View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15713_low_1 (Length: 695)

Name: NF15713_low_1
Description: NF15713
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15713_low_1
NF15713_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-679)||(10754823-10755493)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (9-669)||(2989624-2990281)
chr8 (9-669)||(2710455-2711112)
chr8 (16-680)||(9850273-9850934)
chr8 (16-671)||(3002610-3003262)
chr8 (24-409)||(2980779-2981164)
chr8 (113-591)||(2915398-2915876)
chr8 (111-409)||(2910438-2910736)
chr8 (113-679)||(3141433-3141999)
chr8 (27-666)||(3169448-3170090)
chr8 (26-592)||(3173019-3173581)
chr8 (541-679)||(2980509-2980647)
chr8 (111-408)||(3281772-3282069)
chr8 (111-408)||(13791825-13792122)
chr8 (452-592)||(2910779-2910919)
chr8 (24-88)||(2915309-2915373)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (15-669)||(18356024-18356675)
chr6 (120-200)||(6124507-6124587)
[»] scaffold0065 (2 HSPs)
scaffold0065 (18-679)||(45739-46401)
scaffold0065 (452-679)||(50905-51132)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (111-677)||(3918417-3918983)
chr7 (183-291)||(7157318-7157426)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 651; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 651; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 679
Target Start/End: Original strand, 10754823 - 10755493
Alignment:
Q  9 catcatcattcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaaca 108  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10754823 catcgtcattcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaaca 10754922  T
Q  109 accaagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10754923 accaagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaattcccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgt 10755022  T
Q  209 tgaggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccact 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10755023 tgaggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccatt 10755122  T
Q  309 caatttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaag 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755123 caatttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggtactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaag 10755222  T
Q  409 atcctggtttactactccaacggtatcatccccaaagacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtca 508  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755223 atcctggtttactactccaacggaatcatccccaaagacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtca 10755322  T
Q  509 tctacacgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccact 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755323 tctacacgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccact 10755422  T
Q  609 tttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacgaagc 679  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755423 tttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacgaagc 10755493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 2990281 - 2989624
Alignment:
Q  9 catcatcattcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaaca 108  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||    
T  2990281 catcatcattaaaatttgcatcttggaagaatgaattcttcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcattgattttcaactgaaca 2990182  T
Q  109 accaagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2990181 accaagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaattcccaatcctgaggaaataaagagcaataagcaaaacattgcctttgt 2990082  T
Q  209 tgaggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccact 308  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| ||||  | |||||||| ||||||||| |||| |    
T  2990081 tgaggtgataagttctggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcaccatcacacaatttccaacattcaccttgtaagacattgatccatt 2989982  T
Q  309 caatttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaag 408  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  2989981 cactttctttactttcacttcgtaatatgcctcctagtgatctaattgctaacggaactcctttgcacttttctgctatcttcttaccaattgattcaag 2989882  T
Q  409 atcctggtttactactccaacggtatcatccccaaagacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtca 508  Q
