View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1570_high_2 (Length: 441)
Name: NF1570_high_2
Description: NF1570
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1570_high_2 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 374; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 424
Target Start/End: Original strand, 31524202 - 31524622
Alignment:
| Q |
1 |
aaagtaacataaattatatatgatttggagcgattattacatataatttattaaccaatcttattaagatgattatttgatatgatatgagattttctca |
100 |
Q |
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| T |
31524202 |
aaagtaacataaattatatatgatttggagcgattattacatataatttattaaccaatcttattaagatgattatttgatatgatatgagattttctca |
31524301 |
T |
|
| Q |
101 |
aatacaattgattggtgtaaaactagtagaagagcaacacaactttagggatttatatcactggatgaaggagggggaaggcaacatgggggcttaagac |
200 |
Q |
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| T |
31524302 |
aatacaattgattggtgtaaaactagtagaagagcaacacaactttagggatttatatcactggatga---aggggggaggcaacatgggggcttaagac |
31524398 |
T |
|
| Q |
201 |
aaataggtggtccgcatagtcttggaccattagggcaacaaggttccaagccttgtacattggctaccatagcacctgcaatagcgnnnnnnnncagcat |
300 |
Q |
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| T |
31524399 |
aaataggtggtccgcatagtcttggaccattagggcaacaaggttccaagccttgtacattggctaccatagcacctgcaatagcgaaaaaaaacagcat |
31524498 |
T |
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| Q |
301 |
aaacttaaacaatatcttcaacatagtttccattataaccaagcttaatttgaatatggtattgtgattgatatattacaacaatgtgtacttatttata |
400 |
Q |
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| T |
31524499 |
aaacttaaacaacatcttcaacatagtttccattataaccaagcttagtttgaatatggtattgtgattgatatattacaacaatgtgtacttatttata |
31524598 |
T |
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| Q |
401 |
agtaaagagaaaatcttttgaaat |
424 |
Q |
| |
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| T |
31524599 |
agtaaagagaaaatcttttgaaat |
31524622 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 424
Target Start/End: Original strand, 31515454 - 31515875
Alignment:
| Q |
1 |
aaagtaacataaattatatatgatttggagcgattattacatataatttattaaccaatcttattaagatgattatttgatatgatatgagattttctca |
100 |
Q |
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| T |
31515454 |
aaagtaacataaattatatatgatttggagcgattattacatataatttatcaaccaatcttattaagatgattatttgatatgatatgagattttctca |
31515553 |
T |
|
| Q |
101 |
aatacaattgattggtgtaaaactagtagaagagcaacacaactttagggatttatatcactggatgaaggagggggaaggcaacatgggggcttaagac |
200 |
Q |
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| T |
31515554 |
aatacaattgattggtgtaaaactagtagaagtgcaacacaactttagggatttatatcactggatga---aggggggaggcaacatgaggacttaagac |
31515650 |
T |
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| Q |
201 |
aaataggtggtccgcatagtcttggaccattagggcaacaaggttccaagccttgtacattggctaccatagcacctgcaatagcg-nnnnnnnncagca |
299 |
Q |
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| T |
31515651 |
aaataggtggtccgcatagtcttggaccattagggcaacaaggttccaagccttgtacattggctaccatagcacctgcaatagcgaaaaaaaaacagca |
31515750 |
T |
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| Q |
300 |
taaacttaaacaatatcttcaacatagtttccattataaccaagcttaatttgaatatggtattgtgattgatatattacaacaatgtgtacttatttat |
399 |
Q |
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| T |
31515751 |
taaacttaaacaatatcttcaacatagtttccattataaccaagcttagtttgaatatggtattgtgattgatatattacaacaatgtgtacttatttat |
31515850 |
T |
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| Q |
400 |
aagtaaagagaaaatcttttgaaat |
424 |
Q |
| |
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| T |
31515851 |
aaataaagagaaaatcttttgaaat |
31515875 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 18 - 424
Target Start/End: Original strand, 31521872 - 31522275
Alignment:
| Q |
18 |
atatgatttggagcgattattacatataatttattaaccaatcttattaagatgattatttgatatgatatgagattttctcaaatacaattgattggtg |
117 |
Q |
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|
| T |
31521872 |
atatgatttggagcggttattacatataatttatcaaccaatcttattaagatgattatttgatatgatattagattttctcgaatacaattgattggtg |
31521971 |
T |
|
| Q |
118 |
taaaactagtagaagagcaacacaactttagggatttatatcactggatgaaggagggggaaggcaacatgggggcttaagacaaataggtggtccgcat |
217 |
Q |
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| T |
31521972 |
taaaactagtagaagatcagcacaactttagggatttatatcactggatgaag--ggggggaggcagcatgggggcttaagacaaataggtggtccgcat |
31522069 |
T |
|
| Q |
218 |
agtcttggaccattagggcaacaaggttccaagccttgtacattggctaccatagcacctgcaatagcgnnnnnnnncagcataaacttaaacaatatct |
317 |
Q |
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| T |
31522070 |
agtcttggaccattagggcaacaaggttccaagccttgtacattggctaccatagcacctgcaatagcgagaaaaaacagcataaacttaaacaatatct |
31522169 |
T |
|
| Q |
318 |
tcaacatagtttccattataaccaagcttaatttgaatatggtattgtgattgatatattacaacaatgtgtacttatttataagtaaagagaaaatctt |
417 |
Q |
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| T |
31522170 |
tcaacatagtttccattataaccaagattagtttgaat-tggtattgtgagtgatatattacaacaatgtgtacttatttataagcaaagagaaaatctt |
31522268 |
T |
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| Q |
418 |
ttgaaat |
424 |
Q |
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| T |
31522269 |
ttgaaat |
31522275 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 32 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 28043084 - 28043039
Alignment:
| Q |
32 |
gattattacatataatttattaaccaatcttattaagatgattatt |
77 |
Q |
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| T |
28043084 |
gattattaaatatagtttattaaccaatcttattaatataattatt |
28043039 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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