View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15703_high_4 (Length: 617)

Name: NF15703_high_4
Description: NF15703
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15703_high_4
NF15703_high_4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-603)||(8522090-8522679)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (20-430)||(42122646-42123056)
chr5 (43-427)||(42116886-42117285)
chr5 (20-412)||(34241080-34241466)
chr5 (20-407)||(34233307-34233688)
chr5 (35-427)||(42128044-42128435)
chr5 (159-382)||(41714176-41714393)
chr5 (20-296)||(41618172-41618448)
chr5 (20-403)||(41572533-41572910)
chr5 (20-100)||(41714072-41714152)
chr5 (497-558)||(42116793-42116854)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-443)||(11117289-11117719)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (30-407)||(25523558-25523943)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (45-356)||(11994940-11995254)
chr2 (45-378)||(12247654-12247990)
chr2 (193-309)||(32682381-32682497)
chr2 (53-277)||(9423281-9423506)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 503; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 503; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 8522679 - 8522090
Alignment:
Q  20 aataccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaa 119  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522679 aatacctcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaa 8522580  T
Q  120 caacattctgcaccttcagccaacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8522579 caacattctgcaccttcagccaacaacttttgcagtgaagagaagtttgaatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgattg 8522480  T
Q  220 gaataggcattggatattatatggttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaag 319  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522479 gaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaag 8522380  T
Q  320 aatgacgaggaaccatagttcaatcacgaatca------gaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctcttttgtctgttg 413  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||      |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522379 aatgacgaggaaccaaagttcaatcacgaatcagaatcagaatcagatggtgcaaatgtcgtagttttgttgttgtaattattttctcttttgtctgttg 8522280  T
Q  414 ggtttttactttctgttaaaacaagcttgactcttttgatcttgctagtttgattttcagttgtaagtttgtggtctcaggtctgtttataagtgcacgc 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  8522279 ggtttttactttctgttaaaacaagcttgactcttttgatcttgctagtttgattttcagttgtaagtttatggtctcaggtctgtttataagtgcatgc 8522180  T
Q  514 cacatgttgtgttatataataaaattccaagttcatgtatatgttagtgtataaaatataattcaaatttatacgacccttttacctttg 603  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  8522179 cacaagttgtgttatataataaaattccaagttcatgtatatgttagtgtataaaatataattcaaatttatatgacctttttaactttg 8522090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 235; Significance: 1e-129; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 20 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 42123056 - 42122646
Alignment:
Q  20 aataccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaa 119  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |  |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  42123056 aatacctcaaggaaagcagttcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaattcagggttatgtggattacccttgtcaaaaaaatgtggacctgaa 42122957  T
Q  120 caacattctgcaccttcagccaacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcg 219  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| |||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |    
T  42122956 caacattctccaccttcagccaagaactcttggagtgaagagaaatttagatttggatggaaaccagtggcgattggatatggatgtggatttgtgattg 42122857  T
Q  220 gaataggcattggatattatatggttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaag 319  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| || |||||    
T  42122856 gaatatgcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtccgcctaagagaagagtgacaaggagaacaag 42122757  T
Q  320 aatgacgaggaaccatagttcaatcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctcttttgtctgttgggtttt 419  Q
    | ||| ||||   ||| |||||| || |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||| |||| |||||| ||||    
T  42122756 agtgaggagggcacatggttcaaccatgaatcagaatcagatggtgcaaatgtcatagttttattgttgtagttactttatctgttgtgtgttggttttt 42122657  T
Q  420 tactttctgtt 430  Q
    |||||||||||    
T  42122656 tactttctgtt 42122646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 43 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 42117285 - 42116886
Alignment:
Q  43 atacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaa 142  Q
    |||||||| |||||||||| ||  |||||||||||| |||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| |||||| ||  |||||||||    
T  42117285 atacatttccaaatgattcctacaaaggaaacttgggtttatgtggatttccgttgtcaaagatttgtggacctgaacatcattctccaatttcagccaa 42117186  T
Q  143 caac---ttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattat 239  Q
    ||||   |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  42117185 caacagcttttgcagtgaagagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattggatatttt 42117086  T
