View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15758_high_4 (Length: 496)

Name: NF15758_high_4
Description: NF15758
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15758_high_4
NF15758_high_4
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (1-496)||(24120695-24121190)
chr7 (186-480)||(24131161-24131471)
chr7 (140-486)||(24158223-24158574)
chr7 (140-486)||(24137080-24137425)
chr7 (143-480)||(24144822-24145158)
chr7 (143-480)||(24125519-24125855)
chr7 (144-479)||(24152970-24153310)
chr7 (180-292)||(24149991-24150103)
chr7 (367-457)||(24159873-24159963)
chr7 (405-466)||(24231156-24231217)
chr7 (401-466)||(24285530-24285595)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (143-292)||(15381331-15381480)
chr1 (409-476)||(3152614-3152681)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (196-230)||(10990047-10990081)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 472; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 24121190 - 24120695
Alignment:
Q  1 agatgtttaacgtcacaggaactcaaaaacaaactaactaagcctcgtatttttgccaattttgaactcaagaagcaaatactaccaattggaacgtgtc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  24121190 agatgtttaacgtcacaggaactcaaaaacaaactaactaagcctcgtatttttgccaattttgaactcaagaaccagatactaccaattggaacgtgtc 24121091  T
Q  101 cgttaacttgcacgtttgatagtggtgaacccgcgaaacttgttgatcctaaatcctctctttctggaggatatatcaaaggaccattaacaattatggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24121090 cgttaacttgcacgtttgatagtggtgaacccgcgaaacttgttgatcctaaatcctctctttctggaggatatatcaaaggaccattaacaattatggt 24120991  T
Q  201 gacagacgacttggttgtgactccaatgtcatccattgacgctgtttcatatctaaaaagaatgaaggtccctcttaatgacgtggaggaaattttcatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24120990 gacagacgacttggttgtgactccaatgtcatccattgacgctgtttcatatctagaaagaatgaaggtccctcttaatgacgtggaggaaattttcatt 24120891  T
Q  301 agtattggtgtagaggaggtaaatggagtgtgtgagactttagttttaatatttcttgtttcagactcgtaacaactaacaatatttagttgcatttatg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24120890 agtattggtgtagaggaggtaaatggagtgtgtgagactttagttttaatatttcttgtttcagactcgtaacaactaacaatatttagttgcatatatg 24120791  T
Q  401 gttgcagggtctcagcatactgaaagcttcgttaacctcaacatccgctttgacaaatggcctcaagcagtacataggttggtacaacattcaaca 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24120790 gttgcagggtctcagcatactgaaagcttcgttaacctcaacatccgctttgacaaacggcctcaagcagtacataggttagtacaacattcaaca 24120695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 186 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 24131471 - 24131161
Alignment:
Q  186 attaacaattatggtgacagacgacttggttgtgactccaatgtcatccattgacgctgtttcatatctaaaaagaatgaaggtccctcttaatgacgtg 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24131471 attaacaattatggtgacagacgacttggttgtgactccaatgtcatccattgatgctgtttcgtatctagaaagaatgaaggtccctcttaatgacgtg 24131372  T
Q  286 gaggaaattttcattagtattggtgtagaggaggtaaatggagtgtgtgaga----------------ctttagttttaatatttcttgtttcagactcg 369  Q
    ||||||||| |  |||||||||||||  |||||||||| |||  |||  | |                ||||  ||||||||||| |||||||||||||     
T  24131371 gaggaaattgttgttagtattggtgtgaaggaggtaaacggatggtgcaacatttcaattagcacattctttcattttaatattttttgtttcagactca 24131272  T
Q  370 taacaactaacaatatttagttgcatttatggttgcagggtctcagcatactgaaagcttcgttaacctcaacatccgctttgacaaatggcctcaagca 469  Q
    ||| | ||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||  | ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||    