    |   |||||    |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||| |||| |||| ||||| ||| |||||| | |||  ||   |||||    
T  2989881 aggttggtt---cactccaacagtaacatccccaaagacaatattcttgaacaaaacccatgatttttctggagttaaacctctcaaaacatgttggtca 2989785  T
Q  509 tctacacgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccact 608  Q
      ||||| |||| | | ||||||  | ||    |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||    
T  2989784 cttacacccattctatctgccacaatcttactgcatgttgtcattacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataaggcctcaattgatcccact 2989685  T
Q  609 tttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaatt 669  Q
    ||||||||| || |||||||||||| || |||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  2989684 tttcaaaacactcattccaaacgtcgtcgagaactaacaagtatctctgaccagttaaatt 2989624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 669
Target Start/End: Original strand, 2710455 - 2711112
Alignment:
Q  9 catcatcattcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaaca 108  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||    
T  2710455 catcgtcattcaattctgcatcttggaagaatgaattcatcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcattgctcttcaactgaaca 2710554  T
Q  109 accaagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgt 208  Q
     |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||    
T  2710555 tccaagatatccttgtgctatccacatttgaattaactcatccttcttcaatttccaatcttgaggaaatatagagcaataagcaaaacattgtctttgt 2710654  T
Q  209 tgaggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccact 308  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| | ||||||    
T  2710655 tgaggcgacaagttattgtaactcaattttaggaccggcatgatgctatctttatcctcgcacaatttccaaaagtcaccttgtaagacatcgatccact 2710754  T
Q  309 caatttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaag 408  Q
    |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || |||| ||||||    
T  2710755 ccctttcttcccttttacttcgtaatatgcctcccagtgatctaattgctaatggaactcctttgcacttttctgctatcttctttccaattggttcaag 2710854  T
Q  409 atcctggtttactactccaacggtatcatccccaaagacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtca 508  Q
    |   |||||    ||||||| || |||||||  ||||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||  | |||  ||| ||||||    
T  2710855 agtttggtt---cactccaatggcatcatccggaaaggtaatattctttaacaaaccccaagattcttctggagttaaaccactcaaaacataggggtca 2710951  T
Q  509 tctacacgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccact 608  Q
      ||||| |||||| ||||||||  ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || | ||||||||    
T  2710952 cttacacccattgtttgtgccacaattttactacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcctcaattcatcccact 2711051  T
Q  609 tttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaatt 669  Q
    ||||| ||||||  ||||||| ||||||||  | ||||||||||||| ||||||| |||||    
T  2711052 tttcataactctcgttccaaatgtcatccaagactaacaagtatctcgtaccagtcaaatt 2711112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 16 - 680
Target Start/End: Original strand, 9850273 - 9850934
Alignment:
Q  16 attcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaaga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||  |||||    
T  9850273 attcaattttgcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattaacaaattggttaccaacatcttccatgctcttcccttcaactgaacagtcaaga 9850372  T
Q  116 taaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggtg 215  Q
    ||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |    
T  9850373 taaccatgcgccatccacattcgaatcaactcatccttctcaaattcccaatccttaggatataaagagcaataagcaaaacattgtctttgttgaggcg 9850472  T
Q  216 acaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccactcaatttc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| || || ||  |||| || |  ||||| | |||||   || | ||  ||||    
T  9850473 acaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctatctttatcctcacacaagttccaaaaatttccttgtaggacatcaatcaattccctttc 9850572  T
Q  316 tttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaagatcctgg 415  Q
    || |||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||     |||    
T  9850573 ttcacttttactttgtaatatgcctcctaacgatctaattgctaatggaactcctttgcacttttccgctatcttcctaccaattgattcaa-----tgg 9850667  T
Q  416 tt-tact-actccaacggtatcatccccaaagacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcatctac 513  Q
