View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15753_low_3 (Length: 515)

Name: NF15753_low_3
Description: NF15753
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15753_low_3
NF15753_low_3
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (9-498)||(38253040-38253529)
chr2 (9-498)||(43156013-43156502)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (9-498)||(11473337-11473826)
chr1 (9-498)||(28246210-28246721)
chr1 (11-498)||(10465474-10465961)
chr1 (11-498)||(43735126-43735613)
chr1 (115-498)||(7282056-7282439)
chr1 (11-109)||(7282465-7282563)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (9-498)||(10124230-10124718)
chr6 (19-498)||(19307902-19308397)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (9-498)||(25381448-25381939)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (42-498)||(25862078-25862532)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (115-498)||(5910711-5911094)
chr3 (276-498)||(22981717-22981938)
chr3 (11-124)||(5910575-5910688)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 486; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 486; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 38253529 - 38253040
Alignment:
Q  9 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253529 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 38253430  T
Q  109 aaacatacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253429 aaacatacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 38253330  T
Q  209 atatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactttt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253329 atatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactttt 38253230  T
Q  309 ggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgtt 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253229 ggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgtt 38253130  T
Q  409 atggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253129 atggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 38253040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 498
Target Start/End: Original strand, 43156013 - 43156502
Alignment:
Q  9 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156013 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 43156112  T
Q  109 aaacatacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156113 aaacatacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 43156212  T
Q  209 atatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactttt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156213 atatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttaatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactttt 43156312  T
Q  309 ggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgtt 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156313 ggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgtt 43156412  T
Q  409 atggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156413 atggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 43156502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 486; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 486; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 498
Target Start/End: Original strand, 11473337 - 11473826
Alignment:
Q  9 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473337 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 11473436  T
Q  109 aaacatacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473437 aaacatacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 11473536  T
Q  209 atatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactttt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473537 atatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactttt 11473636  T
Q  309 ggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgtt 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473637 ggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgtt 11473736  T
Q  409 atggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473737 atggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 11473826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 28246721 - 28246210
Alignment:
Q  9 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28246721 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaa 28246622  T
Q  109 aaacatacacacacac----------------------tgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagac 186  Q
    ||||||||||||||||                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246621 aaacatacacacacacacacacacacacacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagac 28246522  T
Q  187 atgaatctgactctctttgtgaatatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtag 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246521 atgaatctgactctctttgtgaatatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttgaagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtag 28246422  T
Q  287 ttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaa 386  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28246421 ttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaactatattttaaaa 28246322  T
Q  387 aggtggacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaag 486  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246321 aggtggacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggagattgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaag 28246222  T
Q  487 ttgtctctaagt 498  Q
    ||||||||||||    
T  28246221 ttgtctctaagt 28246210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 11 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 10465961 - 10465474
Alignment:
Q  11 ggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaaaa 110  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||     
T  10465961 ggagaagagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaag 10465862  T
Q  111 acatacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaat 210  Q
    | ||||||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||  |||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  10465861 atatacacacacactatatttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctatacctattagacatgaaactgactctctatgtgaat 10465762  T
Q  211 atgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttgg 310  Q
    ||||||| || ||  | ||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| | |||||| |||||    
T  10465761 atgtcattactaatacgaaacatgaaggatcttttagagtgtcatttaatcgtgtttcaacttccattacttgtagttgtaagaagtatgatacatttgg 10465662  T
Q  311 catactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttat 410  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||| |||||||| || |||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  10465661 catactttgttcccatgcattaaaagtgtttgagctgaacgatgttaaagtgattcctgatatgtatattttaagaaggtggacaagagaagcccgttgt 10465562  T
Q  411 ggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 498  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10465561 ggcattgtgcaagattttaggggaaaagaggttgaacaagatcctaagttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 10465474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 11 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 43735613 - 43735126
Alignment:
Q  11 ggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaaaa 110  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||     
T  43735613 ggagaagagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaag 43735514  T
Q  111 acatacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaat 210  Q
    | ||||||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||  |||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  43735513 atatacacacacactatatttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctatacctattagacatgaaactgactctctatgtgaat 43735414  T
Q  211 atgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttgg 310  Q
    ||||||| || ||  | ||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| | |||||| |||||    
T  43735413 atgtcattactaatacgaaacatgaaggatcttttagagtgtcatttaatcgtgtttcaacttccattacttgtagttgtaagaagtatgatacatttgg 43735314  T
Q  311 catactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttat 410  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||| |||||||| || |||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  43735313 catactttgttcccatgcattaaaagtgtttgagctgaacgatgttaaagtgattcctgatatgtatattttaagaaggtggacaagagaagcccgttgt 43735214  T
Q  411 ggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 498  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43735213 ggcattgtgcaagattttaggggaaaagaggttgaacaagatcctaagttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 43735126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 115 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 7282439 - 7282056
Alignment:
Q  115 acacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatgt 214  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  7282439 acacacacactatatttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctgtacctattagacatgaaactgactctctatgtgaatatgt 7282340  T
Q  215 catcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcata 314  Q
    |||||| ||  | ||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| | |||||| |||||||||    
