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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF15741_low_1 (Length: 1101)
Name: NF15741_low_1
Description: NF15741
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15741_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 641; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 641; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1088
Target Start/End: Original strand, 5173101 - 5174166
Alignment:
| Q |
17 |
acttttctttcatatcaatataatttggtatacttggtcctctccagcaacaatataaatggctcactcccaagtaattggttgatacataatgatgaca |
116 |
Q |
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| T |
5173101 |
acttttctttcttatcaatataatttgatactgatggacctctctagcaacaatattgttggctcactcccaagt---tggttgataaataatgatgcca |
5173197 |
T |
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| Q |
117 |
tgatatatttggatatatcaaacaacaatttgagtggtttgcttccaaaagatattggtatattccttcctagtgttacctatttgaacttttcatggaa |
216 |
Q |
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| T |
5173198 |
tacaatatttggatctatcaaacaacaattttagtggtttgcttccagaagatat------attccttccaagtattacctatttgaacttttcatggaa |
5173291 |
T |
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| Q |
217 |
tagctttgaaggaaatataccttcatcaattggtaagatgaaaaatcttgggcacttggacctctctcataataatttctcgggtgagttgcctatacaa |
316 |
Q |
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| T |
5173292 |
tagctttgaaggaaatataccttcatcaattggtaagatgaaaaatcttgagtactttgacctctctcataataatttctcaggtgagttacctaaacaa |
5173391 |
T |
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| Q |
317 |
ctggccaca------gatgagttacaatacttgattctctccaacaactctctctgtgggaatattcctacatttggtaattcagcgaatatggaagttt |
410 |
Q |
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| T |
5173392 |
ctggccacatattgcgataatttacaatacttgattctctccaacaactctctacgtgggaatattcctaaatttgt---------gagtatggaagttt |
5173482 |
T |
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| Q |
411 |
tatttctgaataataacaactttagtggaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatacaagattactaatgctatccatatccaataactcaat |
510 |
Q |
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| T |
5173483 |
tattactgaataataacaactttagtggaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatacaagaatactaatgctatccatatccaataactcgat |
5173582 |
T |
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| Q |
511 |
ctcaggcacaattcctagttcaattgggatgttttctaacatgtatgtccttcttatgtctgaaaatcaattagaatgtcagatccctattgagatttcc |
610 |
Q |
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| T |
5173583 |
cacaggcagaattcctagttcaattgggatgttttctaacatgtatgtccttcttatgtctaaaaatcaattagaaggtcagatccctattgagatttcc |
5173682 |
T |
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| Q |
611 |
aacatgtccagtcttcaaatgttggatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttcacagctggatctctgaggttcatgtatttacaac |
710 |
Q |
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| T |
5173683 |
aacatgtccagtctttatattttggatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttcacagctggatctctgagattcttgtatttacaac |
5173782 |
T |
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| Q |
711 |
agaatgatctctctggatttataccatttgaactctctgaaggctcacaactacaacttctagatttgagggagaataaattttcaggtaaaattcccca |
810 |
Q |
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| T |
5173783 |
agaatgatctctctggatttataccatttgaactctctgaaggctcaaaactacaacttctagatttgagggagaacaaactttcaggtaaaattcccaa |
5173882 |
T |
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| Q |
811 |
ctggatggataacctatcagagttacgtgttcttttactaggagggaacaaattggaaggagatactccaattcaattgtgtcggttaaaaaagatcgac |
910 |
Q |
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| T |
5173883 |
ctggatggataagctctcagagttgagggttcttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaattcaattttgttggttcaaaaagatcgac |
5173982 |
T |
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| Q |
911 |
ataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccgaaatatgtcatttggaatgagacagtacgt------tgatgatgatg |
1004 |
Q |
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| T |
5173983 |
ataatggatctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcctccaaaatatgtcatttggaatgagacaatatgttcataatgatgatgatg |
5174082 |
T |
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| Q |
1005 |
acggtcctacttttgaattctcaatatccggatatctaccaacaatttccttcaatgctagtttgtcgattcaacctccatgga |
1088 |
Q |
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|
| T |
5174083 |
acggtcctatttttgaattctcaatgtacggagctcctacagatatttccttcaatgctagtttgttgattcgacatccatgga |
5174166 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 587; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 116 - 1101