    || || | ||||||| ||||||||||| | |  |||| ||||| || | || |||||||||||||| | ||||||| || |||  ||||||| ||  |||    
T  9850668 ttctattcactccaatggtatcatcccaagatgcaattttctttaatagactccaagattcttctggaatcaaaccattcaaaacataagggacacttac 9850767  T
Q  514 acgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccacttttca 613  Q
    || ||| || ||||||||  ||     |||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | || ||| |||| ||||||    
T  9850768 acccatggtttgtgccacaattgcactacgagtcgtcactacaaccttacttccttgagccccacacatcaaataagtcttcaattgagcccatttttca 9850867  T
Q  614 aaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacgaagct 680  Q
     |||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  9850868 taactctcattccaaatgtcatctagaactaacaagtatctcttaccagttaaatggtcacgaagct 9850934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 16 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 3003262 - 3002610
Alignment:
Q  16 attcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaaga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| | |   |||| ||||||  |||||    
T  3003262 attcaattttgcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttccatgcagtgcttttcaattgaacattcaaga 3003163  T
Q  116 taaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggtg 215  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |  ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||  || ||||||  ||    
T  3003162 taaccttgcgccatccacatttgaatcaactcgtccttctcaattacccaatccttaggatataaagcacaataagcaaaacattgtctctgttgaaatg 3003063  T
Q  216 acaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccactcaatttc 315  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||||  ||| ||   | ||| || || ||| |||| || |||||||| ||||||| | |||| ||  ||||    
T  3003062 acaaattttggtaactcaattttaggaccggcaaaatggtaccgttatcctcacacaatttccaaaattcaccttgtaagacatcgatccattccctttc 3002963  T
Q  316 tttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaagatcctgg 415  Q
    || ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||   ||     
T  3002962 ttcacttttattttgtaatatgcctcccaattatctaattgctaatggaactcctctgcactttttcactatcttcttaccaattgactcaagagtttga 3002863  T
Q  416 tttactactccaacggtatcatccccaaagacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcatctacac 515  Q
    ||    ||||||| |||||||||||||||  |||||||||| |||||||  || |||||||||| ||||||||| || |||  ||| || ||   |||||    
T  3002862 tt---cactccaatggtatcatccccaaacgcaatcttctttaacaaacttcatgattcttctggagtcaaaccattcaaaaaatagggctctcttacac 3002766  T
Q  516 gcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaa 615  Q
     |||||| |||||||| | |||   |||||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||| |||| ||||||||    
T  3002765 ccattgtttgtgccacagctttactacgagttgtcactaaaaccttggtgccttgagcatcacacatcaaataagtcctcaattgagcccatttttcaaa 3002666  T
Q  616 actcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaatttt 671  Q
    |||||  ||||||| |||||| || | ||| ||  ||||||| ||| |||||||||    
T  3002665 actctcgttccaaatgtcatcgaggattaagaaaaatctcttcccatttaaatttt 3002610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 24 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 2981164 - 2980779
Alignment:
Q  24 ttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaagataaccttg 123  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |   ||||||||||   |||||||||||||    
T  2981164 ttgcatcttggaagaatgaattcttcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatctttcatgcattgcttttcaactgaaccgtcaagataaccttg 2981065  T
Q  124 tgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggtgacaagtta 223  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2981064 tgccatccacatttgaattaattcatccttcataaatttccaatcctggggaaataaagagcaataagcaaaacattgcctttgttgaggtgacaagtta 2980965  T
Q  224 tggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccactcaatttctttacttt 323  Q
    | |||||||||| ||||||| |||| |||||||| || ||| ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||| |   |||||||  ||||||  ||||    
T  2980964 tagtaactcaatcttaggactggcaagatgctatctttatcctcgcacaatttccaaaagtcaccttgtaagacttcaatccactccctttcttcccttt 2980865  T
Q  324 tacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaaga 409  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  2980864 tgctttgtaatatgcctcccaatgatcttattgctaatggaactcctttgcacttttctgctatcttctcaccaattgactcaaga 2980779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 113 - 591
