View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15725_low_28 (Length: 207)

Name: NF15725_low_28
Description: NF15725
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15725_low_28
NF15725_low_28
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (13-192)||(15002146-15002325)
chr1 (13-192)||(15037059-15037238)
chr1 (13-192)||(15032497-15032676)
chr1 (13-192)||(15011039-15011218)
chr1 (13-192)||(15017154-15017333)
chr1 (13-192)||(14522518-14522697)
chr1 (19-192)||(14467842-14468015)
chr1 (13-192)||(14532639-14532818)
chr1 (19-192)||(14504021-14504194)
chr1 (14-192)||(14482024-14482202)
chr1 (111-192)||(15025156-15025237)
chr1 (13-168)||(15040807-15040962)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (13-192)||(12818-12997)
scaffold0400 (21-192)||(6530-6701)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (13-192)||(13461-13640)
scaffold0365 (21-192)||(7174-7345)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (13-189)||(16102922-16103098)
chr7 (13-189)||(14605940-14606116)
chr7 (13-189)||(16025117-16025293)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 156; Significance: 4e-83; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 15002325 - 15002146
Alignment:
Q  13 cagagacattaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgta 112  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15002325 cagaaacattaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcaattggagctctttcgaaagctgtaatgtttggagtcggaccctccaactggttgta 15002226  T
Q  113 agatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15002225 agatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagctttagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 15002146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 15037238 - 15037059
Alignment:
Q  13 cagagacattaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgta 112  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15037238 cagagacattaccacataagcctttgttatttgtcaatgcttcaattggagctcttttgaaagctgtaatgtttggaatcggaccctccaactggttgta 15037139  T
Q  113 agatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15037138 agatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttaagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 15037059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 15032676 - 15032497
Alignment:
Q  13 cagagacattaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgta 112  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15032676 cagagacattaccacataagcctttgttatttgtcaatgcttcaattggagcttttttgaaagctgtaatgtttggaattggaccctccaactggttgta 15032577  T
Q  113 agatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15032576 agatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 15032497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 15011218 - 15011039
Alignment:
Q  13 cagagacattaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgta 112  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15011218 cagagacattaccacataagcctttgttatttgtcaatgcttcaattggagctcttttgaaagctgtaacatttggaatcggaccctccaattggttgta 15011119  T
Q  113 agatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15011118 agatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 15011039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 15017333 - 15017154
Alignment:
Q  13 cagagacattaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgta 112  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15017333 cagagatattaccacacaagcccttgttatttgtcaatgcttcaattggagctcttccgaaagctgtaatgtttggagtcggaccctccaactggttgta 15017234  T
Q  113 agatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 192  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15017233 agatacatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 15017154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 13 - 192
Target Start/End: Original strand, 14522518 - 14522697
Alignment:
Q  13 cagagacattaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgta 112  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||  ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||    
T  14522518 cagagacattaccgcacaagcctttgttatttctaaatgcttcaactggagctctttggaatgctgtaatgtttggaattggaccctccaaccggttgta 14522617  T
Q  113 agatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 192  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||    
T  14522618 agatatatcaacagttgtcaaacttaacatatcaaaaaagcttaagggaatgttaccatagagattattatgtgagagat 14522697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 19 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 14468015 - 14467842
Alignment:
Q  19 cattaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtaagatat 118  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||   || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14468015 cattaccacacaagtctttgttgtttctcagtgcttcaattggagcctgttggaaggctggaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtacgatat 14467916  T
Q  119 atcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 192  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||  || ||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  14467915 atctacagttgtcaagcttaacatatcaactgagctgaagagaatggtaccagaaagattattatgtgagagat 14467842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 13 - 192
Target Start/End: Original strand, 14532639 - 14532818
Alignment:
Q  13 cagagacattaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgta 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  14532639 cagagacattaccacacaagcctttgttatttctaagtgcttcaattggagctttttggaaggctgtaatgcttggaattggaccctccaattggttgta 14532738  T
Q  113 agatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 192  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||| | | |  ||||  | |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  14532739 tgatatatcaacaattgtcaagcttaacatcttaccgtagctcaaaggaatggttccagaaagattattatgtgaaagat 14532818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 14504194 - 14504021
Alignment:
Q  19 cattaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtaagatat 118  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||  || ||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  14504194 cattaccacacaagtctttgttgtttctcagtgcttcaattggagcttgttggaaggctggaatgcttggaatcggaccctccaattggttgtatgatat 14504095  T
Q  119 atcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 192  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||| || ||||  |||| || |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  14504094 atcaataattgtcaagcttaacatatcaccagagctaaaggggatcgtaccagacagattattatgtgagagat 14504021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 14 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 14482202 - 14482024
Alignment:
