View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1573_low_1 (Length: 732)

Name: NF1573_low_1
Description: NF1573
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1573_low_1
NF1573_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-725)||(1443030-1443737)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 688; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 688; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 725
Target Start/End: Original strand, 1443030 - 1443737
Alignment:
Q  18 aatagcttcttcaaaaccttgattgagaatgtaatggaacaaacctttaggaaaaacacaaacgtcaccaactttgagaacattttggaaaacttgattt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1443030 aatagcttcttcaaaaccttgattgagaatgtaatggaacaaacctttaggaaaaacacaaacgtcaccaactttgagaacattttggaaaacttgattt 1443129  T
Q  118 tgtgtatcaataaacccaactagtaatacaccttttttaacaaagatcatttcagtagctcgaggatgataatggaagtttactaagccatcattatcga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1443130 tgtgtatcaataaacccaactagtaatacaccttttttaacaaagatcatttcagtagctcgaggatgataatggaagtttactaagccatcattatcga 1443229  T
Q  218 tatcgagtcttccaatcgagagaccaagagtgttcagccctggaaactcagcagcagtgacaagttttacggatgcgccaaaaatgtccatagaactagc 317  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1443230 tatcgattcttccaatcgagagaccaagagtgttcagccctggaaactcagcagcagtgacaagttttacggatgcgccaaaaatgtccatagaactagc 1443329  T
Q  318 gttacttaattcattggttttgaaatcttgagctgttacgttagctggatttttgcaaggtagaccattgatgaatacggtttgtttatttggtgaaatt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1443330 gttacttaattcattggttttgaaatcttgagctgttacattagctggatttttgcaaggtagaccattgatgaatatggtttgtttatttggtgaaatt 1443429  T
Q  418 gatggacatgtgtcttgtaggttgtcacaatctgctaatgaaacttgggttttggttaagagattaaaaaataacacaaagaaaatgttgtaaacaaagg 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1443430 gatggacatgtgtcttgtaggttgtcacaatctgctaatgaaacttggattttggttaagagattaaaaaagaacacaaagaaaatgttgtaaacaaagg 1443529  T
Q  518 atttcatcttgaattttctctactgggtgagtatattttcttgcaccttattatgatggatttgaataaattatccacttcaattcatatcatatatata 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1443530 atttcatcttgaattttctctactgggtgagtatattttcttgcaccttattatgatggatttgaataaattatccacttcaattcatatcatatatata 1443629  T
Q  618 gtatataagcgttgtacacaataaagttcttgatgtgagactttgctaatgtggattgcaagtaatgatacatagtcttggagttcaattcttgatttga 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1443630 gtatataagcgttgtacacaataaagttcttgatgtgagactttgctaatgtggattgcaagtaatgatacatagtcttggagttcaattcttgatttga 1443729  T
Q  718 agtataat 725  Q
    ||||||||    
T  1443730 agtataat 1443737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University