Target Start/End: Original strand, 2915398 - 2915876
Alignment:
Q  113 agataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgag 212  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||||  ||||||||||||| | || ||||||||||||| |||  |||||||| ||||| ||||  || || ||||    
T  2915398 agataaccttgtgccatgcacagctgaatccactcatccttctctatttcccaatccttaggatatacggagcaatatgcaaagcattgtctgtgctgag 2915497  T
Q  213 gtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccactcaat 312  Q
    | ||||||||  | || |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  2915498 gcgacaagtttcgatagctcagtttcagaaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcact 2915597  T
Q  313 ttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaagatcc 412  Q
     ||||||||||||||| | |||| |||||| |||| |||||| || | |||||||||| |||| ||||  ||||||| | |||| ||||||||||||       
T  2915598 ctctttacttttactttgcaataggcctcctaatgttctaatagctagtggaactcctctgcatttttctgctatctccataccaattgattcaagagtt 2915697  T
Q  413 tggtttactactccaacggtatcatccccaaagacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcatcta 512  Q
    | ||| ||| || || |   || | |       ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||  ||    
T  2915698 ttgttcactccttcagcctcattaccgtatgtaacaatgttctttaacaaaccccatgattcttctggagtcaaaccattcaaagcataagggtcacata 2915797  T
Q  513 cacgcattgtgtgtgccacggtttt-ctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagt 591  Q
    ||| ||||||  ||||||| ||||| ||| ||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  2915798 cacccattgtccgtgccacagttttactc-cgagtcgtcactaaaatcttactgcctttagcaccacacatcaagtaagt 2915876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 111 - 409
Target Start/End: Original strand, 2910438 - 2910736
Alignment:
Q  111 caagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttg 210  Q
    |||||||||||||||| || || | |||||| |||||||||||||| | || ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||  || |||||    
T  2910438 caagataaccttgtgcaatgcatagttgaatcaactcatccttctctatttcccaatccttaggatatatagagcaatatgcaaaacattgtctctgttg 2910537  T
Q  211 aggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccactca 310  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||| || ||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  2910538 aggtgacaagttttggtaactcagtttcagaaccggcacgatgctattttcgtcttggcataatctccaaaagtcaccttgtaagacattgttccattca 2910637  T
Q  311 atttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaaga 409  Q
     ||| |||||| |||| | | |||| |||||| |||| |||||| || | |||||| ||  |||||||||  ||||||| | |||| ||||||||||||    
T  2910638 ctttgtttactcttaccttgcaataggcctcctaatgttctaatagctagtggaaccccactgcacttttctgctatctccataccaattgattcaaga 2910736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 113 - 679
Target Start/End: Original strand, 3141433 - 3141999
Alignment:
Q  113 agataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgag 212  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||| | |||||||||| || |||||||||| || | ||||||    
T  3141433 agataaccttgtgccatccatagttgaatcaactcatccttctctattttccaatctttagtatataaagagcagtaggcaaaacattgccgtagttgag 3141532  T
Q  213 gtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccactcaat 312  Q
    | |||||||| |||||||||| ||| |  |||||||||||||| | ||| ||||| |||||| |||| ||||||||||| || ||||   |||| ||  |    
T  3141533 gagacaagttttggtaactcagtttcaacaccggcatgatgctttcttcgtcttcacataatttccaaaagtcaccttgtaaaacatcaatccattctct 3141632  T
Q  313 ttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaagatcc 412  Q
    ||||| | |||| |   | |||| |||||| | || ||| ||||| | |||||| ||  |||||||||  || |||||||| || |||| |||||||       
T  3141633 ttcttcatttttgccctgcaataggcctcctagtgttctgattgcaagtggaacaccactgcacttttctgcaatcttcttgccaattgtttcaagagtt 3141732  T
Q  413 tggtttactactccaacggtatcatccccaaa---gacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcat 509  Q
    ||||||||| ||      || ||||||||| |    | ||| ||| ||||||||| |||||||| ||||  ||||||||| || ||| |||| | | |      
T  3141733 tggtttactgct---ttcgtctcatccccatatgtaataatgttcgtcaacaaactccaagatttttctagagtcaaaccattcaaattataggagacgc 3141829  T
Q  510 ctacacgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccactt 609  Q
     ||||| |||| | | ||| ||  ||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | || ||| |||| ||    