Target Start/End: Original strand, 5214083 - 5215071
Alignment:
| Q |
116 |
atgatatatttggatatatcaaacaacaatttgagtggtttgcttccaaaagatattggtatattccttcctagtgttacctatttgaacttttcatgga |
215 |
Q |
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| T |
5214083 |
atgaaatatttggatatatcaatcaacagtttaagtggttttcttccaaaagatattggtatattccttcctagtgttacctatatgaatttttcatcaa |
5214182 |
T |
|
| Q |
216 |
atagctttgaaggaaatataccttcatcaattggtaagatgaaaaatcttgggcacttggacctctctcataataatttctcgggtgagttgcctataca |
315 |
Q |
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| T |
5214183 |
ataactttgaaggaaatataccttcatcaattggtaagatgaaaaaacttgagtccttggacctctctcataatcatttctcaggtgagttacctaaaca |
5214282 |
T |
|
| Q |
316 |
actggccacag------atgagttacaatacttgattctctccaacaactctctctgtgggaatattcctacatttggtaattcagcgaatatggaagtt |
409 |
Q |
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| T |
5214283 |
actggccacaggttgtgataatttacaatacttgaagctctccaacaactttctacatgggaacattcctaaattttataattccatgaatgtggaattt |
5214382 |
T |
|
| Q |
410 |
ttatttctgaataataacaactttagtggaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatacaagattactaatgctatccatatccaataactcaa |
509 |
Q |
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| T |
5214383 |
ttatttctcaataataacaactttagtggaacacttgaagatgtattgggaaa------taatacaggattagtatttctatccatatccaataattcat |
5214476 |
T |
|
| Q |
510 |
tctcaggcacaattcctagttcaattgggatgttttctaacatgtatgtccttcttatgtctgaaaatcaattagaatgtcagatccctattgagatttc |
609 |
Q |
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| T |
5214477 |
tctcaggaacaattcctagctcaattgggacattttcttacatctgggtccttcttatgtctcaaaatatattagaaggtgagatccctattgagatttc |
5214576 |
T |
|
| Q |
610 |
caacatgtccagtcttcaaatgttggatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttcacagctggatc---tctgaggttcatgtattta |
706 |
Q |
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| T |
5214577 |
caacatgtcaagtcttaaaattctggatctttctcaaaacaagttaattggatcaatcccaaagttaagtggtttgacagttcttaggttcttgtatttg |
5214676 |
T |
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| Q |
707 |
caacagaatgatctctctggatttataccatttgaactctctgaaggctcacaactacaacttctagatttgagggagaataaattttcaggtaaaattc |
806 |
Q |
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| T |
5214677 |
caaaagaataatctctctggctcgataccatctgaactctctgaaggctcacaactacaacttctagatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattc |
5214776 |
T |
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| Q |
807 |
cccactggatggataacctatcagagttacgtgttcttttactaggagggaacaaattggaaggagatactccaattcaattgtgtcggttaaaaaagat |
906 |
Q |
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| T |
5214777 |
cccactggatggataagctatcagagttacgtgttcttttactaggagggaacaaattggaaggagatattccaattcaattgtgtcggttaaaaaagat |
5214876 |
T |
|
| Q |
907 |
cgacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccgaaatatgtcatttggaatgagacagtacgttgatgatgatgac |
1006 |
Q |
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| T |
5214877 |
agacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccgaaatatgtcatttggaatgaggcaatacgttgatgatgatgac |
5214976 |
T |
|
| Q |
1007 |
ggtcctacttttgaattctcaatatccggatatctaccaacaatttccttcaatgctagtttgtcgattcaacctccatggagtttgtttgatga |
1101 |
Q |
| |
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|
| T |
5214977 |
ggtcctacttttgaattctcaatatccggatatcttccaacgatttccttcaatgctagtttgtcgattcaacctccatggagtttgtttaatga |
5215071 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 517; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 270 - 1101
Target Start/End: Complemental strand, 4856677 - 4855843
Alignment:
| Q |
270 |
acttggacctctctcataataatttctcgggtgagttgcctatacaactggccacaga------tgagttacaatacttgattctctccaacaactctct |
363 |
Q |
| |
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| T |
4856677 |
acttggacctctctcagaatcatttctcaggtgagttacctgaacaattggccacagagttgaatgagttacaatacttgaagctctccaacaactttct |
4856578 |
T |
|
| Q |
364 |
ctgtgggaatattcctacatttggtaattcagcgaatatggaagttttatttctgaataataacaactttagtggaacacttgatgatgtattgggaaag |
463 |
Q |
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| | ||||||||||||| |||| |||||| |||||| || ||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
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| T |
4856577 |
ccgagggaatattcctaaattttgtaatttagcgaacttgctttggttattgctcagtaataacaactttagtggaacacttgaagatgtattgggaaa- |
4856479 |
T |
|
| Q |
464 |
ggaaataatacaagattactaatgctatccatatccaataactcaatctcaggcacaattcctagttcaattgggatgttttctaacatgtatgtccttc |
563 |
Q |
| |
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| T |
4856478 |
-----taatacaagattaacaatgctatccatatccaataactcaatcacaggcaaaattcctagttcaattgggaagttttctaacatggtttcccttg |
4856384 |
T |
|
| Q |
564 |
