View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15745_high_2 (Length: 787)

Name: NF15745_high_2
Description: NF15745
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15745_high_2
NF15745_high_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-771)||(7274585-7275366)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 553; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 553; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 771
Target Start/End: Complemental strand, 7275366 - 7274585
Alignment:
Q  10 aagaaaatgacaactaatatatgattgattaaagaaaatggattccctagcgtcaaaagtgaccgtggaagtaatctcatccttttaaaatatcagaaga 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7275366 aagaaaatgacaactaatatatgattggttaaagaaaatggattccctagcgtcaaaagtgaccgcggaagtaatctcatctttttaaaatatcagaaga 7275267  T
Q  110 ttcacatgttaagcttttattttaacataaatcattgatctttttgaatgactcgaatttacttgtccatgttaatttaggatttcttcactatagagaa 209  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7275266 ttcacattttaagcttttgttttaacataaattattgatcttttcgaatgactcggatttacttgaccatgttaatttaggatttcttcactacagagaa 7275167  T
Q  210 tctaaatccttgattaacctcttannnnnnnacccataaattttgataatttagataagaggaggctaacacatctcatgtaaggtgagagaaaattata 309  Q
    || ||||||||||||||||||||        ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||    
T  7275166 tccaaatccttgattaacctcttgtttttttacc-ataaattttgataatttagataagaggaggttaacacatctcatgtaaggtgagagaggactata 7275068  T
Q  310 aaattttattgaaaatttatgcataatcaatcaactgagaaagtttaaacttgaattcaagtcacaacggatataagtaaaatattgtgttgaaatttgg 409  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7275067 aaattttattgaaaatttacgcataatcaatcgactgagaaagtttaaacttgaattcaagtcacaacggatataagtaaaatattatgttgaaatttgg 7274968  T
Q  410 atcaaatttatctttataaaactgacttatgagatcatactctttataaacttttataaagagtcttatcgacaaaacttgagtttttcctaatatatag 509  Q
    |||||| | ||| ||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||    
T  7274967 atcaaactcatccttacaaaaccgacttatgaggtcatcctctttataaactcttatcaagagtcttatcgacaaagactaagtttttcctaatatatag 7274868  T
Q  510 tt-----------------aagcttttttattttgtgact----attcatgaatcatatcaaaatatttaaattctatatatgaggaaataaaagtacaa 588  Q
    ||                 |||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7274867 tttttgctaatatatagttaagcttttttattttgtgactttgaattcatgaatcatatcaaaatatttaaattctatatatgaggaaataaaagtacaa 7274768  T
Q  589 agaagaatatgccagctgcatcaagcaccaaaatagagttggaggcttttgccagttgccaccgtacactaaaaacaacactcttgtttcccattttttg 688  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7274767 agaagaatatgccagctgcatcaagcaccaaaatagagttggaggcttttgccagttgccaccgtacactaaaaacaacactcttgtttcccattttttg 7274668  T
Q  689 ggttacaaaatcagatattagattcccttcttccctaaccatgtgcacattttaaacatgattaaacttactaaacaacatat 771  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7274667 ggttacaaaatcagatattagattcccttcttccctaaccatgtgcacattttaaacatgattaaacttactaaacaacatat 7274585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University