T  3141830 ttacacccattctttctgcaacaattttagaacgagttgtcactacaaccttactgcctttagcaccatacatcaaataagtcctcaattgagcccattt 3141929  T
Q  610 ttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacgaagc 679  Q
    | |||||||||  ||||||| |||||| || | |||||||||| | |||||||||| |||||| ||||||    
T  3141930 tccaaaactctcgttccaaatgtcatctaggactaacaagtattttttaccagttagattttctcgaagc 3141999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 27 - 666
Target Start/End: Original strand, 3169448 - 3170090
Alignment:
Q  27 catcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaagataaccttgtgc 126  Q
    ||||||| || ||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||    ||    | | | |||||  ||||||||||||||||    
T  3169448 catcttgcaaaaatgacttcatcaagaaaatatttacgaattggttaccaatatcttccatcagcttttttttagccgaacattcaagataaccttgtgc 3169547  T
Q  127 catccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggtgacaagttatgg 226  Q
    ||||||||  ||||||||||||| ||| |  | |||||||||||||||| ||| ||  || || ||||||||||  ||  |||| |||||||||||||||    
T  3169548 catccacaaatgaattaactcatgcttatgtattttccaatccttaggatatatagcacagtatgcaaaacattgtctaagttggggtgacaagttatgg 3169647  T
Q  227 taactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccactcaatttctttacttttac 326  Q
    ||||||| ||| |  || ||||||||||| | ||| ||||| |||||  |||| |||||| |||| || |||     ||| ||| |||| | ||||||||    
T  3169648 taactcagtttcaacactggcatgatgctttcttcttcttcacataacttccaaaagtcatcttgtaaaacaccaacccattcagtttcatcacttttac 3169747  T
Q  327 ttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaagatcctggtttactactcc 426  Q
     | |||| | |||||| | || ||| ||||| | |||||| ||  ||||||||   |||||||||||||| || | |||||||   ||||| |  |||||    
T  3169748 cttgtaaaaggcctcctagtgttctgattgctagtggaacaccactgcactttacagctatcttcttaccaatagtttcaagagtttggttcaaaactcc 3169847  T
Q  427 aacggtatcatccccaaag---acaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcatctacacgcattgtg 523  Q
        || ||||||||  |    || || ||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||| || |||||||| ||| ||  ||||| ||||||     
T  3169848 ttttgtctcatccccgtatgtaacgatgttcttcaacaaactccaagatttctctggagtcaaaccattcaaagtataggggacacttacacccattgtt 3169947  T
Q  524 tgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaactcttat 623  Q
    ||||| ||   |||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || ||| |||| ||||||||||| |  |    
T  3169948 tgtgctacaactttactacgagttgtcactacaaccttactaccttgagcaccacacatcaaataagtcttcaattgagcccatttttcaaaactgtcgt 3170047  T
Q  624 tccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaa 666  Q
    ||||||  ||||| |||| ||||| ||||||| || |||||||    
T  3170048 tccaaatatcatctagaactaacaggtatctcatagcagttaa 3170090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 26 - 592
Target Start/End: Original strand, 3173019 - 3173581
Alignment:
Q  26 gcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaagataaccttgtg 125  Q
    ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  | || ||   | ||||| |  |||  ||||||||||    
T  3173019 gcatcttggaaaaatgacttcatcaagaaaatatttacaaattg-ttaccaatatcttccataaactttcc---acctgaaaattcaaagtaaccttgtg 3173114  T
Q  126 ccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggtgacaagttatg 225  Q
    ||| ||||| |||||| ||||||| |||||| | | |||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||  |    
T  3173115 ccacccacagttgaatcaactcatgcttctctattctccaatccttgggatataaagagcagtaagcaaaacattgtcttagttgaggtgacaagtttag 3173214  T
Q  226 gtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccactcaatttctttactttta 325  Q
    |||||||| ||| |  || ||||||||||| | ||| ||||| |||||| |||| | | ||| ||| |||||||   |||| ||  || ||| | |||||    
T  3173215 gtaactcagtttcaacactggcatgatgctttcttcgtcttcacataatttccacaggccacattgtaagacatcagtccattcctttgcttcagtttta 3173314  T
Q  326 cttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaagatcctggtttactactc 425  Q
    |   |||||| |||||| | || ||| ||||| | |||||| ||  ||||||| |   ||||||| ||||| |||||||| |||   ||||| || |||     
T  3173315 ccctgtaataggcctcctagtgttctgattgctagtggaacaccaatgcacttctcttctatctttttaccaattgattccagagtttggttcac-actt 3173413  T
Q  426 caacggtatcatcccca-aagaca--atcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcatctacacgcattgt 522  Q
    |   ||| ||||||||| | || |  || ||||||||||||| ||||||    |||| | ||||||| || |||||||||||| ||  ||||| ||||||    