T  24131271 taaaagctaacaatatttaattggatatatggttgtagggtctcagcatactaaaatcttcactgacctcaacatctgctttgaccaacggcctcaacca 24131172  T
Q  470 gtacataggtt 480  Q
    |||||||||||    
T  24131171 gtacataggtt 24131161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 140 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 24158574 - 24158223
Alignment:
Q  140 ttgttgatcctaaatcctctctttctggaggatatatcaaaggaccattaacaattatggtgacagacgacttggttgtgactccaatgtcatccattga 239  Q
    |||||||||| |||| | || |||||||||||||| | | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||    
T  24158574 ttgttgatcccaaattccctgtttctggaggatatgttagaggaccgttaacaactatggtgacagacgacttggttgcgactccaatttcatctatcga 24158475  T
Q  240 cgctgtttcatatctaaaaagaatgaaggtccctcttaatgacgtggaggaaattttcattagtattggtgtagaggaggtaaatggagtgtgtgagact 339  Q
     | ||||||||||||| |||||||||| ||| | |||  |||  ||||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||| |||||    
T  24158474 tggtgtttcatatctagaaagaatgaatgtctcccttgttgatttggaggaaattgtcattagtattggtgttaaggaagtaaaaggagtgtgtaagact 24158375  T
Q  340 -----ttagttttaatatttcttgtttcagactcgtaacaactaacaatatttagttgcatttatggttgcagggtctcagcatactgaaagcttcgtta 434  Q
         ||  ||||||||| |||||| ||| | |  ||| ||||  ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||     
T  24158374 taaccttcattttaatatatcttgtatcaaattgataataactcgcaatatttgattgcatatatggttgcagggtctcagcatactaaaagcgtcattg 24158275  T
Q  435 acctcaacatccgctttgacaaatggcctcaagcagtacataggttggtaca 486  Q
    |||||||||||  |||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||    
T  24158274 acctcaacatcttctttaacaaacggcctcaaccagtacataggttagtaca 24158223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 140 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 24137425 - 24137080
Alignment:
Q  140 ttgttgatcctaaatcctctctttctggaggatatatcaaaggaccattaacaattatggtgacagacgacttggttgtgactccaatgtcatccattga 239  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||   | || |||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24137425 ttgttgatcctaaatcccctatttctggaggatatgctagagcaccattaacgtttatggtgacagacgaattggttgtgactccaatgtcatccattga 24137326  T
Q  240 cgctgtttcatatctaaaaagaatgaaggtccctcttaatgacgtggaggaaattttcattagtattggtgtagaggaggt-aaatggagtgtgtgagac 338  Q
     | | ||||||||||  ||||||||||||| || |||| |||||||||||||||  || ||| ||||||     ||||||| ||| |||| |||| || |    
T  24137325 tggtatttcatatcttgaaagaatgaaggttccccttagtgacgtggaggaaatggtcgttattattggccagaaggaggtaaaagggagcgtgttagtc 24137226  T
Q  339 tttagttttaatatttcttgtttcagactcgtaacaactaacaatatttagttgcatttatggttgcagggtctcagcatactgaaagcttcgttaacct 438  Q
    |||  |||||||||||||| | | ||| || |||||||| || ||||||  || ||  | ||||||||||||||||||||||| | |||||| || ||||    
T  24137225 tttcattttaatatttcttatattagattcataacaactcaccatatttgatttca--tgtggttgcagggtctcagcatacttagagcttcattgacct 24137128  T
Q  439 caacatccgctttgacaaatggcctcaagcagtacataggttggtaca 486  Q
    ||| ||| || |||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||    
T  24137127 caaaatctgccttgacaaacggtctcaaccagtacataggttagtaca 24137080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 143 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 24145158 - 24144822
Alignment:
Q  143 ttgatcctaaatcctctctttctggaggatatatcaaaggaccattaacaattatggtgacagacgacttggttgtgactccaatgtcatccattgacgc 242  Q
    |||||||||||||| || ||||||| ||||||     || | |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  24145158 ttgatcctaaatcccctatttctggtggatatgctggagcatcattaacgtttatggtgacagacgaattggttgtgactccaatgtcatccattgatgg 24145059  T