Q  240 atggttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagtt 339  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||     
T  42117085 atgtttttaattggaaagcctagatggattgtgatgatatttggtggtcagcctaagagaagagtgaaaagaagaacaagaatgagaaggaaccatggta 42116986  T
Q  340 caatca------------cgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctcttttgtctgttgggtttttactttct 427  Q
    ||| ||             |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||| |||| |||| | ||||||||||||    
T  42116985 caaccatgaatcagaatcagaatcagaatcagatggtgcaaatgtcatagttttattgttgttgttattttctctattgtgtgttagttttttactttct 42116886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 20 - 412
Target Start/End: Original strand, 34241080 - 34241466
Alignment:
Q  20 aataccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaa 119  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||    
T  34241080 aatacctcaaggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaa 34241179  T
Q  120 caacattctgcaccttcagccaacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcg 219  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | |    
T  34241180 caacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttggatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttg 34241279  T
Q  220 gaataggcattggatattatatggttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaag 319  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || |||      
T  34241280 gaataggccttggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacata 34241379  T
Q  320 aatgacgaggaaccatagttcaatcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctcttttgtctgtt 412  Q
    | ||| ||| ||| || || ||| || |||||      |||||||||||||||| |||||||||| || |  ||||||||||| |||| ||||    
T  34241380 agtgaggagaaacaatggtccaaccatgaatc------agatggtgcaaatgtcatagttttattattctggttattttctctattgtgtgtt 34241466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 20 - 407
Target Start/End: Original strand, 34233307 - 34233688
Alignment:
Q  20 aataccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaa 119  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||    
T  34233307 aatacctcaaggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaa 34233406  T
Q  120 caacattctgcaccttcagccaacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcg 219  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | |    
T  34233407 caacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttggatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttg 34233506  T
Q  220 gaataggcattggatattatatggttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaag 319  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || |||      
T  34233507 gaataggccttggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacata 34233606  T
Q  320 aatgacgaggaaccatagttcaatcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctcttttgt 407  Q
    | ||| ||| ||| || || ||| || |||||      |||||||||||||||| |||||||||| || |  ||||||||||| ||||    
T  34233607 agtgaggagaaacaatggtccaaccatgaatc------agatggtgcaaatgtcatagttttattattctggttattttctctattgt 34233688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 35 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 42128435 - 42128044
Alignment:
Q  35 gcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcacct 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||  |||  ||  |    
T  42128435 gcaattcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatttcccttgtcaaagaattgtggacctgaacaa--ttccacaatt 42128338  T
Q  135 -tcagccaacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattgga 233  Q
     |  | |||||||| |||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42128337 ctttgacaacaactcttggagtgaagagaaatttagatttggatggaaaccagtggcgattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattgga 42128238  T
Q  234 tattatatggttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaacc 333  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||| ||| ||||   |    
T  42128237 tattatatgtttttaattgaaaagtctagatggcttgttatgatatttggtggtcagcctaagagaagagtgacaaggagaacaagagtgaggagggcac 42128138  T
Q  334 atagttcaatcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctcttttgtctgttgggtttttactttct 427  Q
    || |||||| || |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| |||| | || | ||||||||||||    
T  42128137 atggttcaaccatgaatcagaatcagatggtgcaaatgtcatagttttattgttctagttattttctctattgtgtattagttttttactttct 42128044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 159 - 382
Target Start/End: Original strand, 41714176 - 41714393
Alignment:
Q  159 gagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatatggttttaattggaaagc 258  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||| || |||||||    
T  41714176 gagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattgggtattacatgtttttgatcggaaagc 41714275  T
Q  259 ctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttcaatcacgaatcagaatta 358  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | | || |||||||||| ||||| | || |||||| || ||||| ||        
T  41714276 ctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagagaatagtgacagggagaacaagaatgaggaggaccaatggttcaaccatgaatc-ga---- 41714370  T