T  7282339 catcactaatacgaaacatgaaggatcttttagagtgtcatttaatcgtgtttcaacttccattacttgtagttgtaagaagtatgatacatttggcata 7282240  T
Q  315 ctttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttatggcg 414  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||  |||| |||||||| || ||| |||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||     
T  7282239 ctttgttcgcatgcattaaaagtgtttgagctgaacgatgttaaagtgatttctgatatgtatattttaagaaggtggacaagagaagcccgttgtggca 7282140  T
Q  415 ttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 498  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7282139 ttgtgcaagattttaggggaaaagaggttgaacaagatcctaagttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 7282056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 11 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 7282563 - 7282465
Alignment:
Q  11 ggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaaa 109  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  7282563 ggagaagagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaa 7282465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 454; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 454; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 10124718 - 10124230
Alignment:
Q  9 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 108  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10124718 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggatagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaa 10124619  T
Q  109 aaacatacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124618 aaacatacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 10124519  T
Q  209 atatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactttt 308  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124518 atat-tcatcacaaaggcaaaacatgaatgatcttggagagtttcatttaactgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactttt 10124420  T
Q  309 ggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgtt 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124419 ggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgtt 10124320  T
Q  409 atggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 498  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124319 atggcgttgtgcaagattttaggggaaatgaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 10124230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 19308397 - 19307902
Alignment:
Q  19 gagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaaaaacatacac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19308397 gagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaaaaacatacac 19308298  T
Q  119 acacac----------------tgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctct 202  Q
    ||||||                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19308297 acacacacacacacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatttgactctct 19308198  T
Q  203 ttgtgaatatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgat 302  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19308197 ttgtgattatgtcatcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgat 19308098  T
Q  303 acttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaag 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19308097 acttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaactatattttaaaaaggtggacaagagaag 19307998  T
Q  403 cccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19307997 cccgttatggcgttgtgcaagattttaggcgaaaggaggttgaaggagatcccaagttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 19307902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 441; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 498
Target Start/End: Original strand, 25381448 - 25381939
Alignment:
Q  9 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 108  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25381448 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaa 25381547  T
Q  109 aaacatacac--acacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgt 206  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25381548 aaacatacacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatatgtaccagttagacatgaatctgactctctttgt 25381647  T
Q  207 gaatatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatactt 306  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25381648 gaatatgtcatcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtagaaaatttgatactt 25381747  T
Q  307 ttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccg 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25381748 ttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggaaattcctgagaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccg 25381847  T
Q  407 ttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25381848 ttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagaacctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 25381939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 42 - 498
Target Start/End: Original strand, 25862078 - 25862532
Alignment:
Q  42 tatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaaaaacatacacacacactgtatttgaattgtttc 141  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||| ||||||| |||||||    
T  25862078 tatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaagatatacacacatactatatttgagttgtttc 25862177  T
Q  142 aagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatgtcatcacaaaggcaaaacatgaaggatc 241  Q
    || | ||||  |||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||    ||||||||||||||    
T  25862178 aaaacgagt--aagttattcttggctttgtctgtacctattagacatgaaactgactctctatgtgaatatgtcatcactaataagaaacatgaaggatc 25862275  T
Q  242 ttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgttt 341  Q
    ||  ||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| | |||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  25862276 ttttagagtgtcatttaatcgtgtttcaacttccattacttgtagttgtaagaagtatgatacatttgccatactttgttcgcatgcattaaaagtgttt 25862375  T
Q  342 gaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggagg 441  Q
    ||  |||| |||||||| || |||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  25862376 gagctgaacgatgttaaagtgattcctgatatgtatattttaagaaggtggacaagagaagcccgttgtggcattgtgcaagattttaggggaaaagagg 25862475  T
Q  442 ttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 498  Q
    |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25862476 ttgaacaagatcctaagttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 25862532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 115 - 498
Target Start/End: Original strand, 5910711 - 5911094
Alignment:
Q  115 acacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatgt 214  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  5910711 acacacacactatatttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctgtacccattagacatgaaactgactctctatgtgaatatgt 5910810  T
Q  215 catcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttcaaattccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcata 314  Q
    |||||| ||    ||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||| ||| || ||||||||||||| ||| | ||| || |||||||||    
T  5910811 catcactaataagaaacatgaaggatcttttagagtgtcatttaatcgtgtttcaacttcaattacttgtagttgtaagaagtatgaaacatttggcata 5910910  T
Q  315 ctttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaactatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttatggcg 414  Q
    |||||||| ||||  |||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| |  |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||     
T  5910911 ctttgttcgcatggattaaaagtgtttgagttgaacgatgttaaagtgattcctgatatgtatattttaagaagatggacaagagaagcccgttgtggca 5911010  T
Q  415 ttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttgtctctaagt 498  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5911011 ttgtgcaagattttaggggaaaagaggttgaacaagatcctaagttgtctagaaatcgaatgttcagacaagttttctctaagt 5911094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 276 - 498
Target Start/End: Original strand, 22981717 - 22981938
Alignment:
Q  276 atcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaact 375  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||| ||||||||| ||| | |||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| | || |    
T  22981717 atcacttgtagttgcaggaagtttga-acatttggcacactttgttcccatacattaaaagtgtttgggttgaatgatgttaaggttattcctaagaagt 22981815  T
Q  376 atattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaat 475  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||  |||| || | ||||||| ||||  || |||||  |||||| || ||||||| |||| ||||    
T  22981816 atattttaagaaggtggataagagaagcccgttgtggaattgtacacggttttaggagaaaatagcttgaataagatccaaagttgtctataaattgaat 22981915  T
Q  476 gttcagacaagttgtctctaagt 498  Q
     || ||||||| |||||||||||    
T  22981916 atttagacaagctgtctctaagt 22981938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 11 - 124
Target Start/End: Original strand, 5910575 - 5910688
Alignment:
Q  11 ggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaaaa 110  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||     
T  5910575 ggagaagagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaag 5910674  T
Q  111 acatacacacacac 124  Q
    | ||||||||||||    
T  5910675 atatacacacacac 5910688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University