Q  243 tgtttcatatctaaaaagaatgaaggtccctcttaatgacgtggaggaaattttcattagtattggtgtagaggaggtaaat-ggagtgtgtgagacttt 341  Q
    | ||||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||  || ||| ||||||     ||||||||||| ||||||||| || ||||    
T  24145058 tatttcatatcttgaaagaatgaaggtctcacttaatgacgtggaggaaatggtccttaatattggccagaaggaggtaaatgggagtgtgttagtcttt 24144959  T
Q  342 agttttaatatttcttgtttcagactcgtaacaactaacaatatttagttgcatttatggttgcagggtctcagcatactgaaagcttcgttaacctcaa 441  Q
      |||||||||||||||| | ||| || |||||||| || ||||||  || ||  | ||||||||||||||| ||||||| | |||||| || |||||||    
T  24144958 cattttaatatttcttgtattagattcataacaactcaccatatttgatttca--tgtggttgcagggtctcggcatacttagagcttcattgacctcaa 24144861  T
Q  442 catccgctttgacaaatggcctcaagcagtacataggtt 480  Q
     ||| || |||||||| |||||||| |||| ||| ||||    
T  24144860 aatctgccttgacaaacggcctcaaccagttcattggtt 24144822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 143 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 24125855 - 24125519
Alignment:
Q  143 ttgatcctaaatcctctctttctggaggatatatcaaaggaccattaacaattatggtgacagacgacttggttgtgactccaatgtcatccattgacgc 242  Q
    |||||||||||||| || ||||||| ||||||     || | |||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |     
T  24125855 ttgatcctaaatcccctatttctggtggatatgctggagcatcattaacgtttatggtgacagatgacttgattgtgactccaatgtcatccattgatgg 24125756  T
Q  243 tgtttcatatctaaaaagaatgaaggtccctcttaatgacgtggaggaaattttcattagtattggtgtagaggaggt-aaatggagtgtgtgagacttt 341  Q
    | ||||||||||  ||||||||||||| || |||| |||||||||||||||  || ||| ||||||     ||||||| ||| |||| |||| || ||||    
T  24125755 tatttcatatcttgaaagaatgaaggttccccttagtgacgtggaggaaatggtcgttactattggccagaaggaggtaaaagggagcgtgttagtcttt 24125656  T
Q  342 agttttaatatttcttgtttcagactcgtaacaactaacaatatttagttgcatttatggttgcagggtctcagcatactgaaagcttcgttaacctcaa 441  Q
      |||||||||||||| | | ||| || |||||||| || ||||||  || ||  | ||||||||||||||||||||||| | |||||| || |||||||    
T  24125655 cattttaatatttcttatattagattcataacaactcaccatatttgatttca--tgtggttgcagggtctcagcatacttagagcttcattgacctcaa 24125558  T
Q  442 catccgctttgacaaatggcctcaagcagtacataggtt 480  Q
     ||| || |||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  24125557 aatctgccttgacaaacggtctcaaccagtacataggtt 24125519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 144 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 24153310 - 24152970
Alignment:
Q  144 tgatcctaaatcctctctttctggaggatatatcaaaggaccattaacaattatggtgacagacgacttggttgtgactccaatgtcatccattgacgct 243  Q
    |||||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||    
T  24153310 tgatccaaaacccactctttctggaggatatgtcagaggacctttaacgattttggtgacagacgacttggttgtgactccaatttcatctattgatgct 24153211  T
Q  244 gtttcatatctaaaaagaatgaaggtccctcttaatgacgtggaggaaattttcattagtattggtgtagaggaggtaaatggagtgtgtgagact---- 339  Q
    |||||||||||| ||| | ||||||| || ||| ||||  || |||||||  |||| |||||||||||  |||||||||| |||||||||   |||        
T  24153210 gtttcatatctagaaaaattgaaggtaccccttgatgatttgaaggaaatggtcataagtattggtgttaaggaggtaaaaggagtgtgtacaactaaac 24153111  T
Q  340 --ttagttttaatatttcttgtttcagactcgtaacaactaacaatatttagttgcatttatggttgcagggtctcagcatactgaaagcttcgttaacc 437  Q
      | |  |||||||| ||| |  ||| | |  |||||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |  |||    
T  24153110 catcatctttaatatgtctagcatcaaattgataacaactcacaatatttgtttgcatatatgg-tgcagggtctcagcatattaaaagcttcatcgacc 24153012  T
