View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15700_low_5 (Length: 262)

Name: NF15700_low_5
Description: NF15700
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15700_low_5
NF15700_low_5
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (15-242)||(19858310-19858537)
chr3 (10-210)||(26647274-26647474)
chr3 (16-210)||(19956357-19956551)
chr3 (74-237)||(19943960-19944123)
chr3 (56-247)||(24839668-24839859)
chr3 (10-204)||(17114992-17115186)
chr3 (33-210)||(20015869-20016046)
chr3 (16-209)||(20036254-20036447)
chr3 (57-210)||(19832142-19832295)
chr3 (15-209)||(19849264-19849464)
chr3 (16-208)||(20046395-20046587)
chr3 (15-210)||(19812550-19812751)
chr3 (16-210)||(19838666-19838860)
chr3 (101-210)||(19989795-19989904)
chr3 (87-210)||(19951394-19951517)
chr3 (55-210)||(19818827-19818988)
chr3 (16-225)||(26653407-26653615)
chr3 (125-222)||(19853752-19853849)
chr3 (184-247)||(26652050-26652116)
chr3 (158-207)||(30914919-30914968)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (10-210)||(9815307-9815507)
chr5 (15-210)||(26354577-26354772)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (10-222)||(22689321-22689533)
chr8 (125-241)||(11544312-11544428)
chr8 (158-241)||(11563921-11564004)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (16-208)||(6397390-6397582)
chr4 (134-207)||(6398537-6398610)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (36-207)||(12497482-12497652)
chr7 (36-207)||(12521347-12521517)
chr7 (35-113)||(12579761-12579839)
chr7 (35-113)||(12519466-12519544)
chr7 (16-113)||(12495646-12495743)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (10-210)||(1717484-1717690)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 15 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 19858537 - 19858310
Alignment:
Q  15 catatctaacgtaaggatgccaaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19858537 catatctaacgtaaggacgccaaataaaatcatcaatagccgagtctaatgccaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgccacctaaa 19858438  T
Q  115 gaaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattgtaca 214  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  19858437 caataaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggctctaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaagcaagtaaaagggtgattataca 19858338  T
Q  215 ttaacatccaacaccaagggaaatttat 242  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  19858337 ttaacgtccaacaccaatggaaatttat 19858310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 10 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 26647474 - 26647274
Alignment:
Q  10 atcatcatatctaacgtaaggatgccaaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgac 109  Q
    |||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||| || | |||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||| ||    
T  26647474 atcagcatatctaacataaggacgccaaagaaaatcatcaacagccgaatctagtgcccacttaacactgtcaattttcaagatcttaaccttatgccac 26647375  T
Q  110 ctaaagaaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgatt 209  Q
    ||||| || ||||| ||||| || ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26647374 ctaaacaacaaagggtctccttggttgatcaaattgggttgtggttgtaaatttttgaacctttcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatt 26647275  T
Q  210 g 210  Q
    |    
T  26647274 g 26647274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 19956551 - 19956357
Alignment:
Q  16 atatctaacgtaaggatgccaaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaaag 115  Q
    ||||| ||| || ||| |||||||||| ||||  | || ||||||||||| || | |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||     
T  19956551 atatcgaacatatggacgccaaagaaagtcatccatagccgagtctaatgccatcctaacattgtcaactatcaagggcttaaccttatgccacctaaac 19956452  T
Q  116 aaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattg 210  Q
    |||||||| |  | ||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19956451 aaaaaagggttcctatggttcaacaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattg 19956357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 74 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 19944123 - 19943960
Alignment:
Q  74 acattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaaagaaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaaccttt 173  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || || | | | |||||||  ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19944123 acattgtcaattttcaaggccttaacattatgccacctcaacaatacatggtctccattattgatcaactttggttgtggctgcaaatttttgaaccttt 19944024  T
Q  174 cccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattgtacattaacatccaacaccaagggaaa 237  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  19944023 cccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattgtacattaacgtccaacataaagggaaa 19943960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 56 - 247
