View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15724_low_1 (Length: 677)

Name: NF15724_low_1
Description: NF15724
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15724_low_1
NF15724_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (9-661)||(42212439-42213091)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 621; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 621; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 42213091 - 42212439
Alignment:
Q  9 agaagaacatggtacatatacatgcgatggaatggcaatggaattaaatggtgtatgttgtaattgaacttgattagatgacggaaggatggagggccaa 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42213091 agaagaacatggtacatatacatgcgatggaatggcgatggaattaaatggtgtatgttgtaattgaacttgattagatgacggaaggatggagggccaa 42212992  T
Q  109 aataactgtctaactggaaaatggttataaagaaaccatggactagtaccaggtgcgggtgatacctcggacatagataactcctgcacaacaggagttt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42212991 aataactgtctaactggaaaatggttataaagaaaccatggactagtaccaggtgcgggtgatacctcggacatagataactcctgcacaacaggagttt 42212892  T
Q  209 tctccacttcagtgtttattgacttagctatctacaaacagaagcaaatgtcagttttccggtatatatttacttttgcaaacaaaaagagttatcccat 308  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42212891 tctctacttcagtgtttattgacttagctatctacaaacagaagcaaatgtcagttttccggtatatatttacttttgctaacaaaaagagttatcccat 42212792  T
Q  309 actcaaagatttcttgcatagaaaaacatcttacttgtgcctttaagagcttattagtagtctctaaagactgatactctttcaaagccgactccttttt 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42212791 actcaaagatttcttgcatagaaaaacatcttacttgtgtctttaagagcttattagtagtctctaaagactgatactctttcaaagccaactccttttt 42212692  T
Q  409 cttttcaccagaaatgacacatttggaagagtgaatgattagaaaaacatcaaaagatgaaattaattgagaagcggtaatatctaaaaaagatgcatca 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42212691 cttttcaccagaaatgacacatttggaagagtgaatgattagaaaaacatcaaaagatgaaattaattgagaagcggtaatatctaaaaaagatgcatca 42212592  T
Q  509 tacaattaagcccaaccgaataaagaagagagtataattggaagacagaaaaagcataccctctttaggttttcattttccatcgccaaggtggcagctt 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  42212591 tacaattaagcccaaccgaataaagaagagagtataattggaagaaagaaaaagcataccctctttaggttttcattttccattgctaaggtggcagctt 42212492  T
Q  609 ttctgcttaactcctcactcagagcctgaagcattttatacaaaagaaaagaa 661  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42212491 ttctgcttaactcctcactcagagcctgaagcattttatacaaaagaaaagaa 42212439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University