14540142 - 14540086
Alignment:
Q  1 tccaactctaattcaactaaccctcatgatgttcccatgttagattactctccttaa 57  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14540142 tccaactctaattcaactaatcctcatgatgttcccatgttagattactctccttaa 14540086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University