Q  359 gatggtgcaaatgtcgtagtttta 382  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  41714371 -atggtgcaaatgtcgtagtttta 41714393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 20 - 296
Target Start/End: Original strand, 41618172 - 41618448
Alignment:
Q  20 aataccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaa 119  Q
    |||||| || ||||| || |||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||| |  |||| |||||||    
T  41618172 aatacctcaaggaaaacagttcaatacattttccaatgactcatatgaaggaaacttgggattatgcggatttcccttgtcaaagaaatgtgaacctgaa 41618271  T
Q  120 caacattctgcaccttcagccaacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcg 219  Q
    ||||||||| | | | || |||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | || || |    
T  41618272 caacattctccgcttccacccaacaacctttggagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggctattggatatggatgtggaatggttattg 41618371  T
Q  220 gaataggcattggatattatatggttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaag 296  Q
    |||||||| |||||| || | || | |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||| ||||||    
T  41618372 gaataggccttggatgttttgtgttgttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatggttggaggtcaacctaag 41618448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 20 - 403
Target Start/End: Original strand, 41572533 - 41572910
Alignment:
Q  20 aataccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaa 119  Q
    |||||| || ||||| || |||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||| |  |||| |||||||    
T  41572533 aatacctcaaggaaaacagttcaatacattttccaatgactcatatgaaggaaacttgggattatgcggatttcccttgtcaaagaaatgtgaacctgaa 41572632  T
Q  120 caacattctgcaccttcagccaacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcg 219  Q
    ||||||||| | | | || |||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | || || |    
T  41572633 caacattctccgcttccacccaacaacctttggagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggctattggatatggatgtggaatggttattg 41572732  T
Q  220 gaataggcattggatattatatggttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaag 319  Q
    |||||||| |||||| || | || | ||||  |||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||| ||||||   ||||| | ||| |||| |||    
T  41572733 gaataggccttggatgttttgtgttgttaaccggaaagcctagatggcttgtgatgatggttggaggtcaacctaagcaaagagttacaaggaggataag 41572832  T
Q  320 aatgacgaggaaccatagttcaatcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctctt 403  Q
    | ||| ||| |  ||| | |||| || ||||      ||||||||||| ||||  ||||||||||||| | |||||||||||||    
T  41572833 agtgaggagaattcatggctcaaccatgaat------tagatggtgcagatgtgatagttttattgttctgattattttctctt 41572910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 100
Target Start/End: Original strand, 41714072 - 41714152
Alignment:
Q  20 aataccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtc 100  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  41714072 aatacctcaaggaaagcagttcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatttcccttgtc 41714152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 497 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 42116854 - 42116793
Alignment:
Q  497 tgtttataagtgcacgccacatgttgtgttatataataaaattccaagttcatgtatatgtt 558  Q
    |||||| | ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  42116854 tgtttacatgtgcatgccacaagatgtgttatataataaaattccaagtttatatatatgtt 42116793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 20 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 11117719 - 11117289
Alignment:
Q  20 aataccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaa 119  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |  ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  11117719 aatacctcaaggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaattcagggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggacctgaa 11117620  T
Q  120 caacattctgcaccttcagccaacaacttttgc----gg--tgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttg 213  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| || |    ||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  11117619 caacattctccaccttcagccaacaactcttcctcttggaatgaagagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatgcatgtggatttg 11117520  T
Q  214 tgatcggaataggcattggatattatatggttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaag 313  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||    
T  11117519 tgattggaataagcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagagaagagtgacaaggag 11117420  T
Q  314 gacaagaatgacgaggaaccatagttcaatcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctcttttgtctgttg 413  Q
     |||||| ||| |||    ||| |||||| || |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||| ||||||  |||  |||||    
T  11117419 aacaagagtgaggagcgcacatggttcaaacatgaatcagaatcagatggtgcaaatgtcatagttttattgtcgtagttactttctccgttgggtgttg 11117320  T
Q  414 ggtttttactttctg-ttaaaacaagcttga 443  Q
    | ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  11117319 gttttttactttctgtttaaaataagcttga 11117289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 180; Significance: 7e-97; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 30 - 407
