View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15703_low_11 (Length: 302)

Name: NF15703_low_11
Description: NF15703
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15703_low_11
NF15703_low_11
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (1-287)||(6368728-6369014)
chr8 (47-286)||(6389756-6389995)
chr8 (50-249)||(6362002-6362201)
chr8 (53-255)||(7457861-7458063)
chr8 (49-260)||(6409007-6409218)
chr8 (108-274)||(6273386-6273552)
chr8 (53-255)||(7470263-7470465)
chr8 (46-250)||(6351113-6351317)
chr8 (50-260)||(6423034-6423244)
chr8 (138-260)||(6330757-6330879)
chr8 (140-260)||(6320297-6320417)
chr8 (122-249)||(6287651-6287778)
chr8 (164-224)||(6262233-6262293)
chr8 (142-224)||(6456125-6456207)
chr8 (143-222)||(6449659-6449738)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (143-224)||(9606276-9606357)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (179-224)||(42692174-42692219)
chr2 (174-242)||(42689611-42689679)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (174-222)||(46708221-46708269)
chr7 (174-222)||(46709186-46709234)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Original strand, 6368728 - 6369014
Alignment:
Q  1 catggataataccagcatagtattcataacttcaagggtttcaacctttggtgtgattgtcgtcaaatatgtcttcatgtagtccttagcgagctcctta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6368728 catggataataccagcatagtattcataacttcaagggtttcaacctttggtgtgattgtcgtcaaatatgtcttcatgtagtccttagcgagctcctta 6368827  T
Q  101 aactcatgggatcctttcactggcatgaatcttatggttttagttggtcggttaaggatgtaccctccatactgatattgtccaaaattaacagctgcat 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6368828 aactcatgtgatcctttcactggcatgaatcttatggttttagttggtcggttaaggatgtaccctccatactgatattgtccaaaattaacagctgcat 6368927  T
Q  201 gaagtgctgaagcaatccatatgagggtggtgcaagtttcaatcaactctgtacgagtttccaatttaacccacttatcagtcttca 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6368928 gaagtgctgaagcaatccatatgagggtggtgcaagtttcaatcaactctgtacgagtttccaatttaacccacttatcagtcttca 6369014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 47 - 286
Target Start/End: Original strand, 6389756 - 6389995
Alignment:
Q  47 tttggtgtgattgtcgtcaaatatgtcttcatgtagtccttagcgagctccttaaactcatgggatcctttcactggcatgaatcttatggttttagttg 146  Q
    ||||||||||||||  ||||||| | ||||  ||| |||||||| ||||| | | ||||| ||| ||||||| | |||||||||||| || |||||||||    
T  6389756 tttggtgtgattgttctcaaataagccttctcgtaatccttagcaagctcgtcatactcaggggttcctttctcaggcatgaatcttctgcttttagttg 6389855  T
Q  147 gtcggttaaggatgtaccctccatactgatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagggtggtgcaagtttcaatcaa 246  Q
    |||||||||  ||||| || || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6389856 gtcggttaacaatgtatccaccgtacggatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagggtggtgcaagtttcaatcaa 6389955  T
Q  247 ctctgtacgagtttccaatttaacccacttatcagtcttc 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6389956 ctctgtacgagtttccaatttaacccacttatcagtcttc 6389995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 50 - 249
Target Start/End: Original strand, 6362002 - 6362201
Alignment:
Q  50 ggtgtgattgtcgtcaaatatgtcttcatgtagtccttagcgagctccttaaactcatgggatcctttcactggcatgaatcttatggttttagttggtc 149  Q
    ||||| |||||| ||| ||| | ||||  |||||||||||| ||||| | | ||||| ||||||| | | | |||||||||||| |  ||||||||||||    
T  6362002 ggtgttattgtcctcagataagacttctggtagtccttagcaagctcatcatactcaggggatccctgctcaggcatgaatcttctacttttagttggtc 6362101  T
Q  150 ggttaaggatgtaccctccatactgatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagggtggtgcaagtttcaatcaactc 249  Q
    |||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6362102 ggttaacgatatatcctccatacggatattgtccaaaattaactgctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagggtggtgcaagcttcaatcaactc 6362201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 53 - 255
Target Start/End: Original strand, 7457861 - 7458063
Alignment:
Q  53 gtgattgtcgtcaaatatgtcttcatgtagtccttagcgagctccttaaactcatgggatcctttcactggcatgaatcttatggttttagttggtcggt 152  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||| ||||| | | |||||  |||||||||| | |||||||||||| |  |||| ||||||||||    
T  7457861 gtgattgtcctcaaataagtcttctggtagtccttagcaagctcatcatactcaacggatcctttctcaggcatgaatcttctactttttgttggtcggt 7457960  T
Q  153 taaggatgtaccctccatactgatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagggtggtgcaagtttcaatcaactctgt 252  Q
    ||||||| || |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||  ||||||| ||    
T  7457961 taaggatatatcctccatacgcatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagaatggtgcaagcttctttcaactccgt 7458060  T
Q  253 acg 255  Q
    |||    
