View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15744_low_6 (Length: 478)

Name: NF15744_low_6
Description: NF15744
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15744_low_6
NF15744_low_6
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (18-467)||(15445412-15445860)
chr8 (18-456)||(15312540-15312978)
chr8 (18-456)||(15492909-15493347)
chr8 (18-467)||(15301664-15302113)
chr8 (18-467)||(15482033-15482482)
chr8 (222-456)||(15283166-15283400)
chr8 (222-456)||(15463535-15463769)
chr8 (360-467)||(15114025-15114132)
chr8 (256-456)||(18051170-18051370)
chr8 (18-151)||(15283477-15283610)
chr8 (18-151)||(15463846-15463979)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 15445860 - 15445412
Alignment:
Q  18 aatttagtggtgacattcctttacaaatacgccaactatcctctctctttgttttggatctctcaaataatagattaactgaaaaaatacctcagtgcct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15445860 aatttagtggtgacattcctttacaaatatgtcaactatcctctctctttgttttggatctctcaaataatagattaactggaaaaatacctcagtgcct 15445761  T
Q  118 accaaatatcacctccatgactttcaataatgttactttagatgaatttgatatttcatataatgtttttggtatgacttttagaatcactattccatta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| || | ||||| |||||    
T  15445760 accaaatatcacctccatgactttcaataatgttacactaaatgaatttgatatttcatataatgttttcggtgtcacttttataacccctattacatta 15445661  T
Q  218 ttatcaaaaggcaacaacttagactattataagtatatgcatgttattgacctttctaacaatcatttgtcgggtagaatacctttagaaatatttagac 317  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  15445660 ttatcaaaaggcaacgacttagactattataagtatatgcatgttattgacctttctaacaaccatttttcgggtagaataccttcagaagtatttagac 15445561  T
Q  318 tcactgcattaaaatccttaaacttgtcacaaaatcaattaatgggaaccataccaaaagaaattggcaacatgaaacagttagagtcccttgatttctc 417  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  15445560 tcactgcattgaaatccttgaacttgt-acaaaatcaattaatgggaaccataccaaaagaaattggcaacatgaaacagttagagtcccttgatctgtc 15445462  T
Q  418 aaacaacacactttcaggagaaattcctcaaaccatgtcgtctctttctt 467  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15445461 aaacaacacactttcaggagaaattcctcaaaccatgttgtctctttctt 15445412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 18 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 15312978 - 15312540
Alignment:
Q  18 aatttagtggtgacattcctttacaaatacgccaactatcctctctctttgttttggatctctcaaataatagattaactgaaaaaatacctcagtgcct 117  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||    
T  15312978 aatttagtggtgatattccttcacaaatatgccaactatcctctctctttgttttggatctctcaaataatagattaactggagcaatacctcagtgcct 15312879  T
Q  118 accaaatatcacctccatgactttcaataatgttactttagatgaatttgatatttcatataatgtttttggtatgacttttagaatcactattccatta 217  Q
    | |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||   | |||||||| || ||||||| |||||||| ||| | ||||||| || |||||||||||||    
T  15312878 atcaaatatcacttccatgacttttaatgatgttacacaaaatgaattttatttttcatacaatgttttcggtgtcacttttataaccactattccatta 15312779  T
Q  218 ttatcaaaaggcaacaacttagactattataagtatatgcatgttattgacctttctaacaatcatttgtcgggtagaatacctttagaaatatttagac 317  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||    
T  15312778 ttatcaaaaggcaacgacttgaactatcctaagtatatgcatgtcattgatctttctaacaatagtttgtccggcagaattcctttagaaatattcagac 15312679  T
Q  318 tcactgcattaaaatccttaaacttgtcacaaaatcaattaatgggaaccataccaaaagaaattggcaacatgaaacagttagagtcccttgatttctc 417  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  15312678 tcactgcattacaatccttgaacttgtcacaaaatcaattcatgggaaccataccaaatgaaattggcaacatgaaacagttagagtcccttgatctgtc 15312579  T
Q  418 aaacaacacactttcaggagaaattcctcaaaccatgtc 456  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15312578 aaacaactcactttcaggagaaattcctcaaaccatgtc 15312540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 18 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 15493347 - 15492909
Alignment:
Q  18 aatttagtggtgacattcctttacaaatacgccaactatcctctctctttgttttggatctctcaaataatagattaactgaaaaaatacctcagtgcct 117  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||    
T  15493347 aatttagtggtgatattccttcacaaatatgccaactatcctctctctttgttttggatctctcaaataatagattaactggagcaatacctcagtgcct 15493248  T
Q  118 accaaatatcacctccatgactttcaataatgttactttagatgaatttgatatttcatataatgtttttggtatgacttttagaatcactattccatta 217  Q
    | |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||   | |||||||| || ||||||| |||||||| ||| | ||||||| || |||||||||||||    
