View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1574_high_1 (Length: 1385)

Name: NF1574_high_1
Description: NF1574
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1574_high_1
NF1574_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (10-1368)||(43950323-43951684)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 1278; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 1278; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 1368
Target Start/End: Original strand, 43950323 - 43951684
Alignment:
Q  10 catcatcattgttttaataaattggacccccaaatatatagacttcttcgatcatatctctaattgatgtggaatctcaacacaccctttcacgtcgaaa 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43950323 catcatcattgttttaataaattggacccccaaatatatagacttcttcgatcatatctctaattgatgtggaatctcaacacaccctttcatgtcgaaa 43950422  T
Q  110 actggatcactagaacgtgatcaaacgcaggtagcccaatcacaacacatatgtctaggactagacatctcgagtgtggacaaattcatgtgaccatatg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43950423 actggatcactagaacgtgatcaaacgcaggtagcccaatcacaacacatatgtctaggactaaacatctcgagtgtggacaaattcatgtgaccatatg 43950522  T
Q  210 acagatctaggataagttccaatactatcttagaattctggctaggtcttgctcagcctgtagctcaagatgtgagggttgcccaagccttatgttagaa 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43950523 acagatctaggataagttccaatactatcttagaattctggctaggtcttgctcagcccgtagctcaagatgtgagggttgcccaagccttatgttagaa 43950622  T
Q  310 tcagattacgtagtatgcaggaagaggatggatatgaatattgcagtatcaattgaaagtctgcggtattgtgggatctcagcaatatgcaatagaagtt 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43950623 tcagattacgtagtatgcaggaagagaatagatatgaatattgcagtatcaattgaaagtctgcggtattgtgggatctcagcaatatgcaatagaagtt 43950722  T
Q  410 gtatcttgataatttt-ttagcagtagtagaattcttctagaagataatttgattcagatgatggtcagtcttctagttttcattcccatgaaataggtt 508  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43950723 gtatcttgataatttttttagcagtagtagaattcttctagaagataatttgattcagatgatggtcagtcttctagttttcattcccataaaataggtt 43950822  T
Q  509 aagtgcctcaaagttaacgcggttacgcgggacttggggtggcttgaaatatgcactgaaagacattgatctttcaatgatattgctaattttgatgcat 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43950823 aagtgcctcaaagttaacgcggttacgcgggacttggggtggcttgaaatatgcactgaaagacattgatctttcaatgatattgctaattttgatgcat 43950922  T
Q  609 ttaacccatttttatctgacttaaactactatagagaaatccaatcatctttaaaaaatcctatttgaaaggtatctgcatctaaatagaaaggaattgt 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43950923 ttaacccatttttatctgacttaaactactatagagaaatccaatcatctttaaaaaatcctatttgaaaggtatctgcatctaaatagaaaggaattgt 43951022  T
Q  709 aaggaaagctgctatttacaaacatcaatggtgaaggagttctctaaactggctgtcgacatttaagaacaaattgaggagattctgaataaaataggtt 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43951023 aaggaaagctgctatttacaaacatcaatggtgaaggagttctctaaactggctgtcgacatttaagaacaaattgaggagattctgaataaaataggtt 43951122  T
Q  809 tagaaggagatattcattatgacactattttcactcttacaacttgtatatgtatttactaaaattttcttcctctnnnnnnnaactcaagtcttagtat 908  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||    
T  43951123 tagaaggagatattcattatgacactattttcactcttacaacttgtatatgtatttactaaaattttcttcctctgggggggaactcaagtcttagtat 43951222  T
Q  909 atgcatccttctaaattttcagattgagctgtgtgtagattgctgcttttctgatttctgaaagcattatttcaatttgaattgcagatattttcaagga 1008  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  43951223 atgcatccttctaaattttctgattgagttgtgtgtagattgctgcttttctgatttctgaaagcattatttcgatttgaattgcagatattttcaagga 43951322  T
Q  1009 attcctgaggctgttccagagagtgagcaaagtggtggtggtggatgtgcatgctgatatggaagtactaaataattgcaggcactcccttcaatgc--t 1106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  43951323 attcctgaggctgttccagagagtgagcaaagtggtggtggtggatgtgcatgctgatatggaagtactaaataattgcaggcactcccttcaatgctgt 43951422  T
Q  1107 gtttcaaattcttcaaattctttttggtcatatagtgtactacactgtatgccatgattgtgtgggtaaattgtgtacctcgatgttccctttttgatag 1206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43951423 gtttcaaattcttcaaattctttttggtcatatagtgtactacgctgtatgccatgattgtgtgggtaaattgtgtacctcgatgttccctttttgatag 43951522  T
Q  1207 tactattgttttgggaaggatgagcttgagaatgttgcacacttggggaaaacatattccattgatttaccacgaattagataggcttgaagtgattttt 1306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43951523 tactattgttttgggaaggatgagcttgagaatgttgcacacttggggaaaacatattccattgatttaccacgaattagataggcttgaagtgattttt 43951622  T
Q  1307 gttttctttggtgttcaaattgagatgtggcatgaaatgtttatattctgtttgaatgatgt 1368  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43951623 gttttctttggtgttcaaattgagatgtggcatgaaatgttaatattctgtttgaatgatgt 43951684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University