T  7458061 acg 7458063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 49 - 260
Target Start/End: Original strand, 6409007 - 6409218
Alignment:
Q  49 tggtgtgattgtcgtcaaatatgtcttcatgtagtccttagcgagctccttaaactcatgggatcctttcactggcatgaatcttatggttttagttggt 148  Q
    ||||||||||||  ||||||| | ||||  | |||||| ||| ||||| | | ||||| ||| ||||||| | |||||||||||| |  |||||||||||    
T  6409007 tggtgtgattgttctcaaatacgccttctcgaagtcctgagcaagctcgtcatactcaggggttcctttctcaggcatgaatcttctacttttagttggt 6409106  T
Q  149 cggttaaggatgtaccctccatactgatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagggtggtgcaagtttcaatcaact 248  Q
    |||||||  ||||| || || ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6409107 cggttaacaatgtatccaccgtaaggatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagccatccaaatgagggtggtgcaagtttcaatcaact 6409206  T
Q  249 ctgtacgagttt 260  Q
    ||| ||||||||    
T  6409207 ctgcacgagttt 6409218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 108 - 274
Target Start/End: Original strand, 6273386 - 6273552
Alignment:
Q  108 gggatcctttcactggcatgaatcttatggttttagttggtcggttaaggatgtaccctccatactgatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgc 207  Q
    |||||||||||   ||||| |||||| || ||||||||||||||||||| ||||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6273386 gggatcctttcttaggcattaatcttctgcttttagttggtcggttaagaatgtaaccaccgtacggatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgc 6273485  T
Q  208 tgaagcaatccatatgagggtggtgcaagtttcaatcaactctgtacgagtttccaatttaacccac 274  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||||| ||  |||||||||    
T  6273486 tgaagcaatccatatgagggtagtgcaagagtcaatcaactctgtgcgagtttgcatcttaacccac 6273552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 53 - 255
Target Start/End: Original strand, 7470263 - 7470465
Alignment:
Q  53 gtgattgtcgtcaaatatgtcttcatgtagtccttagcgagctccttaaactcatgggatcctttcactggcatgaatcttatggttttagttggtcggt 152  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||| ||||| | | | |||  |||||||||| | |||||||||||| |  |||| ||||||||||    
T  7470263 gtgattgtcctcaaataagtcttctggtagtccttagcaagctcatcatattcaacggatcctttctcaggcatgaatcttctactttttgttggtcggt 7470362  T
Q  153 taaggatgtaccctccatactgatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagggtggtgcaagtttcaatcaactctgt 252  Q
    ||||||| || |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||  ||||||| ||    
T  7470363 taaggatatatcctccatacgcatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagaatggtgcaagcttctttcaactccgt 7470462  T
Q  253 acg 255  Q
    |||    
T  7470463 acg 7470465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 46 - 250
Target Start/End: Original strand, 6351113 - 6351317
Alignment:
Q  46 ctttggtgtgattgtcgtcaaatatgtcttcatgtagtccttagcgagctccttaaactcatgggatcctttcactggcatgaatcttatggttttagtt 145  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||  |||||||||||| ||||| | | ||||| | ||||||||| | |||||||||||| |  | || |||    
T  6351113 ctttggtgtgattgtcctcaaataagacttctggtagtccttagcaagctcatcatactcaggtgatcctttctcaggcatgaatcttctactctttgtt 6351212  T
Q  146 ggtcggttaaggatgtaccctccatactgatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagggtggtgcaagtttcaatca 245  Q
    || ||||||||||| || ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||||    
T  6351213 ggccggttaaggatatatcctccatatggatattgtccgaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatataaggatggtggaagcttcgatca 6351312  T
Q  246 actct 250  Q
    |||||    
T  6351313 actct 6351317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 50 - 260
Target Start/End: Original strand, 6423034 - 6423244
Alignment:
Q  50 ggtgtgattgtcgtcaaatatgtcttcatgtagtccttagcgagctccttaaactcatgggatcctttcactggcatgaatcttatggttttagttggtc 149  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||  |||||||||||  |||||   | ||||    ||||||||| | |||||||||||  || | ||||||||||    
T  6423034 ggtgtgattgtcttcaaatatgccttctggtagtccttagaaagctcagcatactcggctgatcctttctcaggcatgaatctcctgctcttagttggtc 6423133  T
Q  150 ggttaaggatgtaccctccatactgatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagggtggtgcaagtttcaatcaactc 249  Q
    ||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||||||||    
T  6423134 ggttaaggatgtatcctccatatgggtattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatataaggatggtggaagcttcgatcaactc 6423233  T
Q  250 tgtacgagttt 260  Q
     | ||||||||    
T  6423234 cgcacgagttt 6423244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 138 - 260
Target Start/End: Original strand, 6330757 - 6330879
Alignment:
Q  138 ttttagttggtcggttaaggatgtaccctccatactgatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagggtggtgcaagt 237  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||     
