View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15732_high_1 (Length: 890)

Name: NF15732_high_1
Description: NF15732
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15732_high_1
NF15732_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (9-875)||(54847660-54848574)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 715; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 715; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 875
Target Start/End: Original strand, 54847660 - 54848574
Alignment:
Q  9 agaagcaaagggaggctcattgcatatatttttatt---catctgaaattagtagtctcttgaatgattgagagtaagtgtagacaaggatgcggtgata 105  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  54847660 agaaacaaagggaggctcattgcatatatttttattattcatctgaaattagtagtctcttgaatgattgagagaaagtgtagacaaggatgcggtgata 54847759  T
Q  106 acatacaactcttttacc----------------atatttaattattgaatctaaatccaatccaatccaatcattttcttaagtaacggaatgtgcctc 189  Q
    ||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  54847760 acatacaactcttttacctataaacaccattcccatatttaattattgaatctaaatccaatccaatccaatcattttcttaagtaacg-aatgtgcctc 54847858  T
Q  190 tcataccataattttatatttagttgattcaccagcttcccatatataatcaacagtaaagaaactcaatatcacaaattcataatcaacattttttaac 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  54847859 tcataccataattttatatttagttgattcaccagcttcccatatataatcaacagtaaagaaactcaatatcacaaattcataatcaacattttt-aac 54847957  T
Q  290 aattgtattttataatttttctcttaagctgaacaaatggaacaagaaatcgaaaacatgatattcaacatgagttcacttggaacaagtttctcacaaa 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54847958 aattgtattttataatttttctcttaagctgaacaaatggaagaagaaatcgaaaacatgatattcaacatgagttcacttggaacaagtttctcacaaa 54848057  T
Q  390 agtaagagcatttaattgtttgtttaa------------ttaattttgcttgattaaattttgtgttatatgtatgagcaggagaggaggattatcaagg 477  Q
    |||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54848058 agtaagagcatttaattgtttgtttaattaattaattaattaattttgcttgattaaattttgtgttatatgtatgagcaggagaggaggattatcaagg 54848157  T
Q  478 tattactcagggaaagcaagatcatttgtttgtatggaagatgtacattcggttgaggatttgaagaaaccaaaacatcctgatgcaaagaaaagaaaga 577  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54848158 tattactcagggaaagcaagatcatttgtttgtatggaagatgtacattcggttgaggatttgaagaaaccaaaacatcctgatgcaaagaaaagaaaga 54848257  T
Q  578 aacattctcatagaaaggaattcatcaaccttaatccatatcattgtcgaagggcgccaagttgcactcaattaactacctcatacgtcaatgcttaaaa 677  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54848258 aacattctcataggaaggaattcatcaaccttaatccatatcattgtcgaagggcgccaagttgcactcaattaactacctcatacgtcaatgcttaaaa 54848357  T
Q  678 ttatttggatgttcacaagaatcagtacatgtttggattgaccttgattgacaaat-------------------ttattcaagctctaaaacgtagttt 758  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||    
T  54848358 ttatttggatgttcacaagaatcagtacatgtttggattgaccttgattgacaaatttagcgtgacactgttatcttattcaagctctaaaacgtagttt 54848457  T
Q  759 ttgtcaaaattattatgttcaccataattctgacaatctcagtgtcattccaaacacgtgtttagaatcattcattactctgctttcttcctcatgttgt 858  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54848458 ttgtcaaaattattatgttcaccataattctgacaatctcagtgtcattccaaacacgtgtttagaatcattcattactctgctttcttcctcatgttgt 54848557  T
Q  859 atatataagttaattat 875  Q
    |||||||||||||||||    
T  54848558 atatataagttaattat 54848574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University