Q  438 tcaacatccgctttgacaaatggcctcaagcagtacataggt 479  Q
     ||||||  ||||| ||||| |||||||| | ||||||||||    
T  24153011 acaacatgtgctttaacaaacggcctcaaaccgtacataggt 24152970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 180 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 24150103 - 24149991
Alignment:
Q  180 aggaccattaacaattatggtgacagacgacttggttgtgactccaatgtcatccattgacgctgtttcatatctaaaaagaatgaaggtccctcttaat 279  Q
    ||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||    | |||||||||| || |||||||||||||||| ||||||    
T  24150103 aggaccattaacattcatggtgaccgacgacttggttgtgactccaatgtcgtcaatatctggtgtttcatatttagaaagaatgaaggtcccccttaat 24150004  T
Q  280 gacgtggaggaaa 292  Q
    || ||||| ||||    
T  24150003 gatgtggaagaaa 24149991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 367 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 24159963 - 24159873
Alignment:
Q  367 tcgtaacaactaacaatatttagttgcatttatggttgcagggtctcagcatactgaaagcttcgttaacctcaacatccgctttgacaaa 457  Q
    |||||||| ||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||  ||||||||||    
T  24159963 tcgtaacatctaacaatatttgattgcataaatggttgcagggtctcagcattctgaaagcttcattgacctcaacatcttctttgacaaa 24159873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 405 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 24231217 - 24231156
Alignment:
Q  405 cagggtctcagcatactgaaagcttcgttaacctcaacatccgctttgacaaatggcctcaa 466  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  | |||||| | || |||||||||||||| |||||    
T  24231217 cagggtctcagcatacttaaagcttcactgacctcagcttctgctttgacaaatggtctcaa 24231156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 401 - 466
Target Start/End: Original strand, 24285530 - 24285595
Alignment:
Q  401 gttgcagggtctcagcatactgaaagcttcgttaacctcaacatccgctttgacaaatggcctcaa 466  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||||| || || ||||| || |||||||||||||| |||||    
T  24285530 gttgcaaggtctcagcattctgaaggcttcattgacatcaacgtctgctttgacaaatggtctcaa 24285595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 143 - 292
Target Start/End: Original strand, 15381331 - 15381480
Alignment:
Q  143 ttgatcctaaatcctctctttctggaggatatatcaaaggaccattaacaattatggtgacagacgacttggttgtgactccaatgtcatccattgacgc 242  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||  | ||  | || |||||||||||| |||| ||||| ||  | ||||||||||  |     
T  15381331 ttgatcctaaatcccctatttctggaggatatgtcaaaggaccgattaccttcatcgtgacagacgacatggtagtgaccccgttatcatccattgctgt 15381430  T
Q  243 tgtttcatatctaaaaagaatgaaggtccctcttaatgacgtggaggaaa 292  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||  |  ||||||| ||||||||||    
T  15381431 tgtttcctatctagaaagaatgaaggttgcctttaatgatgtggaggaaa 15381480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 409 - 476
Target Start/End: Original strand, 3152614 - 3152681
Alignment:
Q  409 gtctcagcatactgaaagcttcgttaacctcaacatccgctttgacaaatggcctcaagcagtacata 476  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| |   ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  3152614 gtctcagcatactaaaagcttcgataatctcaacgttttctttgacaaatggtctcaagcagttcata 3152681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 196 - 230
Target Start/End: Original strand, 10990047 - 10990081
Alignment:
Q  196 atggtgacagacgacttggttgtgactccaatgtc 230  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10990047 atggtgacagatgacttggttgtgactccaatgtc 10990081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University