Target Start/End: Original strand, 24839668 - 24839859
Alignment:
Q  56 gagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaaagaaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggct 155  Q
    |||||||||| |||| | |||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || || | | | |||| ||  |||  |||| ||||||||||||    
T  24839668 gagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccacctcaacaatacatggtctcgattattgcccaacttgggttgtggct 24839767  T
Q  156 gtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattgtacattaacatccaacaccaagggaaatttatgagga 247  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||| ||||    
T  24839768 gcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattgtacattaacgtccagcataaagggaaatttatcagga 24839859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 17115186 - 17114992
Alignment:
Q  10 atcatcatatctaacgtaaggatgccaaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgac 109  Q
    |||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||  ||||   |||||||||  | |||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||| ||    
T  17115186 atcagcatatctaatgtatggacgccaaagaaaatcatcgacagctaagtctaatgctagcttaacattgtcaattttcacggcctgaaccctatgccac 17115087  T
Q  110 ctaaagaaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaaggg 204  Q
    ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||||    
T  17115086 ctaaacaataaagggtctccatggttgatcaacatggattgtggttgtaaatttttgaacctctcccacatccaaatttgaaccaagtaaaaggg 17114992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 33 - 210
Target Start/End: Original strand, 20015869 - 20016046
Alignment:
Q  33 gccaaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaaagaaaaaaggttctccatg 132  Q
    ||||||||||||||| || ||  |||||||||| || | |||||||||||| |||||| |||| |||||||||| ||||||| || ||||| ||| ||||    
T  20015869 gccaaagaaaatcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatg 20015968  T
Q  133 cttgatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattg 210  Q
     |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||||    
T  20015969 attgatcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattg 20016046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 16 - 209
Target Start/End: Original strand, 20036254 - 20036447
Alignment:
Q  16 atatctaacgtaaggatgccaaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaaag 115  Q
    ||||| ||| || ||| |||||||||| ||||  | || ||||||||||| || | ||||||||||||   |||||| ||||||||||||| |||||||     
T  20036254 atatcgaacatatggacgccaaagaaagtcatccatagccgagtctaatgccatcctaacattgtcaatcatcaagggcttaaccttatgccacctaaac 20036353  T
Q  116 aaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgatt 209  Q
    |||||||| || ||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20036354 aaaaaagggtccccatggttcaacaacatgggttgtggttgtaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatt 20036447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 57 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 19832295 - 19832142
Alignment:
Q  57 agtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaaagaaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggctg 156  Q
    ||||||||| || | |||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| || |  || | ||||||||||||||| ||    
T  19832295 agtctaatgccatcctaacattgtcaattaccaaggccttaaccttatgccacctaaacaaaaatggttcccctttgttcaacaacatgggttgtggatg 19832196  T
Q  157 taaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattg 210  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19832195 taaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattg 19832142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 19849464 - 19849264
Alignment:
Q  15 catatctaacgtaaggatgccaaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaaa 114  Q
    |||||||| | || ||| |||||||||||||||  | || ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | |||||    
T  19849464 catatctagcatatggacgccaaagaaaatcatccatagccgagtctaatgccaacctaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgccatctaaa 19849365  T
Q  115 gaaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggctgt------aaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgat 208  Q
     || ||||| || ||||| ||| ||||||||| ||||||||||      |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  19849364 caataaaggatccccatggttggtcaacatggtttgtggctgtggttgcaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaaagggtgat 19849265  T
Q  209 t 209  Q
    |    
T  19849264 t 19849264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 16 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 20046587 - 20046395
Alignment:
Q  16 atatctaacgtaaggatgccaaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaaag 115  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||| |||| |||||| || | |||||||||| |||||||     