Target Start/End: Original strand, 25523558 - 25523943
Alignment:
Q  30 ggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctg 129  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||     
T  25523558 ggaaagcaattcaacacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatttcccttgtcaaagagatgtggacttgaacaacattctc 25523657  T
Q  130 caccttcagccaacaa---cttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaatagg 226  Q
    |||||||| |||||||   ||||||  |||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||    
T  25523658 caccttcacccaacaaaaacttttggagtgaagagaaatttggatttggatggataccggtggtaattggatatggatgtggatttctgattggaatagg 25523757  T
Q  227 cattggatattatatggttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacg 326  Q
    ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||| |    
T  25523758 cattggatattgtatgtttttagttggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggcggtcagcctaagagaaaggtgaaaaaaaggacaagaatgagg 25523857  T
Q  327 aggaaccatagt-------tcaatcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctcttttgt 407  Q
    ||||| ||| ||       | ||||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||| || ||||||||||||||||    
T  25523858 aggaatcatggtacagccatgaatca-gaatcagaatcagatgatgcaaatgtcatag-tttattgttttagttattttctcttttgt 25523943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 165; Significance: 6e-88; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 45 - 356
Target Start/End: Original strand, 11994940 - 11995254
Alignment:
Q  45 acatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaaca 144  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||    
T  11994940 acattttcaaatgattcatatgtaggaaacttggagttatgtgaatttcccttgtcaaagaagtgcggacctgaacaacgttctccaccttcacccaaca 11995039  T
Q  145 ac---ttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatat 241  Q
    ||   ||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| |||    
T  11995040 acagcttttcgagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgtat 11995139  T
Q  242 ggttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttca 341  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||| |||  ||||||||| || ||    
T  11995140 gtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaagaagagtgaaaaggagaacaagagtgagtaggaaccatggtgca 11995239  T
Q  342 atcacgaatcagaat 356  Q
    | || ||||||||||    
T  11995240 accatgaatcagaat 11995254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 45 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 12247990 - 12247654
Alignment:
Q  45 acatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaaca 144  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| |||||  |||||||   ||||    
T  12247990 acattttcaaatgattcatatgtaggaaacttggagttatgtggatttcccttgtcaaagaagtgtggacctgaacaatattctcaaccttcacttaaca 12247891  T
Q  145 ac---ttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatat 241  Q
    ||   |||||  | || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| |||    
T  12247890 acagcttttggagcgacgcgaaatttggatttggatggaaaccggtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgtat 12247791  T
Q  242 ggttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttca 341  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||| |||  ||||||||| || ||    
T  12247790 gtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaagaagagtgaaaaggagaacaagagtgagtaggaaccatggtgca 12247691  T
Q  342 atcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagt 378  Q
    | || |||||||||| | ||||||  |||||||||||    
T  12247690 accatgaatcagaatcaaatggtggcaatgtcgtagt 12247654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 193 - 309
Target Start/End: Original strand, 32682381 - 32682497
Alignment:
Q  193 ttggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatatggttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcc 292  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||    
T  32682381 ttggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattggatactttatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgataattggtggtcatcc 32682480  T
Q  293 taagaggagagtgaaaa 309  Q
    |||||| ||||||||||    
T  32682481 taagagaagagtgaaaa 32682497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 53 - 277
Target Start/End: Original strand, 9423281 - 9423506
Alignment:
Q  53 aaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaacaactt---t 149  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||  |||||  |||| ||||||| ||  |  ||||||||| ||| | ||||| || ||||| ||||||| ||   |    
T  9423281 aaatgatttttatgaaggaaactgggggttatg--gatttcccttgtaaatgaaatgtggacctaaacgaaattctacaacttcacccaacaaattatat 9423378  T
Q  150 tgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatatggttttaa 249  Q
    |||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||| | |||| |||| |||||| || |||| | ||||    
T  9423379 tgcaatgaagagaaatttggatttggatggaaatcagtggcaattggatatggatgtggaatggtgcttggaaaaggccttggatgttgtatgctgttaa 9423478  T
Q  250 ttggaaagcctagatggcttgtcatgat 277  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||    
T  9423479 ttggaaagcctagatggcctgtgatgat 9423506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University