View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15712_low_1 (Length: 715)

Name: NF15712_low_1
Description: NF15712
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15712_low_1
NF15712_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-699)||(32223667-32224372)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 659; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 659; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 699
Target Start/End: Original strand, 32223667 - 32224372
Alignment:
Q  1 caattaaacttaactctggtttactcactccccattcacatacagccacattcatagtcatacacatcactaactatacctagcaattaagctacattat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32223667 caattaaacttaactctggtttactcactccccattcacatacagccacattcatagtcatacacatcactaactatacctagcaattaagctacattat 32223766  T
Q  101 cattattcaaagaaaaagccaaaacaaaattaaaacaaccaatgaatccggtcataacatttggttcatattcacaagtatatgtatgtatgta------ 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  32223767 cattattcaaagaaaaagccaaaacaaaattaaaacaaccaatgaatccggtcataacatttggttcatattcacaagtatatgtatgtatgtatgtact 32223866  T
Q  195 -ctatagttgagagactaataacttaacttacccattacccataacccatttacagctaagaacttgtcatgnnnnnnntatcatgatggtaaaagtaaa 293  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  32223867 actatagttgagagactaataacttaacttacccattacccataacccatttacagctaagaacttgtcatgaaaaaaatatcatgatggtaaaagtaaa 32223966  T
Q  294 gggagaggattgaatacagattgcacaaatgtcataaaaatgtttcactgttttcacaaaaatccttgttgttgctaaaaatagaacaaaaaacagaatc 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32223967 gggagaggattgaatacagattgcacaaatgtcataaaaatgtttcactgttttcacaaaaatccttgttgttgctaaaaatagaacaaaaaacagaatc 32224066  T
Q  394 atccatccactactcaactttcacttcttccactcaactagttacaccattgatctgttttattaacaccaaacccaaaacccatttcgtgattgccgag 493  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32224067 atccatccactactcaactttcacttcttccactcaactagttacaccattgatctgttttattaacaccaaacccaaaacccatttcgtgattgccgag 32224166  T
Q  494 cgtcgttcatattatctgcacaaacactcagaaccaaagagagagaaagagaaagtagatagatagcaatgatgatggatgagggagaaggtaagaagaa 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32224167 cgtcgttcatattatctgcacaaacactcagaaccaaagagagagaaagagaaagtagatagatagcaatgatgatggatgagggagaaggtaagaagaa 32224266  T
Q  594 agttgtggttcagaaaaccgaggcgtgtggtttcatggcaggtgttgaagatgagctagggtttgtcaacgtgaaaggagacaacaacaacgggtcgggt 693  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32224267 agttgtggttcagaaaaccgaggcgtgtggtttcatggcaggtgttgaagatgagctagggtttgtcaacgtgaaaggagacaacaacaacgggtcgggt 32224366  T
Q  694 caacgg 699  Q
    ||||||    
T  32224367 caacgg 32224372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University