View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1573-INSERTION-6 (Length: 718)

Name: NF1573-INSERTION-6
Description: NF1573
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1573-INSERTION-6
NF1573-INSERTION-6
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (8-718)||(35068304-35069012)
chr5 (8-714)||(35052407-35053094)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 572; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 572; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 718
Target Start/End: Complemental strand, 35069012 - 35068304
Alignment:
Q  8 cctctatagtttgatcaatacttaagtatggaccaagcacattaacattatatataatggaataatttgtgatgttgtgtccttttacatatggtaggtg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  35069012 cctctatagtttgatcaatacttaagtatggaccaagcacattaacattatatataatggaataatttgtgatgctgtgtccttttacacatggtaggtg 35068913  T
Q  108 actactnnnnnnntgcacattttggaaaattataccatttcttgcatgctacacaatgttgtctttatcttttcttttgatgtaaaccgttgctgctatt 207  Q
    ||||||       |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35068912 actactaaaaaaatgcacaatttggaaaattataccatttcttgcatgctacacaatgttgtctttatcttttcttttgatgtaaaccgttgctgctatt 35068813  T
Q  208 ttcatcagacaannnnnnnnncagtgatatgaaaaatactgctcagctacaaatacttgtttttctcatttgaattaccatttttcttgaccaccatttc 307  Q
    ||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35068812 ttcatcagacaatttttttt-cagtgatatgaaaaatactgctcagctacaaatacttgtttttctcatttgaattaccatttttcttgaccaccatttc 35068714  T
Q  308 ccttgtatgtttatattttaatttttaagtgttattcttcaaatatacactgctaggagatagacttacctgtccaaatcctgttttattaaatatgttg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35068713 ccttgtatgtttatattttaatttttaagtgttactcttcaaatatacactgctaggagatagacttacctgtccaaatcctgttttattaaatatgttg 35068614  T
Q  408 taccatcaaaacacaccaaaatgattcaaatgggttatctttttcaatttgatttttcttattccttggcacagcttgctgcctttgtacttcactatac 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35068613 taccatcaaaacacaccaaaatgattcaaatgggttatctttttcaatttgatttttcttattccttgtcacaacttgctgcctttgtacttcactatac 35068514  T
Q  508 tcaccttattaggacaagatcaaaactcacannnnnnncattgctaaataagtttattaagtcataatagtttcataatttggtaatgaagacttagtta 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35068513 tcaccttattaggacaagatcaaaactcacatttttttcattgctaaataagtttattaagtcataatagtttcataatttggtaatgaagacttagtta 35068414  T
Q  608 aggttttttaactgcttttttgtattgaattgaattatgaacnnnnnnntatgattgaaagtgatgcccacctcatttgttgatgttaaaaacaaaactc 707  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||       ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35068413 aggttttttaactgtttttttgtattgatttgaattatgaacaaaaaaatatgattgaaagtgatg-ccacctcttttgttgatgttaaaaacaaaactc 35068315  T
Q  708 attgcatttgc 718  Q
    |||||||||||    
T  35068314 attgcatttgc 35068304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 35053094 - 35052407
Alignment:
Q  8 cctctatagtttgatcaatacttaagtatggaccaagcacattaacattatatataatggaataatttgtgatgttgtgtccttttacatatggtaggtg 107  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  35053094 cctctatggtttgatcaatacttaagtatg-accaagcacattaacattatatataatggaataatttgtgaggttgtgtccttttacacatggtaggtg 35052996  T
Q  108 actactnnnnnnntgcacattttggaaaattataccatttcttgcatgctacacaatgttgtctttatcttttct-tttgatgtaaaccgttgctgctat 206  Q
    ||||||       |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  35052995 actactaaaaaa-tgcacaatttggaaaattataccatttcttgcatgctacacaatgttgtctttatcttttctgtttgatgtaaaccattgctgctat 35052897  T
Q  207 tttcatcagacaannnnnnnnn-cagtgatatgaaaaatactgctcagctacaaatacttgtttttctcatttgaattaccatttttcttgaccaccatt 305  Q
    |||||||||||||          | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35052896 tttcatcagacaattttttttttcggtgatatgaaaaatactgctcagctacaaatgcttgtttttctcatttgaattaccatttttcttgaccaccatt 35052797  T
Q  306 tcccttgtatgtttatattttaatttttaagtgttattcttcaaatatacactgctaggagatagacttacctgtccaaatcctgttttattaaatatgt 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35052796 tcccttgtatgtttatattttaatttttaagtgttactcttcaaatatacaccgctatgagatagacttacctgtctaaatcctgttttattaaatatgt 35052697  T
Q  406 tgtaccatcaaaacacaccaaaatgattcaaatgggttatctttttcaatttgatttttcttattccttggcacagcttgctgcctttgtacttcactat 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35052696 tgtaccatcaaaacacaccaaaatgattcaaataggttatctttttcaatttgatttttcttattctttgtcacaccttgctgcctttgtacttcactat 35052597  T
Q  506 actcaccttattaggacaagatcaaaactcacannnnnnncattgctaaataagtttattaagtcataatagtttcataatttggtaatgaagacttagt 605  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||        |    
T  35052596 actcaccttatttggacaagatcaaaactcacattttttgcattgctaaataagtttattaag-----------tcataatttggtaatga--------t 35052516  T
Q  606 taaggttttttaactgcttttttgtattgaattgaattatgaa-cnnnnnnntatgattgaaagtgatgcccacctcatttgttgatgttaaaaacaaaa 704  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| |       |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35052515 taaggttttttaactgttttcttgtatggaattgaattatgaaccaaaaaaatatggttgaaagtgatg-ccacctcttttgttgatgttaaaaacaaaa 35052417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University