T  6330757 ttttagttggtcggttaagtatatatcctccatatggatattgaccaaaattaacagctgcatgatgtgctgaagcaatccatatgaggatagtgcaagc 6330856  T
Q  238 ttcaatcaactctgtacgagttt 260  Q
    ||||||||||||||||| |||||    
T  6330857 ttcaatcaactctgtacaagttt 6330879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 140 - 260
Target Start/End: Original strand, 6320297 - 6320417
Alignment:
Q  140 ttagttggtcggttaaggatgtaccctccatactgatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagggtggtgcaagttt 239  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||    
T  6320297 ttagttggtcggttaagtatatatcctccatatgggtattgaccaaaattaacagctgcatgatgtgctgaagcaatccatatgaggatagtgcaagctt 6320396  T
Q  240 caatcaactctgtacgagttt 260  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  6320397 caatcaactctgtacaagttt 6320417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 122 - 249
Target Start/End: Original strand, 6287651 - 6287778
Alignment:
Q  122 ggcatgaatcttatggttttagttggtcggttaaggatgtaccctccatactgatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccata 221  Q
    ||||| |||||| || |||| |||||||||||||| ||||| || || ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  6287651 ggcattaatcttctgctttttgttggtcggttaagaatgtaaccaccgtacggatattgtccaaaattaacagccgcatgaagtgccgaagcaatccata 6287750  T
Q  222 tgagggtggtgcaagtttcaatcaactc 249  Q
    ||||| |||||||||  |||||||||||    
T  6287751 tgaggatggtgcaagcctcaatcaactc 6287778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 164 - 224
Target Start/End: Original strand, 6262233 - 6262293
Alignment:
Q  164 cctccatactgatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatga 224  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  6262233 cctccatacggatattgtccaaaattaacagctgcatgaagagctgaagcagtccatatga 6262293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 142 - 224
Target Start/End: Original strand, 6456125 - 6456207
Alignment:
Q  142 agttggtcggttaaggatgtaccctccatactgatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatga 224  Q
    |||||| ||||| ||||| || ||||||||  |||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  6456125 agttggacggttcaggatatatcctccataaggatactgtccaaagttaactgctgcatgaagagctgaagcagtccatatga 6456207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 143 - 222
Target Start/End: Original strand, 6449659 - 6449738
Alignment:
Q  143 gttggtcggttaaggatgtaccctccatactgatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatat 222  Q
    ||||| ||||| ||||| || ||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||    
T  6449659 gttggacggttcaggatatatcctccgtaaggatattgtccgaaattaacagctgcatgaagagcagaagcagtccatat 6449738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000007; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 143 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 9606357 - 9606276
Alignment:
Q  143 gttggtcggttaaggatgtaccctccatactgatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatga 224  Q
    ||||| ||||| || || || ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||    
T  9606357 gttggacggtttagaatataacctccataaggatattgtccaaaattaacagctgcatgaagagcagaagcagtccatatga 9606276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000007; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 179 - 224
Target Start/End: Original strand, 42692174 - 42692219
Alignment:
Q  179 tgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatga 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42692174 tgtccaaaattaacagctgcatgaagagctgaagcaatccatatga 42692219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 174 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 42689679 - 42689611
Alignment:
Q  174 gatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagggtggtgcaagtttcaa 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||  ||||||||| | | ||||||| |||||    
T  42689679 gatattgtccaaaattaacagctgcgtggagggctgaagccgtccatatgatgatagtgcaagcttcaa 42689611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 174 - 222
Target Start/End: Original strand, 46708221 - 46708269
Alignment:
Q  174 gatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatat 222  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  46708221 gatattgtccaaattttacagctgcatgtagggctgaagcaatccatat 46708269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 174 - 222
Target Start/End: Original strand, 46709186 - 46709234
Alignment:
Q  174 gatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatat 222  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  46709186 gatattgtccaaagtttacagctgcatgtagagctgaagcaatccatat 46709234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University