ttatgtctgaaaatcaattagaatgtcagatccctattgagatttccaacatgtccagtcttcaaatgttggatctttctcaaaacaagttaattggagc |
663 |
Q |
| |
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| T |
4856383 |
ttatgtctgaaaatcaattagaaggtgagatccctattgagatttccaacatgtccagtctttatattttggatctttctcaaaacaagttagttggagc |
4856284 |
T |
|
| Q |
664 |
aatcccaaagttcacagctggatc---tctgaggttcatgtatttacaacagaatgatctctctggatttataccatttgaactctctgaaggctcacaa |
760 |
Q |
| |
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| T |
4856283 |
aatcccaaagttaagtggtttgacagttcttaggttcttgtatttgcaaaagaataatctccctggatcaataccatctgaactctctaaaggctcacaa |
4856184 |
T |
|
| Q |
761 |
ctacaacttctagatttgagggagaataaattttcaggtaaaattccccactggatggataacctatcagagttacgtgttcttttactaggagggaaca |
860 |
Q |
| |
|
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|
| T |
4856183 |
ctacaacttctagatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattccccactggatggataacctatcagagttacgtgttcttttactaggagggaaca |
4856084 |
T |
|
| Q |
861 |
aattggaaggagatactccaattcaattgtgtcggttaaaaaagatcgacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgctt |
960 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4856083 |
acttggaaggagatattccaattcaattgtgtcggttaaaaaagatcgacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgctt |
4855984 |
T |
|
| Q |
961 |
ccgaaatatgtcatttggaatgagacagtacgttgatgatgatgacggtcctacttttgaattctcaatatccggatatctaccaacaatttccttcaat |
1060 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
4855983 |
ccgaaatatgtcatttggaatgagacaatacgttgatgatgatgacggtcctacttttgaattctcaatatccggatatctaccaacaatttccttcaat |
4855884 |
T |
|
| Q |
1061 |
gctagtttgtcgattcaacctccatggagtttgtttgatga |
1101 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
4855883 |
gctagtttgtcgattcaacctccatggagtttgtttaatga |
4855843 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 514; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 998
Target Start/End: Original strand, 5195827 - 5196811
Alignment:
| Q |
17 |
acttttctttcatatcaatataatttggtatacttggtcctctccagcaacaatataaatggctcactcccaagtaattggttgatacataatgatgaca |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5195827 |
acttttctttcatatcaatataatttggtatacttggtcctctccagcaacaatataaatggctcactcccaagtaattggttgatacataatgatgaca |
5195926 |
T |
|
| Q |
117 |
tgatatatttggatatatcaaacaacaatttgagtggtttgcttccaaaagatattggtatattccttcctagtgttacctatttgaacttttcatggaa |
216 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5195927 |
tgatatatttggatatatcaaacaacaatttgagtggtttgcttccaaaagatatcggtatattccttcctaatgttacctatttgaacttttcatggaa |
5196026 |
T |
|
| Q |
217 |
tagctttgaaggaaatataccttcatcaattggtaagatgaaaaatcttgggcacttggacctctctcataataatttctcgggtgagttgcctatacaa |
316 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
5196027 |
tagctttgaaggaaatataccttcatcaattggtaagatgaaacaacttcaactcttggacttctctcaaaatcatttctcaggtgagttacctaaacaa |
5196126 |
T |
|
| Q |
317 |
ctggccaca------gatgagttacaatacttgattctctccaacaactctctctgtgggaatattcctacatttggtaattcagcgaatatggaagttt |
410 |
Q |
| |
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| T |
5196127 |
ctggccacaggttgtgataatttacaatacttgaagctctccaacaactttctacatgggaacattccaagattttgtaattcagtgaatatgtttgggt |
5196226 |
T |
|
| Q |
411 |
tatttctgaataataacaactttagtggaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatacaagattactaatgctatccatatccaataactcaat |
510 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||| | |
|
|
| T |
5196227 |
tatttcttaataataacaactttagtggaacacttgaagatgtatt------aggaaataatacaagattagaaacgctgtccatatccaataattcatt |
5196320 |
T |
|
| Q |
511 |
ctcaggcacaattcctagttcaattgggatgttttctaacatgtatgtccttcttatgtctgaaaatcaattagaatgtcagatccctattgagatttcc |
610 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
5196321 |
ctcaggcacaattcctagttcaattgggatgttttctaacatgtgggcccttcttatgtctaaaaatcaattagaaggtgagatccctattgagatttcc |
5196420 |
T |
|
| Q |
611 |
aacatgtccagtcttcaaatgttggatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttcacag--ctggatc-tctgaggttcatgtatttac |
707 |
Q |
| |
|
| ||| | | |||||||| || |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || | | || || ||| |||||| ||||||| | |
|
|
| T |
5196421 |
agcatatggcggcttcaaattttagatctttctcaaaacaagttaaatggatcaatcccacctttaagtggtttgactcttctaaggttcttgtatttgc |
5196520 |
T |
|
| Q |
708 |
aacagaatgatctctctggatttataccatttgaactctctgaaggctcacaactacaacttctagatttgagggagaataaattttcaggtaaaattcc |
807 |
Q |
| |
|
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|
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| T |
5196521 |
aagagaatggtctctctggatcaatcccatatgaactctatgaaggcttccaactacaacttctagatttgagggagaacaaattttcaggaaaaattcc |
5196620 |
T |
|
| Q |
808 |
ccactggatggataacctatcagagttacgtgttcttttactaggagggaacaaattggaaggagatactccaattcaattgtgtcggttaaaaaagatc |