T  3173414 c--tggtttcatccccatatgaaatgatgttcttcaacaaactccaagaactctctggattcaaaccattcaaagtataagggacacttacacccattgt 3173511  T
Q  523 gtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtc 592  Q
     ||||| ||  |||| | |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  3173512 ttgtgctacaattttattacgagttgtcactataaccttactgtcttgagcaccacacatcaaatgagtc 3173581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 541 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 2980647 - 2980509
Alignment:
Q  541 acgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaactcttattccaaacgtcatccaga 640  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| | || |||||||||||||||  |||||| ||||||| |||||| ||     
T  2980647 acgagttgtcactacaatcttgctgccttgagcatcacgcatcaaataagtcgtcaattgatcccacttttcattactcttgttccaaatgtcatctagg 2980548  T
Q  641 agtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacgaagc 679  Q
    | |||||||||| | |||||||||||||| |||||||||    
T  2980547 actaacaagtattttttaccagttaaattgtcacgaagc 2980509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 111 - 408
Target Start/End: Original strand, 3281772 - 3282069
Alignment:
Q  111 caagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttg 210  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||| |||  ||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||     |    
T  3281772 caagataaccttgtgccatccaaagttgaatcaacatatccttctcgatttcccaatccttaggaaatagagagcaataagcaaaacattgtctcaaccg 3281871  T
Q  211 aggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccactca 310  Q
    | | |||||  | ||||||| |||| | |||| |  ||||||||| ||||| ||||| ||| ||  ||| || || ||||| ||||||||| |||| ||     
T  3281872 aagcgacaaactttggtaacccaatgtcaggatcaacatgatgcttttttcgtcttcacatgattcccaaaattcgccttgtaagacattgatccattcc 3281971  T
Q  311 atttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaag 408  Q
     ||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||| | ||||||| | |||||||||  |||||||||  || || || ||||| |||||||||||    
T  3281972 ctttctttgcttttactctgtaataggcctcccaatgttttaattgctagtggaactcccatgcacttttctgcaatttttttaccaattgattcaag 3282069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 111 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 13792122 - 13791825
Alignment:
Q  111 caagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttg 210  Q
    |||||||||| ||||||||||| | |||||| ||| |||||||||||| || ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||   |||    
T  13792122 caagataaccctgtgccatccaaagttgaatcaacgcatccttctcaatttcccaatccttgggatataaagagcaataagcaaaacattgtctcaattg 13792023  T
Q  211 aggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccactca 310  Q
    | | |||||  | |||||||| ||||| ||||  | |  |||||| | ||  ||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||| | |||| ||     
T  13792022 aagcgacaaactttggtaactaaatttcaggattgacgagatgctttctttgtcttcgcataattcccaaaagtcaccttgtaagacatcgatccattcc 13791923  T
Q  311 atttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaag 408  Q
     |||||| |||||| ||| | | || ||||||||| | ||||||||| | |||||||||  |||||||||  ||||| ||  |||| |||||||||||    
T  13791922 ctttcttcacttttcctttgcagtaagcctcccaaagttctaattgctagtggaactcccatgcacttttctgctatttttataccaattgattcaag 13791825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 452 - 592
Target Start/End: Original strand, 2910779 - 2910919
Alignment:
Q  452 ttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcatctacacgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtca 551  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||||| || |||  |||||||||   ||||| |||||| |||||||| |||||   |||||| ||||    
T  2910779 ttctttaacaaactccatgattcttctggagtcaaaccattcaaaacataagggtcgcatacacccattgtctgtgccacagttttactacgagtcgtca 2910878  T
Q  552 ctacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtc 592  Q
    ||| || ||| ||| ||| ||||||||||||||| ||||||    
T  2910879 ctaaaatcttgctgtctttagcaccacacatcaagtaagtc 2910919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 88
Target Start/End: Original strand, 2915309 - 2915373
Alignment:
Q  24 ttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatg 88  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||| | || || ||||| |||||| |||||||||||    
