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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF15742_low_1 (Length: 736)
Name: NF15742_low_1
Description: NF15742
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15742_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 661; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 661; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 19809870 - 19809176
Alignment:
| Q |
19 |
catttcacccattcctttactatctcatactcaaacaactttagattttcagcatgaataatagccataaccacctcattctgatagcagataaaaaaca |
118 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
19809870 |
catttcacccattcctttactatctcatactcaaacaactttagattttcagcatgaata---gccataaccacctcattctgatagcagataaaaaaca |
19809774 |
T |
|
| Q |
119 |
gaatcttataagactattatacacaaataaattcaaagagattcacagaaaacttatacattagctatattttccaatttggctccatttgtgttcaact |
218 |
Q |
| |
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| T |
19809773 |
gaatcttataagactattatacacaaataaattcaaagagattcacagaaaacttatacattagctatattttccaatttggctccatttgtgttcaact |
19809674 |
T |
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| Q |
219 |
cgatgtaccacttagaattcattatccataatacaacactacatggacattccaggagcaatgagacatactcaacggttccatgttcattcaaagaacc |
318 |
Q |
| |
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| T |
19809673 |
cgatgtaccacttagaattcattatccataatacaacactacatggacattccaggagcaatgagacatactcaacggttccatgttcatccaaagaacc |
19809574 |
T |
|
| Q |
319 |
agacaccaaattaagaaaacagatgtgaaacacggttctaagattccacattctcaaattaggatataaaatttgaacctcatcaagaacatttgtataa |
418 |
Q |
| |
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| T |
19809573 |
agacaccaaattaagaaaacagatgtgaaacacggttctaagattccacattctcaaattaggatataaaatttgaacctcatcaagaacatttgtataa |
19809474 |
T |
|
| Q |
419 |
tcacacaaatatgttgtatataatattttctcaagcatcaagagataacactaacaaaatgggttcaagagaagatccataacaaacctcataagagtta |
518 |
Q |
| |
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| T |
19809473 |
tcacacaaatatgttgtatataattttttctcaagcatcaagagataacactaacaaaatgggttcaagagaagatccataa-aaacctcataagagtta |
19809375 |
T |
|
| Q |
519 |
cacatgtaatcaacattctatcaatttctataagtacacagtttacactgattttcaacaagaataaaaagccaaaacaacacaccataaatgataagat |
618 |
Q |
| |
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| T |
19809374 |
cacatgtaatcaacattctatcaatttctataagtacacagtttacactgattttcaacaagaataaaaagccaaaacaacacaccataaatgataagat |
19809275 |
T |
|
| Q |
619 |
ccaaaaatgcaatatggatttgataaacatataatgtaaaatacaaaaacatagagacaaaaagagagatatcggggactgaccagtccatatctaaat |
717 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
19809274 |
ccaaaaatgcaatatggatttgataaacatataatgtaaaatacaaaaacatagagacaaaaagagagatatcggtgactgaccagaccatatctaaat |
19809176 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 552; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 552; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 39139618 - 39138919
Alignment:
| Q |
19 |
catttcacccattcctttactatctcatactcaaacaactttagattttcagcatgaataatagccataaccacctcattctg----atagcagataaaa |
114 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
39139618 |
catttcacccattcctttattatctcatactcaaacaactttaggttttcagcatgaata---gccataaccacctcattctgtctgatagcagataaaa |
39139522 |
T |
|
| Q |
115 |
aacagaatcttataagactattatacacaaataaattcaaagagattcacagaaaacttatacattagctatattttccaatttggctccatttgtgttc |
214 |
Q |
| |
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||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39139521 |
aacagaatcttataacactattatacacaaataaattcaaagaaattcacagaacacttatacattagctatattttccaacttggctccatttgtgttc |
39139422 |
T |
|
| Q |
215 |
aactcgatgtaccacttagaattcattatccataatacaacactacatggacattccaggagcaatgagacatactcaacggttccatgttcattcaaag |
314 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
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|
| T |
39139421 |
aactcgatgtaccacttagaattcattatccataatataacactgcatggacgttccaggagcaacgagacatactcaacggttccatgttcatccaaag |
39139322 |
T |
|
| Q |
315 |
aaccagacaccaaattaagaaaacagatgtgaaacacggttctaagattccacattctcaaattaggatataaaatttgaacctcatcaagaacatttgt |
414 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39139321 |
aaccagacaccaaattaagaaaacagatgtgaaacacggttctaagagtccacattctcaaaataggatataaaatttgaacctcatcaagaacatttgt |
39139222 |
T |
|
| Q |
415 |
ataatcacacaaatatgttgtatataatattttctcaagcatcaagagataacactaacaaaatgggttcaagagaagatccataacaaacctcataaga |
514 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39139221 |
