View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF15735_low_17 (Length: 536)
Name: NF15735_low_17
Description: NF15735
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15735_low_17 |
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| [»] scaffold0239 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold0377 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0239 (Bit Score: 411; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0239
Description:
Target: scaffold0239; HSP #1
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 520
Target Start/End: Original strand, 3359 - 3877
Alignment:
| Q |
8 |
agatatgaagctggagaaaacaccacatttctctatcaaggtttgtccaagtaaaacattataatatttttagtatatagtttaattttatgaaataaat |
107 |
Q |
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3359 |
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3458 |
T |
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| Q |
108 |
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207 |
Q |
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| T |
3459 |
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3558 |
T |
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| Q |
208 |
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301 |
Q |
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3559 |
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3658 |
T |
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3758 |
T |
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| Q |
402 |
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501 |
Q |
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3858 |
T |
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502 |
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520 |
Q |
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3859 |
tgcagttgaagacgaaatt |
3877 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0377 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0377
Description:
Target: scaffold0377; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 1005 - 490
Alignment:
| Q |
8 |
agatatgaagctggagaaaacaccacatttctctatcaaggtttgtccaagtaaaacattataatatttttagtatatagtttaattttatgaaataaat |
107 |
Q |
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agatatgaagctggagaaaacaccacatttctctatcaaggtttgtccaactaaaacattataatatttttagtgtatagtttaattttataaaatatat |
906 |
T |
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| Q |
108 |
atgttgaattgaaatcaaggtatcggttgcgcccgcgttgcaatctttgatattgaggaaactcatagttaaatgtgataagaagtagcattcttaactt |
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Q |
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atgttgaattaaaatcactgtatcggttgcgcccgcgttgcaatctttgatattgaggaaactcatagttcaatgtgacaagatgtagcattcttaactt |
806 |
T |
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208 |
cagctgtgttacagtcaatcgtagcacaaaaaagtttatgtcgtttccc------tgatcacatannnnnnnaaaacctagctttatgtaatttaccttt |
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Q |
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cagttgtgttacagtcaatcttagcacaaaaaagtttatgtcgtttccctgatagtgatcacatattttcttaaaacctagctttatgtaatttaccttt |
706 |
T |
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302 |
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401 |
Q |
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606 |
T |
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| Q |
402 |
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501 |
Q |
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T |
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| Q |
502 |
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517 |
Q |
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505 |
tgcagttgaagtcgaa |
490 |
T |
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