View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1573_low_2 (Length: 647)
Name: NF1573_low_2
Description: NF1573
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1573_low_2 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 495; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 495; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 618
Target Start/End: Original strand, 37877263 - 37877890
Alignment:
| Q |
16 |
caaatatcacatcccaccaaagttccaaaagtatttcctaaggtgtcattaaactgcagaaacacttaattaacaagtctaatttaattgaagtttaagt |
115 |
Q |
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| T |
37877263 |
caaatatcacatcccaccaaagttccaaaagtatttcctaaggtgtcattaaacttcaaaaacacttaattaacaagtctaatttaattgaagtttaagt |
37877362 |
T |
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| Q |
116 |
gagatttggattttggatattgcaaacaaaaataatgatatagaatgtgtaatactaagttctgtatattgaacaacaaaagtcatggtcattggtcatg |
215 |
Q |
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| T |
37877363 |
gagatttggattttggatattccaaacaaaaataatgatatagaatgtgtaatactaagttctgtatattgaacaacaaaagtcatggtcattggtcatg |
37877462 |
T |
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| Q |
216 |
gtggtgttcagttcatagaggacgctttcaaagttcaagcggcagtgaagaatggtattttgtcatactaacagaagtaattatgattaagacaataatc |
315 |
Q |
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| T |
37877463 |
gtggtgttcagttcatagaggacgctttcaaagttcaagcggcagtgaagaatggtattttgtcatactaacagaagtaattatgattaagacaataatc |
37877562 |
T |
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| Q |
316 |
atattaacagaagtaattaagatgacaatgaaatcaaatggaaagttttaagtgaaatagagtacagtagtacgcgtcaaagaacttattttggcattct |
415 |
Q |
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| T |
37877563 |
atattaacagaagtaattaagatgacaatgaaattaaatggaaagttttaagtgaaatagagtacagta---cgcgtcaaagaacttattttggcattct |
37877659 |
T |
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| Q |
416 |
ggacactaaattacagaacatat----------------------ttcaatgttcaacttttatgtatg------ccccatatgctctatgtacttgtta |
487 |
Q |
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| T |
37877660 |
ggacactaaattacagaacatatttcaatggtacttcaatgaaagttcaatgttcaacttgtatgtatgcctatgccccatatgctctatgtactagtta |
37877759 |
T |
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| Q |
488 |
ttggaaaatgttaacattgataaaacaatatttcaatcaatttgtgatgacacatatatagttaagacatatgtggtatagtaaagttattgcatatact |
587 |
Q |
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| T |
37877760 |
ttggaaaatgttaacattgataaaacaatatttcaatcaatttgtgatgacaaatatatagttaagacatatgtggtatagtaaagttattgcatatact |
37877859 |
T |
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| Q |
588 |
gtatgcacctgaccattttttggaaggttgt |
618 |
Q |
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| T |
37877860 |
gtatgcacctgaccattttttggaaggttgt |
37877890 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 495; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 495; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 23894418 - 23893791
Alignment:
| Q |
16 |
caaatatcacatcccaccaaagttccaaaagtatttcctaaggtgtcattaaactgcagaaacacttaattaacaagtctaatttaattgaagtttaagt |
115 |
Q |
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| T |
23894418 |
caaatatcacatcccaccaaagttccaaaagtatttcctaaggtgtcattaaacttcaaaaacacttaattaacaagtctaatttaattgaagtttaagt |
23894319 |
T |
|
| Q |
116 |
gagatttggattttggatattgcaaacaaaaataatgatatagaatgtgtaatactaagttctgtatattgaacaacaaaagtcatggtcattggtcatg |
215 |
Q |
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| T |
23894318 |
gagatttggattttggatattccaaacaaaaataatgatatagaatgtgtaatactaagttctgtatattgaacaacaaaagtcatggtcattggtcatg |
23894219 |
T |
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| Q |
216 |
gtggtgttcagttcatagaggacgctttcaaagttcaagcggcagtgaagaatggtattttgtcatactaacagaagtaattatgattaagacaataatc |
315 |
Q |
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| T |
23894218 |
gtggtgttcagttcatagaggacgctttcaaagttcaagcggcagtgaagaatggtattttgtcatactaacagaagtaattatgattaagacaataatc |
23894119 |
T |
|
| Q |
316 |
atattaacagaagtaattaagatgacaatgaaatcaaatggaaagttttaagtgaaatagagtacagtagtacgcgtcaaagaacttattttggcattct |
415 |
Q |
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| T |
23894118 |
atattaacagaagtaattaagatgacaatgaaattaaatggaaagttttaagtgaaatagagtacagta---cgcgtcaaagaacttattttggcattct |
23894022 |
T |
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| Q |
416 |
ggacactaaattacagaacatat----------------------ttcaatgttcaacttttatgtatgcc------ccatatgctctatgtacttgtta |
487 |
Q |
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| T |
23894021 |
ggacactaaattacagaacatatttcaatggtacttcaatgaaagttcaatgttcaacttgtatgtatgcctatgccccatatgctctatgtactagtta |
23893922 |
T |
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| Q |
488 |
ttggaaaatgttaacattgataaaacaatatttcaatcaatttgtgatgacacatatatagttaagacatatgtggtatagtaaagttattgcatatact |
587 |
Q |
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| T |
23893921 |
ttggaaaatgttaacattgataaaacaatatttcaatcaatttgtgatgacaaatatatagttaagacatatgtggtatagtaaagttattgcatatact |
23893822 |
T |
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| Q |
588 |
gtatgcacctgaccattttttggaaggttgt |
618 |
Q |
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| T |
23893821 |
gtatgcacctgaccattttttggaaggttgt |
23893791 |
T |
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