T  15493247 atcaaatatcacttccatgacttttaatgatgttacacaaaatgaattttatttttcatacaatgttttcggtgtcacttttataaccactattccatta 15493148  T
Q  218 ttatcaaaaggcaacaacttagactattataagtatatgcatgttattgacctttctaacaatcatttgtcgggtagaatacctttagaaatatttagac 317  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||    
T  15493147 ttatcaaaaggcaacgacttgaactatcctaagtatatgcatgtcattgatctttctaacaatagtttgtccggcagaattcctttagaaatattcagac 15493048  T
Q  318 tcactgcattaaaatccttaaacttgtcacaaaatcaattaatgggaaccataccaaaagaaattggcaacatgaaacagttagagtcccttgatttctc 417  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  15493047 tcactgcattacaatccttgaacttgtcacaaaatcaattcatgggaaccataccaaatgaaattggcaacatgaaacagttagagtcccttgatctgtc 15492948  T
Q  418 aaacaacacactttcaggagaaattcctcaaaccatgtc 456  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15492947 aaacaactcactttcaggagaaattcctcaaaccatgtc 15492909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 18 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 15302113 - 15301664
Alignment:
Q  18 aatttagtggtgacattcctttacaaatacgccaactatcctctctctttgttttggatctctcaaataatagattaactgaaaaaatacctcagtgcct 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||  |||||||| ||  |    
T  15302113 aatttagtggtgatattcctttacaaatatgccaactatcctctctttttgttttagatctctcaaataatagattaaccggaacgatacctcattgtat 15302014  T
Q  118 accaaatatcacctccatgactttcaataatgttactttagatgaatttgatatttcatataatgtttttggtatgacttttagaatcactattccatta 217  Q
    ||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||    ||||||||||  ||  ||| ||||||||| ||| |   |||| ||||   | || | |||    
T  15302013 acataatatcacatccatgattttcaataatgttacgcaggatgaatttggaatcacatttaatgttttcggtgtcttttttcgaattgttgtttcgtta 15301914  T
Q  218 ttatcaaaaggcaacaacttagactattataagtatatgcatgttattgacctttctaacaatcatttgtcgggtagaatacctttagaaatatttagac 317  Q
      | |||| |||||| |||||  |||| | |||||||| ||| | |||| |||||| || || || ||||||||||||||||||| || | |||||||||    
T  15301913 caaacaaagggcaaccacttatcctataaaaagtatatacatatcattggcctttccaataaccaattgtcgggtagaataccttcaggagtatttagac 15301814  T
Q  318 tcactgcattaaaatccttaaacttgtcacaaaatcaattaatgggaaccataccaaaagaaattggcaacatgaaacagttagagtcccttgatttctc 417  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  15301813 tcactgcattacaatccatgaacttgtcacaaaatcaattcatgggaaccataccaaatgatattggaaacatgaaacagttagagtcccttgatctgtc 15301714  T
Q  418 aaacaacacactttcaggagaaattcctcaaaccatgtcgtctctttctt 467  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15301713 aaacaacacactttcaggagaaattcctcaaaccatgtcgtctctttctt 15301664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 18 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 15482482 - 15482033
Alignment:
Q  18 aatttagtggtgacattcctttacaaatacgccaactatcctctctctttgttttggatctctcaaataatagattaactgaaaaaatacctcagtgcct 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||  |||||||| ||  |    
T  15482482 aatttagtggtgatattcctttacaaatatgccaactatcctctctttttgttttagatctctcaaataatagattaaccggaacgatacctcattgtat 15482383  T
Q  118 accaaatatcacctccatgactttcaataatgttactttagatgaatttgatatttcatataatgtttttggtatgacttttagaatcactattccatta 217  Q
    ||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||    ||||||||||  ||  ||| ||||||||| ||| |   |||| ||||   | || | |||    
T  15482382 acataatatcacatccatgattttcaataatgttacgcaggatgaatttggaatcacatttaatgttttcggtgtcttttttcgaattgttgtttcgtta 15482283  T
Q  218 ttatcaaaaggcaacaacttagactattataagtatatgcatgttattgacctttctaacaatcatttgtcgggtagaatacctttagaaatatttagac 317  Q
      | |||| |||||| |||||  |||| | |||||||| ||| | |||| |||||| || || || ||||||||||||||||||| || | |||||||||    
T  15482282 caaacaaagggcaaccacttatcctataaaaagtatatacatatcattggcctttccaataaccaattgtcgggtagaataccttcaggagtatttagac 15482183  T
Q  318 tcactgcattaaaatccttaaacttgtcacaaaatcaattaatgggaaccataccaaaagaaattggcaacatgaaacagttagagtcccttgatttctc 417  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  15482182 tcactgcattacaatccatgaacttgtcacaaaatcaattcatgggaaccataccaaatgatattggaaacatgaaacagttagagtcccttgatctgtc 15482083  T
Q  418 aaacaacacactttcaggagaaattcctcaaaccatgtcgtctctttctt 467  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15482082 aaacaacacactttcaggagaaattcctcaaaccatgtcgtctctttctt 15482033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 222 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 15283400 - 15283166