ataatcacataaatatgttgcatataattttttctcaagcatcaagagataacactaacaatatggattcaagagaagatccataacaaacctcataaga |
39139122 |
T |
|
| Q |
515 |
gttacacatgtaatcaacattctatcaatttctataagtacacagtttacactgattttcaacaagaataaaaagccaaaacaacacaccataaatgata |
614 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
39139121 |
gttacacatgtaatcaacattctatcaatttctttaagttcacagtttacactgattttcaacaagaataaaaaggcaaaacaacacacaataaatgata |
39139022 |
T |
|
| Q |
615 |
agatccaaaaatgcaatatggatttgataaacatataatgtaaaatacaaaaacatagagacaaaaagagagatatcggggactgaccagtccatatcta |
714 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||| |||| |
|
|
| T |
39139021 |
agatccaaaaatgcaatatggatttgataaacatataatgtaaaataccaaaacattgagacaaaaggagagataccggtgactgaccaaaccatgtcta |
39138922 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 174 - 528
Target Start/End: Original strand, 39472123 - 39472500
Alignment:
| Q |
174 |
atacattagctatattttccaatttggctccatttgtgttcaactcgatgtaccactta-gaattcattatccataatacaacactacatggacattcca |
272 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
39472123 |
atacattagctatattttccaatttggctccacttgtgttcaactcaatgtaccacttaagaattcattatccataatacaacactacaaggacattcca |
39472222 |
T |
|
| Q |
273 |
ggagcaatgagacatactcaacggttccatgttcattcaaagaaccagacaccaaattaagaaaacagatgtg----------------------aaaca |
350 |
Q |
| |
|
|||| | |||| |||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
39472223 |
ggagaactgagtcatatttaacggttccatattcatccaaagaaccagacatc-aattaagaaaacagatgtgaaacacttgcaaaccatatttcaaaca |
39472321 |
T |
|
| Q |
351 |
cggttctaagattccacattctcaaattaggatataaaatttgaacctcatcaagaacatttgtataatcacacaaatatgttgtatataa-tattttct |
449 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | |||| |||| ||||| ||| ||||||||||||| ||| ||| | |||||| |
|
|
| T |
39472322 |
cggttctaagattccacattctcaaaataggatataaaattcaaaaatattcaataacaattgtacaatgacacaaatatgttttatttaatttttttct |
39472421 |
T |
|
| Q |
450 |
caagcatcaagagataacactaacaaaatgggttcaagagaagatccataacaaacctcataagagttacacatgtaat |
528 |
Q |
| |
|
||||||||| || ||||||| ||| ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
39472422 |
caagcatcagcagctaacacttgcaatttggattttagagaatatccataacaaacctcataagagttacaaatgtaat |
39472500 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 117 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 39453567 - 39453330
Alignment:
| Q |
117 |
cagaatcttataagactattatacacaaataaattcaaa--gagattcacagaaaactt---atacattagctatattttccaatttggctccatttgtg |
211 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |
|
|
| T |
39453567 |
cagaatcttataacactattaaacacaaataaattcaaaacgagtttcacagaaaacttgaaatacattagctatattttccaatttggctcaacttgtg |
39453468 |
T |
|
| Q |
212 |
ttcaactcgatgtaccactta-gaattcattatccataatacaacactacatggacattccaggagcaatgagacatactcaacggttccatgttcattc |
310 |
Q |
| |
|
|||| || |||||||||||| ||||| || | ||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| ||| | | |
|
|
| T |
39453467 |
atcaattcaatgtaccacttaagaattaat---cgataatccaactctacaaggacattccaggagcaatgagacacatttaacggttccaagttactcc |
39453371 |
T |
|
| Q |
311 |
aaagaaccagacaccaaattaagaaaacagatgtgaaacac |
351 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
39453370 |
aaagaagcagacaccaaattaagaaaacagatgagaaacac |
39453330 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 157 - 348
Target Start/End: Original strand, 39412485 - 39412681
Alignment:
| Q |
157 |
agattcacagaaaactt---atacattagctatattttccaatttggctccatttgtgttcaactcgatgtaccactt-agaattcattatccataatac |
252 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39412485 |
agattcacagaaaacttgaaatgtattagctatatttaccaatttggctccacttgtgttcaattcgatgtaccacttaataattcattatccataatac |
39412584 |
T |
|
| Q |
253 |
aacactac-atggacattccaggagcaatgagacatactcaacggttccatgttcattcaaagaaccagacaccaaattaagaaaacagatgtgaaa |
348 |
Q |
| |
|
||| |||| | |||||||| |||||||| | || | || ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
39412585 |
aactctacaaaaaacattccaaaagcaatgataaatgtttaatggttccaagttcatccaaagaaccaaacaccaaataaagaaaacaaatgtgaaa |
39412681 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 404 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 39452618 - 39452469
Alignment:
| Q |
404 |
agaacatttgtataatcacacaaatatgttgtatataatattttctcaagcatcaagagataacactaacaaaatgggttcaagagaagatccataacaa |
503 |
Q |
| |
|
|||||||||||| | ||||||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||| || |||| | ||| || || ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39452618 |
agaacatttgtacagtcacacaaatatgatgaatataattttttcccaagcatcaatagctaacggttgcaatattaatttaagagaagatccataacaa |
39452519 |