Q  14 agagacattaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtaa 113  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||| | | | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14482202 agaggcattaccacacaagtctttgttgtttctcagtgcttcaattggagttttctggaaggctggaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtac 14482103  T
Q  114 gatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 192  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||| | | || | ||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  14482102 gatatatctacagttatcaagcttaacatctaaccatatctgaagggaatggtaccagaaagattattatgtgagagat 14482024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 111 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 15025237 - 15025156
Alignment:
Q  111 taagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15025237 taagatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 15025156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 13 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 15040962 - 15040807
Alignment:
Q  13 cagagacattaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgta 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||  ||| |||  |  ||| | || |||  ||||||| ||||||| ||| |||||| |    
T  15040962 cagagacattaccacacaagcctttgttatttcttaatgcttcaaatggggcttgtaggaaggatgaaatttttggaattggacccttcaattggttgca 15040863  T
Q  113 agatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtac 168  Q
     |||||||||||||||||||||| | |||| ||| || || |  ||||||||||||    
T  15040862 tgatatatcaacagttgtcaagcctgacatctcaccataggtcaagggaatggtac 15040807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 12997 - 12818
Alignment:
Q  13 cagagacattaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgta 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  ||| |||| |||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  12997 cagagacattaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcaattggagcttttaggaaggctggaatgttaggaatcggaccctccaattggttgta 12898  T
Q  113 agatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 192  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||| | | |  ||||  | |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  12897 tgatatatcaacaattgtcaagcttaacatcttaccgtagctcaaaggaatggttccagaaagattattatgtgaaagat 12818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 21 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 6701 - 6530
Alignment:
Q  21 ttaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtaagatatat 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||  ||||||| |||| |||| ||||||| ||||| || || |||||||| |||||||    
T  6701 ttaccacacaagcctttgttatttcttaatgcttcaattggagcatttttgaaggctggaatgtttggaattggaccttcaaattggttgtatgatatat 6602  T
Q  121 caacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 192  Q
    ||| |||||| |||||| |||| ||| || || |  |||||||||||||||| | ||| |||||||||||||    
T  6601 caatagttgttaagcttgacatctcaccataggtcaagggaatggtaccagaaaaattattatgtgagagat 6530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 13640 - 13461
Alignment:
Q  13 cagagacattaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgta 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  ||| |||| |||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  13640 cagagacattaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcaattggagcttttaggaaggctggaatgttaggaatcggaccctccaattggttgta 13541  T
Q  113 agatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 192  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||| | | |  ||||  | |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  13540 tgatatatcaacaattgtcaagcttaacatcttaccgtagctcaaaggaatggttccagaaagattattatgtgaaagat 13461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 21 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 7345 - 7174
Alignment:
Q  21 ttaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgtaagatatat 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||  ||||||| |||| |||| ||||||| ||||| || || |||||||| |||||||    
T  7345 ttaccacacaagcctttgttatttcttaatgcttcaattggagcatttttgaaggctggaatgtttggaattggaccttcaaattggttgtatgatatat 7246  T
Q  121 caacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgagagat 192  Q
    ||| |||||| |||||| |||| ||| || || |  |||||||||||||||| | ||| |||||||||||||    
T  7245 caatagttgttaagcttgacatctcaccataggtcaagggaatggtaccagaaaaattattatgtgagagat 7174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 49; Significance: 3e-19; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 13 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 16103098 - 16102922
Alignment:
Q  13 cagagacattaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgta 112  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||   ||||  ||| |||  || ||||||||  |||| | || |  ||||||||||| ||||| ||    
T  16103098 cagagacattaccacacaagtctttattatttctcaacacttcgattgtagcgtttctgaaagctcgaatgttggggagtggaccctccaattggttata 16102999  T
Q  113 agatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgaga 189  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||| | | ||||||| ||||||||    ||||| ||||| ||||||||||    
T  16102998 tgatatatcaacagatgtcaagcttaacatttgatcaaagctagagggaataaagccagaaagattattatgtgaga 16102922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 14606116 - 14605940
Alignment:
Q  13 cagagacattaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgta 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||| ||| |||  |  ||||||||  |||  | || |  ||||||||||| ||||| ||    
T  14606116 cagagacattaccacacaagcctttattatttctcaccacttcaattgtagcgttgctgaaagctcgaatattggggagtggaccctccaattggttata 14606017  T
Q  113 agatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgaga 189  Q
     ||||||||||||| ||| ||||| ||||| | | | ||||| ||||||||   |||||| ||||| ||||||||||    
T  14606016 tgatatatcaacagatgttaagctgaacatctgatcgaagctagagggaataaaaccagaaagattattatgtgaga 14605940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 13 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 16025293 - 16025117
Alignment:
Q  13 cagagacattaccacacaagcctttgttatttctcagtgcttcacttggagctcttttgaaagctgtaatgcttggaatcggaccctccaactggttgta 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||| ||| |||  |  ||||||||  |||  | || |  ||||||||||| ||||| ||    
T  16025293 cagagacattaccacacaagcctttattatttctcaccacttcaattgtagcgttgctgaaagctcgaatattggggagtggaccctccaattggttata 16025194  T
Q  113 agatatatcaacagttgtcaagcttaacatatcaacaaagcttgagggaatggtaccagagagattgttatgtgaga 189  Q
     |||||||||||||  || ||||| ||||| | | | ||||| ||||||||   |||||| ||||| ||||||||||    
T  16025193 tgatatatcaacagacgttaagctgaacatctgatcgaagctagagggaataaaaccagaaagattattatgtgaga 16025117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University