T  2915309 ttgcatcttggaaaaatgactttgtcaagaaattcttcacgaattggttaccagcatcttccatg 2915373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 18356675 - 18356024
Alignment:
Q  15 cattcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaag 114  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |   |||||||||||||||||    
T  18356675 cattcaaatctgcatcttggaagaatgaattcttcaagaaaatttttacaaattgattaccaacatctttcatgcattgcttttcaactgaacaaccaag 18356576  T
Q  115 ataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18356575 ataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaattcccaatcctgaggaaataaagagcaataagcaaaacattgcctttgttgaggt 18356476  T
Q  215 gacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccactcaattt 314  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || || ||| |||| || || ||||| ||||||||| |||| ||| |||    
T  18356475 gataagttctggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcacgatcacacaatttccaaaattctccttgtaagacattgatccattcacttt 18356376  T
Q  315 ctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaagatcctg 414  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||   ||    
T  18356375 ctttactttcacctcgtaatatgcctcctagtgatctaattgctaacggaactcctttgcacttttctactatcttcttaccaattgattcaagaggttg 18356276  T
Q  415 gtttactactccaacggtatcatccccaaagacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcatctaca 514  Q
    |||    |||||||| ||| |||||||||||  ||| ||||| |||||| |||| |||||||||| ||| |||||| | |||  ||   |||||  ||||    
T  18356275 gtt---cactccaacagtaacatccccaaaggtaatattcttgaacaaaacccatgattcttctggagttaaacctctcaaaacatgttggtcacttaca 18356179  T
Q  515 cgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaa 614  Q
    | |||||| | ||||||  | ||    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||||    
T  18356178 ctcattgtatctgccacaatcttactgcgtgttgtcattacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataaggcctcaattgatcccacttttcaa 18356079  T
Q  615 aactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaatt 669  Q
    |||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18356078 aactctcattccaaacgtcgtcgagaactaacaagtatctcttaccagttaaatt 18356024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 120 - 200
Target Start/End: Original strand, 6124507 - 6124587
Alignment:
Q  120 cttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacatt 200  Q
    ||||||||||||| | |||||| ||||||| ||| |||| || |||| || ||||| |||  ||||||||||| |||||||    
T  6124507 cttgtgccatccataattgaatcaactcattcttttcaatttcccaacccataggatatatggagcaataagcgaaacatt 6124587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065 (Bit Score: 171; Significance: 2e-91; HSPs: 2)
Name: scaffold0065
Description:

Target: scaffold0065; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 18 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 46401 - 45739
Alignment:
Q  18 tcaatttt-gcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaagat 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||   |  |     | |  ||||||  ||||||    
T  46401 tcaattttagcatcttggaagaatgacttcatcaagaaaatctttacgaattggttaccaatatcttccggaccctgtttttgagttgaacattcaagat 46302  T
Q  117 aaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggtga 216  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |  | || ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||  ||| ||||||| ||    
T  46301 aaccttgtgccatccacagttgaatcaactcatccttttttatttcccaatccttaggatataaagagcagtaagaaaaacattgtcttagttgaggcga 46202  T
Q  217 caagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccactcaatttct 316  Q
     ||||| |||||||||| ||| |  || ||||||||| | | ||| ||||| |||||| |||| |||||| |||| || |||     ||| ||  |||||    
T  46201 taagttttggtaactcagtttcaacactggcatgatggtttcttcgtcttcacataatttccaaaagtcatcttgtaaaacaccaacccattccgtttct 46102  T
Q  317 ttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaagatcctggt 416  Q
    | |||||||| | |||| | |||||| |||| ||| ||||| | |||||| ||  |||||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||  ||||    
T  46101 tcacttttaccttgtaaaaggcctcctaatgttctgattgctagtggaacaccactgcacttttcagctatcttcttaccaattgcttcaagattttggt 46002  T
Q  417 ttactactccaacggtatcatccccaaagacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcatctacacg 516  Q
    | |  |||||   ||| |||||||   |    || ||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||| || |||||||| ||| ||  |||||     