Alignment:
Q  222 caaaaggcaacaacttagactattataagtatatgcatgttattgacctttctaacaatcatttgtcgggtagaatacctttagaaatatttagactcac 321  Q
    ||||||| ||| |||||  |||| | ||||||||||||||  |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  15283400 caaaaggaaacgacttaacctatgacaagtatatgcatgtcgttgacctttctaacaaccaattgtcaggtagaatacctatagaagtatttagactcac 15283301  T
Q  322 tgcattaaaatccttaaacttgtcacaaaatcaattaatgggaaccataccaaaagaaattggcaacatgaaacagttagagtcccttgatttctcaaac 421  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  15283300 tgcattgaaatccttaaacttgtcacaaaatcaattaatgggaaccataccaaaagaaattggcaacatgaaacaattagagtcccttgatttgtcaaac 15283201  T
Q  422 aacacactttcaggagaaattcctcaaaccatgtc 456  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15283200 aacacactttcaggagaaattcctcaaaccatgtc 15283166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 222 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 15463769 - 15463535
Alignment:
Q  222 caaaaggcaacaacttagactattataagtatatgcatgttattgacctttctaacaatcatttgtcgggtagaatacctttagaaatatttagactcac 321  Q
    ||||||| ||| |||||  |||| | ||||||||||||||  |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  15463769 caaaaggaaacgacttaacctatgacaagtatatgcatgtcgttgacctttctaacaaccaattgtcaggtagaatacctatagaagtatttagactcac 15463670  T
Q  322 tgcattaaaatccttaaacttgtcacaaaatcaattaatgggaaccataccaaaagaaattggcaacatgaaacagttagagtcccttgatttctcaaac 421  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  15463669 tgcattgaaatccttaaacttgtcacaaaatcaattaatgggaaccataccaaaagaaattggcaacatgaaacaattagagtcccttgatttgtcaaac 15463570  T
Q  422 aacacactttcaggagaaattcctcaaaccatgtc 456  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15463569 aacacactttcaggagaaattcctcaaaccatgtc 15463535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 360 - 467
Target Start/End: Original strand, 15114025 - 15114132
Alignment:
Q  360 tgggaaccataccaaaagaaattggcaacatgaaacagttagagtcccttgatttctcaaacaacacactttcaggagaaattcctcaaaccatgtcgtc 459  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15114025 tgggaaccataccaaaagaaattggcaacatgaaacagttagagtcccttgatttctcaaacaacacactttcaggagaaattcctcaaaccatgtcgtc 15114124  T
Q  460 tctttctt 467  Q
    ||||||||    
T  15114125 tctttctt 15114132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 256 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 18051370 - 18051170
Alignment:
Q  256 gcatgttattgacctttctaacaatcatttgtcgggtagaatacctttagaaatatttagactcactgcattaaaatccttaaacttgtcacaaaatcaa 355  Q
    ||||||||| || ||||| |||||||||||||  || | |||||| |||||| |||  |  ||| || ||||  |||||||||| ||||| || ||||||    
T  18051370 gcatgttatcgatctttccaacaatcatttgtttggaaaaataccattagaagtatgcaagctcgctacattgcaatccttaaatttgtcgcataatcaa 18051271  T
Q  356 ttaatgggaaccataccaaaagaaattggcaacatgaaacagttagagtcccttgatttctcaaacaacacactttcaggagaaattcctcaaaccatgt 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| ||||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||| |||||    
T  18051270 ttaatgggaaccataccaaaagaaattggcaacatgaaacaattggaatcccttaatttctcgaataacacactttctggagaaattcctaaaagcatgt 18051171  T
Q  456 c 456  Q
    |    
T  18051170 c 18051170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 15283610 - 15283477
Alignment:
Q  18 aatttagtggtgacattcctttacaaatacgccaactatcctctctctttgttttggatctctcaaataatagattaactgaaaaaatacctcagtgcct 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| | || ||||||||  || ||    
T  15283610 aatttagtggtgatattcctttacaaatatgccaactatcctctctatttcttttggatctctcatataatagattaacaggaacaatacctcgctgtct 15283511  T
Q  118 accaaatatcacctccatgactttcaataatgtt 151  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||    
T  15283510 accaagtatcacctccatgattttcaaaaatgtt 15283477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 15463979 - 15463846
Alignment:
Q  18 aatttagtggtgacattcctttacaaatacgccaactatcctctctctttgttttggatctctcaaataatagattaactgaaaaaatacctcagtgcct 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| | || ||||||||  || ||    
T  15463979 aatttagtggtgatattcctttacaaatatgccaactatcctctctatttcttttggatctctcatataatagattaacaggaacaatacctcgctgtct 15463880  T
Q  118 accaaatatcacctccatgactttcaataatgtt 151  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||    
T  15463879 accaagtatcacctccatgattttcaaaaatgtt 15463846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University