T  20046587 atatctaacatatggacgccaaagaaaatcatcgacagttgagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcgtgaaccttatgccacctaaac 20046488  T
Q  116 aaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgat 208  Q
    || ||||| || |   | ||||||||||||||||||||  |||| |||  |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20046487 aataaagggtcgctgggattgatcaacatgggttgtggtggtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgat 20046395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 15 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 19812751 - 19812550
Alignment:
Q  15 catatctaacgtaaggatgccaaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaaa 114  Q
    |||||||||| || ||| |||||||||||||||  |||| ||||||||| |  ||| |||||||||||| |   ||| || ||||||||||| |||||||    
T  19812751 catatctaacatatggacgccaaagaaaatcatccacagccgagtctaacgctaacctaacattgtcaattgataagtccgtaaccttatgccacctaaa 19812652  T
Q  115 gaaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgg------gttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgat 208  Q
     |||||||| || ||||| ||||||||||| |      ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19812651 caaaaaagggtcgccatggttgatcaacatagtttgttgttgtggttgcaaatttttgaacctctcccaaacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgat 19812552  T
Q  209 tg 210  Q
    ||    
T  19812551 tg 19812550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 19838860 - 19838666
Alignment:
Q  16 atatctaacgtaaggatgccaaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaaag 115  Q
    ||||| ||| || ||| |||||||||| ||||  | || ||||||||| | || | ||| |||||||| | ||||||||||||| |||||| |||||||     
T  19838860 atatcgaacatatggacgccaaagaaagtcatccatagccgagtctaaagccatcctaatattgtcaattatcaaggccttaactttatgccacctaaac 19838761  T
Q  116 aaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattg 210  Q
    |||||||| || || || || | |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19838760 aaaaaagggtccccctggttcaacaacattggttgtggttgtaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattg 19838666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 101 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 19989904 - 19989795
Alignment:
Q  101 ttatgcgacctaaagaaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaa 200  Q
    |||||| ||||||| |||||||| ||| |||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19989904 ttatgccacctaaacaaaaaagggtcttcatagttgatcagcatgggttgtggttgtaaatttttgaacctctcccaaacccaaacttgaaccaagtaaa 19989805  T
Q  201 agggtgattg 210  Q
    ||||||||||    
T  19989804 agggtgattg 19989795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 87 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 19951517 - 19951394
Alignment:
Q  87 tcaaggccttaaccttatgcgacctaaagaaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaac 186  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| || |||  |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| |||||     
T  19951517 tcaagggcttaaccttatgccacctaaacaaaaaagggtctccatggtttatcggcatgggttgtggttgtaaatttttaaacctctcccaaatccaaat 19951418  T
Q  187 ttgaaccaagtaaaagggtgattg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  19951417 ttgaaccaagtaaaagggtgattg 19951394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 55 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 19818988 - 19818827
Alignment:
Q  55 cgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaaagaaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggc 154  Q
    ||||||||||| || | |||||||||||| || |||||||| ||| | |||| ||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||| |||||||    
T  19818988 cgagtctaatgccatcctaacattgtcaatttccaaggcctgaacatcatgccacctaaacaaaaaagggtctccatggtttatcaacatggtttgtggc 19818889  T
Q  155 ------tgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattg 210  Q
          || | |||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||||||    
T  19818888 agtggttgcatatttttgaacctctcccacacccatatttgaaccaaataaaagggtgattg 19818827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 16 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 26653615 - 26653407
Alignment:
Q  16 atatctaacgtaaggatgccaaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaaag 115  Q
    ||||||||| || ||| ||||||||||||||| ||  |  |||||||||| |||| | ||||||| || | | |||| | ||||||||||| |||| ||     
T  26653615 atatctaacatatggacgccaaagaaaatcatcaattgctgagtctaatgccaacctcacattgtaaattat-aagggcataaccttatgccacctcaac 26653517  T
Q  116 aaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattgtacat 215  Q
    ||  || | ||| ||   ||||||||| |||||||||| || |||||| ||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  26653516 aatgaatggtcttcactattgatcaacttgggttgtggttgcaaatttgtgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatcgtagat 26653417  T
Q  216 taacatccaa 225  Q
    |||| |||||    