907 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||| | ||||| ||| | || |||||| ||||||||||||| || |||||||| | |||||| || ||||||||||||||||||||| |
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| T |
5196621 |
caactggatggataagttctcagaattaagggtccttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaatgcagttgtgtcggttaaaaaagatc |
5196720 |
T |
|
| Q |
908 |
gacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccgaaatatgtcatttggaatgagacagtacgttgatg |
998 |
Q |
| |
|
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| T |
5196721 |
aacataatggacttatcacgaaacatgctcaatgcttccataccatcttgctttcgaaatatgttatttggaatgagacaatatgttgatg |
5196811 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1088
Target Start/End: Complemental strand, 4842424 - 4841353
Alignment:
| Q |
17 |
acttttctttcatatcaatataatttggtatacttggtcctctccagcaacaatataaatggctcactcccaagtaattggttgatacataatgatgaca |
116 |
Q |
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| T |
4842424 |
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Target: chr4; HSP #6
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316 |
Q |
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317 |
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410 |
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Target: chr4; HSP #7
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Target Start/End: Original strand, 7142792 - 7143309
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T |
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T |
|
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caattcaattgtgtcggttaaaaaagatcgacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccgaaatatgtcatttgg |
978 |
Q |
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T |
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979 |
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Q |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
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tgatatatttggatatatcaaacaacaatttgagtggtttgcttccaaaagatattggtatattccttcctagtgttacctatttgaacttttcatggaa |
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Q |
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T |
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217 |
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235 |
Q |
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tagctttgaaggaaatata |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #10
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ttttttttcatatcaacataatttggcattcttggacctctccagaaacaatatagttggctcactcccaagaaattggttgatacataatgatgggata |
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T |
|
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atatatttggatatatcaaacaacaatttgagtggtttgcttccaaaagatattggtatattccttcctagtgttacctatttgaacttttcatggaata |
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Q |
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| T |
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caacatttggatatatcaaacaacaatttaagtggtttgcttccagaagatattggtatattccttcctagtgttgactatctgaacttttcattgaata |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 711 - 822
Target Start/End: Original strand, 5203420 - 5203530
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Q |
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| T |
5203420 |
agaatgatctcgctggatctataccatttgaactgtctggaagttcacagctgaaacttttagacttgagg-agaacaaattttcaggtaacattcccaa |
5203518 |
T |
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| Q |
811 |
ctggatggataa |
822 |
Q |
| |
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|||||||||||| |
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| T |
5203519 |
ctggatggataa |
5203530 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 909 - 946
Target Start/End: Original strand, 5203560 - 5203597
Alignment:
| Q |
909 |
acataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttca |
946 |
Q |
| |
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|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
5203560 |
acatgatggacctatcacggaacatgctcaatgcttca |
5203597 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 409 - 456
Target Start/End: Original strand, 7142744 - 7142791
Alignment:
| Q |
409 |
tttatttctgaataataacaactttagtggaacacttgatgatgtatt |
456 |
Q |
| |
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||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || |||||||| |
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| T |
7142744 |
tttatttctcaataataacaactttggtggaacactggaagatgtatt |
7142791 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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