T  46001 tcaaaactcctttggtctcatccctgtatgtgatgttcttcaacaaacaccaagatttctctggagtcaaaccattcaaagtataggggacacttacacc 45902  T
Q  517 cattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaa 616  Q
    |||||| ||||||||  ||||   |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||| |||    
T  45901 cattgtttgtgccacaattttagaacgagtcgtcactacaaccttactaccttgagcaccacacatcaaataagtcttcaattgatcccacttttctaaa 45802  T
Q  617 ctcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacgaagc 679  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  45801 ctctcattccaaacgtcatcaagaagtagcaagtatctcttaccagttaaattgtcacgaagc 45739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 452 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 51132 - 50905
Alignment:
Q  452 ttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcatctacacgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtca 551  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| || |||| ||| |||  |  ||||  |||||| ||||||||  ||||   |||||| ||||    
T  51132 ttcttcaacaaaccccaagatttctctgaagtcaaaccattcaaagcataggggatacttacatccattgtttgtgccacaattttagaacgagtcgtca 51033  T
Q  552 ctacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagta 651  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | || |||   || |||||||||||||  ||||||| |||||| || | |||||||||    
T  51032 ctacaaccttactaccttgagcaccacacataaaataagtcctcaattgagaacatttttcaaaactctcgttccaaatgtcatctaggactaacaagta 50933  T
Q  652 tctcttaccagttaaattttcacgaagc 679  Q
    ||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  50932 tctcttacctgttaaattatcacaaagc 50905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 122; Significance: 3e-62; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 111 - 677
Target Start/End: Original strand, 3918417 - 3918983
Alignment:
Q  111 caagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttg 210  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| || || ||||||||||| |  | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |   ||||    
T  3918417 caagataaccatgtgccatccacaattgtatcaattcatccttctctatatcccaatccttaggatataaagagcaataagcaaaacattgtcgcagttg 3918516  T
Q  211 aggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccactca 310  Q
    ||| |||||||| |||||||||| ||| |  || |||||||| || | ||||||||| |||||| |||| ||||||||||| || ||||   |||| |||    
T  3918517 aggcgacaagttttggtaactcagtttcaacactggcatgatactttcttcatcttcacataatttccaaaagtcaccttgtaaaacatcaatccattca 3918616  T
Q  311 atttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaagat 410  Q
      ||||| |||||||| | |||| | |||||| | || ||| ||||| | |||||| ||  |||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||     
T  3918617 cattcttcacttttaccttgtaacaggcctcctagtgttcttattgctagtggaaccccagtgcacttttctgctatcttcttgccgattgattcaagag 3918716  T
Q  411 cctggtttactactccaacggtatcatccccaaagacaatc---ttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtc 507  Q
      ||||| |||  |     ||  ||||||||  |   |||    || |||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| || |||  ||| |||||    
T  3918717 tttggttcactctttt---ggactcatccccgtatgtaatgatgttgttcaacaaacgccaagattctgctggagtcaaaccattcaaaacataggggtc 3918813  T
Q  508 atctacacgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccac 607  Q
    |  ||||| |||||| |||| ||| |||||   ||| |||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| | || ||| ||||     
T  3918814 aattacacccattgtttgtgacactgttttactacgggttgtcgctacaatcttactaccttgagcaccacacatcaaaaaagtcctcaagtgagcccat 3918913  T
Q  608 ttttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacgaa 677  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  3918914 ttttcaaaactctcgttccaaatgtcatccaaaactaacaagtatctcttacctgttaaattgtcacgaa 3918983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 183 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 7157426 - 7157318
Alignment:
Q  183 agcaataagcaaaacattccctttgttgaggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataa 282  Q
    |||| |||||||||||||  ||   |||||| |||||| | |||||||||| ||| |  || ||||| ||||||| ||| ||||| |||||| |||| ||    
T  7157426 agcagtaagcaaaacattgtctcatttgaggagacaagctttggtaactcagtttcaacactggcataatgctatcttcgtcttcacataatttccaaaa 7157327  T
Q  283 gtcaccttg 291  Q
    |||||||||    
T  7157326 gtcaccttg 7157318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University