T  26653416 taacttccaa 26653407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 125 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 19853849 - 19853752
Alignment:
Q  125 tctccatgcttgatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattgtacattaacatc 222  Q
    |||||||  ||||||||| | ||||||||||| |||||| |||| || ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  19853849 tctccattgttgatcaacttcggttgtggctgcaaatttatgaatctctcccacacccaagcttgtaccaagtaaaagggtgattgcagattaacatc 19853752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 184 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 26652116 - 26652050
Alignment:
Q  184 aacttgaaccaagtaaaagggtgatt---gtacattaacatccaacaccaagggaaatttatgagga 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||    
T  26652116 aacttgaaccaagtaaaagggtgattgtagtacattaacctccaacaacaaggaaaatttatcagga 26652050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 158 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 30914968 - 30914919
Alignment:
Q  158 aaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtga 207  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||    
T  30914968 aaattttttaacctctcccaaacccaaatttgtaccaagtcaaagggtga 30914919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 101; Significance: 4e-50; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 9815507 - 9815307
Alignment:
Q  10 atcatcatatctaacgtaaggatgccaaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgac 109  Q
    |||| |||||||||  || ||| |||||||||||||||  | || ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||    
T  9815507 atcagcatatctaaaatatggacgccaaagaaaatcatccatagccgagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcac 9815408  T
Q  110 ctaaagaaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgatt 209  Q
    ||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9815407 ctaaacaataaagggtctccgtgattgatcaacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatt 9815308  T
Q  210 g 210  Q
    |    
T  9815307 g 9815307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 15 - 210
Target Start/End: Original strand, 26354577 - 26354772
Alignment:
Q  15 catatctaacgtaaggatgccaaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaaa 114  Q
    |||||||||  || ||| |||||||||||||||| | || | ||||||||  || |||||||||||||| ||||||||| |  ||| ||||| | |||||    
T  26354577 catatctaaaatatggacgccaaagaaaatcattgatagccaagtctaattccagcttaacattgtcaattttcaaggcttgtaccctatgccatctaaa 26354676  T
Q  115 gaaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattg 210  Q
     || ||||| |||||| | ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  26354677 caataaagggtctccacggttgatcaacatgggttgcggttgtaattttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaacggtgattg 26354772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 10 - 222
Target Start/End: Original strand, 22689321 - 22689533
Alignment:
Q  10 atcatcatatctaacgtaaggatgccaaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgac 109  Q
    |||| |||||||||| |||||| |||||| ||||| || |||||| || || || |||||| | |||||||||| |||||| || ||||||  |||| ||    
T  22689321 atcagcatatctaacataaggacgccaaataaaattatcaacagttgaatccaacgtcaacctcacattgtcaattttcaaagcattaaccaaatgccac 22689420  T
Q  110 ctaaagaaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgatt 209  Q
     | || || | | | ||| ||   ||||||||||||||  |||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22689421 ttcaataatacatggtcttcactattgatcaacatgggccgtggttgcaaatttttgaacctctcccacacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgatt 22689520  T
Q  210 gtacattaacatc 222  Q
    | | |||||||||    
T  22689521 gcagattaacatc 22689533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 125 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 11544428 - 11544312
Alignment:
Q  125 tctccatgcttgatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattgtacattaacatcca 224  Q
    |||||||  ||||||||| |||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||    
T  11544428 tctccattgttgatcaacttgggttttggttgcaaatttttgaacctctcccaaacccaaacttgaaccaagtaaatgggtgattgcacatcaacctcca 11544329  T
Q  225 acaccaagggaaattta 241  Q
    ||  ||| |||||||||    
T  11544328 acttcaatggaaattta 11544312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 158 - 241
Target Start/End: Original strand, 11563921 - 11564004
Alignment:
Q  158 aaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattgtacattaacatccaacaccaagggaaattta 241  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |  ||| |||||||||    
T  11563921 aaatttttgaacctctcccaaagccaaactttaaccaagtaaatgggtgattgtacattaacctccaccttcaatggaaattta 11564004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 16 - 208
Target Start/End: Original strand, 6397390 - 6397582
Alignment:
Q  16 atatctaacgtaaggatgccaaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaaag 115  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||| ||  ||||| |||||| ||| |||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||| | |||||||     
T  6397390 atatctaacatatggacgccaaagaaaattatcgacagttgagtctcatgccaacttaatattgtcaattttaaaggcctgaaccttataccacctaaaa 6397489  T
Q  116 aaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgat 208  Q
    || ||||| |||   ||  | |||||||| |||||||   | |||| | ||||||| | |||  |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6397490 aataaagggtctatgtgggtaatcaacataggttgtgaacgcaaatgtgtgaacctcttccacgcccaaacttgaaccaagtaaaaaggtgat 6397582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 134 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 6398610 - 6398537
Alignment:
Q  134 ttgatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtga 207  Q
    |||||||||||| ||||||| || || ||| ||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||    
T  6398610 ttgatcaacatgagttgtggttgcaagtttgtgaacctctcccacacctaaacttgaaccacgtaaaaaggtga 6398537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 36 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 12497652 - 12497482
Alignment:
Q  36 aaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaaagaaaaaaggttctccatgctt 135  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||||||   ||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||| |||| || || ||| |||||   || ||    
T  12497652 aaagaaaatcattgacagttgagcctaatgcacacttaacattgccaattttcaaggccagaaccttatgccacctcaacaataaatgttctatgtggtt 12497553  T
Q  136 gatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtga 207  Q
    |||||||||| ||||||| || || |||  || ||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  12497552 gatcaacatgagttgtggttgcaagtttgcgagcctctccc-aacccaaacatgaaccaagtaaaaaggtga 12497482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 36 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 12521517 - 12521347
Alignment:
Q  36 aaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaaagaaaaaaggttctccatgctt 135  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||||||   ||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||| |||| || || ||| |||||   || ||    
T  12521517 aaagaaaatcattgacagttgagcctaatgcacacttaacattgccaattttcaaggccagaaccttatgccacctcaacaataaatgttctatgtggtt 12521418  T
Q  136 gatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtga 207  Q
    |||||||||| ||||||| || || |||  || ||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  12521417 gatcaacatgagttgtggttgcaagtttgcgagcctctccc-aacccaaacatgaaccaagtaaaaaggtga 12521347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 113
Target Start/End: Original strand, 12579761 - 12579839
Alignment:
Q  35 caaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaa 113  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||| |||||||| | ||||||    
T  12579761 caaagaaaatcattaacacttgagtctaatgcaaacttaacattgtcaatttgcaaggcctgaaccttattcaacctaa 12579839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 35 - 113
Target Start/End: Original strand, 12519466 - 12519544
Alignment:
Q  35 caaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaa 113  Q
    |||||||||||||| ||| | ||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||| |||||||| | ||||||    
T  12519466 caaagaaaatcattgacacttgagtctaatgcaaacttaacattgtcaatttgcaaggcctgaaccttattcaacctaa 12519544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 16 - 113
Target Start/End: Original strand, 12495646 - 12495743
Alignment:
Q  16 atatctaacgtaaggatgccaaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgacctaa 113  Q
    ||||||| | || ||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||  |||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| | ||||||    
T  12495646 atatctagcatatggacgccaaagaaaatcattgacacttgagtctaatgcaaactgaacattgtcaatttgcaaggcctgaaccttattcaacctaa 12495743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 10 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 1717690 - 1717484
Alignment:
Q  10 atcatcatatctaacgtaaggatgccaaagaaaatcattaacagtcgagtctaatgtcaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgcgac 109  Q
    |||| |||||||||| || ||| |||||| |||||||| || ||  ||||||||||||||| ||||||  |||| ||||||| | |||  | || || ||    
T  1717690 atcagcatatctaacatatggacgccaaataaaatcatcaatagctgagtctaatgtcaacctaacatcttcaattttcaagtctttactcatacgccac 1717591  T
Q  110 ctaaagaaaaaaggttctccatgcttgatcaacatgg------gttgtggctgtaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagg 203  Q
    |||||  ||||||| ||||| || ||| ||| | |||      ||||||  |||||| ||||||||||| || | ||||||| |||||||||||||||||    
T  1717590 ctaaaccaaaaagggtctccgtggttggtcatcgtggtttttagttgtgattgtaaacttttgaaccttcccaacacccaaatttgaaccaagtaaaagg 1717491  T
Q  204 gtgattg 210  Q
    |||||||    
T  1717490 gtgattg 1717484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University