T |
|
| Q |
504 |
acctcataagagttacacatgtaatcaacattctatcaatttctataagt |
553 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||| |
|
|
| T |
39452518 |
acctaataagagttacacctgtaatcaacattcaattaatttctctaagt |
39452469 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 184 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 39153841 - 39153673
Alignment:
| Q |
184 |
tatattttccaatttggctccatttgtgttcaactcgatgtaccactta-gaattcattatccataatacaacactacatggacattccaggagcaatga |
282 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||| |||||||||| || ||| ||| |||| |||||||| |||||| || | | ||||| || ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39153841 |
tatattttccattttggctccacttgtgttcaattcaatgcaccgcttaagaattcataatccattatcaacctctacaagggcattccaggagcaatga |
39153742 |
T |
|
| Q |
283 |
gacatactcaacggttccatgttcattcaaagaaccagacaccaaattaagaaaacagatgtgaaacac |
351 |
Q |
| |
|
|||| | | || || |||| |||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
39153741 |
gacacattaaatggctccaagttcatccaaataaccagataccaacttaagaaaacgaatgtgaaacac |
39153673 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 344 - 452
Target Start/End: Original strand, 39412699 - 39412805
Alignment:
| Q |
344 |
tgaaacacggttctaagattccacattctcaaattaggatataaaatttgaacctcatcaagaacatttgtataatcacacaaatatgttgtatataata |
443 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
39412699 |
tgaaacacggttctaagattcagcattctcaaagtaggatatcaaattcaaacctattcaaaaacatctgtacaatcacac--atatgttgtatataatt |
39412796 |
T |
|
| Q |
444 |
ttttctcaa |
452 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
39412797 |
ttttctcaa |
39412805 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 513 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 39153469 - 39153398
Alignment:
| Q |
513 |
gagttacacatgtaatcaacattctatcaatttctataagtacacagtttacactgattttcaacaagaata |
584 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
39153469 |
gagttacacaagtaatcaacattctatcaatttctattagttcacagtgtgcactgatttcaaacaagaata |
39153398 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 271
Target Start/End: Original strand, 39420832 - 39420965
Alignment:
| Q |
143 |
aaataaattcaaa--gagattcacagaaa-actt---atacattagctatattttccaatttggctccatttgtgttcaactcgatgtaccac-ttagaa |
235 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||| || ||||||||| | |||| |
|
|
| T |
39420832 |
aaataaattcaaaaagagattcacagaaagacttgagatacattagctatattttccattttggctccact--tgttcaattcaatgtaccacgtaagaa |
39420929 |
T |
|
| Q |
236 |
ttcattatccataatacaacactacatggacattcc |
271 |
Q |
| |
|
||||| ||| ||||| |||| ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
39420930 |
ttcataatcgataatccaactctacaaggacattcc |
39420965 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 344 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 39153658 - 39153555
Alignment:
| Q |
344 |
tgaaacacggttctaagattccacattctcaaattaggatataaaatttgaacctcatcaagaacatttgtataatcacacaaatatgttgtatataata |
443 |
Q |
| |
|
||||||| | ||||||||||| | ||||||||| ||| |||| |||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
39153658 |
tgaaacatgtttctaagattcaaaattctcaaaatagaatattaaatttgaacgtattcaagaacattcgtacgttcacacaaatatgttttatataatt |
39153559 |
T |
|
| Q |
444 |
tttt |
447 |
Q |
| |
|
|||| |
|
|
| T |
39153558 |
tttt |
39153555 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 612 - 649
Target Start/End: Original strand, 39472583 - 39472620
Alignment:
| Q |
612 |
ataagatccaaaaatgcaatatggatttgataaacata |
649 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39472583 |
ataagatccaaaaatgcaatatggatttgataaacata |
39472620 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 511 - 562
Target Start/End: Original strand, 39472515 - 39472566
Alignment:
| Q |
511 |
aagagttacacatgtaatcaacattctatcaatttctataagtacacagttt |
562 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||| |
|
|
| T |
39472515 |
aagagttacacatgtaatcaacattctatcaatatagataagttcacagttt |
39472566 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 39453757 - 39453666
Alignment:
| Q |
19 |
catttcacccatt-cctttactatctcatactcaaacaactttagattttcagcatgaataatagccataaccacctcattctgatagcagataa |
112 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||| | | ||||||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||| |||| |||||||||| |
|
|
| T |
39453757 |
catttcacccatttcctttactatctcatagactagcaactttaggttttcatcatg---aatagccataactacctcggtctggtagcagataa |
39453666 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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